2004年12月22日，欧盟初审法院以微软公司向法庭提交的证据不足为理由驳回了微软的上诉诉求，并且对微软作出裁决，要求微软必须立即执行欧盟先前对微软作出的处罚决定，必须提供一款不带有微软媒体播放器的视窗系统，并且公布操纵系统的代码，便于其他公司更容易制作与视窗系统相兼容的软件产品。
2004年7月2日，微软公司发言人证实，微软已向欧盟支付了6亿美元的罚款。但是由于当时微软公司还在进行上诉，因此暂时由第三方保管这笔罚金。
这场垄断官司以比尔·盖茨在欧洲败退而告终。虽然微软表示将遵守欧盟的裁决，推出无媒体播放器版的视窗操作系统，但是微软却拒绝执行向竞争对手公开视窗系统的部分代码。2006年7月12日，因微软没有完全执行欧盟裁决，欧盟宣布对微软再次处罚2.8亿欧元，并且警告微软，如果在限期内拒不执行将继续提高罚款额——将处以微软公司每天500万美元的罚款。
在欧盟作出对微软的判决后，美国政府和国会都对此给予了关注。有部分国会议员对微软表示支持，指责欧盟委员会的处罚不公。其中，参议员比尔·佛斯特的指责最为强烈，他认为对微软的裁决与美国司法部对微软的和解行动相冲突，违反了美国与欧盟达成的反托拉斯共同协议的精神——该协议商定美国公司的垄断将由美国政府来处理。他们认为，这可能会引发美国和欧盟新的贸易大战。
2007年10月22日，微软公司宣布同意遵守欧盟2004年的裁决，向竞争对手开放源代码，为其他软件开发者提供兼容技术信息，以便其软件产品能够与微软视窗操作系统充分兼容。至此，欧盟与微软之间的反垄断官司终于告一段落。
对于这个裁决，比尔·盖茨并不认可。盖茨认为把视窗操作系统与附加软件一起销售是对消费者有利的。所以，盖茨准备向欧洲初审法院提出上诉，并且要求法院暂停执行欧盟委员会让微软采取的一些补救措施。为此，比尔·盖茨已经作好了长期诉讼的准备。但这一裁决却让欧洲的竞争对手们拍手称好。有的竞争对手甚至评价说：“欧盟的这一裁决表明，与美国相比，欧洲的竞争环境要好得多。”
不久后，又有新的公司向欧盟委员会提交微软反垄断投诉。2007年12月17日，挪威欧普拉软件公司投诉微软浏览器绑定操作系统。欧盟接到投诉后，又开始对微软进行新一轮的垄断调查。2009年1月17日，欧盟对微软的反垄断调查有了初步的结果——欧盟委员指控微软在视窗操作系统中非法搭售IE浏览器。2009年4月28日，微软承诺将为Windows7提供封闭IE的拨动开关，但是这个承诺很快就被欧盟委员会驳回了。2009年10月7日，微软在欧洲市场为新的浏览器安装选择屏。同年12月18日，欧盟完成对此案的调查，欧洲的消费者将获得视窗系统上应用浏览器的选择权。微软将在欧洲境内在其操作系统中提供一个浏览器选择屏，而用户则可以自行选择自己喜欢的浏览器。
很多分析人士对此处罚表示，6.13亿美元的罚款对于微软来说，就像买一张车票那样无关痛痒，根本不会对微软造成伤筋动骨的影响。因为6.13亿美元的罚款数额只相当于微软现金储备的1%。如果按照欧盟年销售10%的罚款上限来说，微软至少要赔偿34.3亿美元。
至2010年微软公司已经打了大约20多个反垄断官司，支付了数十亿美元的费用。这些反垄断官司虽然会对微软的垄断行为起到一定的遏制作用，但是它们从根本上却动摇不了微软在软件行业的霸主地位。比尔·盖茨在2009年仍然以400亿美元的资产登上了《福布斯》全球富豪排行榜的首位。
2004年3月24日，欧盟正式宣布微软垄断罪成立，并对其处以4.97亿欧元的罚款（相当于6.13亿美元），并要求微软在四个月内与竞争对手分享通信代码，以保证他们的服务器与微软的操作系统更好地兼容，还得在三个月内推出不绑定媒体播放器的Windows版本。
1998年6月25日，微软又推出了Windows98。它是在Windows95的基础上编写的，改进了对硬件标准的支持，首次加入了视窗组件，让它可以通过网络对系统完成自动更新。并且在操作系统上加上了IE浏览器，成功打击了网景公司的产品。由于这个版本的视窗操作系统受到了消费者的广泛欢迎，所以又帮助微软巩固了在计算机软件行业的霸主地位。
2004年3月15日，欧盟通过了一项决议草案，欧盟各成员国一致支持欧盟对微软的制裁。鲍尔默知道这个消息后，第二天就和欧盟委员会反垄断官员马里奥·蒙蒂举行了会谈，希望双方能够在欧盟制裁决定正式宣布之前达成和解，可是经过四个小时的会谈并没有取得任何结果。3月18日，欧盟委员会举行新闻发布会，马里奥·蒙蒂宣布，欧盟与微软公司针对反垄断案件的和解谈判已经破裂，微软将被判处近2亿欧元的罚金。而且，在发布会上蒙蒂还表示，为了以儆效尤，欧盟决定对美国微软这一垄断行为实施处罚。显然这一决定将会让欧洲的软件公司和消费者从中受益。
4．比尔·盖茨的慈善活动
2000年以后，比尔·盖茨开始退居幕后工作——他任命史蒂夫·鲍尔默为微软的首席执行官，自己则为首席设计师。很快，比尔·盖茨完成了权力的平稳交接。在交接的过程中，比尔·盖茨开始在微软的各种会议上保留自己的意见，把精力和时间运用到微软未来的战略决策研究上，而鲍尔默也开始进入自己的角色——将决策权下放给下面的管理层，将懂得管理的人纳入到微软的核心管理团队，逐渐改变了微软以技术组建的管理构架。2006年，盖茨和鲍尔默的权力交接基本完成。2006年6月15日，比尔·盖茨宣布在2008年7月将退出微软公司，届时将会辞去微软首席软件设计师一职，今后将不再参与微软的管理事务。虽然比尔·盖茨在宣布这一消息的时候显得极为镇定，但还是让人觉得有些哀伤。一些员工听到这个消息后，都非常舍不得比尔·盖茨离开，有的员工甚至因此而热泪盈眶。2007年1月30日，比尔·盖茨完成了他作为首席软件设计师的最后一件大事——推出了Windows Vista系统。2008年7月之后，比尔·盖茨将微软最为神圣的首席软件设计师的职位交给了雷·奥茨。
虽然微软和欧盟在听证会上剑拔弩张，但是私下微软仍然在与欧盟进行着谈判和协商，期望双方能够达成和解。
接下来，盖茨就投身到他的基金会和各种慈善活动中去了。不过盖茨表示，即使他离开了微软，也仍然会时刻关注着微软的发展，而且当自己有好的想法或者建设性的意见时，会在适当的时候向微软提出。
2003年11月，欧盟召开了指控微软的反垄断闭门听证会。在听证会上，微软对欧盟的指控进行了回应，并且与欧盟委员会展开了正面交锋。而欧盟则指控微软拒绝向服务器行业的竞争对手提供相关技术信息，致使其他软件公司的产品不能很好地与微软视窗系统相兼容，指责微软用其操作系统的垄断地位打击竞争对手的产品。微软为自己辩护说，竞争对手有足够多的方式来和微软的操作系统连接，只不过是因为微软开发的软件产品通用性更强，在这方面领先于对手而已。微软并没有在任何方面限制竞争对手的软件产品与微软的操作系统兼容。双方在听证会上互不相让，进行着激烈的对峙。有位律师在听证会的开场就指责微软对待所面临的垄断指控并不当回事儿，而且他还当场展示了一段录像。录像中微软首席执行官鲍尔默被问及对“垄断”一词是否完全理解时，鲍尔默便大笑起来，说：“我当然知道垄断是什么，我与我的孩子们经常一起玩这样的游戏。”这位律师说，从鲍尔默的这句话中可以看出，微软的高层完全没把对其的垄断指控当回事。而微软的发言人对此作出回应说：“这是控诉方律师的断章取义，这件事情完全和案件毫无关联。可见，他们论据的本身就应该受到质疑。”
2008年6月27日，比尔·盖茨正式退出微软公司，走出了自己近乎完美的商业道路。
比尔·盖茨对任何涉及微软垄断的诉讼官司，都会想尽一切办法来维护微软的权益，而这次也在欧盟对微软进行调查之后，微软的首席执行官鲍尔默表示，微软在某些原则问题上是决不会作出任何让步的。如果迫不得已，微软只好在法庭上和对手相见。
退出后盖茨表示：“巨大的财富意味着巨大的责任，现在是时候把这些资源回报给社会了。而回报社会的最好方式就是帮助那些处在困境中的人们。”于是，比尔·盖茨决定把价值580亿美元的个人财产全部捐给比尔与梅琳达·盖茨基金会。在此之前，比尔·盖茨就已经做了长达七年的慈善活动，在慈善活动中投入了超过300亿美元的资金，建立起了全球最大的慈善事业。
欧盟委员会是主管欧洲市场的反垄断机构，欧盟委员会在接管了微软垄断案后，曾和微软谈判，试图找到一种有效可行的方案，但是并没有成功。比尔·盖茨希望能够避免遭受欧盟的制裁，害怕因此会招致美国对微软进行处罚。2003年8月6日，欧盟反垄断事务专员马里奥·蒙蒂第三次向微软发出声明，经过欧盟委员会的调查和掌握的证据，证明微软利用视窗操作系统的垄断地位，来获取服务器和网络多媒体软件的市场份额。声明指出，要么微软将自己多媒体播放软件同视窗操作系统分离，要么就同意将其他竞争对手的媒体播放器软件捆绑在微软的操作系统中。
在比尔·盖茨的影响下，世界第二首富巴菲特也宣布将其财产的85%——370亿美元捐给盖茨的基金会，做慈善事业。巴菲特说，自己把钱交给盖茨很放心。据相关资料显示，比尔与梅琳达基金会在成立之后至少已经拯救了70万条生命。
1998年12月，由于微软拒绝将服务器软件与视窗操作系统通信所需要的互操作性信息提供给太阳公司，致使太阳公司向欧盟监管机构投诉，引发了欧盟对微软长达12年的漫长调查和诉讼过程。这场官司对比尔·盖茨来说并不那么顺利了——欧盟成立的目的是为了促进欧洲政治经济一体化进程，增强欧洲的政治经济实力，提高欧洲的国际地位，使欧洲可以与美国相抗衡。因而，欧盟对微软的调查是非常严厉的。这次主要调查的内容是，微软是否滥用其视窗操作系统的垄断地位对服务器和应用软件等市场进行干涉。
不过，盖茨在创立微软并获得成功成为亿万富豪时，并不像现在这样慷慨。当时有很多要求捐款的信件寄到微软公司，向比尔·盖茨请求援助，而且盖茨的父母也要求他做些慈善工作，但是盖茨却并不理会。他认为，自己的首要任务是管理好自己的公司。因为在他看来，能为社会做的最好的事，就是让自己的企业成功。所以那时盖茨一心扑在自己的事业上，根本没有精力关注慈善事业。
3．微软与欧盟的垄断官司之争
比尔·盖茨基本解决了美国的官司麻烦后，还有另外一个让他头痛的事情——欧盟与微软的官司之争。
正因为如此，比尔·盖茨曾经一度被著名杂志《经济学人》批评为坐拥金山，但却极为吝啬的人。而且，当时在资本主义高度发达的美国，对于像比尔·盖茨这样的富人是有很多限制的——在美国是不允许富人将财产长期存放起来的，要么进行投资，要么做慈善活动。
2002年11月，美国联邦法院批准并支持微软公司在一年前与美国政府达成的和解协议，驳回了其余九个州要求对微软实施更严厉制裁的申请。
让盖茨思想上发生根本改变的是1993年秋天的一次非洲之旅，当时还只是盖茨女友的梅琳达和盖茨第一次踏上了非洲的土地——到非洲的扎伊尔旅游。本来他们是打算到非洲好好游玩一番，欣赏一下当地的风光，体验一下非洲的风土人情。可是没想到他们沿途看到的是一座座死气沉沉的城镇、一片片凄凉荒芜的景象，而且他们还看到很多人光着脚，头顶着水罐，怀抱着孩子，不得不走几英里的路到市场上去，而在市场上，只有少得可怜的蔬菜在卖。
在这次微软和司法部的垄断案中，最终以微软作出让步而告终。比尔·盖茨说：“虽然协议的内容有些超出了微软设定的范围，但是还是值得做的。这个协议在目前这样的困难时期，将有助于增强美国的经济，确保软件产业向市场继续提供创新性的产品。微软公司呼吁其他指控微软的各州能够接受这一协议。”
在非洲的旅行途中他们在路上看到了无数饿得皮包骨的孩子，这些孩子没有孩子本该有的朝气，有的尽是呆滞的目光。而梅琳达在路上曾经想注意一下哪些走路的妇女是穿着鞋的，结果她没有发现一个穿鞋的，也就是说她们全都是赤裸着双脚在地上走。此外，他们还看到很多非洲妇女眼睁睁看着自己的孩子—个个饿死或者是病死，都哭得非常伤心。这一切都让盖茨和梅琳达感到心烦意乱——非洲当地人民的极度贫困让比尔·盖茨受到了深深的震撼。从非洲回来以后，盖茨就对好友说：“非洲彻底地改变了我。”可以说，这次非洲之旅对比尔·盖茨后来做慈善事业产生了非常重要的影响。
2002年4月22日，作为微软的创始人，比尔·盖茨还亲自出庭为微软进行了辩护论证。1998年盖茨曾经通过录像在法庭上作证，当时他的表现给法官留下了回避法庭质询的印象，而且其言语还给法官留下好斗的印象。而在这次作证中他的表现却非常出色——身穿深蓝色西服正装而不再是以往的休闲装束出现在法庭上，用言简意赅，甚至还利用电脑幻灯片向法官介绍了有关微软视窗操作系统的发展历程，并且指出浏览器对视窗操作系统的重要性和作用。拒绝接受微软利用非法垄断而妨碍自由竞争的这一指控。比尔·盖茨表示，他们的这些要求将威胁到微软公司的生存，而且伤害了微软创新的动力，致使微软不敢有任何新的创造。
比尔·盖茨回到美国后于1994年和梅琳达举行了婚礼，而就在盖茨结婚之后不到一年的时间，盖茨的母亲就被癌症夺去了生命。在失去母亲的巨大悲痛中，盖茨开始重新思考自己的事业和人生，思考生命的意义，而这时盖茨的父亲则进一步推动盖茨进入到慈善事业当中。
比尔·盖茨虽然与美国司法部和九个州达成了和解，但是其他九个州并不同意这一和解协议，他们认为这次制裁力度不够大，希望法官能够对微软采取更严厉的制裁措施，要求微软公开视窗操作系统的技术升级以及浏览器的原始程序等。
比尔·盖茨的父母很早就热心于公益事业和慈善活动。盖茨的父亲在盖茨小的时候就经常参加一些社会服务活动，做一些义务工作，为西雅图的慈善机构积极筹集资金，并参与了当地多项捐助活动。而盖茨的母亲也是经常参加一些社会服务活动，是一个慈善活动的积极分子，而且盖茨的母亲还是一家慈善协会的会长。因此，在家中盖茨的父母经常讨论这方面的问题，给盖茨留下了深刻的印象。也就是说，父母的言传身教对盖茨做慈善也产生了一定的影响。
与此同时，比尔·盖茨继续上诉，并且要求法院延期执行对其的判决。2001年11月2日，微软公司和司法部达成和解协议，协议的主要内容包括：微软将向其他软件开发商提供必要的技术支持，便于其他开发商在视窗操作系统上开发软件；要求微软签订为主要的电脑制造商提供五年的视窗操作系统的协议，并且禁止微软对制造商支持微软竞争对手的软件而对其实施报复；为了确保微软按协议要求完全得到实施，将组成一个监督小组进驻微软，对其进行监督。这项和解协议的期限是五年，如果微软在这五年中违反了协议中的任何条款，协议都将自动延长两年。
在盖茨成为世界上最富有的人后，他的父母感到非常自豪。那时盖茨的父亲已经退休，又加之盖茨当时根本无暇顾及慈善事业，所以父亲恐怕儿子受到社会的道德谴责，在征得盖茨的同意后，开始帮儿子处理那些求助信件，并以盖茨的名义开始进行一些慈善活动，作一些小数额的慈善捐款。
比尔·盖茨对此作出了迅速的反应，他召开记者发布会为自己的公司辩护说，微软公司取得成功是因为微软能够不断通过技术创新来满足消费者的要求。微软公司一直遵循着美国的价值观，为消费服务，重视产品质量，进行着公平的竞争。而且，比尔·盖茨还发表了公开信，来寻求人们广泛的支持，以求得到人们舆论上的支持。
一天下午，盖茨的父亲突然来到了他的办公室，手里拿着一张图表，盖茨看到上面的内容是每年非洲有好几百万儿童都死于轮状病毒，而这种病早已经在美国绝迹了。这让盖茨感到很震惊，瞬间他意识到世界上还有很多慈善活动需要他去做。
这个消息传出后，最兴奋的无疑是网景公司。在判决的当天，网景公司总裁巴克斯代尔说：“今天是值得整个计算机业界庆祝的日子。”
于是，盖茨的父亲建议盖茨成立一个基金会，专门负责慈善活动，这样就可以有计划有组织地展开慈善工作了。对此，盖茨的妻子梅琳达也非常支持，而盖茨也想起母亲生前曾经希望他能从事慈善事业。于是，盖茨决定投身慈善事业。
1999年11月19日，法院对双方进行调解，希望促使双方能达成和解。但是由于双方意见分歧过大，经过四个月的调解后，以失败告终。2000年6月7日，哥伦比亚地方法院的托马斯·杰克逊法官对此案作出了正式判决，将微软公司一分为二，成为两家公司，一家公司专门负责生产和销售视窗操作系统，另一家公司则生产和销售应用软件和其他产品。后来法院还对微软公司的行为作出了规定和限制，包括严禁微软公司对其他竞争公司进行报复，要求微软视窗操作系统要实行统一定价，并且禁止微软公司在销售视窗产品时捆绑销售浏览器或其他产品等。
在父亲的建议下盖茨拿出了9400万美元，建立了盖茨基金会，专门从事慈善事业。在这个基金会中，盖茨的父亲负责基金会的一些管理工作，梅琳达担任基金会的总经理，而盖茨则担任基金会的首席执行官。在一些发达国家，基金会不仅仅只是从事一些单纯的捐助和各种公益活动，它也会利用自身的基金进行一些投资活动，产生一定的经济效益，从而使基金会不用单纯地依靠募捐活动，自身就可以进行可持续发展。因此，盖茨还聘请了理财专家为基金会进行多项可增值的投资。
经过哥伦比亚地方法院多轮的听证、辩论和审理，1999年11月5日负责此案的法官公布了事实认定书，认定微软公司属于垄断公司，其行为在一定程度上压制了市场的自由竞争，损害了消费者的利益，并且指出微软公司利用它在计算机操作系统市场占有的统治地位，在竞争中伤害了其他有创造性的公司。认定书虽然不是正式判决，但正式判决都是以认定书作为依据的。即是说，事实认定书的公布基本决定了微软在此案中的命运。
5．比尔·盖茨基金会的建立
在基金会建立后，梅琳达就全身心地投入到基金会的工作当中去了。在盖茨的母亲去世一周年时，比尔·盖茨和梅琳达以母亲的名义向华盛顿大学捐助了1000万美元，建立起了玛丽·盖茨奖学金。因为盖茨的母亲死于癌症，所以盖茨在生物科技领域作了大量的捐助和投资。他曾经向西雅图的癌症研究中心捐助了100万美元，用以推动他们的医学研究，希望他们能够研究出攻克癌症的方法，以挽救像盖茨母亲这样的癌症患者的生命。此外，比尔和梅琳达基金会还投入了大量资金用来研究疫苗、艾滋病和其他疾病的治疗方法。
在IBM公司的号召下，美国多家电脑和软件企业组成了一个反微软公司的联盟，为法院多次提供证词和出示证据，证明微软公司利用自己的垄断权利，为其公司的利益服务。
1999年，比尔·盖茨已经拥有850亿美元的家产，相当于匈牙利、冰岛和卢森堡三个国家当年的国民生产总值。这时候，比尔·盖茨的财富达到了富可敌国的程度。比尔·盖茨在那时就公开表示，他和梅琳达不会给自己的三个子女留下很多的钱，在他们死后，只给自己的孩子留下几百万美元的遗产，其余部分，都将捐赠给慈善机构。
苹果公司则向法院证实，在苹果公司准备把网景公司的浏览器作为默认浏览器时，比尔·盖茨曾威胁说将取消对苹果公司配套软件的供应。最后，苹果公司被迫采用了微软的软件作为苹果电脑默认的浏览器。而康柏公司和英特尔公司都遇到过类似的问题。
虽然盖茨与妻子都很疼爱自己的孩子，但是他们从来不会随意满足孩子们的要求，或者给孩子一大笔零用钱。在这方面，他们绝对算是一对吝啬鬼。盖茨的儿子菲比在小的时候就经常抱怨父母不给自己买他最想要的玩具车。盖茨认为，最明智的父母就是不要将钱留给子女，而是应该捐给那些最需要钱的人。在盖茨看来，这是作为公民应有的责任。
而网景公司也向法院作证，在他们拒绝和微软瓜分网络浏览器的建议后，微软公司便对其封锁了视窗操作系统的技术细节，导致他们的浏览器被迫推迟上市。而且网景公司还说微软将自己生产的浏览器与视窗操作系统捆绑销售，并不是微软所说的技术上的原因，其目的是为了对他们公司进行致命打击，让他们永远得不到机会。
梅琳达希望自己做的慈善事业能影响孩子。梅琳达说：“我的孩子们很清楚我们去非洲做什么，他们知道我们是去给当地的孩子送药品和毯子。”
1999年正在审理此案的关键时期，一个关键人物出现在了法庭上，指控微软，微软差点因此一分为二。这个关键人物就是斯特凡妮，微软的一个雇员。25岁的斯特凡妮长得十分漂亮，身材也很诱人。从商学院毕业后，进入微软担任营销部的经理。盖茨看到斯特凡妮后很快就爱上了她。在盖茨的追求下，斯特凡妮很快就成为了盖茨的情人。于是，他们经常出入于豪华酒店和酒吧之中。渐渐地，盖茨对斯特凡妮更加迷恋，对她非常信任，甚至还让她参加微软公司的机密会议。一次，在董事会上经理们讨论了有关如何用非法手段挤垮竞争对手的问题。而这次会议却让斯特凡妮感到有些不寒而栗。于是，她决定和盖茨划清界限。1999年在美国司法部对微软公司垄断案进行调查时，在法庭上斯特凡妮毅然站在了比尔·盖茨的对立面，指控微软公司利用非法手段竞争。当时，她的证词给了微软公司一次致命的打击。消息传出后，很多人都纷纷抛售微软的股票，使得比尔·盖茨因此损失了80亿美元。
2000年，比尔·盖茨和梅琳达将他们原来建立的两个基金会合并在一起，成立了“比尔·盖茨和梅琳达·盖茨基金会”，合并后盖茨又向基金会捐助了60亿美元，使得这个基金会成为了世界上最大的慈善基金会。这个基金会的总部设在西雅图，一共有大约200名工作人员，其捐资主要集中在两个领域——卫生保健和教育领域。因为盖茨和梅琳达认为这是缩短世界贫富差距的关键。
因为反垄断法是在100多年前制定的，那时是工业革命时代，产品的规模数量起着关键作用，即那时定义的垄断是指独占、专卖、产品在全国市场上占有大部分的份额，所以这就可能判定妨碍自由竞争和贸易的企业为垄断企业。可随着社会的进步、科技的发展，尤其在软件行业，产品种类和数量繁多，已经不能单纯从公司的规模大来判断其是否是垄断企业了。虽然从表面看，微软的软件种类和数量在全行业来说占有率并不高，但是微软却掌握和独占着软件行业的最关键部分——计算机操作系统。而所有软件的开发都必须基于操作系统。如果微软并没有滥用这种垄断权力从事不公平竞争的话，司法部就不会对微软进行起诉。而在这次提交的诉状中，正是因为微软利用其在操作系统的垄断地位，强迫他人安装微软的浏览器软件等，涉及到了不公平竞争的商业行为，所以司法部才对微软进行起诉。
2002年盖茨到印度进行访问，受到了印度总理杰帕伊的接见，他们在一起还商谈了有关在印度控制艾滋病蔓延的问题。随后在11月11日，盖茨在印度的新德里宣布，他们的基金会将向印度捐助1亿美元，用来预防和治疗艾滋病，从而控制艾滋病在印度的蔓延。
虽然这个诉讼案看起来很简单，但是深究下去却十分复杂。在案件的诉讼过程中，比尔·盖茨又显示出了他天才的法律头脑。在法庭上，他总是会利用自己超强的逻辑思维来为自己辩解或回避问题。面对着他人指责微软是垄断行为时，盖茨回答说：“微软公司的产品只占软件产业的百分之四，怎么能算是垄断呢？”盖茨的这种说法竟让人无从反驳。
在基金会成立之初，梅琳达与盖茨曾经向非洲资助过电脑。但是后来他来到南非一个贫困地区考察时发现，他资助的电脑在当地根本派不上用场。因为对于当地居民来说，饥饿和疾病使他们的生存都成为问题，根本没有心情关注电脑。
于是，美国政府对微软公司展开了垄断诉讼。这次的诉讼不仅引起了全世界的关注，而且在全球范围内针对这个案件展开了一场大争论。这个情况对于比尔·盖茨来说是非常有利的，因为它吸引了全球人们的注意力，使得法院不得不慎重考虑对微软的最终判决。
当盖茨和梅琳达查看了1993年《世界发展报告》的内容后，更令他们震惊。梅琳达说：“很多非洲的孩子是死于腹泻或其他非常普通的疾病，凭借简单的接种疫苗完全可以避免这些悲剧。我们意识到这方面的信息还了解得太少，然而，我们知道得越多就越觉得不能再等了。”于是，盖茨就把对非洲援助的方向转为了关注消除饥饿、防治疾病等项目。梅琳达曾经说过：“我们为了把钱用于效果最显著的项目上，经常研究世界最欠缺平等地区的列表。”
2．微软面临着一分为二的危机
针对法院的这一裁定结果，美国司法部和20个州联合起来，于1998年5月18日对微软提出了新的指控，控告微软利用计算机市场上的垄断地位来打击对手，阻碍行业之间自由的竞争。而且，司法部还搜集和掌握了微软的大量证据，用来指控微软违反了美国的反垄断法。
2003年，盖茨夫妇再次进入非洲。其间，他们参观和访问了非洲当地的多家医院，并与当地的医护人员及患者进行了亲切的交谈。盖茨和梅琳达希望通过他们的捐助能够使那些贫困地区被疾病困扰的人们从中受益。在盖茨夫妇的捐助下，非洲的儿童在疫苗的接种率方面有了大幅度的提高，取得了很大成效。在非洲的一些国家里，儿童接种疫苗的费用已经从以前的每人不足1美元提高到了现在的10美元。这些疫苗据估计已经挽救了大约30万人的生命，在未来10年，预计挽救的生命将达到上百万人。
微软公司接到法院的判决后，针对法院的这一禁令提起了上诉，认为公司将IE4.0与Windows 95一同销售是在原有的软件基础上集成的，而非司法部所指控的捆绑销售。同时，微软的上诉可谓给法院出了一道难题。为了确定微软到底是捆绑销售还是集成，法院派出了专家小组对此进行了调查。经过调查，法院认为微软公司把一个新的功能加在原有的产品中并没有什么不对。于是，1998年5月12日，哥伦比亚地方上诉法院撤销了上次对微软发布的那道禁令。
2005年1月27日，比尔·盖茨在瑞士举行的世界经济论坛上承诺，他将捐助7.5亿美元用来帮助第三世界国家购买急需的疫苗。
其实，比尔·盖茨对司法部的这一指控并不担心，因为无论这场官司的结果如何，比尔·盖茨都有很大的回旋余地。即使败诉对他的影响也不大，最多是停止免费赠送IE4.0，而且这时网景公司的浏览器已经对微软造不成任何威胁了。而盖茨最担心的，是害怕微软公司因涉嫌垄断而遭到反垄断法的处罚——美国的石油大亨洛克菲勒创建的美孚石油公司就是因为涉嫌垄断，在1911年被美国高等法院下令解体成为几个独立公司的。而美国电话电报公司则于1984年在美国政府反垄断法的强制干预下，被重新组建了七个子公司，而且在1996年的时候又分割出了两个公司。由此可见，比尔·盖茨对反垄断法心存忌惮，生怕微软因触犯了这一条例而遭到分解的命运。
比尔·盖茨夫妇不仅关注疫苗方面的问题，他们对那些无家可归的艾滋病患者和贫困地区的孩子和青年人的生存问题也非常关注。盖茨夫妇除了在经济上和医疗上援助一些贫困的艾滋病患者外，还在当地宣传一些传染病的防治方法，以及让他们认识到艾滋病的危害并了解如何预防艾滋病的传染。他们建立的“青年自立计划”，让当地的青年人学会了如何谋生，并且还免费对他们进行一些技能方面的培训，使无数青年人从中受益。
1997年10月20日美国司法部采取了行动，他们向哥伦比亚地方法院提起诉状，指控微软公司将IE安装在Windows 95的做法严重违反了1994年和司法部签订的协议，应对其处以巨额罚款。由于司法部并未掌握足够的证据证明微软滥用垄断权利，所以哥伦比亚地方法院驳回了司法部处以微软巨额罚款的要求，但是却对微软公司实施了一项临时裁决，禁止微软公司在销售视窗系统时搭售IE软件。对于司法部这次对微软的诉讼，比尔·盖茨则认为在自己公司的系统上开发新软件属于正当行为，就像人们不能因为有了单独生产汽车轮胎的厂商而禁止汽车制造商给自己的汽车安轮胎一样。比尔·盖茨对这件事情并没有十分在意，每天照常参加公司的各项活动，看不出这起案件对微软公司有任何的影响，最多只是微软的律师忙了些而已。
2003年，比尔·盖茨曾经带着十几名媒体记者和摄影师到津巴布韦考察当地农村的医疗情况。在当地的一个诊所里，盖茨抱着一个婴儿与妈妈们围坐在芦苇席上聊天，询问当地的医疗情况。他为了解当地的性病传播状况甚至还到博茨瓦纳探访了一些妓女，以确定自己将要资助的项目。随行的媒体在报道了当地的情况后引起了有关政府对此类问题的关注。盖茨在津巴布韦访问时还宣布要捐资1.68亿美元用来帮助非洲大陆防治疟疾的肆虐。在比尔·盖茨宣布为非洲捐资后，一些欧洲国家的政府也纷纷响应，决定捐资参与有关非洲疟疾的防治项目。
在网景等软件公司利用互联网而快速发展之时，比尔·盖茨很快就意识到微软忽略了Internet这一领域。意识到自己的失误后，盖茨马上就采取了应对措施，针对网景公司开发“巡航者”浏览器。很快，微软就推出了Internet Explorer浏览器，简称IE。于是，一场浏览器大战开始展开。1996年8月13日微软发布了IE3.0版本，它是第一个支持CSS技术的主流浏览器，并且支持ActiveX控件、Java Applet、多媒体等。这个版本的软件比主要竞争对手网景公司的Netscape Navigator更具有代表性。由于IE3.0版本还捆绑了电子邮件、NetMeeting及Address Book，所以IE3.0版本上市后很快就受到了用户的欢迎。凭借着雄厚财力的支持，微软公司在推出IE软件之后免费赠送给用户，而网景公司则全部依靠浏览器收入来维持生存。所以，这场战争从开始就决定着将以网景的失败而告终。经过初期的交手，微软的IE浏览器的市场份额占有率很快由0%上升到了35％，而网景公司的浏览器占有率则下降为50％。在获得首战的胜利后，比尔·盖茨对网景进行了一次致命的打击。微软在1997年9月推出了Internet Explorer4.0(IE4.0)，并且把它安装在Windows 95和后来在1998年推出的 Windows 98系统里。这时微软IE4.0从功能和外观已经超过了网景的Navigator，而且微软还把它捆绑在视窗系统中免费提供给计算机制造商，而当时几乎所有的电脑都是Windows操作系统，用户有了免费赠送的IE，谁还会花钱去买网景的浏览器呢？无疑，微软的这一举动给网景公司带来了致命的打击。而网景公司对微软的这一行为当然极为不满，同时这也引起了司法部的注意，因为微软将IE4.0安装在Windows操作系统的做法属于捆绑销售。
到2005年，盖茨为了帮助非洲等贫困国家防治疾病和提高当地医疗保健水平已经捐出了60亿美元。在南非的博茨瓦纳这个国家竟然有超过1/3的人口都感染了艾滋病，为此盖茨夫妇立即拿出5000万美元帮助他们国家建立了基础的保健体系。比尔·盖茨之所以选择捐资疟疾和艾滋病领域，是因为在众多疾病中疟疾和艾滋病是最致命的。在非洲每30秒就有一个儿童因为疟疾而失去生命，每7秒就有一个人感染艾滋病。而且，在非洲的贫困国家中每年会有数百万人因疟疾而失去生命。盖茨认为在社会和政府共同的努力下，这一切将会得以改变。而且，盖茨相信在医学技术的发展下，疟疾这一疾病在世界范围内将会被彻底消除。
在微软忙于应付司法部门的调查和开发视窗操作系统之时，互联网得到了迅速发展，并且涌现出了一批新的优秀企业。比如，网景公司和太阳公司在网络领域上的发展就十分迅速。由于微软对这一领域的疏忽和不重视，这两家公司很快就超过了微软。网景公司为了方便人们在Internet上浏览和搜索，开发出了一种专门用于上网的Navigator软件，也被称为浏览器软件。网景公司的这一软件在推出后，很快就受到了广大用户的好评和喜爱。由于良好的业务促使着网景公司得到了快速成长，所以它很快就成为了美国著名的软件公司。
盖茨和梅琳达在为基金会选择一个新的捐资方向和地点时，他们讨论了两个问题：一个是，在哪方面捐资会影响最多的人？另一个是，在过去他们曾经忽略过哪些问题？比尔·盖茨夫妇在捐款方面非常严格，梅琳达曾经说过：“对所有的不公平我们都会认真审视，并希望在我们的努力下能够通过捐款给他们带来最大的变化。”所以，盖茨对他们投资和捐资的每一分钱都精打细算，物尽其用。有一次，一个南美的申请人曾经建议盖茨为一个村庄的猪和人同时注射疫苗，这让盖茨非常恼火。盖茨认为，在死亡线上挣扎的还有很多穷人，竟然还有人想把钱花在猪身上，这简直是太浪费了。
微软公司突飞猛进地发展，很快就成为了全球磁盘操作和视窗操作系统的霸主。1990年，美国联邦贸易委员会就开始对微软公司是否有把DOS系统与应用软件捆绑销售的行为进行了调查。因为捆绑式销售是反垄断法严令禁止的行为，由于贸易委员会的调查力度并不大，所以微软当时对此并不太在乎。1993年，该事件由美国司法部接手继续调查。这一时期微软正在开发视窗操作系统，许多软件企业都认为如果微软利用视窗软件进行竞争的话，就更具有不公平的优势了。于是，司法部就将视窗系统作为了调查重点。1994年在微软正准备并购一家财务软件公司的时候，司法部指控微软为非法兼并，使微软不得不放弃了兼并这家公司的决定。直到1994年7月，微软公司才与司法部达成和解。根据和司法部签订的协议，微软公司在向计算机制造厂商发放Windows 95使用许可证时，不得附加其他条件。这宣告着司法部和微软公司这一轮的争斗结束。
为了寻找解决人类的疾病问题的方法，盖茨从基金会中拿出了2亿美元，通过借助美国国家卫生研究所的科研能力，来共同寻求解决的办法。为了召集全球最出色的科学家来共同研究人类如何战胜疾病，盖茨基金会与美国卫生研究所将共同启动名为“全球健康挑战”的运动。他们研究的主要方向是，确定哪些疾病是全球面临的最严重的疾病，然后科学家们再进入实质性的研究和开发阶段，寻找攻克的最佳方法。
在微软公司的发展历程中，有关法律方面的诉讼就一直存在着。在创业初期微软就曾经和罗伯茨的微型仪器公司为了版权打过官司，那次差一点就将微软扼杀在摇篮里。后来，西雅图计算机公司因为DOS系统把微软告上了法庭，指控微软在购买DOS版权时，并未告知IBM是其客户，用极低的价格购买了本公司产品。最后以微软公司向西雅图计算机公司支付了100万美元后双方达成了庭外和解了事。当时微软依靠DOS系统已经积累了大量的财富——微软公司的股票市值在当时已经高达2000多亿美元。接着，1988年3月17日苹果公司向微软提起法律诉讼，控告微软侵犯了苹果的版权。因为微软在Windows中使用了与苹果公司相似的图标。这些诉讼虽然给盖茨带来了不少的麻烦，但是也让微软公司积累了大量的法律经验。
盖茨夫妇捐款的金额与世界卫生组织的年度开销基本不相上下。其中，大部分的资金都用于预防和治疗人类的疾病，以及援助世界贫穷地区，提升当地的教育水平。曾批评过比尔·盖茨是一毛不拔的铁公鸡的《经济学人》杂志，也因此改变了态度，赞扬比尔·盖茨是慈善事业的新典范。而且比尔·盖茨和梅琳达还被美国的《商业周刊》评选为最受欢迎的慈善家。在慈善事业方面，盖茨通常更注重有关疫苗研究和解决未来问题的科学方案，而梅琳达则更为关注如何帮助病人立即减轻病痛。
美国在19世纪末期为了保证资本主义的自由竞争制定了反垄断法，目的是为了限制一个经济的过度集中，防止企业滥用市场支配地位，导致其他企业无法生存，市场失去活力。也就是说，从法律的角度对某些企业实施限制和制裁。
比尔·盖茨的基金会对中国也非常关注。2004年，比尔·盖茨与梅琳达基金会被中国批准为合格的境外机构投资者，向中国投资了1亿美元。2004年，基金会还派出专家来到深圳，考察了深圳有关艾滋病的防治能力，并与深圳有关方面进行了探讨。比尔·盖茨认为中国是个有趣的国家，因为中国一方面在接受其他国家的援助，另一方面还援助其他更为贫困的国家。
在美国硅谷这个全球高新科技产业的聚集地，有7000多家电子企业和软件公司聚集在这里。可以说，50年来这里一直创造着企业神话的奇迹。1996年，这里平均每5天就有一家公司上市，每天平均增加60多个百万富翁，创造了硅谷辉煌的业绩。但是这些引以为傲的业绩在比尔·盖茨面前却会黯然失色。因为这些企业的精英发现他们的亿万资产在世界首富盖茨面前根本就算不上什么。由于微软公司的“视窗”垄断着计算机的操作系统，所以无论他们想要在视窗这一操作平台上开发什么软件都要依赖于比尔·盖茨。这使得硅谷逐渐形成了一个专门对抗微软的组织，其名字叫“亿万富翁俱乐部”。该俱乐部的人们把摧毁微软当成是自己的任务。
2007年盖茨基金会在北京开设了一个办事处，并投入了5000万美元用于解决中国的艾滋病问题。盖茨还表示，基金会在防治艾滋病这一计划上将会和中国卫生部保持密切合作。此外，盖茨基金会在农业方面也启动了一些相关计划。因为全球两大水稻研究中心分别在中国和菲律宾，盖茨基金会将通过与亚洲水稻研究人员的合作，研究出适合于非洲的水稻品种，并且想把中国的农业技术引入非洲，帮助非洲提高当地的农作物产量。
作为行业的霸主，有人会崇拜比尔·盖茨，也必然会有人憎恨比尔·盖茨，但是人们却都不能无视比尔·盖茨。在同行眼中，比尔·盖茨就像一个恶魔——他的出现决定着其他软件企业将无法生产和发展。因而，很多竞争对手都千方百计地想让微软垮掉。
比尔·盖茨在2008年曾经表示盖茨基金会将再推出一项新计划来帮助中国人戒烟和对中国乙肝疫苗接种方面进行援助。在2008年中国的四川发生特大地震后，盖茨基金将130万美元捐赠给了中国卫生部，用于地震灾区的疾病控制和水源安全方面的工作。
1．微软在美国的诉讼风波
比尔·盖茨从1995年到2009年曾经14次在《福布斯》全球富豪排行榜上居于榜首，成为世界首富，由他创办的微软公司也成为了计算机行业的霸主。
盖茨也非常注重教育方面的慈善活动，他认为教育对人类来说是非常重要的事情。为了能改善低收入人群的学习条件，比尔·盖茨迄今为止已经投入了十多亿美元，单单向美国的一千多所中学，盖茨的基金会就投入了7亿多美元。在盖茨第九次来到中国时，他代表微软和中国教育部合作启动“携手助学”计划，在中国的中西部欠发达地区建设了一百多间计算机教室。根据微软和教育部的协议计划，微软将在未来五年内投入1000万美元，用以改善中国农村和偏远地区的基础教育。按照计划，微软将首先从农村中小学现代远程教育、师资培训等方面与中国教育部展开合作。
微软公司在比尔·盖茨的带领下，不仅不断巩固了其原有的垄断地位，而且还及时开拓和占领了计算机的新领域。这让微软遭受到了众人的反对，被竞争对手频频推上法庭，进而开始了长达数十年的官司风波。
2009年比尔·盖茨以400亿美元的资产再次荣登《福布斯》全球富豪榜首位。比尔·盖茨在近年来的慈善活动中出手阔绰，曾经出资5000多万美元为当地贫困阶层和少数族裔建立了67座中学。在2010年1月29日，比尔·盖茨在达沃斯论坛的发布会上表示，盖茨基金会在未来十年内将会捐赠100亿美元，用于世界最贫穷地区的疫苗研究、开发与应用工作。
微软在发展过程中给对手留下的最深印象就是，其好战的本性及在竞争中一贯咄咄逼人的策略。比尔·盖茨曾说过：“一切会动的东西，都是我们的猎物。”可以说，正是由于盖茨对市场的野心和不顾一切向前冲的勇气，才使得微软不断地向前发展，不断地取得成功。在微软发展的这20多年来，它如同一头游进了金鱼池中的大白鲨，所到之处都会令竞争对手闻风丧胆。