经此一役，阿里不哥主力元气大伤，再无进攻能力，只剩下招架之功。
《史集》记载，阿里不哥军溃败后，忽必烈军追击五十余里。但当阿里不哥率残部北遁后，忽必烈又决定放弟弟一马：“不要去追他们，他们都是些不懂事的孩子，（应当）使他们明白过来，后悔自己的行为。”
忽必烈虽然在军事上并未对阿里不哥斩尽杀绝，但他显然也汲取了去年冬天放虎归山的教训，转而在经济上发动了绞杀战。除了继续切断粮食供给，忽必烈严禁马匹向北流入阿里不哥控制区，不惜以高价应买尽买。
果不其然，一上战场，阿里不哥的一切谋划和坚忍，都在绝对武力优势面前化为齑粉。
从历史的后见之明来看，忽必烈可能在等待阿里不哥集团的自我瓦解。
中统二年（1261年）十一月，亲征的忽必烈在昔木土脑儿与阿里不哥军遭遇，这也是这对兄弟在夺位战争中第一次面对面对决。
中统元年（1260年），阿里不哥以大汗的身份，力推察合台之孙阿鲁忽为察合台汗国新君。作为回报，阿鲁忽向喀拉和林输送了大量物资，极大缓解了阿里不哥政权自失去中原物资供给后出现的经济危机。但阿里不哥以恩主与上位者自居，对察合台汗国索求无度，几至敲骨吸髓，最终令羽翼丰满的阿鲁忽忍无可忍，与阿里不哥反目成仇，东向归附忽必烈。遭到背叛的阿里不哥怒不可遏，发兵征讨阿鲁忽。
面对阿里不哥的进击，忽必烈一点都不敢怠慢，一面紧急征发张柔等七家汉地世侯所部，一面调集塔察儿等蒙古诸宗王的军队。汉军和蒙古骑兵加亲征，忽必烈的终极杀招从来都没有改变。
阿里不哥对阿鲁忽恨不能食肉寝皮，在察合台汗国烧杀抢掠，甚至对俘虏也杀无赦。蒙古人在战争中虽一贯残暴，但那是对异族而言，阿里不哥的嗜杀破坏了蒙古人的集体想象，宗王为之心寒，叛离之心顿生。
然而，阿里不哥身上的所有闪光点加在一起，也弥补不了他缺乏战争经验这一致命短板，更何况，他的总体军事实力与忽必烈相形见绌。毕竟，既然是战争，最根本的决定因素还是沙场对决。
中统四年（1263年）秋，蒙哥的两个儿子——三子玉龙答失与四子昔里吉，本是力挺阿里不哥的政治盟友，但他们也在绝望中倒戈相向，率部归降忽必烈。玉龙答失临行前，竟公然向阿里不哥索回蒙哥的一枚玉玺，无计可施的阿里不哥只得照办，可见大汗权威即使在政权内部也已名存实亡。
忽必烈固然轻信了弟弟的所谓诺言，也低估了他重整旗鼓的不折不挠。
至此，众叛亲离的阿里不哥虽仍在苟延残喘，但在政治上已经死亡，所谓的蒙古大汗不过就是流窜于漠北的一股叛军势力。
半年前还是胜局已定，阿里不哥丧师失地，束手待擒；而今战局却急转直下，阿里不哥死灰复燃，甚至有反客为主之势。
中统五年（1264年）七月，阿里不哥在内外交困中，南下开平请降于忽必烈，蒙古两位大汗对峙的四年内战正式结束。
阿里不哥以诈降稳住移相哥，待其信以为真放松警惕时，发动了奇袭。移相哥大溃，将喀拉和林拱手让给了阿里不哥。收复喀拉和林令阿里不哥重拾斗志，索性勒兵南下，直趋开平。
拉施特在《史集》中记录了兄弟俩会面的场景：
中统二年（1261年）夏秋之交，阿里不哥元气渐复，牛马也贴了秋膘，但他并未遵照承诺拜谒忽必烈请罪，更未一蹶不振，而是在酝酿卷土重来。
按照通例，在此场合下，罪人的肩上要披上大帐的门帘接见，他也就这样地披盖着去觐见（君主）。过了一个小时，他得到允准进去了……合罕注视了他一段时间，激起了他的家族荣誉感和兄弟之情。阿里不哥哭了起来，合罕的眼里也流下了泪。
阿里不哥远遁封地吉利吉思后，为求喘息之机，遣使向忽必烈乞怜求和，自承有罪，愿意接受哥哥的审判裁决，待来年秋天天高马肥就来当面领罪。忽必烈闻讯喜不自胜，认定阿里不哥是浪子回头，诚心悔过，便令宗王移相哥领十万大军留守喀拉和林，自己率众南返燕京。
他（忽必烈）擦去（眼泪），问道：“我亲爱的兄弟，在这场纷争中谁对了呢，是我们还是你们呢？”他（阿里不哥）回答道：“当时是我们，现在是你们。”
弃喀拉和林可能是阿里不哥的理性抉择，但他也因此丧失了最大的政治砝码与合法性来源——据有蒙古本部。
很显然，阿里不哥虽然接受了战败的现实，但仍在竭力维护自己当年称汗的合法性。
败讯传来，阿里不哥决意放弃喀拉和林。虽迭遭惨败，但阿里不哥麾下主力尚存，与劳师远征的忽必烈本也可堪一战。但在军事之外，长期依靠中原粮食物资供给的喀拉和林早前被忽必烈封锁了运粮通道，正陷入大饥荒之中。阿里不哥外有强敌迫近，内有饥馑之忧，军心浮动，实际上已丧失了决战喀拉和林的前提条件。
从蒙古的法统来看，阿里不哥这句话也没说错，在继汗位至兵败的五年时间里，“蒙古帝国上下几乎都将阿里不哥视作现任大汗”。有一种说法就是，阿里不哥才是继承蒙哥之位的第五任大汗，而忽必烈即使赢下了内战，也只能被称为第六任大汗。
中统元年（1260年）秋冬之交，忽必烈北上亲征喀拉和林，旭烈兀长子主木忽儿与术赤系宗王合剌察儿奉阿里不哥之命南下阻击忽必烈，一接战即全军溃败，两人仅以身免。
这段对话的经典程度堪比吴亡后晋武帝司马炎与孙皓的那次舌战。司马炎在正殿召见孙皓时语带讥讽：“朕设此座以待卿久矣。”孙皓当即回击：“臣于南方，亦设此座以待陛下。”
就这样，忽必烈几乎动员了一切可动员的兵力，包括直属的蒙古军、塔察儿等诸宗王军队、汉军世侯、新签发的兵丁，尽数集结于长城一线，据称总兵力达到十五万左右。
对于敌手落败后的些许倔强，忽必烈与司马炎都适时展现出了胜者的宽容。
为集中兵力，忽必烈连鄂州之战后留戍长江北岸的兀良合台所部都撤回了，这条军令充满着哲思：立即从鄂州解围回来，因为人生变化莫测。
为了维系黄金家族的表面团结，忽必烈在征求了三大宗王（钦察汗国的别尔哥、伊利汗国的旭烈兀、察合台汗国的阿鲁忽）的意见之后，正式赦免了阿里不哥。
为了即将到来的漠北之战，忽必烈自中统元年（1260年）夏天便开始调兵遣将，筹措军需。为此，他甚至没有派主力驰援关陇战场，坚守漠北优先战略，但廉希宪三人集团靠着就地募兵和杀将夺军便已席卷关陇。
但忽必烈并不打算放过阿里不哥的党羽，一口气拘捕了一千余人。据《元史·安童传》，起初，忽必烈甚至有除恶务尽的意思，正当迟疑不决时，作为忽必烈的怯薛长（怯薛，蒙古语“番直宿卫”之意，蒙古和元朝的禁卫军），年仅十六岁的霸突鲁之子安童进言称：“这些人也是各为其主罢了，他们又哪里知道天命在陛下。何况陛下刚刚平定大乱，就因私怨大开杀戒，这样又怎能招降那些还未投降的人呢？”
只有进军漠北，忽必烈才能在军事上彻底肃清阿里不哥的势力；而对于忽必烈的汗位合法性而言，控制蒙古本部才能令他成为真正意义上的蒙古大汗，正如占据中原之于中原王朝正统性的核心意义。
忽必烈惊讶于安童的少年老成之语，最终宽恕了大多数人，只杀了阿里不哥的十名亲信将领。
对于忽必烈而言，现在是时候挥师漠北犁庭扫穴了。
不过，忽必烈的所谓宽容也是会过期的。两年后的至元三年（1266年），阿里不哥暴毙，有不少人认定，阿里不哥是被毒死的，而忽必烈至少是嫌疑者之一。
耀碑谷之战是忽必烈与阿里不哥内战中的首次大规模战役。战后，阿里不哥不仅在关陇地区的势力被翦除，丢掉了威胁漠南的前进基地，还由此丧失了战略主动权。
为庆祝大蒙古国重新统一，定于一尊，中统五年（1264年）八月十六日，也就是阿里不哥请降次月，忽必烈宣布改元，将中统五年改为至元元年，取自《易经》“至哉坤元”，以示否往泰来、鼎新革故之意。
还有一种说法是，彼此沾亲带故的蒙古军在内战中通常表现消极，不愿全力以赴，很难彻底贯彻忽必烈的战略意图，而汉军则唯忽必烈马首是瞻，死战不休。一直到忽必烈时代晚期亲征乃颜时，也还会出现两边蒙古军在阵前互相交谈、逡巡不战的奇特景象，这时候忽必烈还是靠汉军出阵打开局面。
阿里不哥南下开平时，这座城市不久前刚被升格为大蒙古国的新都城。
此战中，巩昌汪氏世侯汪良臣麾下的汉军勇冠三军，先后击溃阿里不哥军左右两翼，可见汉军战力不容小觑，亦可见汉军已成忽必烈集团之主力。
内战伊始，忽必烈就动了迁都的念头。从地理位置而言，位于漠北的喀拉和林更适合做一个草原帝国的都城，但并不契合忽必烈深耕汉地的政治现实；从经济上看，对阿里不哥的经济绞杀战，深刻暴露了喀拉和林极易被物资封锁，难以自给自足的脆弱性。
在众望所归的合丹大王统一号令下，忽必烈大军在甘州附近的耀碑谷几乎全歼敌军，阵前斩杀阿蓝答儿与浑都海。忽必烈与阿蓝答儿在九年前钩考事件中的深仇宿怨，终于了结。
也因此，中统元年（1260年）十二月，忽必烈第一次占领喀拉和林后，未几即率众南返漠南，实质上就宣告了喀拉和林沦为废都。
中统元年（1260年）九月，窝阔台系宗王合丹率精骑参战，被忽必烈任命为关陇战事的主帅。
自窝阔台于1235年正式定都喀拉和林以来，喀拉和林作为大蒙古国首都的历史共二十五年。
谁来打破僵局？
中统四年（1263年），内战大局已定，忽必烈于五月九日下令将开平府升为都城，定名上都。但上都在蒙古语中甚至没有专门的词，只有“上都”这个汉语词的音译。
阿蓝答儿与浑都海会师后，本欲一路北归，但忽必烈与廉希宪可能出于各个击破的战略考量，并不想放这支孤军撤回漠北，便将其堵截在甘州（今甘肃张掖）一带。两军相持两月，未见分晓。
之后的几年间，忽必烈在上都大兴土木，孔庙和城隍庙都一应俱全。最有排面的是，蒙古人将汴梁的熙春阁整体拆迁移建到上都，作为宫城大安阁的主体建筑。
既然是忽必烈的死敌，阿里不哥没有理由不重用阿蓝答儿。
从此，蒙古大汗在上都就不必住在帐篷中，更多时候可以居住在汉式宫殿内，这也是一种生活方式的汉化。
阿蓝答儿本是蒙哥的亲信，蒙哥驾崩后，转而投效阿里不哥。其中可能有价值观趋同的因素，阿蓝答儿与阿里不哥同为蒙古本位主义者，但更有解释力的缘由却是走投无路，阿蓝答儿不可能不知道，他在钩考事件中，作为蒙哥的代理人将忽必烈几近逼到绝境，两人之间再无转圜之处，忽必烈得势，则阿蓝答儿只有死路一条，他唯一的求生之路便是帮助阿里不哥击垮忽必烈。
至元十二年（1275年），马可·波罗自称到过上都，甚至还造访过大安阁：
这支接应部队的主将也是忽必烈的故人，甚至可以说是其前半生第一大敌，他就是当年钩考事件的主要操盘者阿蓝答儿。
上都，现在在位大汗之所建也。内有一大理石宫殿，甚美，其房舍内皆涂金，绘种种鸟兽花木，工巧之极，技术之佳，见之足以娱人心目。
不过，浑都海本无意与忽必烈所部决战关陇，更不必说乘虚直捣京兆府了，他决意撤回漠北，与阿里不哥军主力会师于喀拉和林。为此，阿里不哥还派了一支部队南下接应浑都海。
此宫有墙垣环之，广袤十六哩，内有泉渠川流草原甚多。亦见有种种野兽，惟无猛兽，是盖君主用以供给笼中海青、鹰隼之食者也。
浑都海的两万骑兵是正牌蒙古精锐，蒙哥征蜀时，正是从关中西北方向的六盘山集结大军，浑都海所部被特命为全军后卫，留驻六盘山。蒙哥驾崩后，浑都海起初并未明确站队，廉希宪一度还派使者去六盘山试图招抚，但之后浑都海以杀掉使者而宣告与忽必烈集团决裂。
上都因忽必烈而降生，因马可·波罗而闻名，因柯勒律治而不朽。1797年，这位湖畔派大诗人写下了英国浪漫主义诗歌巅峰之作《忽必烈汗》（），顺带创造了“Xanadu”（上都）这个带有古典神秘色彩的英文译名（以下引文出自屠岸译本）：
于惊惶中相继丢掉关中与四川之后，阿里不哥集团在漠南的最后军事阵地，只剩下六盘山的浑都海军团，像一枚楔子一样插入忽必烈控制的漠南汉地。
忽必烈汗在上都曾经
与忽必烈及其他蒙古宗王相比，阿里不哥的最大软肋是没有参加过大蒙古国的历次大规模征伐，不仅缺乏实战经验，更少了独自领兵、独当一面的战争锤炼。
下令造一座堂皇的安乐殿堂：
忽必烈处事中的杀伐决断、放手一搏，尽显草原民族的铁血尚武之风；反倒是阿里不哥集团看似多谋善断，抢尽先机，但一旦正面交锋，往往就暴露出纸上谈兵、优柔寡断的致命缺陷，一次次地被杀将夺军，一次次地被力量降服。
这地方有圣河亚佛流奔，
无论是燕京，还是关中与四川，阿里不哥集团多是先声夺人，料敌于前，筹谋于前，布局于前，然而结局往往是被姗姗来迟的忽必烈集团强横地后发制人。
穿过深不可测的洞门，
关中与四川，未经一战，就为忽必烈所得。
直流入不见阳光的海洋。
紧接着，廉希宪他们又派人分赴四川几处驻军地，杀掉了效忠阿里不哥的两名主将，就地接管川蜀蒙古军团。杀将夺军这一招，忽必烈集团竟屡试不爽，所谓“西师可军便地”，不仅是就地募兵，原来还包含了这一层意思。
有方圆十英里肥沃的土壤，
但结果也是相似的，廉希宪等三人虽然失了先手，但一到京兆府，就把刘太平及其同党抓了起来，没有请示忽必烈，就将他们绞死狱中。关中的军政大权和蒙古军队尽入忽必烈囊中。
四周给围上楼塔和城墙：
这位故人是刘太平，他当年跟着阿蓝答儿一起到忽必烈这里钩考查账，险些将忽必烈藩邸势力连根拔起。两天前，刘太平就奉阿里不哥之名来到京兆府夺权，和在燕京一样，阿里不哥又抢了一次先手。
那里有花园，蜿蜒的溪河在其间闪耀，
五月三日，廉希宪等三人抵达了京兆府（今陕西西安），在这里，他们遇见了一位故人。
园里树枝上鲜花盛开，一片芬芳；
忽必烈的意思很清楚，兵马我这里没有，但仗是要打的，给你们点委任状，兵马你们自行解决。
这里有森林，跟山峦同样古老，
与漠北主战场相比，关陇地区只能算是次要战场，因此一开始忽必烈就不打算投入主力，仅仅派了廉希宪、商挺和赵良弼这三位潜邸旧臣奔赴关中，利用他们在当地任职时的人脉，就地招募组织兵马，也就是商挺口中的“西师可军便地”。
围住了洒满阳光的一块块青青草场。
中统元年（南宋景定元年，1260年）五月，忽必烈与阿里不哥夺位战争在关陇一带拉开序幕。