回营一看清兵突然冲过来了，急忙开枪射击，没想到储藏炸药的地方着火，把自己的营帐给烧着了，这时候救火都来不及，哪还有心思掐架。清兵趁势杀过来，射死了回族的头目，又抢夺了回族的旗鼓。回民继续跑路，一连被追了几十里，被抓了上万人。
清兵夺粮心急，顾不上什么石头弓箭，拼了命地往上冲。回民抵挡不了，纷纷四散溃逃，剩下的牲畜粮食，都被清兵给搬走了。清兵有了粮食，精神头倍儿足，接着追到沙布都特。这儿有很多苇湖，回徒四处分扎，决水成河，来阻住清兵去路。长龄命令士兵冒险趟水过河，用短兵接战，又率领骑兵绕到左右水浅的地方，来阻截敌人。
清兵又回到了阿瓦巴特，看到有几百个骑马的侦查人员。那些人遇到清兵，急忙逃跑。长龄害怕中埋伏，禁止士兵去追。晚上，长龄派吉林的精兵，从左右小路绕到敌人后面。第二天一起前进，用枪炮兵作为前列，藤牌兵作为后队，沿途果然遇到埋伏，两下一顿猛掐，枪炮都用上了，回民也拼命抵挡。清军派出了自己的藤牌兵，一个个穿着虎衣，冲进了敌阵。回民仍然拼命抵挡，但回民的马都害怕，不停地倒退，顿时队伍乱了。吉林的精兵趁机从后面杀过来。回民大败而逃，安集延二帅也被清兵杀死了。
将士们得到这个命令，个个摩拳擦掌，士气高昂。长龄就把士兵分为三队，自己和杨遇春领中军，武隆阿领左翼，杨芳领右翼，三路进攻。回众据冈迎敌，由高临下，声势也不弱。
清兵再次赶到浑河北岸，张格尔亲自率领着十万多人在河的对面列阵，横亘二十多里，又建造堡垒，弄好炮架，鼓声震天。长龄本来挺有谋略，但看到敌人这么浩大，也开始有些胆怯，就跟杨遇春商量。
道光七年，扬威将军长龄率步骑二万二千名，由阿克苏出发，一路行进，没有看到敌踪。到了洋阿巴特沙漠，已经过了半个月，粮食也都吃光了。正在恐慌的时候，忽然有人报告说，前面五六里外有几座敌营。长龄就下令说：“我们从阿克苏赶到这里，粮食已经吃光了，现在敌营就在前面，不趁着这个时候去抢粮食，还等到什么时候！”
杨遇春说：“敌势确实浩大，但也不是一点法子没有。只要我们坚守不出，晚上再派人去扰乱敌营，不是去偷袭，只是扰乱贼心，等他们晕头转向以后，咱们再趁机攻打。”长龄于是将计策安排下去，派了几百士兵，晚上乘木筏渡河，一晚上叫喊不停。张格尔多次出来查看，一晚上没休息。
道光帝又命令长龄查办历任回疆官员，长龄举报了斌静、色普徵额、巴彦图、绥善等人的情况。于是，皇上就下命令将斌静、色普徵额弄进了监狱，打算砍脑袋；绥善被发配到了黑龙江；巴彦图因为滥杀，死了不能算是因公殉职，只是稍微照顾。又让办理粮饷的大臣定好体例，绘好图，核实开销，不能胡花滥花。并且开采回疆的铜山，铸普尔钱，分配给乌里雅苏台和伊犁分别牧牛马骆驼，以接济军用，回疆的军务这才稍微有点起色。
第二天晚上，长龄打算仍然用疑兵，突然从西南方向起了大风，顿时天昏地暗，不辨南北，长龄急忙下令退营。
回疆一共分为八城，西四城已全部失陷，还有东四城未失：一名喀喇沙尔，一名库车，一名乌什，一名阿克苏。阿克苏为东部的屏障，张格尔派兵入侵，直到浑巴什河，距离阿克苏只有四十里。城中的兵还不到一千，人心惶惶，幸亏办事大臣长清派参将王鸿仪领兵六百，守住河岸，两战两胜，回民这才退回去。不久援兵赶到阿克苏，东四城这才得以保全。
杨遇春进来问：“大帅为什么退营啊？”
道光帝看完以后，立刻任命长龄为扬威将军，颁发证书，军营大小官员都受他的管制，伊犁将军的职务则暂时由德英阿代理。又命令山东巡抚武隆阿率领吉林、黑龙江三千骑，出嘉峪关，与陕甘总督杨遇春一同担任参赞大臣，去剿灭匪军。
长龄说：“敌人跟我们近在咫尺，他们人多，我们人少，如果他们趁着天黑渡河过来，四面包围我们，我们不是要全军覆没吗？所以我打算先退后十几里，等天气好了，再过来也不迟。”
命令刚下达，紧接着又接到了伊犁将军长龄的急奏。报告中说：“匪军已经占领了巢穴，正在蠢蠢欲动，喀城距离阿克苏两千里，四面是回村，中间大多是戈壁，不是伊犁乌鲁木齐六千援兵就能收复的，恳请迅速发大兵四万，用一万五千兵力来保护粮台，二万五千兵力来剿灭匪军。”
杨遇春说：“大帅考虑得确实不错，不过根据我的想法，这次正是老天帮忙的时候，要抓住张格尔，就在今天晚上了。”
清政府接连接到警报，急忙遣兵调将，忙得不得了。道光帝下了道圣旨，命令陕甘总督杨遇春为钦差大臣，统领五千陕甘兵赶赴回疆，会合各路人马去剿灭叛军。又命令陕西巡抚卢坤，赶赴肃州去办理军饷。
长龄忍不住站起来问：“参赞有什么妙计？”
庆祥困守孤城，左思右想，也没想出个办法，最后一咬牙，悬梁自尽了。喀城无主，就被张格尔攻破了，紧接着他又占领了英吉沙尔、叶尔羌、和阗三城，回疆西四城也全都沦陷了。
杨遇春说：“敌人虽然众多，但只是聚集到一块儿，这说明他们不懂兵法。我们的部队远来，最好是速战，如果和他们这么相持下去。等到粮食用光了，那时不能进，不能退，反而中了深沟高垒的贼计。现在天昏地暗，敌人一定想不到我们会攻打他们，出其不意，攻其不备，还怕张格尔不败吗？看我杨某人为大帅杀敌！”
张格尔把这帮人收为亲兵，又去进攻喀城。这时喀城外面的清营抵御安集延兵已经好几天了，累得人疲马倦，哪里还经得起张格尔这支生力军又杀过来，领队大臣乌淩阿、穆克登布全都战死了。
长龄说：“参赞说得确实有道理，但是如果我们的部队刚走到河中间，他们就过来攻打，怎么办？”
黑夜里也分不清回众到底多少，就觉得越杀越多，四面八方好像都是回部的旗帜，安集延兵马虽然精锐，这时候也有点胆怯，浩罕王急忙夺路逃跑。还有安集延兵二三千名被张格尔围住，无路可退，没办法只好缴械投降了。
杨遇春说：“这个也不难，大帅可以派一千名索伦兵，绕到下游，去牵制住敌人，我亲自率兵去占领上游，两处都得手以后，大帅自然可以从容过河了。”
刚渡过浑河对岸，树林中就杀出一帮回众，大叫浩罕王别走，吃我一刀。浩罕王不看不要紧，一看差点没把鼻子气歪，这人正是张格尔。浩罕王气得无名火高起三丈，立刻率兵接战。
长龄仍然犹豫不决。杨遇春说：“机会难得，失不再来，请大帅迅速下命令吧！”于是长龄就把退营的军令改作进兵的军令，按照杨遇春的计划，先从上下游潜渡，乘风破浪，到达彼岸。
浩罕王非常愤怒，竟然率军渡河，围攻喀城。张格尔一看阻挡不了浩罕的人，就暗地里安排人去阻截浩罕王的退路。浩罕王攻城好几天，心急攻不下来，又打听到张格尔不怀好意，害怕腹背受敌，就连夜带兵回去了。
杨遇春又让前队扛着巨炮，渐渐逼近敌营。张格尔还在梦里，被炮声给震醒了，急忙忙起床督战。这时候，炮声与风沙声相杂，就像几十万大兵一起攻过来，弄得人人心惊胆战。
忽然有人报告说浩罕王亲自率兵赶过来了，张格尔不由惊疑地说：“浩罕的兵怎么来得这么快？这可真是出乎意料。我还以为清朝大部队聚集到这儿了呢，所以才请求浩罕帮忙，现在喀城守兵这么少，半天工夫就能攻下来，还要浩罕的兵有什么用？”于是，他就想抵赖，立刻派人到浩罕军前，叫他不用前进了。
到了天明，索伦兵从下游赶过来，长龄也亲自率领大兵渡河过来。这时，风停了，天气也晴朗了，就趁势冲进敌人的堡垒，张格尔急忙带兵逃跑。回族都穿高筒鞋，鞋后面还没有鞋跟，行走很不方便。而且如果再背着粮食之类的东西，负担很重。这时候为了逃命，什么都不要了。
浩罕王大喜，当即答应发兵，让来人先回去。张格尔知道有后援了，立刻率军大举进攻。前哨到了浑河，打听到喀域外面只有三座清营，报告给了张格尔。张格尔说：“这么说来，天山北路的清军还没有南下，我们得赶紧前进才好。”于是下令渡河。
清军趁机渐渐逼近喀什噶尔城下，一举登城，抓住了张格尔的外甥和安集延两伪帅，以及一起造反的一些伯克等人，杀死敌人不计其数，俘虏了四千多人。
张格尔倒也不敢逼得太紧，又派人到浩罕国求援。浩罕王摩诃末阿利刚即位，知人善任，威服附近哈萨克各个部落。当时有百回兵不如一安集延的传闻，安集延就是浩罕东城。张格尔跟浩罕约定，等得到回疆西四城后，子女玉帛可以平分，还答应割让喀城作为酬劳。
长龄就把收复喀城的情形，火速报告了清政府，满心指望着能给点奖赏。没想到朝廷的回复是：“我让你带兵出击，是让剿灭敌人的首领，现在你竟然让敌人溜走了，这个责任可要承担。长龄夺去紫缰，杨遇春夺去太子太保衔，武隆阿夺去太子少保衔，仍然命令你们限期捕获！”这道命令一下，还真有点出乎意料。长龄心里有些不高兴，杨遇春倒不在意，仍然率领部队收复了英吉沙尔和叶尔羌，又派杨芳收复了和阗。西四城也都已经收复了，就又出塞去搜捕张格尔。二杨各自率兵四千，分道西进，杨遇春驻扎在色勒库，杨芳驻扎在阿赖，南北相距十几站。阿赖是葱岭的山脊，是回疆通浩罕的要道，浩罕留兵驻守，听说清兵突然赶来了，急忙带兵占据险要来阻截。杨芳率先突击，浩罕的兵且战且退。清兵才走了一二里，山路越来越难走，突然伏兵四起。整整打了一昼夜，清兵损失惨重，幸亏杨芳素有节制，步步为营，严阵出险，这才得以生还。长龄只好再次按照实际情况报告了，得到的回复是：“各位将军孤军深入，浪费军饷，还是别打了。只留下官兵八千来防守喀城，剩下的九千跟随杨遇春出关，杨芳代为参赞，跟长龄武隆阿筹划善后的事宜，收到后报告给我！”这道命令下去以后，杨遇春只好按照命令往东回。长龄与两参赞商议了一番，武隆阿建议把西四城仍然还给回族人民，长龄的意见也一样，杨芳因为刚担任参赞，不方便提出反对意见。于是，就由长龄、武隆阿分别写了份报告，让人交给了清政府。道光帝看到两份报告，也不看是谁发过来的，就先看后面是怎么善后的：
庆祥点头，命令二人带一千多名士兵去攻张格尔。二人早晨出发，傍晚到达，仗着锐气杀死回众四百人。张格尔退到了大玛杂内，倚着三重墙垣，誓死固守。又派人去散播谣言，说清军要铲除圣墓，屠尽回族的子孙。回民听说以后非常惊恐，很快聚集了几千人，去救张格尔。舒、乌两大臣正在围攻玛杂，忽然看见回民像潮水一样涌过来，急忙分兵抵御，没提防张格尔也乘势杀出来，内外夹攻，把清兵杀得七零八落。舒大臣阵亡，乌大臣踉跄逃回去见庆祥。庆祥急忙调派各营士兵，全部聚集到喀什噶尔，保卫喀城。
我觉得回族人民崇信和卓，已经是改不了的风气。即使张格尔被抓到，他的弟弟仍然在浩罕，还是会留下后患。用八千多士兵制住这百万之众，那是千难万难。如果可以分封伯克，让他们自己守卫，就像伊萨克、玉素普等人，虽然帮助官兵，但回族人民都不信服。不如放了回族首领那布敦的儿子阿布都里，他是乾隆帝时被留在京城的，现在放他回来管辖西四城，或许可以让回人信服，不发生叛乱。
张格尔就打算借着祭祖的名头，固结众心。因为有这番举动，协办大臣舒尔哈善、领队大臣乌淩阿急忙报告给了庆祥。庆祥急忙召见阿布都拉，阿布都拉已经不知去向。庆祥顿时有些仓皇失措，还是舒、乌两人报告说：“张格尔深入喀境，非发兵驱逐不可。”
道光帝看完以后，大怒说：“长龄这老小子是老糊涂了。高宗纯皇帝花费了多少心血才把回族首领那布敦给灭掉的，他的后裔阿布都里被押解到京城，给功臣家为奴。我刚即位的时候，照例大赦天下，让他们摆脱了奴籍。现在张格尔造反，按照亲缘关系，也应该治他们的罪，长龄反而劝我把阿布都里放回去，这不是老糊涂了是什么？不知道武隆阿是怎么个主意，大概会说长龄的荒谬吧。”接着打开了武隆阿的奏折，接着看：
庆祥信以为真，一面通知回族人民，一面揭发批判阿奇木王努斯谎报的罪状。张格尔得到这个消息，也害怕人心离散，就带着五百人回到回城，拜奠他先祖和卓木的坟墓。回徒叫和卓坟为玛杂，非常尊敬。玛杂在喀城外，距离喀城约八十多里，乾隆时，大小和卓木被灭掉，所有喀城外原有的和卓等墓，仍然下令让回族人看守，不准上去砍柴、撒尿之类的。
善后的策略，我觉得留下的士兵太少，就不足以应付敌人，留下的太多，运送粮食就困难。反贼袭击乌什，从和阗直接攻打阿克苏，幸亏我们迅速出兵，反贼的奸计才没得逞。我认为西四城各塞，敌人环逼，处处都有危险，地也不容易守，人也不愿意臣服，与其浪费粮食，还不如直接把东四城也还给他们。
庆祥到了喀什噶尔，招集司员章京及各城的伯克商议。伯克中有个阿布都拉，自称对回族的事非常熟悉，庆祥就详细询问他张格尔的情形。他却说张格尔是假名，冒充和卓木的后裔，以前都是阿奇木王努斯的谎报，所以才哄动一时。参赞大人现在到了这里，根本不用一兵一卒，只要说张格尔不是回族，回民肯定立刻不去依附他了，这样这群反贼很容易就能消灭了。
道光帝没等看完，就把奏折都给扔了。把军机大臣叫进去说：“长龄老糊涂，想把反贼后裔阿布都里放回去，让他再统领旧部，武隆阿巴结长龄，也这么说。你去草拟一道命令，把他们二人革职，暂时留任，另任命直隶总督那彦成为钦差大臣，迅速赶赴回疆，代替他处理善后工作，这才不误事。”军机大臣立即当面写了一份命令，给道光帝看过以后，这才发下去。道光帝又说：“阿布都里须发配到边省监禁，你通知刑部，立即发配。”军机大臣唯唯而退。
巴彦图稍微发泄心里的郁闷，立刻带领队伍回去。没想到，逃回去的人，因为妇女和孩子被杀，都跑到回族酋长汰列克那儿哭诉。汰列克听完大怒，立刻率领部众二千名前来追袭，把巴彦图围住，十个杀一个，霎时间把清兵全部杀掉，接着就和张格尔联合进兵，非常嚣张。永芹没办法隐瞒，急忙请求支援。道光帝就把永芹召回去，命令伊犁将军庆祥去代替，又让大学士长龄去代替庆祥原来的职务。
长龄接到被革职消息，大吃一惊，忍不住坐立不安，急忙找去杨参赞商议。杨参赞想了一会儿，说出一个反间计，长龄这才喜形于色。原来回徒向来分两派，一派叫白山党，一派叫黑山党。张格尔是白山党首领，占据喀城时，曾经滥用威权，虐杀黑山党。黑山党非常愤怒，很多人曾暗地里串通清营，长龄奏折中所说的伊萨克、玉素普等人都是黑山党徒，他们和白山党互有嫌隙。杨芳就以此谋划计策，秘密派黑山党出去造谣，扬言官兵全撤走了，喀城空虚，各个部落都盼望和卓回来。这消息传到了张格尔的耳朵里，他顿时喜出望外，接着就集合自己的残余部队，再次窥视边疆。他先派手下出去打探，果然没有官兵的踪迹，于是就潜入了阿尔古回城。这时已经到年关了，张格尔就打算在除夕这天去袭击喀什噶尔，昼夜整备军械，忙个不停。这天晚上，张格尔亲自出去巡城，远远看见东北角上隐隐有人马行动，不由得失声说：“不好了！不好了！清兵来了！”急忙准备开城逃跑。后面已经报告清军杀到了，为首大将正是杨芳。张格尔无心恋战，拼命奔逃，杨芳也拼命追赶，到了喀尔铁盖山，回民也渐渐逃光了。只剩下张格尔的三十多人，弃马登山。杨芳急忙命令副将胡超、都司段永福绕到山后堵住去路，然后亲自率领士兵从前面登山，捉拿张格尔。张格尔爬过山头，向山后乱跑，猛听见有人喊：“张贼，快来受死吧！”张格尔心里一急，脚下被绊了一下，一下子向后跌倒了。不知道张格尔有没有被捉到，咱们下章再讲。
永芹到了回疆也没法子，他虽然不像斌静那么荒淫无耻，但庸庸碌碌的，也剿灭不了叛匪。张格尔招集了许多党羽，又勾结外面的人，多次骚扰边境。清兵过来攻打，他就逃跑，清兵走了，他就再来侵犯，就像膏药一样，粘到身上甩不开。有的时候，他又假装来投降。弄得永芹焦头烂额，一连折腾了三年，仍然没有一点效果。道光五年夏天，边关上报告张格尔大举入侵，领队大臣巴彦图仗着自己体格好，率领着二百多人去剿灭，走了四百里，也没有见到张格尔的踪迹。他竟然勃然大怒，走到布鲁特地方，看到有回民在游牧，老的小的，总共有二三百人，就下令让士兵杀过去。吓得回民四散逃跑，只有妇女和儿童一时跑不了，被他见一个杀一个，可怜这些无辜的人，都被巴彦图杀死了。