伊拉斯谟自己是神父，但他激烈地批评同行的无知。他虽然反对经院哲学，但他自己却是热情的学者。他编辑了《新约》的第一个希腊语本和新的拉丁文译本，这成了后来几乎所有《新约》研究者的基础。不过，伊拉斯谟尽管拒斥路德和宗教改革，要求保持教会的统一性，但他仍被许多天主教徒斥责为路德孵化的“蛋”。
伊拉斯谟尽管厌恶单调乏味的经院哲学，但他仍是杰出的经院学者之一。首先，他是人文主义者、教会精神的辩护者，不过，在适当的时候他也是教会做法的严厉批评者。正如马丁·路德，他批评售卖赎罪券以及教士不得体的其他商业行为。他还拒斥教皇无错论的说法，而且，在路德的早期生涯，伊拉斯谟对他的改革热情评价甚高。然而，与路德不同的是，他不想冒分裂教会的危险。在 1524 年，他展开了对路德的批评，他们之间的往来信件针锋相对。伊拉斯谟拒斥新教严苛的预定论，而且与路德为普通人的解释能力辩护不同，他对粗野无知并没什么兴趣。
伊拉斯谟是具有世界视野的学者，他曾到处旅行，在牛津大学、剑桥大学待过，也到过巴黎、弗莱堡、都灵和伦敦。他的人文主义与其说是某种学说，不如说是他谦虚品格的反映，也跟他在欧洲主要城市有过广泛体验密切相关。他最为经久不衰和受人喜爱的作品，有些辛辣，却不失风趣，尽显幽默和人性。这部著作就是《愚人颂》（In Praise of Folly，1549)，自述性标题极为准确。据说，他只用了一周就写完了这本书。它在中世纪晚期成了最受欢迎的哲学著作。
第二个是他的好友托马斯·莫尔爵士（Sir Thomas More，1478—1535），他曾在臭名昭著的亨利八世治下担任过英格兰大臣。亨利八世为了离婚然后迎娶当时的情人，要与罗马教会决裂，莫尔对此坚决抵制，结果被斩首。然而，他也留下了智慧探寻者应有的形象，堪称令人推崇的哲学家典范。
用他自己的话说，这本书最鲜明的特征是“讽刺辛辣”，但下笔时充满同情，也很风趣。《愚人颂》以“愚人”的口吻叙述，可以想见，这本书最常针对的目标是自夸。伊拉斯谟也用愚人称呼“愚蠢的哲学家”、富人、权势者、教皇、医生、赌徒、圣人、作家、好战分子、神学家、基督徒，以及其他各种人。他批评斯多葛派，说他们试图从高贵生活中删掉情感，把他们教义的拥护者变成了“大理石雕像”。他讥讽柏拉图的“理想国”，认为它同样无法忍受，而且苏格拉底本人就成了阿里斯托芬的讽刺对象。伊拉斯谟向我们保证，哲人王绝对是最糟糕的统治者。伊拉斯谟也没有放过自己，他以及他的“希腊癖者”同行也受到了类似讥讽。
第一个是荷兰人文主义者伊拉斯谟（Desiderius Erasmus，1466？—1536），他是虔诚且坦率的宗教改革家，与教会不和但拒不加入宗教改革运动。伊拉斯谟坚持认为，普通人也可以理解经文（因此应把经文翻译为普通用语），他自己是第一批严肃的《圣经》学者之一，为后来几代学者具体而微地探究《圣经》的形成开辟了道路。伊拉斯谟也是机智诙谐的社会批评者，自然招致了强有力的批评，也赢得了永久的钦佩。
《愚人颂》的要点容易在嬉闹、讽刺之中遭到忽视，有意不加说明的斥责目标既是为智慧德性的辩护，又是对它的约束、限制。他说，唯有上帝拥有智慧，在这方面，他明确赞同苏格拉底的说法。但是，人类生活中还有许多有价值的东西，这实际上就是人类生活本身，它们要归于愚蠢，而不是智慧。如果人们真的具有预见结果和未来的智慧，谁还会结婚、生子、搞政治、恋爱、做哲学家呢？他援引索福克勒斯的说法，论证某种完全反哲学的观点，即“最幸福的生活是一无所知的生活”。尽管如此，伊拉斯谟的著作是最好的哲学，它极其动人、有趣、深刻，堪称自由、谦卑、正直和幽默的苏格拉底式哲学的典范。
在宗教改革和反宗教改革这两极之间，我们很容易忽视许多具有理性的哲学家，他们身陷混乱的时代，却拒绝为时代愚行和暴行辩护。这个时代有两个思想家最为著名，他们不仅才华横溢，更是哲学家可以且应该具有的理想形象的最佳典范，堪比苏格拉底。
类似于伊拉斯谟，托马斯·莫尔爵士是极其虔诚又极为独立的思想家。众所周知，他把个人信仰和正直视为高于世俗忠诚和自我利益。他成长于成功的商业家族，他自己也做生意，还有过令人羡慕的政治生涯。正如伊拉斯谟，莫尔既是虔诚的天主教徒，也是人文主义者，而且，他对于教会之名遭到随意滥用感到震惊。但是在英国，他遭遇了完全不同于撕裂欧洲大陆的问题。无论人们如何设想路德及其宗教改革，都不会怀疑他抨击教会的理由是出于宗教的和精神的。然而，亨利八世意欲断绝与教会的关系，却完全不是出于宗教和精神理由。亨利八世只是想与他的妻子凯瑟琳离婚，然后迎娶安妮·博林（Anne Boleyn），但是莫尔，这个长期以来为亨利八世提供明智建议的人，拒不接受国王的计划。尽管遭受亨利的威胁和短暂入狱（莫尔自称很享受），但他仍拒不屈服，最后，亨利八世处死了他。伊拉斯谟曾在伦敦期间与莫尔待过一段时间（并在那里撰写了他的《愚人颂》），他称莫尔是“公正的人”，我们这个世纪讲述莫尔生平的某部著名戏剧也以此命名，后来的同名电影还获得过奥斯卡最佳电影。1935 年，莫尔被封为圣徒。
从哲学上来看，反宗教改革导致经院哲学得以延续，不过，如今它表现激进，处于斗争的前沿。自智术师以来，这个时期的论辩和论证在哲学中比任何时代都更具有核心地位，但同时也更处于危机关头。在接下来的六代人中，天主教徒与新教徒之间的战争撕裂了欧洲，现代哲学作为极具侵略性、对抗性的学科出现，或许可以追溯到那段苦难岁月。
莫尔的经典著作是《乌托邦》（Utopia，1515），它就像柏拉图的《理想国》，提供了理想社会的详细蓝图。莫尔杜撰了 utopia 这个词，乌托邦有双重含义，一是“不存在的地方”（u-topia），一是“好地方”（eu-topia）。值得注意的是，莫尔心中的乌托邦是没有宗教信仰的共产主义社会，完全由理性统治。正如后来的许多社会哲学家，莫尔在理性生活与纯粹的利己主义之间进行了鲜明对照，他认为后者可以追溯到人类原初本性的缺陷。在《乌托邦》的背景下，莫尔还讨论了如今依然可以作为话题的某些问题，比如女权、安乐死、堕胎、结婚和离婚。
在宗教改革之前，教会已经开始了反对异端的激进运动，最著名的是西班牙宗教法庭的审判。仅仅在路德发起反抗几年之后，教会就支持依纳爵·罗耀拉（Ignatius Loyola）创建耶稣会。由于坚持理性在宗教问题上具有不可削弱的权力，“耶稣会士”中出现了好几代训练有素，甚至很强大的哲学思想家。在西班牙，苏亚雷斯（Francisco Suárez，1548—1617）撰写了全面、系统的经院派形而上学纲要，包括对犹太教、伊斯兰教和文艺复兴运动思想家的论述。苏亚雷斯在很大程度上坚持了托马斯·阿奎那的哲学观点，但是他也有自己原创思想。特别是，他继承融合了众多中世纪思想家的思想，他们强调意志在律法基础中的作用。尽管苏亚雷斯赞同阿奎那，认为自然法与理性命令不矛盾，但他强调上帝权威在所有问题上的重要性。人类理性处于自己该有的位置之上。
莫尔与伊拉斯谟共同努力统一基督教，并开启了基督教学者吸收希腊经典的智慧之门。但是，更普遍也更为重要的是，他们共同赋予了宗教争端以人情味，这些宗教争端在现代世界常常充满暴力。在接下来的两个世纪中，宗教在欧洲人的生活中丧失了它的支配性的地位。在向现代较为世俗的人文主义转变过程中，伊拉斯谟和莫尔是最为激动人心的范例。
由于宗教改革，天主教会受到抨击和破坏。从此以后，影响力和重要性越来越小。教皇和他的主教们并不是吓坏了的旁观者，眼睁睁看着他们的教会四分五裂。相反，他们充满了复仇之心，积极予以回击。