托马斯·阿奎那（Thomas Aquinas，1225—1274）是经院哲学的集大成者。他是道明会的牧师，被天主教会视为教会中最重要的博士之一。他最为重要、最具影响的哲学著作是卷帙浩繁的《驳异大全》（Summa Contra Gentiles）和他（未完成）的《神学大全》（Summa Theologica）。《神学大全》是为教士新人撰写的关于神学的系统陈述，但是它也是对天主教哲学的明确概括。《驳异大全》针对的目标是他在某些阿拉伯哲学家那里看到的自然主义倾向。不过，在某种意义上，他的著作承认了自然主义者的某些前提。托马斯的目标是要表明，基督教信仰基于理性，以及律法就其本性而言是理性的。
阿伯拉尔将他对语词与实体的严格区分应用于对经文的解释。他认为，宗教权威之间的明显冲突，可以通过看看他们是否以不同的方式使用同样的语词加以解决。阿伯拉尔是首位在现代意义上使用“神学”这个词的人，它指的是对宗教神秘的理性探究。（在阿伯拉尔之前，“神学”指的是接近宗教的独一无二的神秘方式。）理性和启示之争已经延续千年，阿伯拉尔为理性用于启示辩护，认为信仰若得不到理性的辩护就只是意见。由于他相信理性提供了对于宗教真理的洞见，他坚持认为古希腊人在促进基督教教义方面取得了令人钦佩的成就，甚至在某种程度上窥见了三位一体的性质。
托马斯是大阿尔伯特的学生，后者试图让他的同时代人了解希腊人、阿拉伯人和犹太人的思想。托马斯延续了这方面的努力。他是集大成者，吸收了许多思想家的著作，包括迈蒙尼德和伊本·西那。他孜孜以求地表明，理性和哲学探究与基督教的信仰并不矛盾。他主张，理性与启示各自都有自己的领域。理性是获得关于自然世界真理的适当工具。启示关切的是超自然世界，而自然世界不是实在的全部。而且，自然世界的真正位置只有参照超自然世界才能为人所认识。
阿伯拉尔进而主张，某个事物之所以是其所是，乃是因为它的所有属性。正如亚里士多德主张的，事物的属性无法分为本质属性和偶然属性，因而对于事物而言，没有哪个具体的属性比其他属性更本质。阿伯拉尔承认，事物之间的相似性可能特别有用，但这样的相似性并不是因为它们共同分有形式或普遍范畴的结果。语词诱骗我们用共相思考，但共相并不是真实的。它们只是我们在使用语言时假定的结构。
托马斯特别受到亚里士多德的影响，类似于许多同时代人，认为亚里士多德的重要性理所当然，以至于他在提及亚里士多德时只是简单地称之为“哲学家”。尽管亚里士多德的逻辑学著作的拉丁文译本已经早已出现，但是，某些神学家和教宗权威仍反对新近出现的亚里士多德的形而上学著作和自然哲学著作的译本。特别是，他们反对亚里士多德的如下观点：世界是永恒的，它独立于上帝而持续存在。更主要的是，他们认为亚里士多德的自然主义观点不适当，因为他笔下的“神”被设想为某种抽象的自然现象（第一推动者），而不是具有人格的、精神的存在。亚里士多德与柏拉图的不同也被认为是神学上的差异，因为中世纪的基督徒长期以来认为，柏拉图以许多不同的方式“预示”了基督教的观念。
有些逻辑学家被称为实在论者，他们认为存在上述的特殊实体。另外某些逻辑学家被称作概念论者，他们认为共相只存在于心灵之中。与之相比，阿伯拉尔所持的是激进的观点，认为除了殊相，什么也不存在。他否认共相的存在，拒斥实在论者的观点，后者认为，事物具有使这些事物是其所是的本质。他认为，并没有柏拉图式的猫的形式或本质，只有许许多多具体的猫。没有红这种颜色，只有数不清的红色事物。没有柏拉图式的三角形形式，只有各种不同的三角形。
理性与启示之间的区分，使托马斯可以明确亚里士多德哲学在基督教世界观中的独特位置。亚里士多德的哲学只关注理性和自然世界。托马斯相信，在这个领域中，亚里士多德的哲学充分地阐明了真理。托马斯对亚里士多德哲学的认可，最大影响就是，他使在基督教思想内部较为尊重自然世界以及关于自然世界的人类知识开辟了空间。这与早期基督教思想中较多的柏拉图影子形成了鲜明对照，后者把自然世界与真实、神圣的形式世界加以比较，强调自然世界的非实在性。
然而，作为哲学家，阿伯拉尔的主要兴趣是逻辑学，或者更确切地说，是我们今天所谓的语言哲学。类似于今天的许多哲学家，他相信神学和哲学的绝大多数混乱是语言混乱、语词意思含混的结果。他的哲学声誉在于他的唯名论。他首先认为，语词只是名称，即能指。语词指明事物或“表示”事物（所意指的事物是它们的“所指”）。但是，什么样的语词才是名称呢？——因为事实上并不是所有的语词都指示实体。特别是，阿伯拉尔注意到了争议颇多的“共相问题”，这个问题可以回溯到柏拉图和亚里士多德，涉及种（即没有固定范围的个体群组或类型——比如“猫”）、属（它是普遍的，因为许多不同的物体都可以拥有同样的属性——比如，红色）以及形式（比如“三角形”）的语词。这些语词是否事实上指称真实的实体，即猫之为猫、红这种颜色以及完美三角形（柏拉图的三角形形式）的本质。
托马斯不仅把自然世界呈现为真实可知的；而且，他还认为自然世界是上帝法则的反映。上帝赋予他的造物以特定的本性，而创造也包括各种不同本性的事物在特定秩序下的相互关系。因此，人们通过理性认识到日常经验世界的可知结构，进而获得关于上帝之心灵的洞见。在科学仍完全处于守势之际，托马斯的论述是对科学研究的极大促进。
不过，在历史上，阿伯拉尔之所以广为人知，可能还是因为他与他学生爱洛伊斯（Héloise）的爱情。这位久负盛名的学者在成为少女爱洛伊斯的家庭教师后不久，两人陷入了爱河。爱洛伊斯试图说服阿伯拉尔，为了他教授神学的辉煌生涯，他们不应结婚。然而，他们终究秘密举行了婚礼，可惜，爱洛伊斯的舅舅和监护人发现了他们的私情，据说他以为爱洛伊斯报仇的名义派人追杀阿伯拉尔。他们逮住阿伯拉尔后阉割了他。阿伯拉尔后来劝说自己的妻子进入修道院，那时他自己已经成为了修士。他们之间的通信，可以说是爱情史上最动人的情书之一。
托马斯认为上帝的法则贯穿于自然世界，由此宣称整个形而上学（关注全部存在）直接指向上帝的知识。托马斯相信，理性只要沉思自然世界就会导向这个方向。托马斯基于理性对偶然存在者的分析，提供了自己关于上帝存在的著名证明（易言之，存在者要么依赖不同于自身的某物而存在，要么依靠自身而存在）。总的来说，他的论证是宇宙论证明，从事实存在推出最终解释。比如，偶然存在者的运动因果性依赖于其他推动它的事物。类似于亚里士多德，托马斯认为无限倒退是不可理解的，因此他相信，这个认识会使人们去寻求第一推动者。根据托马斯的说法，这个人们认为必须存在的第一推动者，就是上帝。在他关于上帝存在的五个证明中，托马斯都有类似的步骤，认为自然世界中偶然存在的事物依赖于超越了它们的某个事物，这个事物就是上帝。
阿伯拉尔（Peter Abelard，1079—1144?）是经院哲学时期杰出的逻辑学家。他是辩证法大师，才华横溢且不太谦逊，他把逻辑学非正统地应用于神学，由此遭致教会两次谴责。他坚决认为，希腊人在他们的形而上学中已经很接近基督教了，而且，类似于他的某些基督教前辈，阿伯拉尔认为，罪更多是关于恶的意图问题，而不是碰巧与上帝的律法相冲突的恶的行动问题。由于他特别强调意图，阿伯拉尔认为伦理学的核心是选择和自由意志，而不是合法性原则。
由于理性引导人类的心灵朝向超自然之物，因此，理性与启示在托马斯的体系中就不是截然对立的。实际上，他相信，我们可以通过精神实在在物质世界中的显现来认识它们。尽管如此，他仍强调理性作为洞察神圣领域的模式的局限性。思考是意象性的，心灵产生的意象源自对世界的感官经验。因此，在我们试图设想上帝之际，我们若根据的是完全不适当的时间意象和空间意象，我们就搞错了。哲学可以有助于神学，但我们再次要注意，哲学主要是帮助我们去理解上帝不是什么，而不是去理解上帝是什么。人类要充分感受到超自然的、天国的上帝，启示必不可少。恩典帮助个体的意志指向这个目标，而对于这个目标，理智只有模糊的意识。
在他的本体论证明中，安瑟尔谟表明，上帝的定义本身就包含了他的存在。根据安瑟尔谟的说法，上帝是“可设想的无与伦比的伟大之物”。甚至那些并不相信上帝的人，也明白“上帝”一词所指的意思。上帝就其定义而言，是可设想的最完美的存在。我们从这个概念可以得出，上帝必定存在。如果上帝只是可能性，只是没有指示物的美好观念，上帝就不是可设想的最完美的存在。因为，人们还可以设想某种更加完美的存在，即不仅观念上极为完美，而且还现实地存在的东西。因此，只要个人接受了上帝是可设想的最完美的存在这个概念，就在逻辑上承认了上帝的存在。
就科学和日常理性而言，托马斯是经验主义者，在这个意义上，他认为人类主要是通过感官知觉来认识自然世界的。①托马斯否认观念是天生的观点，不过，他同时也否定感官知觉具有心灵的被动性。他与奥古斯丁和伊本·西那的主要差别涉及如下观点：他们认为，心灵不过是神圣的光照从外部提供的观念和形式的被动接受者。②而托马斯主张，人类心灵本身就是主动的。上帝并没有给心灵提供外部的光照。相反，上帝赋予了心灵内在的活动原则和本性。在这个方面，心灵类似于其余的造物。上帝赋予他所创造的每类事物以本性，即它自己的自然力量。因此，根据上帝所赋予的原则，心灵并不是被动的，而是主动的。
因此，安瑟尔谟倾注了大量的情感和理智去处理这个主题。作为经院学者，安瑟尔谟在他的探究中利用了辩证法以及各种辩论。他确信，至少有些由启示所断言的真理也可以通过严格的逻辑论证加以证明。理性也可以确立那些真理的合理性甚至必然性。安瑟尔谟最著名的论证是（后来康德所说的）上帝存在的本体论证明。“本体论”证明指的是表明某物的概念本身必然包含了它的存在。（我们前面已经提到，伊本·西那也运用了这类证明。）尽管传统上人们认为安瑟尔谟的证明是为上帝存在辩护的“方式”，但是，安瑟尔谟完全没有想把他的证明当作说服非信徒的手段。他只是坚持主张，这个证明可以让那些已经信仰的人更清楚上帝的本性。
主动的本性这个观念激发了托马斯哲学中很多观念。比如，依靠人类心灵的本性，人类知识是可能的，它主动分析感官提供的意象，探寻确定它们的本性或本质。因此，人类的道德既不是简单的自由问题，也不是自然决定论的问题。相反，它依赖于上帝赋予人类的特殊本性。道德主要依赖的不是起伏多变的人类算计、情感和欲望，而是自然法，它早已注入我们并且可以通过理性发现的道德原则。
早期经院哲学最值得注意的人物是安瑟尔谟（Anselme，1033—1109）。安瑟尔谟承认奥古斯丁是他思想的来源，但他并不认可奥古斯丁对柏拉图的形式或新柏拉图主义的流溢的热情。安瑟尔谟的的哲学事业就是探究信仰的神秘。他绝对相信基督教教义关于上帝、三位一体、道成肉身、复活和自由意志的真理。尽管如此，他仍利用理性对它们进行更充分的认识。他的格言是“信仰寻求理解”。他同时也确信，个人除非接受信仰的神秘，否则就无法理解。他的最著名的原理是“信仰，才能理解”（Credo ut intelligam）。
① 不过，托马斯的经验主义不像后来休谟的经验主义那么激进。休谟怀疑因果关系，宣称我们的经验无法保证一个事件导致另一个事件的发生。在休谟看来，我们经验到的只是连续性，而不是原因。与之相比，托马斯则认为因果概念有其基础，主张心灵通过其经验感受认识到这个概念。
不过，让我们回到中世纪，这个时期被认为是基督教思想的时代。恰如“逍遥派”常常被用来指称中世纪的伊斯兰教哲学传统，经院哲学通常是用来指称大约在 1050 至 1350 年之间的西方基督教所践行的中世纪思想。较为特殊的是，它指的是盛行于这个时期的西方“学派”中的哲学思辨方法，这个方法的基础是亚里士多德的逻辑学，它在探究的过程中利用了辩证法。经院派著作的这种典型样式，体现在这个时期的绝大多数哲学著作之中，它包括了系列问题，在任何情形下都包含论证和结论。除了共享这种基本方法，经院派学者还共享以下承诺：以天主教信仰为基本前提，相信人类理性可以用来扩展由启示得到的真理。他们的理性观受到了奥古斯丁以下信念的影响：经文所揭示，上帝赋予了人类理性能力，使得人们能够认识真理。
② 托马斯的哲学虽然在天主教神学中成了主流，但他的某些观点仍充满争议。关于奥古斯丁主义者对托马斯哲学的接受的论述，见 Paul Vignaux, Philosophy in the Middle Ages: An Introduction, trans. E. C. Hall (New York: Meridian Books, 1959), p. 130ff.