简而言之，就文艺复兴是新生而言，它常常拒斥的与其说是教会或基督教，不如说是亚里士多德。至于文艺复兴时期亚里士多德最杰出的批评者，我们这里只提及三位：培根（Francis Bacon，1561—1626）、霍布斯（Thomas Hobbes，1588—1679）以及比他们几乎早一个世纪的马基雅维利（Niccolò Machiavelli，1469—1527）。他们三人全都是亚里士多德的反对者，尽管他们也在很大程度上受惠于亚里士多德（哪怕他们并不承认）。培根通常被认为是现代科学传统的奠基人，这也意味着他与亚里士多德的决裂，他坚持我们要以纯粹经验的实验方法“重新开始”。霍布斯具有双重意义，一方面作为培根的朋友和同事，他也是新科学的开拓者，彻底批判亚里士多德神学宇宙观，另一方面，他是现代政治理论最具影响力的建构者之一，激烈反对亚里士多德的“自然人”的社会性观点。
亚里士多德也支配着政治学领域，亚里士多德颂赞逐渐消失的希腊城邦，认为这仍然是理想的共同体组织形式，在很久之后这些社会会成为现实或变得可能。（不幸的是，亚里士多德对奴隶制的维护仍得到广泛的认可。）然而，就积极的方面而言，类似于苏格拉底和柏拉图的政治学，亚里士多德的政治学的核心主张也是，国家、政府和权威的主要目的是培养有道德的人。政治与德性、政治才能与道德规范携手并进。文艺复兴受人诟病、令人震惊的重要特征就是拒斥了这个高贵的观点。政治即便不是完全的“肮脏交易”，最多也不过是某种妥协，它代表了人性中最糟糕的一面。
我们至少还应该提到马基雅维利这个众所周知的名字，他在文艺复兴时期混乱、腐败的意大利为现代政治奠定了基础。他那本臭名昭著的《君主论》（The Prince）明显在说，政治中毫无道德可言。在《兵法》（Art of War）这本书中，他认为战争是国家之间关系的常态，需要持续的准备和战略，而不能只是对突发事件的应对，临时匆忙召来未经训练的军队。实际上，亚里士多德把政治等同于伦理，马基雅维利、霍布斯与这种做法的决裂，要比培根科学反抗重要得多。
就科学而言，亚里士多德几乎支配了所有学科长达 15 个世纪，不妨举几个例子，比如物理学、宇宙学、生物学和心理学。公元前 4 世纪看起来像常识的理论和假设，由于未经检测，仍在 15、16 世纪占据支配地位。伽利略做了个简单但很著名的实验，他用两个体积不同的石头从比萨斜塔上抛下，检测它们各自的加速度，结果表明它们各自的加速度相同，与亚里士多德的预测相反。这似乎突显了新科学家们对亚里士多德不以为然的蔑视。很久以前由亚里士多德定义并规定的“常识”，不再为人们简单接受。比如，亚里士多德（如同他的绝大多数同时代人）相信后来所谓的托勒密式宇宙观，认为地球是宇宙的中心。更重要的是，常识信念受到严重质疑，然而充满反讽的是，文艺复兴这个新兴的人文主义论坛，部分是建立在如下令人震惊的启示之上：人类以及他们所占据的星球不再是宇宙的中心。
培根本人并不是科学家，也就是说，他并不像哥白尼、伽利略、开普勒和牛顿那样，因其理论或发现而闻名。相反，他的贡献在于对科学和一般知识的理论化。特别是，他提出了对伽利略影响很大的实验方法。正是培根阐述了后来成为教科书标准的“科学方法”，这包括仔细观察和可控、有条不紊的实验。科学方法对于古代人认为已经得到回答的所有问题，提供了新的开端。
确实，文艺复兴是向古典和古典哲学的回归，但是，它也表现为对古代最光辉灿烂的人物即伟大的哲学家亚里士多德的全面抨击。在文艺复兴时期，亚里士多德既是人们的核心关注点，也是最成问题的人物。一方面，文艺复兴“哲学发现”的整个气质，以及所用的基本语汇和洞见，无疑完全是亚里士多德式的。另一方面，“异教徒”亚里士多德几乎消失不见，而且绝大多数保留下来的东西都被嵌入经院哲学的教条之中，或者通过圣托马斯·阿奎那融入基督教教会的教义之中，或者通过伊本·鲁世德融入伊斯兰教的教义之中。某些有理解力的个人能够区分真正的亚里士多德与经院学者笔下的亚里士多德，但是，文艺复兴时期思想家基本都明确反对亚里士多德。可以想见，与这种反应相伴随的是对柏拉图的戏剧性的再发现和辩护，他的作品当时被广泛地翻译为拉丁文。
但是，正如亚里士多德，培根依然相信理性高于经验，他对亚里士多德影响（即 15 个世纪以来对他的理论的毫无批判地接受）持续抨击不应掩盖如下这个事实：培根是亚里士多德的再传弟子，而不是他的对手。针对过去的教条，培根试图对“为了知识”而追求知识正名。这不应该像我们今天经常看到的那样，被误解成在为不顾结果的探究辩护。培根明确持相反的立场，即认为知识是有用的。实际上，他有个说法众所周知：“知识就是力量！”他也认为科学是人类对自然终极支配，如《创世记》中许诺的那样，而且，作为对上帝作品的研究，科学也就像对上帝之言的研究那样是启示的合法来源。
然而，科学与宗教之间向来存在冲突，但不宜过分夸大。正如自然被视为上帝的“手工作品”（这是源自古希伯来人的观念，并得到托马斯·阿奎那的辩护），科学作为理解上帝之奇迹的方式，也被视为理解启示的方式。在很多情形下，只要不与教义发生冲突，教会还是乐意容忍科学的。无论如何，尽管有对卢克莱修的再发现（以及对他的热情），但科学尚还没有提出纯粹机械论、无神论的宇宙观。
培根坚持认为，只要使用正确的方法，每个人都能发现真理，由此提出了相对于科学的平等主义立场。科学不是天才的专属领域。这后来成了极为重要的政治主张。但这并不意味着培根只是在为“常识”辩护。他哲学中最有力的方面是对人性中各种“偶像”的批判，正是它们阻碍或扭曲了正确的科学探究。这些各种各样的偏见和错误观念，是我们的长辈告诉我们且从未遭受过质疑的东西。人类信念有其惰性或保守性，要让人们抛弃某种已然确立、舒适但却错误的信念，这非常困难。一厢情愿的思考常常侵蚀谨慎的知觉和“真正的经验”。还存在以下这种危险：我们的感官并非总是值得信赖，这是培根和古代人共有的观点，也是其继承者笛卡尔具有的观点。最后但同样重要的是，培根抨击了亚里士多德的“目的因”这种目的性或目的论解释。自然如其所是地显现，并不是因为对象和事件有其目的，而是因为它们有质料或“动力”因，遵循自然的“形式”或规律。这种对亚里士多德目的因的抨击，可能是培根对亚里士多德有时不公平的抨击中最具破坏性和持久印象的方面。
不过，人文学科也包括对科学的尊重，当然，这是由技术和数学的发展所促发的科学。因此，文艺复兴也可以根据当时的哥白尼革命来定义，哥白尼革命指的是：我们宇宙的中心是太阳而不是地球。与更大的神学教条相比，科学知识的追求长期以来处于较低的附属性位置，而如今却迅速攀升，与教会形成了持久甚至残酷的对抗。1600 年，布鲁诺（Giordano Bruno）作为异端被烧死在火刑柱上，之后不久，伽利略又被迫公开放弃他所认同的哥白尼的观点。（直到 1992 年，这个观点才为天主教会正式接受！）
作为形而上学家而不是科学家，霍布斯提出了关于世界的纯粹唯物论、机械论模型，世界只是“运动的物质”。这或许是从德谟克利特和古代的原子论者以来最不具人性、最为苍白的宇宙论描述，但是，这种极端的做法总是有其反对力量。霍布斯也许相信机械论的宇宙观，但它不是无神论的观点。他大半生的精力都在为并不排除神学的宇宙论辩护（实际上，他最著名的作品《利维坦》基本都在做这件事）。
没有任何明显的分界线能够把中世纪与现代区分开来，文艺复兴也无法完全归入其中任何时期。教科书为了方便起见，把这个分割线定在 1500 年，但是，文艺复兴的转型至少横跨 14 世纪中期直至 1600 年。人们也确实围绕如何对这个时期的哲学人物加以归类，进行了毫无意义的争论。文艺复兴首先是场文学艺术运动。它最有价值的产品是“人文学科”，它们是每个有教养的公民都会期待的学科。
不过，霍布斯的闻名在于其对“自然状态”下人类生活的尖刻看法，即所谓的自然状态，即社会形成“之前”的状态。他在《利维坦》这部著作的前几页就告诉我们说，自私是支配性原则，人们完全不知道什么是正义。因此，生活就是“一切人反对一切人的战争”，它“孤独、贫困、卑污、残忍和短寿”。在这种危险、相互争斗的背景下，人们为了彼此的安全和利益，相互之间共同形成“社会契约”。他们把某些适度的权力交给“主权者”，那个统治他们的国王，所依据的不是神圣的权利，而是共同的同意。由于同意，人类进而受到正义观念的保护。正义本身是契约社会的产物，而不是它的前提。
在此之前，瘟疫（黑死病）毁灭了欧洲的三分之一人口，英法之间百年战争杀死的人口也不相上下，随着这些灾难逐渐远去，在当时的历史背景下，我们可以理解当时人们感到的快乐。文艺复兴时期的人文主义可以视为对这段艰难岁月的反弹和解脱。封建主义差不多已经完全崩溃，欧洲盛行着新的重商主义和探索精神。当时精致、有教养的城市阶层的世俗新理想逐渐兴起。不过，正如当时和如今的福音派辩论家指责的那样，人文主义本质上是世俗的或无神的。在许多方面，文艺复兴仍具有中世纪的特点，有时还具有神秘主义的特点，重要的是要记住，个人尊严的重新强调是在基督教的怀抱和犹太——基督教传统中滋生出来的。
霍布斯到底是把他的自然状态模型看成一个表面上的假设，还是把它当作引入极端新颖的社会观的思想实验，这是仍在持续的争论。人们通常认为，后面这种说法更有意义。霍布斯自己在他后期的某些著作中表明，人性绝非他在自然状态中所描述的那样不堪。不过，政治哲学的未来将被社会契约的观念统治（这个观点甚至可以追溯到古希腊）。洛克和卢梭，甚至康德，都在为各种形式的社会契约辩护，当然，它之所以能够成为支配性的政治观念（以“宪法”的形式），乃是接下来这个世纪种种革命的结果。
在理性层面出现的宗教改革和反宗教改革，已经被文艺复兴及其对个体的强调所改变。文艺复兴或“新生”并非像它的某些较为激进的拥护者所认为的那样，是“重新开始”的时代，但它无疑是充满活力、热情和实验的时代。特别是，这个时期重新发现或者至少可以说重新强调了古希腊和罗马的经典、文献。文艺复兴的口号是“人文主义”，这是自 12 世纪以来就已经发展出来的强调个人尊严的概念。18 世纪的法国历史学家儒勒·米什莱（Jules Michelet）评论道，文艺复兴的突出特征是“世界的发现和人的发现”。然而，这种对新生和发现的强调，意味着对文艺复兴之前整个千年的无视，人们完全可以追问，这种对古老书籍和作品的新兴趣是否真的能证明抹黑中世纪的正当性（中世纪也因此被称作黑暗时期）。