国务院横插一杠，让事态愈发复杂。副国务卿托马斯·皮克林等人认为，若要阿富汗的局势稳定，阿富汗总统只能由南方的普什图人担任，美国政府千万不能错判形势。在皮克林看来，塔利班的最高领导人奥马尔正是这样一位候选人。在皮克林看来，美国应当让塔利班接管阿富汗全国政权，即便要对本·拉登动手，也不能妨碍塔利班。对于巴基斯坦，美国国务院也在全力维护。毕竟，巴基斯坦是美国在该地区不可或缺的盟友。20世纪80年代，正是巴基斯坦从中配合，美国的援助物质才能源源不断地送到“圣战”武装的手中；冷战期间，巴基斯坦也一直追随美国，起到了反苏桥头堡的重要作用。面对宗教极端主义的威胁，美国不能抛开盟友单独作战，无论美国政府要对本·拉登做什么，都最好不要触动巴基斯坦的敏感神经。
当然，追踪本·拉登并非没有意义，他确实极度危险，而且在恐怖分子当中极具威信。克林顿总统认识到了本·拉登的破坏性，强调要留心此人。但是，应该由哪个部门展开行动，又该如何行动？既然没人清楚，就只能一齐上阵。众多情报部门都在为追捕本·拉登而劳神费力，时不时爆出的相关新闻证明，情报部门并非徒劳无功。他们破获了不少劫机谜案，也在很多地方发现了恐怖分子布下的炸弹。可是，一个不知规模的恐怖组织，居然要向整个西方发起挑战！如此言论，倒真是前所未闻。那么，这到底应由哪个部门负责呢？中情局、国防部、国土安全局、联邦调查局，陆军或是海军的情报部门，又或者应先由海军陆战队打个头阵？克林顿任命了一位白宫反恐“沙皇”来协调所有反恐力量，此人名叫理查德·克拉克（Richard Clarke），克林顿还授予他内阁级别。可是，克拉克只是在本已喧嚣的反恐声浪上，添了几声鼓噪而已。
不幸的是，本·拉登不但与塔利班打得火热，还得到了巴基斯坦的安全保证，巴基斯坦又与塔利班有着千丝万缕的联系。现在的问题是，如何在不“改变战场”的情况下，把本·拉登从混乱的局面中抽离出来，实施打击。就在这样的情况下，美国的反恐政策却缩到了一种狭隘的执念上。
但美国策决者走了另一条路，缩小了研究范围，社会、政治、文化与经济因素，他们全都未曾考虑，而是单纯地把伊斯兰主义作为军事问题加以关注。而且，相应的军事行动往往只指向一个人——奥萨马·本·拉登。美国政府认为，压制此人将解除威胁。
中情局策划了一个抓捕行动。他们准备派专人潜入阿富汗，然后神不知鬼不觉地把本·拉登绑架出境。这个任务看似简单，毕竟人人都知道本·拉登就在塔尔纳克农庄。此地与世隔绝，被沙漠与灌木包围。中情局30人的抓捕小队打算趁着夜色，通过井渠潜入本·拉登的老巢，绑架拉登后乘直升机撤离。
对于美国决策者来说，这是一个好时机，让他们退一步，从更广泛的角度看待这一问题。他们本可以研究什么是“圣战主义”（Jihadism），源自何处，吸引了谁，为什么吸引他们，以及它是如何进入巴基斯坦与阿富汗文化的。除了思考这些问题，他们本有机会联络一些穆斯林中值得信赖的宗教知识分子，破除本·拉登等“圣战主义”者的蛊惑。他们本可以察觉伊斯兰探究“圣战主义”者及其对手是如何与穆斯林社会的政治和社会潜流交织在一起的，以便拟定对策，远离实际危机的上游。最后，他们可能已经知道如何区分长期存在的地方冲突和全球冲突，并分别处理他们。
抓捕小队本来已经准备行动，但在关键时刻，克林顿临阵退缩了。1980年的伊朗人质危机，卡特曾做过相似的决策，但由于一场沙尘暴，冒险救援未能成功，卡特的政治生命也因此走到了尽头。克林顿在一张塔尔纳克的卫星照片中看到一个空荡荡的儿童秋千，于是，他想到了最坏的情况：万一行动失败，本·拉登逃脱，而孩子们被杀了，那会怎么样？克林顿承受不起失败带来的后果，于是下令终止抓捕行动。
不过，伊斯兰教并无教皇一类的人物，也没有等级森严的教会体系，没有人拥有说一不二的权力。教令的认证来自大家的共识，提出的教令若能获得大众认可，自然就有了效力。这样看来，本·拉登似乎有发布教令的权力，而且他有追随者，至少一些穆斯林接受了他强加的“宗教责任”。
中情局很失望，但是，他们很快制定了二号方案。这一次，美方打算通过空袭，直接除掉本·拉登。本·拉登及其同伙在霍斯特训练营的时候，就是下手的最佳时机。但在最后一刻，克林顿再次退缩了。他得到情报，训练营中没有本·拉登及其同伙，而是阿联酋的王室成员，每年他们都要来这里猎鹰。克林顿最不希望看到的就是试图杀死本·拉登，却误杀了阿联酋王室，那样一来，他将面临严重的指控，所以他取消了行动。（当然，我们不能就此指责克林顿优柔寡断。当时，他作出了正确的决定。事实证明，那次行动不会把本·拉登怎么样，反而会导致盟国王室成员死于非命，由此而来的后果实在不堪设想。）
本·拉登称他的声明是一种法特瓦（即教令）。教令并不像人们通常认为的那样，是一种暗杀命令或宣战书，而是一种宗教裁决，涉及现有判例未涵盖的案件。面对前所未有的问题，宗教机构必须决定伊斯兰教法如何适用于这种情况，这种裁决为日益增多的伊斯兰教法提供了新的先例。因为这是一件很严肃的事，因此，只有最高的宗教机构才可以发布教令。本·拉登显然不是这样的权威，毕竟他从未接受宗教教育，在正统的伊斯兰学者中没有地位，他不过是个热心“圣战”的有钱人而已。
同时，本·拉登也一直在策划他的下一步恐怖行动。包括非洲在内的世界各地都有本·拉登的特工在行动，他决定是时候让他们中的一些人采取行动了。1998年8月8日上午10点30分，几名“基地”组织成员驾驶装满炸弹的卡车，袭击了美国驻肯尼亚内罗毕的大使馆。那次恐怖袭击导致213人当场丧生，4000多名伤者中，有300多人不治身亡。受害者中，有12名美国公民。9分钟后，坦桑尼亚达累斯萨拉姆的美国大使馆也成了恐怖分子的袭击目标。袭击导致11名当地群众死亡，85人受伤。
1998年2月23日，本·拉登及同伙发表了一份放肆的声明，公开向美国、以色列以及整个西方世界宣战。两年前，本·拉登发表过一篇类似的声明，但由于篇幅冗长，语无伦次，没有引起人们的注意。这篇声明更简短、更大胆。他引用《古兰经》中（关于打击异教徒）的段落，列举了对犹太人和“十字军”的不满，并发布教令，号召世界各地的穆斯林以各种方式杀死美国人及其盟友，无论平民还是军人。
面对如此严重的恐怖袭击，美国总统应该立即作出强有力的应对，但是，那个时候的克林顿因为几桩政治丑闻而有些自顾不暇。早在克林顿成为总统之前，他和妻子因为参与白水房地产开发生意而赔了钱。克林顿入主白宫后，他的对手要求对此进行调查，国会任命特别检察官肯·斯塔尔（Ken Starr）调查此案。斯塔尔像维克多·雨果笔下的沙威那样坚韧不拔，他无法确定克林顿与白水公司的指控是否成立，但在调查过程中，一名叫宝拉·琼斯的女性对总统提起了诉讼，琼斯表示，克林顿担任州长期间，曾多次对自己实施性侵。
塔利班还向本·拉登提供了一处位于坎大哈郊区的大院，一座塔尔纳克农庄，这里成了“基地”组织的总部所在。本·拉登的妻子儿女也来到阿富汗与他一起生活。他和他的同伙正是在这里策划了那些震惊全球的恐怖试验。
琼斯的指控最终被驳回，不过，该事件已被斯塔尔纳入调查。他发现克林顿和白宫里一位叫莫妮卡·莱温斯基的实习生最近有性关系的迹象。经过斯塔尔的不懈追查，最终还原了事实的全部细节。克林顿曾经一边办公，一边接受莱温斯基的口头性服务，地点竟是在白宫的椭圆形办公室。斯塔尔将调查结果中最露骨的细节透露给了媒体，引起全美国的热议。当时，正是非洲那两场恐怖袭击发生前的几个星期。爆炸发生当日，莱温斯基女士正在向大陪审团就她与总统的性行为作证。8月17日，克林顿出现在电视上，承认自己的性犯罪行为。之后，他从电视台直接奔赴会场，与情报专家举行了一次秘密会议，讨论应对之策。克林顿下令在8月20日，向霍斯特附近的恐怖分子训练营发射60枚“战斧”巡航导弹，并向据称正在制造化学武器的一家苏丹化工厂发射了十几枚巡航导弹。
塔利班的盟友在贾拉拉巴德市附近，一个叫托拉博拉（Tora Bora）的地方，为本·拉登提供了一个遍布灌溉渠道的地盘。为了改造这里，本·拉登很是破费了一番。当然，他不光自掏腰包，世界各地的瓦哈比派也向他提供了不少支持，他将这里的洞穴改造成一个可怕的地下军事基地。毛拉·奥马尔喜欢本·拉登的所作所为，在靠近边境城市霍斯特南部的边境地区给了本·拉登更多土地。这里就是恐怖分子的“西点军校”（West Point），本·拉登在此建立了一系列武装训练营，全球各地的宗教极端分子可以在这里学习美国海豹突击队与陆军游骑兵的特种作战技能。
那次行动一共耗资5500万美元，不过，没有一名“基地”组织的重要人物因此丧生。这倒也不奇怪，导弹袭击之前的几个小时，本·拉登便已安全撤离。行动前一天，巴基斯坦总理纳瓦兹·谢里夫（Nawaz Sharif）已经得到消息。至于苏丹的化工厂，“基地”组织的宣传人员声称那是一家生产阿司匹林的工厂。这一说法仍有争议，但在当时，观念占据了主导权，塔利班打赢了这场战争。
反苏战争期间，本·拉登结识了几位三军情报局的重要人物。回到阿富汗，他和他们的关系再次亲近起来。那个时候，塔利班武装正在阿富汗各地扩张，本·拉登支持的300万美元，帮助他们收买了喀布尔以南的军阀，这使本·拉登成了塔利班最喜欢的阿拉伯裔阿富汗人之一。五个月后，塔利班占领喀布尔，本·拉登深感振奋，因为塔利班拥护他信奉的一切，本·拉登宣称塔利班统治下的阿富汗是世界上唯一真正的穆斯林政权。
克林顿从他这次果断的行动中得到的是嘲笑，丑闻缠身的总统发动空袭，难道真是为了国家安全？大多数选民对此表示怀疑。从专栏作家到深夜电视喜剧演员一致认为，这一切与克林顿和莫妮卡·莱温斯基的丑闻有关。这让人们想起了1997年上映的《摇尾狗》（Wag the Dog），电影里虚构的总统为了掩盖性丑闻，选择对阿尔巴尼亚动武。
事后，美国中情局很快就认定本·拉登乃是罪魁祸首。美国政府还向苏丹政府施压，迫使其交出本·拉登。苏丹政府只能要求本·拉登离境。1996年，本·拉登回到阿富汗。
本·拉登倒成了大赢家，他从他的目标选民那里得到了想要的一切。不满的穆斯林被他的“圣战主义”所吸引，他那冠冕堂皇的“教令”表示，他不希望被认为是甘比尼兄弟和“豺狼”卡洛斯的同类，而应与克林顿、叶利钦等国家政要齐名。为了打击本·拉登，世界上唯一的超级大国甚至出动军队，用上了战争中才会派上用场的先进武器。本·拉登不仅还活着，很快他还发布了关于他胜利的录像带。在巴基斯坦，一时间出现了两本奉承本·拉登的传记，并很快成为畅销书（在美国，非虚构类图书畅销榜上有一本关于戴安娜王妃的书，另一本是关于莱温斯基的）。
本·拉登来到苏丹，继续公开抨击沙特王室。最终，沙特政府剥夺了他的公民身份。那时，他正忙于建立“基地”组织，研究恐怖主义的政治可能性，即利用其组织的弱点（人数、资源和地盘的匮乏），通过让个人破坏者和自杀式袭击者偷偷进入“敌国”领土，对平民进行可怕的屠杀。1995年11月，他的阴谋第一次付诸实践。几名“基地”成员潜入沙特首都利雅得的一处美国人社区实施恐怖袭击，爆炸导致十几名美国工程师及助理死亡。
那年秋天，国会开始讨论弹劾克林顿在性生活上的撒谎问题。如此一来，克林顿自然三心二意，更没了武力解决本·拉登问题的精力。而且事实证明，军事手段并没有奏效。于是，美国政府决定改变策略，要求塔利班逮捕本·拉登，并将本·拉登移送美国受审。美国的这种试探只会刺激塔利班的自负感，他们欣喜若狂地拒绝了。本·拉登是他们的客人，普什图瓦里要求他们用生命保护客人。塔利班表示对本·拉登的行踪一无所知。
回到沙特阿拉伯的本·拉登志得意满，阿富汗的光荣经历让他有些自我膨胀。那个时候，萨达姆·侯赛因刚刚挥师入侵科威特，伊拉克军队距离沙特阿拉伯本土越来越近。危急关头，本·拉登主动请缨，希望由他领导一支阿拉伯裔阿富汗人组成的军队对抗萨达姆。他的这番豪言壮语并未得到沙特政府的重视。沙特政府不把“圣战英雄”放在眼里，显然有些令人难堪。而后，沙特政府乞援美国的行为，更在这些“圣战英雄”的伤口上撒了把盐。眼见政府大开国门邀请美军进来，本·拉登痛心疾首，他对王室大加挞伐。沙特政府也毫不客气，立即宣布将他驱逐出境。
而后，美国政府又转向巴基斯坦寻求帮助。克林顿向巴基斯坦总理谢里夫发出呼吁，要求他帮助美国抓捕本·拉登。谢里夫虽然出口应承，却又表示此事的结果不敢保证。谢里夫还向克林顿抱怨，巴基斯坦军方没有合适的装备，且缺乏专业技能，抓捕本·拉登谈何容易。于是，中情局给了谢里夫所需的资金、物资和顾问，用于组建这样一支突击队。但这支部队从一开始就不是去追击本·拉登，而是塔利班的敌人。1999年，他们杀害了著名反塔利班军阀阿卜杜勒·哈克（Abdul Haq）的妻儿。这是一次沉重的打击，哈克虽是普什图人，却并不支持塔利班，他这样的人实在是凤毛麟角。
奥萨马·本·拉登（Osama Bin Laden）就是这样一位思想极端的阿拉伯青年。他的父亲原籍也门，是一位富商。其家族和沙特王室关系密切，在沙特阿拉伯也算得上是一大豪门。本·拉登有50多个兄弟姐妹，他排行第十七。家族中的大多数成员都是循规蹈矩的富家子弟，但本·拉登走上了另一条路，相对家人放荡不羁的言行，他追求极端的“虔诚”。20世纪80年代中期，他加入了成千上万涌向阿富汗的阿拉伯空想家的行列。在那里，他用财富支持“圣战”，这让他很快就结交了不少当地朋友。他还多次奔赴前线参加战斗，大家对他自然又多了几分敬意，尽管他的军事功绩远不及后来传说的那般神奇。后来，本·拉登在白沙瓦为在这里的阿拉伯激进分子设立了招待所，他们可以从这里冲向战场，回来后洗个澡，美餐一顿。这个地方就是本·拉登打造的一处“基地”（al Qaeda）。1988年，随着阿富汗战事结束和阿拉伯裔阿富汗人的回国，“基地”组织成了他新成立组织的名称，该组织致力于为阿拉伯激进势力提供支持，帮助他们推翻各自国家的政权。
事实上，巴基斯坦政府已不再能够帮助美国，即使他们有心相助。因为这个时候的塔利班，已经不再受制于巴基斯坦。当巴基斯坦决定扶持塔利班的时候，其考虑的是自己的地区和全球利益，他们想在阿富汗建立一个政权，通过它控制阿富汗的外交，至于塔利班如何处理内政，巴基斯坦政府无意干涉。
冷战期间，一些穆斯林不满者拥护共产主义，仅仅是因为如此作为可以得到强大苏联的资助。马克思主义从来没在伊斯兰世界真正扎根。东欧剧变之后，苏联再也无法提供金钱和军备，于是，伊斯兰革命者转向根植于伊斯兰土壤的斗争哲学，这就是伊斯兰主义。阿富汗成了伊斯兰主义的纽带，因为它的反苏独立战争吸引了阿拉伯世界成千上万的激进分子。他们以激进分子的身份来到这里，以坚定的革命者身份离开，暴力倾向早已深入他们的骨髓。这一代“圣战”老兵，就是众所周知的“阿拉伯裔阿富汗人”（Arab Afghans）。
千算万算，巴基斯坦政府却忽略了一种可能。他们不曾想到，塔利班对本国心怀不满的穆斯林有如此强大的号召力。而且，塔利班不仅是宗教激进分子，他们还是普什图沙文主义者。巴基斯坦境内的普什图人有数百万，他们和巴基斯坦政府的关系向来是有争议的。他们没有预料到这些作风强硬、久经战斗考验、激进的普什图沙文主义者，有能力与巴基斯坦社会中强大的、潜在的叛逆分子建立紧密的联系。他们与巴基斯坦境内的宗教激进党派、游走在杜兰德线两侧的走私黑帮、在贫民群体中影响巨大的宗教学校与清真寺、谴责世俗价值观的乡村教士、边境城市的市井商贩、瓦济里斯坦等地的部落酋长关系密切。这也难怪，毕竟他们说着同一种语言，共享同一种文化。
其实，伊斯兰世界早就具备了革命激进主义的条件。从巴基斯坦到摩洛哥，几乎每个穆斯林人口占多数的国家，都有一个由警察力量支撑的威权政府。20世纪70年代以来，随着这些国家的统治精英不断从西方帝国主义那里获得枪支和金钱，以帮助他们维持统治，激进的反西方情绪一直在高涨。社会虽在发展，贫富差距却因此不断扩大。这种差距不仅体现在财富上，还反映在西化的精英阶层和他们统治的大众之间的文化鸿沟上。自阿卜杜尔·拉赫曼时代起，这道鸿沟就已形成，并随着时间的推移不断加深。
当年，巴基斯坦将塔利班送到了阿富汗。如今，塔利班主义从边境渗透回来，扰乱了巴基斯坦社会。到1999年，巴基斯坦军方和情报机构已经意识到他们制造了一个怪物，但为时已晚。两国的边界正在消失，从卡拉奇到克什米尔的巴基斯坦领土上充斥着塔利班主义。军方和三军情报局的中低层人员是忠于塔利班的，结果是，这些组织的高层不敢命令下属对抗塔利班，因为害怕下属抗命不遵，而一旦下级意识到可以违抗上级命令而不受惩罚，那么所有的赌注就都落空了。