这被认为是第一篇对水俣病的实质性报道。关于之后报刊报道的经过，《公害的政治学追踪水俣病》（宇井纯著，三省堂新书）中有详细叙述。
“水俣儿童得怪病——出于相同原因吗？猫也幸免于难”
很多人开始行动起来寻找怪病的致病原因。1956年5月28日，以水俣市的保健所以及卫生科、窒素公司附属医院为核心，设立了“水俣怪病对策委员会”。委员会于8月14日委托熊本大学医学部查找和研究怪病的致病原因，开始正式展开调查研究。
是年5月16日，熊本《日日新闻》报道了水俣湾的怪病，标题是：
熊本大学医学部水俣研究小组在研究起步的三个月后，于11月3日举行了第一次研究报告会。席间报告称，水俣怪病不是传染病，并已发现致病原因为“某种重金属通过鳞介类生物侵入人体而引发中毒”(5)。
制造乙醛过程中出现的水银，自战前就开始持续地污染不知火海(3)，渔民和工厂之间不断发生冲突。这种冲突最初起因于鱼产量减少，窒素公司只是支付给渔民少量的补偿金作为代价。1956年，大量渔民开始出现手脚麻痹的“怪病”，问题变得日渐严峻(4)。
然而，研究从这里开始变得举步维艰。可以想到的有毒重金属就有锰、铅、锌、铜、砷、硒等多种，要找到特定的致病物质尚需很长时间。进而，推进研究的最大障碍来自通产省。
与日本“发展”的步调一致，从战后复兴走向高速成长，窒素公司作为企业也取得了发展。这一发展的代价，便是催生了水俣病。用作催化剂的水银在毫无处理的情况下排入海水中，积蓄在鳞介类生物体内，侵蚀食用鳞介类生物的渔民身体。
研究小组提出需要对窒素公司工厂的废水取样，厂方则以企业机密为借口断然拒绝，要求研究小组获得通产省批准。在废水样本无法顺利取得的状况下，熊本大学不得不花费近三年的时间继续展开研究。
该水俣工厂同时也开展技术研究和开发，1932年用乙炔合成乙醛，1941年同样用乙炔合成氯乙烯，均获成功。在这一合成过程中，用作催化剂的是水银(2)。
厚生省组建了厚生科学研究小组，从1956年开始致力于怪病的病因调查，1958年7月9日，研究小组公布了流行病学的调查结果。这一调查结果推定，怪病致病源来自日本窒素公司的废弃物(6)。
日本窒素肥料公司（1950年名为“新日本窒素肥料”，现名为“チッソ(1)”），是明治末年由熊本县水俣村为取代衰退的农业和制盐业而引进的电气化学工厂。窒素公司在第一次世界大战后从欧洲引进氯的合成技术，初次在日本生产合成肥料大获成功，从而作为日本代表性的化学企业之一得以成长。该企业的原动力是水俣工厂。之后，水俣市作为窒素公司的企业重镇发展起来，这也是调查水俣病致病原因之所以会被耽误的原因之一，只能说这是一个巨大讽刺。
1959年7月，坚持开展研究的熊本大学研究小组，参考了为水俣病患者提供治疗的英国神经科医生马克阿尔帕因的论文后，终于将目标锁定在有机水银身上。
是年11月2日，熊本县水俣村的渔民们闯入新日本窒素肥料公司的水俣工厂，造成多人受伤。该事件在全国报纸上披露后，水俣病的存在第一次受到广泛关注。1959年这一年，也成了水俣病30余年历史上具有重要转折意义的年份。
7月14日，“熊大研究小组确认水俣病致病源为有机水银”，这一标题出现在《朝日新闻》的特讯上。
水俣病。
（熊本大学医学部）教授武内等人从流行病学角度发现，有机水银中毒和水俣病临床症状非常相似，于是通过猫体实验，对其与有机水银中毒症的关系展开了长达一年时间的研究。结果证明，致病物质为水银化合物。运用科学分析、临床实验和病理学观察三方面手段，得出了相同结论，结论几乎确凿无疑。三位教授将利用今年暑期展开实地调查，对鳞介类、海底泥土进行验证，以期获得更深入的依据。（后略）
山内入职的1959年，厚生省正面临一个重大问题。
关于致病源，该报道进而提到了“新日本窒素水俣工厂”这个名字，推定该工厂废水中的化学物质中含有水银(7)。
4月1日，对于这些新人来说，这一天是走上厚生官僚道路的起点，同时也是厚生省内部的仕途竞争，即竞争事务次官这一独一无二职位的开始。
窒素公司方面则开始动用御用学者，对“有机水银论”展开绝地反击。
人事科长熊崎关于“干部预备生”的这一说法，被认为是专门针对山内的。
首先登场的是“炸药论”。这是日本化工工业协会理事大岛竹治提出的观点，即战争结束时旧日军往海里丢弃的航空炸弹弹体腐烂，从中分解出苦味酸以及四乙基铅。根据窒素公司的请求，厚生省进行了实地调查，结果表明上述观点没有事实根据(8)。不知道大岛竹治是以什么为依据发表上述观点的，但它充分发挥了阻止有机水银论受舆论关注的作用。
以拓宽厚生行政幅度为目的的外派工作
1959年11月2日，山内进入厚生省的当年秋天，作为对水俣渔民诉求的回应，众议院26人视察团造访了水俣。这是首次对当地的视察。当天中午，抵达水俣市的视察团一行，分别乘坐八辆大客车前往水俣市立医院慰问患者。在这里，迎接视察团的是以渔民为主的大约4000人的抗议游行队伍，视察团直接收下了渔民的申诉状。
努力不辜负期待
前面提到的闯入工厂事件即发生在之后的下午1点50分。参加不知火海区渔民誓师大会的渔民们，在递交申诉状后蜂拥至工厂。由于前日窒素公司相关人员告发8名渔民撒野，加上厂方拒绝谈判的要求，渔民们怒气爆发，近1000人闯入工厂。渔民们带着榔头，见物就砸，办公室、配电室、警备室里的电子计算机和打字机均遭到损坏，并与250人的警察队伍发生了冲突。
不拘泥于形式，以备受期待的干部预备生身份受到关注
下午2点，警方出动了100人的待命机动队，事态终于得到平息，双方共有超过100人受伤(9)。
熊崎人事科长训话
目睹渔民激动情绪的视察团，对县当局、县议会、窒素公司的消极态度进行了训斥，并强调今后各省厅应停止地盘争夺、团结合作、努力查明水俣病病因，之后便返回了东京。
栗山科长感叹缺乏人文关怀的厚生官吏的存在
然而，从结果上来看，对水俣病的病因调查和对患者的救助，在留下批评言论后返回东京的国家当局与企业、学者的“通力合作”下，再次被拖回到不知火海的海底。11月11日，以权威著称的东京工业大学教授清浦雷作，在肥料工业会上发言，提出了“非有机水银论”之一的“有毒氨论”。该报告当天经通产省之手，以“关于水俣湾内外水质污染的研究”为题对外公布。第二天，即11月12日的《朝日新闻》以“清浦教授的报告：‘不可能是工厂废水’的水俣病”为标题，刊登了以下报道。
午后
食用熊本县水俣湾鱼类引发的怪病——“水俣病”，其致病源被认为是由新日本窒素水俣工厂排放的废水中的水银。但是，今年夏天对当地展开实地调查的东京工业大学清浦雷作教授提出了“病因不可能是工厂废水”的结论，他于11日向通产省提交了该研究报告。
确立自觉意识面对不断扩大的厚生行政
本次清浦教授的结论是：“水俣湾的水质经与其他海湾对比，并未受到特别污染，海水中的水银浓度也不高。并且，水俣以外的其他地区也存在体内含有大量水银的鱼类，食用这些鱼类并不会引发怪病。因此，得出水俣病是由含有水银的废水引起的结论过于草率。（后略）”
次官
清浦于当年8月底前往水俣展开水质调查。他用为期不到三个月的调查，否定了熊本大学历经三年才最终得出的结论。
4月1日田边事务次官午餐会
通产省支持清浦的观点，在“水俣病相关各省联络会议”上，通产省代表发言称，“不能断定新日本窒素水俣工厂的废水是致病源”。
1959年4月1日，从厚生省医务局次官手里接过任命书的山内等新职员，参加了4月15日为期两周的研修。参加研修期间，山内在笔记上这样写道：
事实上，当年11月12日是厚生省食品卫生调查会向厚生大臣报告水俣病病因调查结果的日子。该报告中，对致病物质进行了如下表述。
“我找到了天职。”
水俣病是因大量食用生息于水俣湾及周边的鳞介类所致，为中枢神经系统受损的中毒性疾病，其主要致病源为某种有机水银化合物。
据说在刚进入厚生省时，遇到高中时代的友人伊藤正孝，山内十分高兴地说：
这一报告本可看作政府方面对水俣病问题的首次见解，然而，由于通产省的成功计策，给人留下了“病因尚未确定”的强烈印象。就这样，通产省与厚生省的对决，以通产省的胜利告终。
山内在经济上确实很富裕，成绩也出类拔萃，堪称优等生中的优等生。然而，包括童年经历在内，在成长过程中缺少家庭温暖的山内，选择以救助社会弱者为目的的厚生省也是十分自然的。
第二天，即11月13日的内阁会议上，通产大臣池田勇人犹如乘胜追击般地发言称，“有机水银是由新日本窒素水俣工厂外流的结论过于草率”，他对厚生省的行动发出警告(10)。
此外，还有一些能想到的理由。据说山内上初中期间患了骨髓炎，高中时代也一直拖着腿走路。尽管他身高168厘米，体重60千克，属于胖瘦适度型身材，但学生时代的山内不擅长体育运动，身体也不是很结实。
“水俣食物中毒部会”在厚生省食品卫生调查会提交报告的当天接到解散命令，取而代之的是第二年2月26日成立的“水俣病综合调查研究联络协议会”。主导权从站在患者立场上的厚生省转移到了为企业辩护的经济企划厅手中，因此，对水俣病病因的调查不由自主地向后倒退了一大步。证据就是，尽管通产、经企、厚生、农林等各省厅彼此承诺今后齐心协力查明病因，然而该协议会在未提出任何结论的情况下于第二年3月自动解散了(11)。
在会场上时不时发出的会心笑声中，山内就这样回顾了进入厚生省的经过。不清楚这个女生是不是他字写得很乱的日记中提到的女生，不过，后来他也不经意地对知子提起过有一个进入厚生省工作的女生这件事。
等政府再次确定其见解是在1968年，也就是9年后的事情了。围绕水俣病的病因调查，政府内部，尤其是通产省与厚生省对主导权的争夺到了极度混乱的地步。最终的结果是，站在企业立场上的通产省，不遗余力地亲手摘除了早期解决这一公害病的萌芽。
那以后，我决定收心，把失恋的痛苦化作对厚生行政事业的热情，一直干到今天。（后略）
通产省在企业和御用学者的配合下，抹杀有机水银论的罪责无疑是十分严重的，然而，因省厅间的利益和力量角逐，自身的调查结论遭到不合理否定却无力反驳的厚生省的罪过同样重大。对水俣地区的首次视察未有成果，被逼上绝路的渔民因暴动而受到窒素公司的控告，以救助弱者为目的而设立的厚生省，就这样向后倒退了一大步。就在印刻上这一历史的1959年，22岁的山内丰德进入厚生省工作。
总共有七个选项，实际上哪一项都不适合我，这让我有些头疼。有哪些选项呢？比如，成为政府官员可参与国家大事；政府官员生活安定，老年生活有保障；还有对该工作本身有兴趣等。哪个选项都不符合我的情况……实际上，我上大学的时候，法语班里有个我暗恋的女生，经过调查，据说她要进厚生省工作。我想如果能和她一起工作该有多幸福啊，所以进了厚生省。她被厚生省录取了，我也被厚生省录取了，但我们之间并没有发展的余地，因为第五年她就辞职了，好像早已有了未婚夫，我被彻底甩了。
(1)“チッソ”即“窒素”的片假名。——译注
去年9月前后，我收到来自某大学社会学课程的问卷调查，内容是：“本研究室正在开展官僚成为政府官员的理由这一社会学调查。山内先生您为什么选择厚生省，请在以下选项中选择。”
(2)宇井纯：《水俣病的三十年》（桑原史成著：《水俣：没有终点的三年》所收，径书房，1986年），161～162页
对于山内进入厚生省的经过，存在几种版本的说法。1986年1月9日，当时担任厚生省审议官的山内，参加了修猷馆高中毕业生团体“二木会”的活动（每月第二周的周四举行），并以“厚生行政的林林总总”为题发表了演讲。演讲中他在回顾自己进入厚生省的经历时这样谈道：
(3)不知火海，位于熊本县水俣湾外围。——译注
为什么？
(4)川名英之：《日本公害纪实第1卷》，绿风出版，1987年，11、22页。
然而，山内却主动选择了厚生省。
(5)川名英之：《日本公害纪实第1卷》，绿风出版，1987年，34页。
山内获得了第二名，大藏、外务、通产等大省当然会直接向他抛出橄榄枝，他可以毫不费力地进入官僚们都十分憧憬的这三个大省。
(6)宇井纯：《公害的政治学追踪水俣病》，三省堂新书，1968年，44页。
当时，倘若“优秀”成绩在两位数，且高级公务员考试名列前茅，据说，即便进入官僚优秀人才集中的大藏省，将来坐上科长的位子也是有保证的。
(7)宇井纯：《公害的政治学追踪水俣病》，三省堂新书，1968年，56～57页。
对于立志成为官僚的东大法学部出身的精英们，即被称为“高级公务员群体”的人来说，在法学部取得“优秀”成绩的数量和高级公务员考试的名次，将在今后的官僚生涯中追随其一生，意义重大。
(8)原田正纯：《水俣病》，岩波新书，1972年，56页。
高级公务员考试的合格通知书上所写的名次是99人中的第二名。他在法学部的学习成绩，取得14个“优秀”。
(9)宇井纯：《公害的政治学追踪水俣病》，三省堂新书，1968年，98～103页。
山内从东京大学法学部（第二类公法课程）毕业，进入厚生省。
(10)川名英之：《日本公害纪实第1卷》，绿风出版，1987年，49～53页。
1959年3月28日。
(11)宇井纯：《公害的政治学追踪水俣病》，三省堂新书，1968年，154～158页。