同样，路德拒斥了天主教圣礼教义的另一个特征，即神父在忏悔中的作用。天主教认为神父是上帝与个人之间具有基本作用的中介。比如，在忏悔中，神父被认为是上帝的使者，能够赦免信徒忏悔的罪行。路德拒斥神父是上帝的使者、能够豁免或阻碍得救的观念。个体灵魂的地位在人与上帝之间，神父与此无关。因此，除了受洗和圣餐，他拒斥其他任何圣礼，尽管他有时似乎也关心忏悔的作用。
路德坚持认为信仰是得救唯一需要的东西，这也等于否定了天主教的圣礼教义。圣礼即神父或主教主持的仪式，他们认为自己有权力把恩典赋予领受人。天主教教义不仅认为圣礼是领受恩典的有效手段；而且它也主张，圣礼是得救的基本要素。路德否定了天主教教义的这两个特征。他否认个人只要借助仪式就能自动地得到恩典；他坚持认为，领受者要有正确的内在品性来接受恩典。在这里，奥古斯丁对“内在”的强调，再次走到了宗教哲学的前台。尽管路德认可圣礼在表达和加强信仰上的价值，但他仍然否定它们对于得救的必要性。唯有信仰才是得救所必需的。
根据路德的观点，那些有信仰的人尽管有罪，但受到福佑，确保他们与上帝有正确的关系，并且确信上帝会拯救他们。根据天主教的教义，以为自己会得救是冒失之罪；但路德认为，有信仰的人能够且应该相信上帝的仁慈。不过，他并不认为基督徒应该自以为是、得意洋洋，相反，基督徒应该始终保持谦卑和悔改的姿态。路德也认为，唯有上帝能够充分掌握个人的动机。因此，基督徒不能相信自己的德性。相反，他应如履薄冰地维持与上帝的良好关系。这意味着少关注外在仪式，少依赖于神父和教会，少强调圣礼，少关注外部事物。与罗马天主教华丽的教堂和圣仪相比，路德号召精简礼拜仪式。
路德也反对经院哲学，反对在宗教问题上对理性论证的强调。他不是亚里士多德的拥护者，尤其怀疑托马斯·阿奎那的理性主义。他论证道，在人类的堕落状态中，人的所有能力都已然败坏，包括理性。路德认为，理性常常是傲慢的，它试图向自身说明信仰的真理，而后者在理性的洞察能力之外。信仰的理性辩护不是真正的宗教。真正的信仰要求体验，而非证明。此外，每个人都可以获得这种体验。
路德强调得救的普遍可获得性，主张教士应该摆脱天主教中已经僵化的教会等级制度。他既否认这种等级制度的必要性，又否认其权威性。教皇和大公会议也会在宗教问题上犯错，个人无需教士也能理解上帝的言辞。根据路德的说法，每个帮助他人的基督徒都与上帝和谐一致，扮演使徒继承人的角色，在宗教问题上，最终的权威是经文，而非教士。因此，基督教共同体，而非作为机构的教会，才有助于培养个人与上帝的关系。
路德声称唯有信仰是得救的正当理由，这个主张不只驳斥了售卖赎罪券的做法。他还驳斥了整个神秘主义传统（这在基督教和伊斯兰教中都有），即精神实践会使个体与上帝合一。路德认为，上帝与人类之间的鸿沟是绝对的。对于人类而言，与上帝合一是不适当的目标。人只能做到与上帝沟通。但是，这种关系也由上帝主宰，无法通过人的主动获得。
路德拒斥神父、修道院的“宗教生活”是比平信徒的“宗教生活”“更高级”的宗教生活形式。他也否认婚姻干扰宗教的天主教观点。他谴责天主教要求教士独身的主张；他自己就结婚了（妻子以前是修女）。他维护所有基督徒的“各种希望”，极力主张基督徒尊重上帝号召个人选择的生活方式。
尽管路德认为善功对于得救而言既无必要，也不足以确保得救，但他仍希望基督徒去行善。道德行为和善行必然会随信仰而来。道德行为虽然不能保证人与上帝的关系，但是，融合在信仰中的与上帝之间的关系却能保证个人行为道德。路德相信，上帝直接通过信仰影响人的灵魂，为人提供力量克服罪恶，使人过有德的生活。基督徒有爱他人、服务他人的义务。这种义务的完成，并不是得救的条件，但却是个人得救的标志。路德主张，通过爱他人，基督徒展示了对上帝的爱。《新约》中提到的“爱邻人”特别重要，因为邻人是上帝在现世的代表。在有信仰的人那里，爱邻人和服务邻人自发“从内心”流露出来，而不是出于得救的外在欲望。
与路德不同，法国的宗教改革家加尔文（John Calvin，1509—1564）强调制度化教会和神学体系的重要性。加尔文宗在 1530 年前后成为重要的宗教改革力量。那时，由于宗教改革与天主教的分裂，导致新教义不断涌现，而且随着对“内在”的重新强调，出现了某种野蛮的个人主义。作为对这种宗教无序和哲学无序的回应，加尔文认为有必要建立新教机构，以便为区分宗教真理与异端提供清晰明确的基础。加尔文的巨著《基督教要义》（The Institutes of the Christian Religion）大篇幅关注基督教会的组织结构，他认为教会是上帝认可的拯救途径。
路德对得救的说明，正如他对赎罪券的抨击，人类行动的作用以及谋取得救的努力在他那里有过明确的提示：人的事功和“善功”在得救上没有作用。路德否定了中世纪人的德性与上帝的救赎有关的中世纪观点。人无法“挣得”救赎。根据路德的说法，人应只专注于信仰。“信仰就是有益的”和“信仰就是幸福”，是路德思想最基本的准则。
在强调人类的罪性上，加尔文甚至比路德走得更远。他认为，人类因原罪而败坏，甚至新生的婴儿也足以下地狱。实际上，加尔文认为，除了用以表明上帝的恩典，人类完全也不重要。根据加尔文的说法，上帝是全能的，他以绝对的必然性统治世界。
路德描述的肉体与精神之间的战争，在绝望中达到顶峰。路德主张，上帝的律法与其说是指引，不如说是击碎罪人骄傲的“铁锤”或“铁砧”，愈益巩固了绝望。然而，绝望只是手段。当罪人在绝望中崩溃，上帝就能在那罪人的内心产生救赎。恩典在绝望之际到来，“它是比否定更深的深渊，但在它之上，有着深刻的神秘肯定。”因此，尽管有上帝之怒，上帝之爱仍会出现并且占据主导地位，他自由地选择宽恕人类，给予人类恩典。只要个人经由上帝的救赎而与上帝和解，他就获得了上帝的恩典。
加尔文对上帝意志之核心性的信念，提示了他对得救的理解，以及他自己对恶的问题的回答。根据加尔文的观点，即使罪人抵抗上帝的意志，他们也无法脱离上帝的意志行动。因此，在某种意义上，上帝想要他们的罪性。加尔文用他的前定学说阐明了上帝与罪的这种悖论关系。为了说明为何是这些人而不是其他人能够听到上帝的声音，加尔文论证道，上帝早就拣选和预定了哪些人会得救，哪些人将受到永罚。但是，甚至会得救的较少部分人，作为罪人，也不值得拯救。上帝只不过选择了宽恕他们。他的宽恕是给予拣选者的礼物，而这些拣选者早已被永恒地计划好了。
中世纪将上帝视为最高存在，强调他作为绝对实体的永恒地位。许多经院哲学家强调上帝的神圣理智，以及对自然世界的理性设计。与之相比，路德（类似于中世纪思想家邓斯·司各脱和奥卡姆的威廉）强调上帝的意志。在路德看来，上帝本质上是意志的存在。因此，路德引用《旧约》强调上帝之怒。根据路德的说法，人也是意志的存在，个人是单一的意志统一体。尽管如此，人具有两面性：有形的“肉体” 和“精神”，前者是我们在自然中会朽坏，后者按照上帝的形象创造，超越了自然。我们体验到自己的超越性，但是，我们作为有形的肉体，也想表达自己的意志，反抗上帝的意志。路德认为罪就是对我们自己有限性的否定，对自爱的误入歧途的表达，对上帝意志的违逆。罪是败坏了的自我崇拜。
加尔文认为，所有人的真正天职就是认识上帝。他比路德更同情经院哲学家的理性论证和方法，他的前定学说本身就是对上帝权威进行推理的结果。但是，加尔文认为经院哲学家对上帝本性的推理方式是不恰当的。上帝的本性离我们很远，远远超出了我们的理解能力。我们能够且应该关心的是上帝与我们的关系，而且这种关系在《圣经》中很明显。因此，上帝的知识源于对经文的认识和遵从。在所有宗教问题上，《圣经》仍然是权威的唯一基础。加尔文拒斥微妙的寓意解释，坚持采用上帝之言的表面意思。
路德依据奥古斯丁的哲学，强调人类的罪性。如果让人类自行发展，处于堕落状态的人类不会选择善。根据路德的说法，人类天生被肉体的欲望与精神的渴望撕扯。此外，作为有罪之人，他们完全应该受到上帝惩罚。上帝会公正地惩罚他们。与中世纪的天主教神学相比，路德甚至更强调罪的严肃性和上帝惩罚的主权。根据路德的说法，基督具有人形就是为了把人类的罪担在自己身上，基督之死就是为人类赎罪。
尽管《圣经》是上帝拯救拣选者的关键手段，但是加尔文也强调教会作为上帝恩典的工具的重要性。路德否定基督教共同体严格要求教会作为其可见的形体，尽管他看到了某些组织作为传播福音的手段的价值。相反，加尔文认为教会是基督的可见身体（这是天主教徒也认可的观点，只是他们心中有不同的教会）。再次，机构与象征之间的关系成了宗教内部的关键哲学问题。
教会向具体的个人保证，有时通过某些特定的祈祷或仪式，但更经常的做法是给神父金钱，才能得到免除罪恶的赎罪券。根据教会的说法，赎罪券可以使人更快进入天堂，它们取消了人的罪恶。（甚至对于较为善良的个人，可供选择的还有死后在炼狱中待段时间，为自己的罪恶受罚，与地狱不同，炼狱的情境有限，但也很难说是舒适之地。）赎罪券还可以用来取消已故亲人的罪恶。最终，发放赎罪券的做法沦落为敲诈，令教士变得富有，从而更激发教士的贪婪和野心。人们担心自己和所爱之人是否得到救赎，这种担心实际上成了资金的可观来源。路德认为这种做法是腐败，从教义上来看也是荒谬的。赎罪观念假定，人的行动（无论是默诵特定的祷辞还是进行施舍）对自己是否得到救赎有影响。在路德看来，这种观念无异于宣称，人可以贿赂上帝或购买救赎。
在许多方面，加尔文用天主教神学熟悉的术语描述教会的功能。然而，他认为拣选是教会成员的关键基础。因此，无论教士在促进灵修上可能扮演什么样的角色，他们都无法确定自己辅助的那些人是否是教会的真正成员，因为他们无法确定谁是拣选者、谁不是拣选者。实际上，个人自身也不清楚自己是否是拣选者。
路德最直接的哲学关切就是西方传统的永恒问题，即罪与救赎的问题。自圣保罗以来，基督教最引人注目的特征就是救赎。然而，个人不清楚如何确定自己是否得到救赎。路德确信，天主教会已经腐败不堪，它如今甚至通过售卖赎罪券来操控信徒的疑虑和恐惧。路德的九十五条论纲，具体针对的就是这种做法。
加尔文并不认为这里存在问题。如同路德，他也相信，被选定的基督徒应该要有确信。如果人觉得自己与基督有交情，体验到对信仰的内在召唤，他就能确信自己是拣选者。加尔文追随奥古斯丁，认为人不应专注于判断他人，而应关注自己的精神信仰与安宁。尽管如此，人仍然必须承认难以认定自己是否被拣选，因此人们必然倾向于相互比较。
宗教改革始于马丁·路德（Martin Luther，1483—1546，奥古斯丁派的修士），他于 1517 年 10 月 31 日把“九十五条论纲”张贴在威登堡教堂的大门之上。这个举动在路德与教会当局之间导致了一系列不断加剧的冲突。教会命令他放弃被视为异端的观点，而他却再三拒绝放弃。最后，他被革除教籍，而他在被逐出罗马天主教会之后，马上就在自己所辩护的原则基础上建立了新的基督教会。
马克斯·韦伯认为，拣选论导致了“新教伦理”的发展。从加尔文的观点来看，个人可以被拯救的唯一外在证据是他的行为。因此，尽管新教不强调人的事功和善功，但许多新教徒几近迷恋工作，因为工作如今被视为得到福佑的标志。根据韦伯的说法，现代资本主义就是这些劳作的结果。
促使东西方基督教教会之间分裂的因素，可能更多的是政治与文化张力，而非哲学歧见。但是，后来的宗教改革这种更具创伤性的基督教内部分裂，情形并非如此。宗教改革的重要性在很大程度上取决于观察者的视角。某些人仍然把它视为不幸的家庭纷争、宗教统一体的不必要的分裂，以及失去控制的误解或抗议。另外某些人则把它视为庞大、集权、贪婪和傲慢的机构的不可避免的自我毁灭。绝大多数新教徒认为宗教改革是在基督教内部致力于道德改革的运动。它反映了同时期其他重要的哲学运动和社会运动，尤其是人文主义（它拒斥中世纪世界观中极端的超自然主义）和民族主义（它在文化和历史范围内规定和巩固大宗教团体所扮演的角色）。
加尔文坚持认为较为地方性的基督教共同体应服从更大的教会。尽管如此，基督教仍继续在分裂。在英国，亨利八世与罗马教会断绝关系，宣称自己是英国教会的领袖，表明自己在宗教事务上具有民族（和个人）主权。英国的进一步分裂则是由清教徒造成的，他们要求在基督教内部进行道德改革，认为英国的教会仍然太像天主教，同样有太多的道德败坏。其他教派则不赞同新发展的新教教会。重浸派、教友派和门诺派教徒形成其他某些教派，他们重新强调宗教体验的个人性。重浸派教徒也拒斥婴儿洗礼的做法（天主教徒、路德派和加尔文派），认为这种仪式经文上没有，也没有人情味。其他某些团体则拒斥信奉国教，强调地方教会的宗教自由。“五旬节派”和其他“灵修”团体组织的礼拜，认为圣灵的内在之光可以在个体灵魂内起作用。