由于语言、世界观的不同，东方教会与西方教会成了极为不同的两个机构。作为各自基督教文化之核心的两个城市，也因此变得日益不同。君士坦丁堡成了世界上最富有、最文明的城市，而罗马却因战争和入侵被毁坏。
罗马沦陷之后，唯一正式的教育是教会组织的教育，其目的几乎只是为了训练教士。教士也拥有执行西方礼拜仪式的独特权力。外行参与者极少。而且，当时绝大多数外行不再懂得进行西方礼拜仪式所使用的拉丁语。因此，西方教育是由精英教士团体运作，他们同事也参与世俗政治。在教皇的领导下，教会本身也变得日益等级化，教皇被认为是基督教教义方面最高、绝对可靠的权威。
教义和哲学上的分歧不是导致最终分裂的主要原因，不过，它们仍是争夺宗教领袖，确定教义问题的权威而展开的政治斗争的背景。比如，《尼西亚信经》本来是 325 年大公会议确立的对于基督教教义的官方表述。最初的信经声称，圣灵“从圣父而来”，但是西方教会对此作了修正，说圣灵“从圣父和圣子而来”。“和子说”（Filioque）的表述成了东西方教会之间争议的焦点。
相比而言，西方教会的环境极为不同——且富有挑战性。从最初开始，它就面对各种宗教和教派的竞争。结果，法律特别强调对正确信仰的维护。神学思辨既没有得到鼓励，也不被容忍。由于 472 年遭到来自北方敌人的入侵，西罗马帝国瓦解，导致教士承担起了政治角色。当时，教会是唯一幸存下来的机构，教会领袖只好与入侵者谈判，管理当地政府。
西方教会主张，这是对教义的无伤大雅的表述，因为教会神父向来就是这么认为的，只是由于他们预设却没有明确表述罢了。相反，东方教会声称，这个增添打乱了三位一体中三个位格之间的微妙平衡。东方教会明确了唯一上帝的三个位格的意思，认为上帝的所有属性都适用于作为统一体的上帝，但是，具体使三个位格区分开来的特征并不适用。因此，上帝的永恒适用于所有三个位格，因此他们同样是永恒的。根据东方教会的看法，圣灵从圣父而来，这是圣父作为基本因果原理的独特角色的特征之一。然而，如果圣子也具有这个角色，它就不足以把三个位格区分开来。如果这样，西方教会的教义即使不是对上帝统一体或三位一体中三个不同位格的否认，也至少意味着某种混淆。
由此而来的政治紧张关系，最终导致了东西方教会的分裂。这个分裂因深刻的文化差异而加深。基督教在东方和西方的发展极为不同，这些差异随着教会越来越组织化而变得更加明显。在东罗马帝国，平信徒和教士都非常热情地参与神学争论。宗教问题上的意见分歧得到宽容，正统信仰从来不像在西方那样明确或教条化。实际上，在教义问题上，教士并不被认为是唯一权威，甚至教会领袖都被认为会犯错误。在东方教会，信仰还不如参与礼拜仪式重要，因为礼拜仪式整合了许多艺术形式，涉及到整个会众。尽管如此，教义仍得到最高的尊重，形而上学的思辨复杂而精巧。
与之相反，西方教会认为“和子说”是对上帝同一性的确认，而非威胁。有好些西方神学家，包括奥古斯丁，认为圣灵锻造了圣父与圣子的结合。因此，西方教会主张，圣灵的角色确切地表达在所修订的表述中，即“我们相信圣灵……从圣父和圣子而来”。因此，双方在教义上发生争执，各自都主张自己是对上帝统一体的确认，并认为对方的表述较为可疑。
然而，在 330 年，君士坦丁宣布拜占庭（后来称作君士坦丁堡，现在的伊斯坦布尔）为东罗马帝国的首都，从而使教区之间的关系变得更为复杂。他宣布君士坦丁堡为“新罗马”，并把拜占庭的主教提升到宗主教的地位，使其管辖范围扩展到此前由罗马主教和安条克主教管理的区域。后来召开的大公会议甚至赋予了君士坦丁堡的宗主教更高的地位，因此，罗马宗主教、教皇和主教的相对重要性就日益成了富有争议的话题。
在东西方教会的冲突中，权威也是核心问题。西方教会接受大公会议的权威，但它主张这个权威是由教皇授予的。因此，既然《尼西亚信经》因教皇的权威而扩展到大公会议而成了基督教教义的核心表述，教皇也就有权威去修订信经，根本无需得到大公会议的批准。然而，东方教会主张，大公会议是唯一不可置疑的神学权威，既然《尼西亚信经》是由大公会议通过的，那么，除非再次召开大公会议，没人能修改信经。西方教会和教皇都没有权威改变或者增损信经。我们不清楚，这场争论在多大程度上是出于形而上教义的细微差别，这场教义上的争论又在多大程度上只是政治斗争的表现，不过，这场争论的政治后果是显而易见的。
在基督教出现的最初三个世纪中，它在罗马帝国是非法的宗教，其教徒也常常遭到迫害。313 年，皇帝君士坦丁（Constantine）使基督教合法化，之后他自己也成了皈依者。作为回报，教会领袖把君士坦丁提升到与使徒同等的位置，而且有权召集大公会议，解决因基督教教义产生的争端。在君士坦丁批准基督教合法时，教会是在三个教区（罗马、亚历山大里亚和安条克）之下组织起来的，每个教区都由主教管理。罗马教区最具影响，这既是因为罗马是帝国的首都，也是因为彼得和保罗曾在那里布道和殉道。
东方教会也没有像西方教会那样自愿接受奥古斯丁的神学思辨，因为西方教会把奥古斯丁的思想当作资源来支持如下观念：圣灵从圣父和圣子而来。在西方教会那里，奥古斯丁被当作重要的教父。在东方教会那里，尽管奥古斯丁的重要性并未受到质疑，但几乎没有受到他的神学理论的影响。与其他方面相同，这方面的冲突的主要原因，在于双方对彼此的活动缺乏相互理解，双方的重要代言人缺乏交流。
自从圣彼得于公元 1 世纪在耶路撒冷确立著名的大公教派（“普遍”的教派）之后，基督教就试图把自己看作统一的宗教。但是，当基督教在最初几个世纪的传播穿过地中海进入欧洲，它不得不调整自身以适应各类习俗。最初，它是某种祭仪（或多种祭仪），随着时间的流逝，不同基督教文化、不同派别和不同哲学系统之间的差异开始变得越来越明显。在基督教时代的首个千年中，拉丁世界的基督教与希腊世界的基督教之间的差异日益扩大，最终分裂为不同的教会。这次分裂就是著名的 1054 年大分裂。不过，这个日期显得有些武断。因为这个分裂是从 11 世纪到 13 世纪逐渐地发生的，而它的根源可以追溯到更早。
因此，礼拜仪式活动上的差异也导致东西方教会在以下这些方面充满争议：圣餐上使用何种面包、星期六斋戒活动以及已婚人士做神父的合法性。这些细节引发了系列指控，他们极其露骨地呈现在拜占庭教会的宗主教与某位西方枢机主教之间的通信中。结果，罗马教会向这位宗主教和君士坦丁堡的其他高级教士发布了绝罚的官方公告。这样就导致了公众骚乱，东罗马帝国的皇帝只好下令焚烧这份招致众怒的官方公告来平息骚乱。尽管把宗主教逐出教会既不直接涉及罗马教皇的地位，也不会影响君士坦丁堡教会的绝大多数成员的地位，但更加激发了双方的敌意和误解。宗主教散播谣言说，整个东方教会都将被逐出教会，两个教会就这样分道扬镳了。宏伟壮观的基督教统一体形象，就此走向尽头。