在哲学中，情形常常是，强调意志之重要性的理论（“唯意志论”）过分夸大意志与理性之间的距离，从而倾向于非理性主义。然而，司各脱尽管把意志与理性区分开来，但也把它与欲望进行了区分。我们的行动并不完全由我们的理性决定，但也不是完全由我们的欲望所决定。这个看法有时被称作司各脱的“反理性主义”，但是，它不应被当作对理性的抨击。同样，司各脱强调与上帝的理性相对的上帝意志，应该被理解为是对托马斯如下的亚里士多德式论点的拒斥，即上帝通过纯粹的思想创造世界。司各脱强调上帝的爱，而不是知识。司各脱质疑知识的首要性，就此而言，他似乎是经院哲学中日益滋长的怀疑主义运动的部分。不过，他自己不是怀疑主义者。事实上，他在宗教问题上经常抨击怀疑主义。
但是，在信仰与理性之间的永恒争论中，司各脱并不是完全忠于“理性”。他从自己复杂的思考中得出的最富戏剧性的结论，就是有必要重新强调信仰。实际上，他显然强调，人类最重要的特征不是智慧，而是爱。正如他之前的奥古斯丁（以及之后的笛卡尔），司各脱沉迷于心灵、激情和自我的研究。因此，司各脱对意志的本性，尤其是上帝的意志，特别感兴趣。
司各脱常常被视为实在论者，他相信人类心灵能够通过殊相理解真正的本质、共相（在我们已经论述过的意义上，他与阿伯拉尔的唯名论形成对照）。事实上，他在哲学史中的地位极为微妙。然而，奥卡姆的威廉更接近唯名论。他是反实在论者，不认可共相的存在，而且，他类似于阿伯拉尔，拒绝从语言中语词的多样性推断出陌生对象（比如本质和共相）的多样性。他说，“如无必要，勿增实体。”特别是，没有必须接受殊相所共有但与它们不同的共相的存在。因为，只存在殊相，即个别事物。（这场争论的“经院”性质并没有抑制其拥护者的热情。罗素（Bertrand Russell）曾用揶揄的口吻问到，“每个人都是唯名论者，即使实在论是真的又怎样呢，或者反之亦然，这个世界还会有什么差别吗？”当然，这些争论在中世纪基督教思想家中产生了极大兴趣，我们可以根据这些争论的宗教意涵来理解它们。尽管如此，罗素这位无神论者也参与了进来。
除了古代的一与多问题，较为现代的同一与差异问题在司各脱迂回曲折的道路上有了首次重要的露面。正如他的波斯同行，他利用本质与存在之间的差异，对上帝与人的心灵之间的关系提出了系统说明。根据司各脱的说法，接受唯一的真理即上帝的存在是不够的。理性需要关于真理等级的知识，它始于第一原则及其后果。
奥卡姆是相当激进的经验主义者，他显然预示了后来英国的经验主义，后者在很大程度上受惠于他。奥卡姆大规模改造了托马斯的哲学，他有时也被称为首位“现代人”（当然他自己并没有这样宣称）。他抛弃了神学，以及亚里士多德的“目的因”概念。他还以其经济原则闻名，即著名的奥卡姆剃刀。他主张，如果可以有简洁的解释，就不应去追求更复杂的解释。对于奥卡姆而言，少胜于多。
司各脱精深的形而上学分析和语言分析细节，不是我们这本书的讨论范围。事实上，正是由于司各脱，“经院哲学”这个术语才被用来指称迷宫般的精妙学术，成了现代早期学者的笑柄，因为他们对这类逻辑细节没有耐心。但是，简而言之，司各脱牵涉的争论，与自柏拉图以来（包括柏拉图之前）都在进行的争论类似，追问属、种、形式和“共相”离开具体个别事物是否存在。司各脱拒斥阿奎那的如下观念：具体事物的个体同一性仅仅依赖它的“质料”，尽管它与其他无限多的同类事物共有形式。根据司各脱的说法，事物的个体同一性也是形式的组成部分。司各脱区分了他所谓的事物的“共同本性”（它的“本质”或“什么”）与事物的“个体差异”。
类似于司各脱，奥卡姆也关注意志的本性，尤其是上帝的意志。此外，他也强调上帝的意志而不是上帝的理性，他坚持认为，无论多么不可思议的事情（只要逻辑上不矛盾），上帝都能做到。因此，他申论道，哪怕自然法已经设定，上帝的权力也是绝对的，因为上帝可以让世界成为其他样子。因此，自然法是偶然的（就事物实际所是的样子而言），但上帝的意志过去和现在都是完全自由的。对于人类道德而言，这个极为抽象的概念有重要意涵，因为道德正是基于自然法。自然（包括我们的本性）可以完全不同；因此，自然并不是我们道德义务的终极基础。神法，而不是人的自然（像在亚里士多德那里那样），构成我们的绝对义务。
邓斯·司各脱（Duns Scotus，1266？—1308）和奥卡姆的威廉（William of Ockham，1285—1349？）都是英国方济会的修士（分别是苏格兰和英格兰），他们是晚期经院哲学的核心人物，而且两人都与道明会的托马斯·阿奎那有分歧。不过，他们与阿奎那相同，也试图把基督教与亚里士多德相互融合。在这两人中，司各脱较为保守，他延续了上帝存在“证明”的传统，以安瑟尔谟的方式从无限完美的上帝观念出发推出上帝存在。不过，在司各脱看来极为重要的是，这个著名的论证并没有被构想为纯粹的语言问题或定义问题。司各脱与阿奎那背道而驰，拒斥自然理性与神的知识之间的顺畅联系。在早期经院学者中，司各脱强调论证，认为论证是信仰的根本基础。
奥卡姆的剃刀最终剃掉了许多哲学胡须。但是，接下来经院哲学走向衰落，奥卡姆的原则难以为继，尽管它在现代科学中又变得很重要。
14 世纪出现了大量的正义，或许，社会瓦解的早期标志在随后的世纪里变得日益明显。然而，最好抓住了晚期经院哲学之命运的，或许是它对语言和逻辑的特别强调，以及对阿奎自信地加以总结的自然理性之确定性的日益怀疑。这些论证常常很费解，文本的可靠性也常常非常成问题，有大量对逻辑的艰难探索，以及对前辈和对手的论证几近迷恋的关注。然而，晚期经院哲学清楚显现的是宗教思想的令人困惑的复杂性，奥古斯丁和阿奎那已经呈现的理性与信仰的合作，又遭遇了新的令人不安的障碍。因此，人们有时说，哲学与宗教长期以来的联姻在这个时期开始破碎，当然，人们最好还是把这种破碎视为缓慢的分离，而不是突然的断裂。