5年后，派斯准备再次尝试。这时候，他能讲一口流利的阿拉伯语，可以将自己打扮成一名亚美尼亚人，化名阿卜杜拉开始旅行。他与一名北上红海旅行的土耳其人成为朋友，后者告诉他想在马萨瓦进入内陆，继承他一位过世朋友的财产。派斯借此机会，通过了其他基督徒往往要出事的关卡。那位友好的土耳其人在港口徒劳地等待派斯返回，但是宗教的热忱盖过了派斯可能感受到的任何懊悔之情。
派斯只有32岁，但是蒙塞拉特已将近60岁了，抓他的人认为他可能会死，所以将这两个法兰克人投入采石场当苦力。最后，一个年轻的叙利亚人成功地以他们的名义给果阿带去消息。一名印度商人立刻被派往穆哈，愿意以任何价格赎回他们，这是因为腓力二世个人对失踪的耶稣会士的命运十分感兴趣。经历了七年没有收获的日子之后，憔悴而且郁郁寡欢的蒙塞拉特和派斯回到了果阿。
1604年，他到达了埃塞俄比亚的王庭，发现这个国家正处于内争的混乱之中。13岁的皇帝雅各布刚刚被他26岁的叔叔扎·登格尔推翻。在这种情况下，一位欧洲神父能做的事极其有限，不管怎样，佩德罗·派斯将拜访青尼罗河的发源地塔纳湖作为他的第一项任务，因为他听说克里斯托弗·达·伽马的士兵后裔生活在那里。在满足了他们的精神需求之后，派斯返回了王庭，迎接他的是一个惊人的消息：扎·登格尔决定成为一名天主教徒，并且打算请求欧洲为他提供士兵、工匠，以及更多的传教士。派斯十分警醒，他预见到这只能带来灾难，但是他希望谨慎处理此事的请求被忽视了。不到4个月，扎·登格尔就因他鲁莽的决定在一场叛乱中被杀死。
从黑夜到黎明，我们被迫坐直身体，尽我们所能摆脱虱子的困扰。当它们从天而降，落在我们身上时，我们就把它们扔进海里；如果我们累倒或躺下睡觉，我们要用东西盖住脸，但是虱子会迫使我们起来，一直折磨我们直到早晨……除了一些破布和一件汗衫，我们没有衣服可穿；除了一把像小米一样的种子，我们没有别的食物可吃。
混乱持续了多年，直到1608年，一位王子与一个女奴的儿子苏塞尼奥斯夺得了皇位。派斯与这位新皇帝迅速结交成为朋友，他说这位新皇帝用他的淡褐色眼睛“看着所有人，并露出亲切的微笑”。新皇帝的“脸比较长，但比例合适……他的嘴唇有点薄，长着黑色的胡子，他的肩膀宽阔而健壮”。
派斯之后在一封给西班牙朋友的信中写道：
在随后的几年里，派斯竭力使皇帝依赖上他，离不开他。一直闷燃于胸的宗教之火慢慢熄灭，派斯投身于实际工作，其目的在于向皇帝展现遵循欧洲方式的有利之处。凭借自己的建筑天赋，派斯提议用白色石头为皇帝建造一座两层宫殿。埃塞俄比亚还从未有过这样的建筑，所以派斯招募了一群工匠，教他们如何制造石材切割工具。他还雇用了一批木匠，训练他们掌握欧洲的木工技艺。
两名西班牙神父——安东尼奥·蒙塞拉特和佩德罗·派斯——尝试寻找一条新的路线。他们的尝试几乎立刻就被证实是错误的，因为他们在海上被穆斯林捕获，沦为囚徒，去往阿拉伯半岛南部，之后他们骑着骆驼穿过沙漠，在也门步行前往萨那。在那里被囚禁了三年之后，他们被移往红海的穆哈港，被迫在一只三排桨的船里充当划桨奴隶。
贡德尔的宫殿有一个50英尺长的宴会大厅，它的穹顶由雕工复杂的立柱支撑。从一个距地面70英尺高的屋顶平台上，皇帝可以远眺塔纳湖和1.4万英尺高的山峰。它的整体设计像是西班牙贵族的乡间别墅，苏塞尼奥斯的封臣们从各个行省赶来观看这座奇异的建筑。派斯继续兴建更多的建筑，其中还包括一座意大利风格的大教堂。他还对埃塞俄比亚的文学感兴趣，鼓励在教学中使用书面的阿姆哈拉语。他在那里生活了9年，期间造成的变化将在埃塞俄比亚人的生活中留下持久的烙印。
七年后，教皇格列高利十三世派遣三名神父继续完成这项使命，但是没有人能够抵达埃塞俄比亚，其中一人死于海盗之手。1595年，另一名耶稣会士化装后登陆马萨瓦，被穆斯林抓住斩首。最后，一名印度基督徒假扮成一位阿拉伯人，孤身一人抵达了目的地，他是一名婆罗门而非耶稣会士。他没什么事可以做，只能隐匿身份，寄希望于有朝一日一批新的天主教徒进入这个国家。
皇帝越欣赏派斯，派斯就越坚持埃塞俄比亚必须偿还70年前克里斯托弗·达·伽马所给予的恩情。这意味着埃塞俄比亚帝国及其教堂要与罗马保持一致。盲目虔诚的苏塞尼奥斯宣称，他将亲自带头公开皈依天主教，并且拒绝他自己教会的古老仪式。
奥维多用从祈祷书上撕下的纸写的悲伤的信件的确到达了欧洲。这些信件清楚地表明，他认为埃塞俄比亚人教义上的错误远比土耳其人的敌意重要得多。他强烈请求派遣一支强有力的葡萄牙军队，“这将使他们轻轻松松成为海港的主人，拯救其他葡萄牙人，迫使埃塞俄比亚人屈服于罗马教廷”。但是，这个提议被视为一种偏颇之见，反映了葡萄牙人热爱的是战争，而非真正的基督教精神。欧洲的态度可能是眼不见心不烦，因而奥维多遭受冷遇，死于1577年，而那个使命也开始逐渐被人遗忘。
尽管感到这一定会引发凶残的内战，但是派斯无法放弃他作为耶稣会士的责任。他尽力争取宫廷重要成员的支持，孤立科普特人的主教，甚至一些杰出的修士也选择皈依天主教。因而，在1613年1月31日，他帮助编辑写给教皇、西班牙国王（此时是腓力三世）和果阿的葡萄牙总督的信件。皇帝苏塞尼奥斯告诉教皇，他决心“臣服于神圣的教皇陛下”，并且请求教皇迅速派遣一位天主教的宗主教。
当克劳迪乌斯在埃塞俄比亚边境与穆斯林重启的战斗中被杀时，双方关系到达低点。对于埃塞俄比亚，这是一场灾难（皇帝的头盖骨被穆斯林耀武扬威地挂在柱子上长达3年）；对于耶稣会士，这也是一个祸事。新皇帝米纳斯毫不迟疑地表现了他的愤怒，他公开殴打奥维多，并且扬言要一剑刺死他。6个月内，目中无人的主教沦为囚犯，之后不得不暂时住在山洞中，以草根和树皮果腹。最后，耶稣会士被流放到埃塞俄比亚东北部一座山的山顶，那里靠近古都阿克苏姆。在那里，他们贫困潦倒，想尽办法给果阿送信。其中一个耶稣会士尝试穿过马萨瓦逃跑，但是被土耳其人抓住杀死了。
苏塞尼奥斯预见到他很快将陷入危险，所以他请求教皇派一支1500人的欧洲军队：500人占领马萨瓦并在海岸巡逻；1000人将帮助他应对与穆斯林的战争。苏塞尼奥斯真正想要的是一支近卫军，当他公开宣称皈依天主教时，他们将保卫他免受愤怒臣民的攻击。这是不可能的，派斯对此一定十分清楚。
就在奥维多及其意志坚定的耶稣会同伴到达马萨瓦后的几个星期，土耳其人在他们身后关上了罗网：对所有的非穆斯林关闭港口，5年内将不会有任何消息流出。之后，人们知道情况变得更加糟糕。尽管耶稣会士仍受到谨慎的礼遇，但是奥维多选择联合抵制王庭，他告诉埃塞俄比亚的所有葡萄牙人，他们不需要再遵从皇帝的法令。这是一种傲慢的挑衅。即便如此，克劳迪乌斯还是愿意与这些不速之客讨论部分宗教教义，通常情况下他总是赢得辩论。埃塞俄比亚人还展现出一种嘲讽的智慧，他们送给独身的耶稣会士一本书——《法兰克人的通奸行为》（The Adultery of the Franks）。
因为保密十分重要，所以送往欧洲的信件必须要通过一条最不可能被中途拦截的线路送出。10年来，至少还有4名耶稣会士成功溜进马萨瓦帮助派斯，但是想要溜出去就更难了。苏塞尼奥斯坚持认为，对于选出来的两名使者——一名耶稣会士和一名埃塞俄比亚皈依者——来说，最好的机会是暗中穿过内陆前往印度洋港口马林迪，在那里葡萄牙的船只定期靠岸。这意味着要向南穿过1000多英里的未知地带，而那些地方被食人族部落占据，包括好战的盖拉族。没有证据表明有人曾做过这样的旅行。
在迪亚斯急忙逃离埃塞俄比亚之前，他被告知这个国家已经拥有足够多的博学者了。克劳迪乌斯采取的积极措施是要求埃及的科普特教会派给他一名新的主教（他一到埃塞俄比亚，就下令任何阅读耶稣会士论文的人都将被逐出教会）。在埃塞俄比亚的“固执行为”众所周知之后，果阿当局认为延迟教皇选择的宗主教巴雷托从印度到马萨瓦的行程是明智之举。他们转而派遣助理主教安德鲁·德·奥维多和另外5名耶稣会士前往埃塞俄比亚。（实际情况是巴雷托没完成跨海航行，6年后死在了果阿，那个时候他还在等待恰当的出航时机。）
这个想法是灾难性的。越过埃塞俄比亚的南部边界不远，向鲁道夫湖前进的途中，使者们被一名当地统治者抓获。当他考虑如何杀死他们时，那位耶稣会士成功地烧掉了国王的所有信件。使者团被迫向北返回埃塞俄比亚。在他们花费几个月返回埃塞俄比亚之前，皇帝已经发出了第二批信件，只不过这一次是向北。这些信件最终到达了法国驻开罗的领事那里，又从那里被送往罗马。教皇保罗五世渴望看到埃塞俄比亚的军事行动，认为“几乎数不清的灵魂”处于危险之中。然而，什么也没有发生。苏塞尼奥斯甚至穿上了葡萄牙的服饰，却不知因他自己的愚行而导致的“雷雨云”已经积聚在他的头顶上空。
当罗德里格斯写了一篇关于埃塞俄比亚人教义错误的论文，并要求将它译为吉兹语（古埃塞俄比亚语）时，双方的关系变得更加糟糕。尽管克劳迪乌斯同意了他们的要求，但是他迅速给教皇写了一封抗议信，坚持认为埃塞俄比亚人“遵照我们圣父的教义、十二使徒和圣保罗的智慧之源以及他们的七十二条戒律”，已经走在一条“不偏不斜”的路上，无需向左或者向右转向。他明明白白地反驳道：“我，克劳迪乌斯，作为埃塞俄比亚之王，就是如此宣誓并且如此教诲我的臣民的。”
1622年5月，派斯死于疟疾，此时他已经在埃塞俄比亚生活了19年。无论怎样，他已经亲眼看到皇帝公开声明罗马信仰，并且接受了天主教的圣礼。这时候，一场宗教大屠杀在所难免，而3年后，苏塞尼奥斯盼望已久的罗马宗主教到达了这个国家。他在红海入口处的一个小海港乔装上岸，从那里经过一场既危险又精疲力竭的长途跋涉，穿过达纳基尔沙漠到达高原。
但是，当听说教皇和法兰克人甚至在没有询问他意见的情况下就派给他一位宗主教时，克劳迪乌斯变得非常恼怒。根据陪同迪亚斯的耶稣会士贡萨洛·罗德里格斯的说法，“皇帝看上去局促不安，混乱到我们和他讲话时答非所问……他离开我们去看望他的祖母，走了8天或者10天，将我们留在一片开阔地上，却没有提供任何补给”。
这位宗主教是阿方索·门德斯，他的知识与他的勇敢无畏成正比。他也很虚荣，喜欢穿教宗的华丽服饰，但同时他也是个坚定不移的人。他和同伴热罗尼莫·洛博与耶稣会士取得联系之后，门德斯就穿上了他的宗教长袍，带着一批随行人员，包括仆人、音乐家和神父开始穿越这个国家的庄严之旅。皇帝正热切期盼门德斯一行人的到来。1626年2月7日，他派出了一支由1.5万名骑兵组成的护卫队。埃塞俄比亚的鼓声一阵强过一阵，但致敬的礼炮声盖过了鼓声。
冒险进入埃塞俄比亚仍然存在潜在的危险。那位使者迭戈·迪亚斯安全抵达红海，与一位耶稣会士和一位世俗教友一起从马萨瓦南部的一个小港口快速进入内陆。埃塞俄比亚皇帝克劳迪乌斯热情地欢迎他，因为他们还记得14年前克里斯托弗·达·伽马的远征队在他们危急时刻施以的援手。那场远征的幸存者获赠农田，供养起家庭，成为埃塞俄比亚的富人。
在进入苏塞尼奥斯准备欢迎他的教堂之前，门德斯在一顶帐篷前停下了脚步。在那里，他戴上了他的法冠，换上了他的宗主教长袍，然后在喧闹的行进队伍前跨上了马背继续前行。他刚进入教堂，就受到戴着金冠的皇帝的接见和拥抱。门德斯即刻发表了一场演讲，从基督教的历史一直讲到埃塞俄比亚注定要向罗马俯首称臣的历史时刻。他用拉丁语进行演讲，并且大量引用希腊和罗马哲学家的话语，所有会众几乎无法理解他的演讲，但自负的门德斯根本不考虑这一点。
耶稣会士在赞比西河流域的异教徒中一败涂地，但是他们认为青尼罗河流域的基督徒只是因为长期与世隔绝而成为持异端者，真正的信徒可能已经做好了抛弃教义上的错误的准备。所以，葡萄牙耶稣会士若昂·努内斯·巴雷托在里斯本举行祝圣仪式，准备成为埃塞俄比亚的宗主教。两位助理主教将被派去辅助他。这是欧洲人自身优越感的典型体现，虽然埃塞俄比亚人从埃及接受他们宗主教的历史已长达千年，但是欧洲人认为这不值一提。葡萄牙人被武断蒙蔽了眼睛，之前的两次远征带回的所有证据都表明这场宗教征服可能存在诸多风险。但是，国王若昂三世决定派出一名使者，他将带上适当的礼物前往埃塞俄比亚，告诉埃塞俄比亚的皇帝，宗主教已经上路了。
两天后，关于向罗马俯首称臣的隐喻成为现实：皇帝公开跪伏在门德斯的面前，发誓忠于教皇。无论心中做何感想，贵族和朝堂上的教士们紧跟在皇帝之后发誓效忠教皇。宗主教立刻规定，所有的教堂必须重新祝圣，所有的神职人员必须重新被授予圣职，所有的信徒重新受洗，所有的节日必须根据罗马历制定。他想要看到埃塞俄比亚的基督教从根本上发生改变。
这具有全新的意义，因为宗教动乱正在重新塑造欧洲。北欧的新教徒拒绝天主教，引发了宗教改革，而任何其他地方都比不上葡萄牙和西班牙对此做出的激进回应，这又导致反宗教改革。人们注意到各处出现的异端和异教。由此而激发出来的宗教热情无比强烈，使得天主教的教义远及日本和巴拉圭。埃塞俄比亚的数百万灵魂从地狱之火中被拯救出来，这一点不容忽视。
门德斯来的时候恰巧发生了一场可怕的蝗灾，科普特的修士发誓这是神明不悦的迹象，但是一开始门德斯就似乎能够获得全胜。他在寄往罗马的信中描述了此次胜利。更多的耶稣会士进入埃塞俄比亚，他们满怀激情地拓展传教点，给农民集体进行洗礼，建立学校，编写宗教指南手册。在皇帝的财政支持下，他们设计制作了一个印刷机，以阿姆哈拉语传播天主教的教义。欧洲人第一次在东非引入拉丁字母表，为当地一种口语创造书写形式。
随着错综复杂的冲突减少并流逝于印度洋，对一些人来说，外围地区存在一份比世俗权力与财富更加珍贵的奖品。埃塞俄比亚在西方人扫除了对祭司王约翰传奇的幻想后很久，开始提出一个新的且不可抗拒的挑战。葡萄牙人的两次远征说明，面对战争，埃塞俄比亚人勇敢却落后；面对宗教，他们热情却信仰异端。克里斯托弗·达·伽马幸存下来的战友米格尔·德·卡斯塔尼奥索说他的“殉道”清楚地反映了以下两个发现：第一，埃塞俄比亚唯一真正对伊斯兰教起到防御作用的是山脉；第二，陪同第一批使者团到访埃塞俄比亚的神父弗朗西斯科·阿尔瓦雷斯，在他的回忆录中披露，埃塞俄比亚的基督教本性非常“固执”。
事情也有阴暗的一面。反抗者被吊死或者被烧死在火刑柱上。幸运一些的持异议者只是被割掉舌头。一些埃塞俄比亚修士跳崖自杀，也不愿抛弃他们古老的信仰。
——埃塞俄比亚的编年史，由雷伊翻译，1632年
苏塞尼奥斯尽其所能为勇于献身、独身禁欲的耶稣会士扫清道路，他公开谴责科普特大主教堕落腐化、妻妾成群、奸污处女，以及犯有“文明社会中可能最邪恶、最不堪提及的罪行”。但是，人类的过失不能消弭古老的信仰。到1628年，反抗强行信仰天主教的叛乱在埃塞俄比亚各地爆发。皇帝的女婿被吊死，一位领头的将军被推下悬崖，战事持续不断。在一场战役中，8000人阵亡。民众抗议罗马，认为它使这个国家“用自己的剑刺向自己的身躯”。
我们的埃塞俄比亚将一片欢乐。
1632年，苏塞尼奥斯被迫退位，3个月后因悲痛和心力交瘁去世。一位耶稣会士为他举行了最后的仪式。新皇帝是他的儿子法斯拉达斯，他拥有一个高于一切的目的：驱逐所有的欧洲人和外国教义。很快，宗主教门德斯被驱逐到半个世纪前他的前辈奥维多度过余生的那座山顶，它位于埃塞俄比亚的东北部。在耶稣会士使者团被驱逐之后，埃塞俄比亚的民众载歌载舞，感到无比宽慰。但是，门德斯无法理解罗马为何被彻底拒绝。他开始请求果阿派兵，希望借助他们开始一场新的暴动。
不再有西方的恶狼，
当法斯拉达斯意识到耶稣会士正在号召一场对他的国家的入侵时，他告诉门德斯和其他所有的欧洲神父，如果他们还珍惜自己的生命就请立刻离开埃塞俄比亚。在海边商谈了一些没有结果的计谋之后，宗主教和9名神父发现他们被强制送往萨瓦金，接着北上红海。当地的土耳其帕夏起初想杀死他们，但是最后决定向葡属印度索要一大笔赎金。对方支付了这笔赎金，因为与发起一次惩罚性的远征相比，支付赎金是更便宜的选择。门德斯被带到安全的地方，定居在果阿，虽然没有希望，但他总是请求把他送回去，让他在远征军的最前端见证一切。他没有返回欧洲，20年后死于印度。
庆祝，庆祝，所有人高唱哈利路亚。
7名耶稣会士和一名叫作阿波利纳里斯·德·阿尔梅达的助理主教拒绝离开埃塞俄比亚。埃塞俄比亚人到处搜捕他们，其中两人被斩首，其他人在一群参加集市贸易的欢乐民众面前被吊死。一个世纪前克里斯托弗·达·伽马远征的幸存者的葡萄牙人后代社群也遭驱逐，尽管此时他们中的大多数人更像非洲人而非欧洲人。他们被迫向西迁徙，从高原下到青尼罗河与白尼罗河之间的森纳尔地区，之后销声匿迹。
圣马可与西里尔的教义战胜了罗马教堂的罪恶。
法斯拉达斯禁止所有欧洲人进入埃塞俄比亚，甚至向亚丁和红海港口的穆斯林统治者求助，以确保欧洲人被隔离在外。所以，当一群意大利和法国的方济各会托钵僧在马萨瓦登岸时，他们被立刻杀死了。土耳其人将他们的头颅和皮肤用稻草填满，送给埃塞俄比亚的皇帝，以证实他的愿望得到了遵从。
安全地在他们的牧场上进食。
在最后一次拒斥耶稣会士之后过了半个多世纪，法国医生夏尔·蓬塞得到了皇帝亚苏的许可，在1698年作为路易十四的大使进驻埃塞俄比亚。他在他的日记中写道，埃塞俄比亚人讨厌白葡萄，因为它的颜色会让他们想起葡萄牙人。
避开了西方的恶狮，
又过了70年，敢于冒险的苏格兰人詹姆斯·布鲁斯来到埃塞俄比亚。他发现在法斯拉达斯驱逐了最后一批耶稣会士100多年之后，耶稣会士对他们来说仍然是糟糕的回忆。他在与埃塞俄比亚人讨论他的新教信仰时有所夸张，以区别他自己不是天主教徒：我说“你们刚开始在公开场合称我为法兰克人，那是这个国家最让人憎恶的称呼，足以使我在任何出没的地方被人用乱石打死。法兰克人信仰的是天主教，而我的国家和你们的国家一样，与他们的信仰相敌对”。
埃塞俄比亚的绵羊终于被放出来了，