高徐两人的第三次冲突发生在徐阶和张居正为嘉靖皇帝密草遗诏，却将阁臣高拱、郭朴排除在外这一事件上。这一点徐阶做得不够光明磊落。因为张居正是他的门生，徐阶不避嫌不说，还将中间派郭朴推到高拱那一边，党争之相已显。高拱自然是不肯受这气，便在内阁会议上公开向徐阶发难。只是因为没有更适合的借口将徐阶扳倒，高拱便苦苦等待机会。
但出人意料的是，胡应嘉上奏弹劾高拱一事最后不了了之。因为嘉靖皇帝确实病得很厉害，已经不省人事了。嘉靖四十五年（公元1566年）十二月，嘉靖去世，裕王上位为隆庆皇帝。他没有追究此事，高拱安然涉险。他和徐阶的第二次冲突也没有大规模爆发出来，但这并不意味着两人的矛盾化解，相反，由于太子上位为天子，高拱势力走强，他和徐阶的爆发终于有了旗鼓相当的现实或者说实力基础。第三次冲突由此呼之欲出。
随后不久，这样的机会终于降临。给事中欧阳一敬上疏弹劾高拱，将其比作奸相蔡京。虽然作为一个比喻，随便什么说都是可以的。但要是没有证据的话，此说就涉嫌诽谤了。欧阳一敬拿不出证据来。高拱请徐阶严查此事，以保一个国务委员的人身清白。徐阶却置若罔闻。高拱见状，打辞职报告求退，终于惊动穆宗调查此事，并且向徐阶施加压力。徐阶却依旧是一副不合作、不反对的态度，由此高拱便在内阁会议上向他公开发难，说：“公在先帝时导之为斋词以求媚。宫车甫晏驾而一旦即扳之。今又结言路而逐其藩国腹心之臣，何也？”意思是给事中欧阳一敬是他的枪手，他徐某人正是幕后主使。但高拱的发难被徐阶巧妙化解。徐阶辩解说：“夫言路口故多，我安能一一而结之，又安能使之攻公。且我能结之，公独不能结之耶？”意思是大家都有关系网，谁也别在这装清白。高拱当然不甘心失败，便使出杀手锏称徐阶的上位是靠写斋词写上去的，不能服众。徐阶则针锋相对，称高拱其实也染指此道：“独不记在礼部时，先帝以密札问我：‘拱有疏，愿得效力于斋事，可许否？’此札今尚在！”说得高拱面红耳赤，无言以对。
高徐两人的第二次冲突则以吏科给事中胡应嘉上奏弹劾高拱一事为标志。胡应嘉主要弹劾高拱两大罪：一是“（高）拱辅政初，即以直庐为隘，移家西安门外，夤夜潜归”，二是“皇上违和，正臣子吁天请代之时，而拱乃为归计，此何心也”。这两大罪说起来都是查有实据的。头一件指高拱虽然年过半百，却膝下无子，为了尽快传宗接代，便革命生产两不误——偷偷将家移至西华门附近，又偷偷在直庐期间跑回家从事造人活动。这个严格算起来既是脱岗，也是欺君。罪状不可谓不重；第二件事更严重。高拱在直庐时听说“皇上违和”，也就是皇帝生病了，他以为不治，竟然立刻收拾东西“夤夜潜归”——连夜逃走，大约是和裕王商量接班大计去了。应该说胡应嘉奏劾高拱此二事，出手阴狠，是致人于死地的做法。但高拱怀疑胡应嘉一个小小的组织部干事，将炮口对准他这个国务委员，背后一定有人指使，而这指使人高拱猜测便是徐阶无疑。因为此事成了胡应嘉未能得多大益，败了将承担严重后果，但徐阶却不同。原因有三：一是，胡应嘉是徐阶的同乡，两人有乡谊；二是，徐阶在直庐问题上受到高拱的冷嘲热讽，应该说有报复动机；三是，胡应嘉的奏疏是由徐阶代递给嘉靖皇帝的，他们都有利益驱动，已然结成利益共同体。所以高拱断定，这是徐阶组织和策划的一次清除行动，以将他高拱驱逐出内阁为目的。
不过这场较量并没有到此结束，因为高拱的杀手锏还有一个，且是重量级的。高拱称徐阶子弟和家人在乡里横行不法，为了增加胜算，高拱又暗地里指使门生齐康上疏弹劾徐阶。徐阶无奈，只得打辞职报告请求归去。两人博弈至此，一切貌似水到渠成，徐阶去位合情合理且合法，但历史的吊诡之处却在于，它常常既在情理之中，又在意料之外。由于徐阶在新帝上位时搞拨乱反正工作深得人心，他的请辞消息一传出，那些受益于他的新老官员便纷纷上疏弹劾高拱罪状，史料记载三个月之内论劾高拱的奏疏竟多达三十余份，“高拱不自安，连疏十二，称病乞休。”而穆宗迫于形势，也只得让他以少傅兼太子太傅、尚书、大学士衔的崇高荣誉回乡养病，并派专人护送。一场闹剧至此暂时落幕。
徐阶在嘉靖四十一年五月斗倒严嵩，成为内阁首辅。此前他一直低调处事，甚至把自己的孙女嫁给严嵩的孙子做小老婆，所谓“徐阶曲意事严嵩”，最终反戈一击昂然上位，造就了一段仕途传奇。对这样一个阅历丰富的总理级高官，又加上上文所述的对高拱多有照顾，照理说，聪明如高拱者没有必要与他为敌。因为内阁成员相当于现在的国务委员，高拱爬到了这个位置，成为徐阶的直属下级，已经十分不易。即便再有野心，假以时日和平过渡为首辅也不是不可能的。因为高比徐小九岁，又圣眷正隆，仕途上再往前走应该问题不大。但正所谓性格决定命运。高拱的性格验证了那句话：不是寻常人，不走寻常路。《明史·高拱传》记载高拱“性迫急，不能容物，又不能藏蓄需忍，有所忤触之立碎。每张目怒视，恶声继之，即左右皆为之辟易”，这就很不尊老爱幼了，不是谦谦君子的形象。性格如此，再加上上面有裕王罩着，高拱那是看谁都不顺眼。而他和徐阶的第一次冲突，发生在直庐期间。当时皇帝久居西苑修道，西苑已然成为第二办公场所。内阁大臣纷纷以召入直庐为荣，以未被召为耻。上文说了，高拱写青词有才，他和首辅徐阶以及有“青词宰相”之称的袁炜属于常召人员，可以不去阁中办公，专在西苑陪皇帝青烟缭绕就可以了。其他人员见了，便趋之若鹜，无心阁事，围着西苑直打转。内阁时常空无一人。嘉靖皇帝觉得还是要以国事为重，下旨：“阁中政本可轮一人往”。这就要排一个值班名单出来。谁不用值班，谁需要两头跑，需要有个安排。徐阶老谋深算，不置一词。高拱便负气对徐阶说：“公元老，常直可矣。不才与李（春芳）、郭（朴）两公愿日轮一人，诣阁中习故事。”意思是你徐阁老是元老，俺怕了你，你天天呆西苑算了，值班就由我们几个阁臣来吧。高拱的火爆脾气在这句话里展露无遗——要换成心机深厚者，意思还是这个意思，话却可以说得委婉动听，不得罪人。但高拱却自恃有背景，实话直说，终于使徐阶“拂然不乐”。要知道当时内阁资历颇深的次辅李春芳见了徐阶“侧行伛偻若属吏”，那是相当的尊重。与此相对比，高拱的傲慢更显突出。这是他和徐阶的第一次冲突。虽然没有大规模展开，但两人的不和已经初露端倪。
当然，我们之所以称其暂时落幕，是因为这场闹剧还有续集，并且更加惊心动魄，完全充分地演绎了两个人的恩怨史，令世人感慨不已。隆庆二年（公元1568年）七月，徐阶因年龄原因退休了。次年，高拱以大学士兼掌吏部的名义复出。仕途其实就是这样，几多浮沉。不到生命最后一刻是看不到谜底的。高拱复出之后，继续致力于挑战徐阶之事。这个很符合他的个性，那就是要致政敌于死地——徐阶退休后想安度晚年，可能吗？高拱重拾他的杀手锏，那就是再拿徐阶子弟和家人在乡里横行不法来说事。他上疏说：“原任大学士徐阶（放归后），当阖门自惧、怡静自养可也。夫何自废退以来大治产业，黜货无厌，越数千里开铺店于京师，纵其子搅侵起解钱粮，财货将等于内帑，势焰薰灼于天下”，另外，他指控徐阶 “故违明旨，（令人）潜往京师，强阻奏词，探听消息，各处打点，广延声誉，迹其行事，亦何其无大体也”。 高拱出手不可谓不狠辣。尤其是后一点，说起来是很犯皇家忌讳的。但高真正的狠辣之处是拿徐阶三个儿子开刀，他授意原苏州知府蔡国熙（后被提拔为苏兵备副使）治徐阶三子之罪——蔡国熙知恩图报，着手准备将徐阶三个儿子“皆就系，拟以城旦，革其荫叙，入田四万亩于官”。“城旦”用现在的话说就是参加农场劳动的劳改犯。而“革其荫叙，入田四万亩于官”是没收个人财产，剥夺政治权力终身乃至于子孙后代。徐阶听闻高拱如此出招，没办法，“从困中上书拱，其辞哀”。他向高拱低头认输了。此后直到万历十一年（公元1583年）闰二月二十六，八十一岁的徐阶在家中去世，他都认栽在高拱手下。高拱在仕途上其实正是这样的人——别让我东山再起了，俺老高一旦重新得势，势必要推倒重来，独占鳌头的。接下来，他争做首辅之路以及与张居正的总较量正是这种争强好胜的表现。但很可惜，张居正不是徐阶，高拱未能将其击败，最后自己反而栽在他和宦官冯保的合谋计划里，黯然引退，郁郁而终，从而完成了一个有野心、敢冒险、睚眦必报的仕途中人的命运曲线图。
在高拱和徐阶的个人恩怨史上，事实上更多的不是恩，而是怨。徐阶对高拱多有提拔，后期当然也有所得罪。不过和高拱的睚眦必报相比，两个仕途中人的品性高下立判。高拱是靠一个“狠”字上位的，虽然狠的源头在恩。徐阶对他有恩，后期的张居正在其复出时也对他有恩，但高拱以怨报德，从而完成了他的仕途和人生曲线，成为个性鲜明的“另类”。