其三，忽必烈责问王文统为何在信中提及几年后的“甲子年”，王文统的解释至少可以自圆其说，“为了尽量拖延李璮的反期，给忽必烈击败阿里不哥留出时间”。但忽必烈的反应却是“无多言”，拒绝与王文统就这个解释做更多交流，这不免令人怀疑忽必烈对此其实是缺乏确凿证据的。
其二，忽必烈指控王文统“汝教璮为逆，积有岁年，举世皆知之”，既然举世皆知，那么忽必烈肯定也知道，但他为何不采取任何行动，反而坐视王文统勾结李璮？这未免过于不合情理。
其四，王文统始终没有认罪，更拒绝自陈“臣罪当死”，忽必烈却告诉重臣他已经认罪了。
其一，王文统的三封密信是如何暴露的？《元史·王文统传》暗示是李璮主动告发，但动机是什么？“纵使文统真有书信与璮涉及反叛，协议行事，李璮何得于公开反元之后将密函暴露，以置文统于死地？二者即使后来反目失和，亦不应有危害彼此的行动。”
陈学霖在《王文统“谋反”事件与元初政局》一文中，多处为王文统“谋逆说”辩诬，认为此案有欲加之罪的重大嫌疑，“忽必烈虽因种种原故必须将文统处死，官方并无列举资料，证明其与李璮同谋反叛”，“似是虚构诬告，借此罗织死罪”。
此案细节破绽百出。
按照陈学霖的说法，王文统连最基本的谋逆动机都不具备，“以文统当日之地位，得宠于忽必烈，权倾中枢，正可大展鸿图，何致勾结枭雄，作冒险的策谋，自毁难苦建立之基业？是故控词指其勾结同谋，揆诸情理，并不大可能”。
但此案真的是所谓铁案吗？
反而是忽必烈，倒是不缺制造莫须有的动力。其一，事起于仓促，指控王文统谋逆虽然没有确凿证据，但在此种极端状态下，忽必烈不想冒任何内外勾连的倾覆风险，宁杀错不放过，宁株连不慎杀；其二，李璮起兵波及面甚广，有扩大为汉人世侯集体反叛的危险，忽必烈有杀一儆百、震慑群雄的需要；其三，王文统由忽必烈一手提拔，他的谋反势必会损害忽必烈的政治威信，尤其是蒙古本位主义者有可能借机生事，攻讦忽必烈重用汉臣的政策，杀王文统可为忽必烈挽回颜面。
二月二十三日，王文统及其子被公开处死，忽必烈为此还诏告天下。在诏书中，王文统被定性为策划谋反多年，“审其有反状者累年，宜加肆市之诛，以著滔天之恶”。
如上所述，决定杀王文统前，忽必烈还咨询了一众近臣的意见。虽说忽必烈心中早有定计，近臣们的意见也未必对其有多大影响力，更无决定性可言，但是，在他们众口一词之下，有的说“必诛”，有的说“宜剐”，也构成了一种王文统必死的舆论压力。
忽必烈决心将王文统案办成铁案。他召窦默、姚枢、王鹗和张柔等汉人亲信重臣来，展示了王文统的三封书信并问道：“你们看王文统该当何罪？”文臣们都主张处死，只有张柔高呼：“宜剐！”见众臣对诛杀王文统已无异议，忽必烈这才说：“他本人也认罪了。”
忽必烈的藩邸旧臣为何对王文统欲除之而后快？除了逢君之恶，滔天恨意从何而来？
稍微总结一下就是：忽必烈步步紧逼，让王文统承认与李璮勾结谋反，还拿出双方书信作为证据，但王文统就是不认罪。
从某种意义上，王文统算是“孤臣”。王文统是忽必烈力主提拔至中书省的，既非藩邸旧臣，也非世侯，更无蒙古人的血统，无根无柢，他的崛起势必侵害其他政治集团的利益，尤其是同为汉人、生态位重叠的藩邸旧臣。说白了，忽必烈创建汉式行政机构中书省时，那些有藩邸背景的儒臣士大夫满以为舍我其谁，谁料不仅丞相大位落空，实权也到了王文统手里。
世祖召文统问之曰：“汝教璮为逆，积有岁年，举世皆知之。朕今问汝所策云何，其悉以对。”文统对曰：“臣亦忘之，容臣悉书以上。”书毕，世祖命读之，其间有曰：“蝼蚁之命，苟能存全，保为陛下取江南。”世祖曰：“汝今日犹欲缓颊于朕耶？”会璮遣人持文统三书自洺水至，以书示之，文统始错愕骇汗。书中有“期甲子”语，世祖曰：“甲子之期云何？”文统对曰：“李璮久蓄反心，以臣居中，不敢即发，臣欲告陛下缚璮久矣，第缘陛下加兵北方，犹未靖也。比至甲子，犹可数年，臣为是言，姑迟其反期耳。”世祖曰：“无多言。朕拔汝布衣，授之政柄，遇汝不薄，何负而为此？”文统犹枝辞傍说，终不自言“臣罪当死”，乃命左右斥去，始出就缚。
当相位悬而未决时，为了阻击王文统，窦默、王鹗和姚枢这三位金莲川幕府核心人物专门觐见忽必烈，由窦默出面，痛斥王文统。《元史·窦默传》记载，“此人学术不正，久居相位，必祸天下”，举荐同为幕府中人的许衡为相。忽必烈对此不以为然，“不悦而罢”。
《元史·王文统传》细致入微地记录了当时的“审判实录”，这里不妨全文录之：
不过，这不仅仅是权力之争，也是政见之争，或者说，汉人士大夫往往将权斗与政争掺杂在一起，牵拽之深，可能连他们自己也分不清其中区隔。
中统三年（南宋景定三年，1262年）二月，也就是李璮起兵同月，忽必烈亲自主持了一场针对王文统的御前对质，或者说，审判。
窦默指斥王文统“学术不正”，算是将双方的政见之争公开呈于御前。
但益都烽火一起，作为李璮岳父与前幕僚的王文统，立时命在旦夕。
王文统最擅长的政治实务是理财，因此被金莲川幕府中的传统儒臣士大夫视作“聚敛之臣”，违背了儒家轻徭薄赋、量入为出的经济观念。窦默将王文统与西域（色目人）理财奸臣视同一律，攻讦他“卖利献勤、乞怜取宠”，“以利害惊动人主之意者，无他，意在摈斥诸贤，独执政柄耳”。
作为中书省的实控人，王文统独揽忽必烈政权的财政大权，深受倚重。在忽必烈与阿里不哥的战争中，王文统提供了不可或缺的财政撑持。
从这个意义上来说，王文统和传统儒臣士大夫的政见冲突，与汉武帝时代桑弘羊和儒生的《盐铁论》之争，唐玄宗时代李林甫和张九龄的“吏治”“文学”之争，北宋熙宁变法时的新党、旧党之争，并无本质上的区别。
据说忽必烈曾有意将王文统直接擢升为百官之首的中书省右丞相（元朝政权一改唐宋旧制，以右为尊），但考虑到王文统资历尚浅，最终还是选择了更孚人望的史天泽，成为左右四相中唯一一位汉人。不过，史天泽等人并不负责具体事务，“他的相业亦仅恃其资历声名调停弥缝，在省署实际负责决策的还是王文统”。
而在这两派之中，忽必烈却一度偏向没有藩邸渊源的王文统，只能说，忽必烈就像前朝很多所谓雄才大略的君主一样，需要大笔金钱来营建盛世，更需要王文统这样的理财专家来聚敛钱财。当然，其中也有蒙古制度的内在需求，容后再论。
忽必烈拔擢王文统，主要原因很可能是王文统盛名在外，毕竟，之前李璮的种种奇谋，如虚张敌势、挟宋自重，攻取南宋数州，均出自王文统手笔。但是，忽必烈此举很难说与示好李璮无关，在某种意义上与加封李璮为江淮大都督的性质接近。
到王文统被杀之时，恐怕窦默、姚枢他们仍然没搞清楚这个道理，这些儒臣士大夫还沉浸在“奸臣惑主终得报应”的传统忠奸观中不能自拔，而不知这一切的背后都是君主的雄心、欲望与妄念，哪怕这位君主与他们曾经多么意气相投、声气相通。
王文统并非金莲川幕府旧人，“少时读权谋书，好以言撼人”，有些乱世纵横家的意思。同为益都人的王文统之后投奔李璮，受到重用，不仅身居首席幕僚，李璮还让儿子拜他为师。更能证明两人关系甚笃的是，王文统当了李璮的岳父。
《元史》难得公允了一回，给了王文统这个“叛臣”一个历史结论：
中统元年（1260年），忽必烈首建中书省以总领全国政务，简拔王文统为首任平章政事，委以更张庶务。
然文统虽以反诛，而元之立国，其规模法度，世谓出于文统之功为多云。
还有一个身份特殊者，忽必烈决计不会放过。
带着莫须有罪名而死的王文统，至此或许可以瞑目了。