当船队抛锚停靠在卡利卡特时，扎莫林派出了他最善于游说的大臣，他是一位婆罗门（在葡萄牙人的记录中他被称为“那位男修士”，由此可见要想摆脱印度教是天主教的一种非正统形式的观念需要一段时间）。这位婆罗门说，葡萄牙人对这座城市的破坏比他们以往承受过的任何打击都要严重，所以避谈过去，为和平贸易签署一份契约对双方来讲都是此时能做的最体面的事。这在达·伽马看来是对他的有意侮辱，因此更加愤怒。这位婆罗门进一步讲道：扎莫林将交出卡利卡特最重要的12名阿拉伯商人，以此为卡布拉尔来访时被杀死的葡萄牙人偿命，而且他还会付一大笔钱作为赔偿。达·伽马唾弃这些条件。这位使者受挫并沦为俘虏，而达·伽马则下令开始炮轰卡利卡特。
甚至在达·伽马到达卡利卡特之前，惊慌失措的扎莫林就派遣使者来求和。所有这些努力都是徒劳，因为在离开里斯本之前，达·伽马就打定主意，要用他的“大炮”惩罚他们。他第一次来时，他是恳求者，希望能够得到扎莫林的欢心，甚至还把他想象成一个基督徒、对抗穆斯林的一个潜在盟友。而这一回扎莫林是恳求者，而且达·伽马已经知道他是一个异教徒。他将完成上帝的任务。
达·伽马能够号令相当于卡布拉尔数倍的火力，本性也更加凶残，他一步步毁灭卡利卡特。后来曼努埃尔在写给西班牙君主的信中满怀骄傲地说，这位舰队司令对卡利卡特造成了“无法估计的破坏”。炮弹猛冲向天空，击毁房屋，炸碎寺庙，破坏它所到之处的一切，城中的百姓除了四散奔逃就是蜷缩于废墟之中。扎莫林预感到事情可能会变得很糟糕，他提前下令面向大海建起棕榈树路障，但是在持续3天的炮击之下，这些防御毫无效用。在从传统意义上来讲战争近乎仪式事件的马拉巴尔海岸，葡萄牙人体现出了难以想象的凶猛。扎莫林宣告，他将“举整个王国之力”来抵抗法兰克人。
达·伽马的回答还是一样：这艘大船将遭炮击和火焚，然后与700名乘客和船员一起沉没。这个时候，难逃厄运的阿拉伯水手们开始反抗，“情愿将性命付与刀剑，也不想忍受被烧死的折磨”。当烧船的命令下达时，幸存者纷纷跳入海里，其中有很多是妇女和孩子。达·伽马命令他的人下到小船里继续完成他们的任务。他们用长矛刺杀海里的人，直到海水都被染红。但是无敌舰队的方济各会神父的神圣职责得到了应有的重视：“20个孩子获得了赦免，他们被转化为基督徒。”
在平息了轰炸的欲望之后，达·伽马将目光转向他到达这里时停泊在港口的12艘商船。这些船被他的轻快帆船围了起来。有些船被允许安然离开，因为它们来自坎纳诺尔，这个地方之前对葡萄牙人表示友好。其他船上的货物被掠夺一空——大米、成坛的黄油和布料。800名船员成为俘虏。
骑士精神毫无吸引力。“你们会被活活烧死，”达·伽马回答道，“因为你们建议卡利卡特的国王杀死并且掠夺葡萄牙人。我敢说，如果可以的话，世上没有什么能阻止我杀死你们100遍。”在绝望中，这位阿拉伯船长尝试另一种说法：如果达·伽马暂缓杀死乘客，他可以从他们那里榨取更多赎金。
卡利卡特的存亡在达·伽马的一念之间。他可以派他的士兵上岸，尽可能多地杀死他们能抓到的群众。但是他没有这样做，他让他的人押解这些俘虏游街，然后砍下他们的手、耳朵和鼻子。他们一边这样做，一边将砍下的肢体堆积在一艘小船上。扎莫林派来的那位婆罗门使者也被安置在这艘船上，混在那堆新的阴森可怖的“货物”里。他也被那些士兵受命切断了肢体。
阁下，下令杀死我们您什么也得不到。如果给我们带上镣铐，将我们带到卡利卡特，您可以不给卡利卡特人任何东西就能将您的船装满胡椒和药草。如果不行，您再下令烧死我们也不迟……在战争中人们也会宽恕那些投降的人，何况我们并没有交战，您何不践行一下骑士精神呢？
历史学家加斯帕尔·科雷亚描述了达·伽马接下来的举动：
16世纪的历史学家加斯帕尔·科雷亚讲述了接下来发生的事。在船上的货物快被卸完的时候，“麦瑞姆”号的船长乔·菲克姆被人带到达·伽马面前。这位声望很高的船长竭力乞求道：
在所有印度人都被施以惩罚之后，他让人把他们的脚绑在一起，因为他们没有手可以解开绳子；为了防止他们用牙解开绳子，他下令用棍棒打掉他们的牙齿，把它们敲到他们的喉咙里；然后他们被弄到船上，一个个堆叠起来，一个摞在另一个的上面，与从他们身体内流出的血浆混杂在一起；达·伽马又让人将席子和干树叶铺撒在他们身上。这些船会驶向岸边，而葡萄牙人还会点燃它们……载着那位男修士（婆罗门）以及所有手和耳朵的小船也向岸边驶去，但是没有被点燃。
在他带着船队中的19艘船（还有6艘船带着“封锁”红海的命令转向北方）穿过印度洋之后不久，第一个令他满意的时刻就到来了。一艘大商船（Merim，“麦瑞姆”号）被他们拦截下来，他们发现船主是卡利卡特最富有的阿拉伯人，他还是埃及苏丹的亲戚。这艘船满载货物和从麦加朝圣归来的穆斯林，它的乘客中有“许多尊贵的摩尔人”。达·伽马命令他的人将这艘船上所有的货物卸载，转移到他自己的船上。他的目的不言而喻。
达·伽马让人给扎莫林送去一个写在一片棕榈叶上的消息，告诉他可以用船上的残肢做一份咖喱“大餐”。
起初，葡萄牙国王的计划是让想进一步惩罚卡利卡特的卡布拉尔当这支无敌舰队的指挥。但是他在葡萄牙国王那里失宠了，国王有点儿迷信，认为他“在海上不幸运”。所以，一直担当国王廷臣的达·伽马为他自己赢得了这个令人垂涎的委任。
吞没在火焰中的那艘大一些的船，漂向岸边。船上人员的家属们跑到岸边哭喊，想要扑灭火，救出还活着的人，但是达·伽马还在继续下令。他让人驱散家属，接着把幸存者从船里拖拽出来。之后，这些人被挂在桅杆上，葡萄牙的弓弩手听令向他们射箭，以便于“岸上的人能够看到这一幕”。
1502年年中，瓦斯科·达·伽马再次航行进入印度洋，这种杀戮、毁坏、焚烧的模式很快就得到了他本人的认可。国王的“海军元帅”此刻率领25艘船，其中10艘最大的船装配有“大量大炮，数量充足的军需品和其他武器”。受达·伽马指挥的13艘船，属于富有的葡萄牙商人。此时距离他第一次率领3艘小船出发，在黑暗中摸索着前往不确定的目的地，已有快5年的时间了，这一次的一切都变了。达·伽马此刻清楚他要去哪里，他要做什么。扎莫林“曾经轻侮了他”，所以他“打心底里渴望给他制造一场浩劫”。
刺穿吊在半空中的人是达·伽马最喜欢的处决方式之一，而这还能给他的士兵提供练习的机会。然而，一群来自科罗曼德尔海岸的士兵被俘获，他们中的3个人将手举向天空，告诉他他们想成为基督徒，这时候奇怪的事发生了。达·伽马无动于衷，命令译者告诉他们，“即便他们成了基督徒，他还是会杀死他们”。船上的教士还是被允许给他们施以洗礼，当他诵读天主经和圣母颂的时候，他们背诵他说的话。“当洗礼结束时，他们被吊死，不必感受被箭头射穿的痛苦。”弓箭手射杀了其他吊在桅杆上的达·伽马的受害者，但是箭头却在刚刚受过洗礼的3个人身上不管用，“既进不去，也无法留下任何痕迹”。看到这种状况，达·伽马似乎有些不安。这3具尸体被裹起来投进海里。记录这个事件的编年史家称之为主对异教徒的“巨大慈悲”。那位教士还给他们念了祈祷文和赞美诗。
这个事件几乎可以被视为一种无助情绪的象征，而这种无助的情绪已开始渗入印度洋世界。一种随着季风的来去固定不变的生活方式似乎即将消逝。具有历史感的葡萄牙士兵兼学者杜阿尔特·帕切科在赞美他的君主向东方派遣强大舰队时简洁地表达了这种看法：“凭借这些强大的舰队，他征服了，并且每天还在征服印度洋和亚洲海岸，杀死、消灭、烧死开罗、阿拉伯半岛、麦加的摩尔人，以及印度的其他定居者和他们的船队，而800多年来正是这些人控制着宝石、珍珠和香料的贸易。”
达·伽马的不安只持续了一小会儿。当卡利卡特方面又派来一位婆罗门求和时，达·伽马下令将他的嘴和耳朵切下来，给他缝了一对狗的耳朵，就这样又把他送回给了扎莫林。随这位婆罗门一起来的还有3个小男孩，是他的两个儿子和一个侄子。他们被吊死在横杆上，尸体也被送回了岸上。
在印度洋海岸边另一艘被他们俘获的船上，他们发现了“一个来自塞维利亚的犹太女人”。为了躲避迫害，她逃离了西班牙，取道埃及到了印度。她讲述了她听来的关于卡布拉尔在卡利卡特所受待遇的原因：阿拉伯商人说服扎莫林相信新来的这帮人“是窃贼，他们会毁了他的国家”。听她说了这些话之后，葡萄牙人决定赦免这个女人，并且让她留在他们的船上，但是几天后她自己投海了。
达·伽马的船长们为了获得他的认可，都竞相模仿他的行径。其中一个人名叫文森特·索德雷，他决定拿他之前有幸抓住的一个阿拉伯商人开刀。这个重要的俘虏叫作科扎·穆罕默德·马卡尔，从红海一直到东非海岸都有他的生意。他的故乡在开罗。
他们“不辞辛劳”，勤勉地重施了卡布拉尔的办法。卡利卡特被轰炸；每一艘出现在视野里的穆斯林船只都被视为可以侵占和劫掠的目标。在卡利卡特近海的一艘船上，葡萄牙船长们发现了1500枚珍珠、其他许多珠宝，以及制作精良的航海仪器。只有它的领航员获得了赦免，因为在返航途中他的技术也许能派上用场，其余船员全都被烧死在他们的船上。
根据相关记录，索德雷下令两个黑人水手用涂了焦油的绳子鞭打被绑在船桅上的马卡尔，“他一直像死了一样，因为从他身体中流出来的血让他晕厥过去”。当这位俘虏苏醒时，他们扒开他的嘴，往里面填塞“脏东西”（未具体说明是什么）。他们无视其他阿拉伯俘虏的乞求，强迫他们观看。接着，他们把一根短木棍塞进他的嘴里，把一块熏猪肉固定在他的嘴上，之后他被缚住手臂游街示众，最后他们释放了他。
在前往索法拉的途中，他们刚绕过好望角，就在一个海湾里停了下来，在异国的这片海滨他们发现了一个不同寻常的东西——放在鞋里的一封信。这封信是卡布拉尔船队的一位船长遗失的，它讲述了迪亚士遇到的灾难。所以，远航船队直接前往基尔瓦，在那里他们受到两年前听从卡布拉尔的命令留在马林迪的一个罪犯的欢迎。这个人叫作安东尼奥·费尔南德斯，他乘坐阿拉伯人的沿海船只向南航行，目前他心满意足地住在当地谢赫的家里。卡布拉尔给费尔南德斯和另一个罪犯的指示是深入东非内陆，直到他们找到祭司王约翰，不过很显然这对他们没有吸引力。由于费尔南德斯作为线人还有用，他被留在了基尔瓦，之后达·诺瓦继续向印度航行。
因而，毫不奇怪，科扎·穆罕默德成为葡萄牙人的一个死敌，他致力于说服奥斯曼土耳其人以武力对付葡萄牙人。
甚至在卡布拉尔船队的幸存者回国之前，一支由四艘船组成的舰队，就在经验丰富的船长若昂·达·诺瓦的指挥下离开了塔霍河。他的主要任务是协助蓄积运输到索法拉海岸的非洲黄金。他们用从国内运过去的布料、镜子和一些不值钱的小东西换取黄金，然后再用这些黄金购买印度的香料。达·诺瓦以为此贸易已经处在巴尔托洛梅乌·迪亚士的监管之下，因为里斯本方面还不知道好望角的征服者已经和他的船一起沉没海底了。
除了这些暴行，达·伽马在印度洋还费尽心思结交伙伴，其中最出名的要数科钦，它的统治者已经答应与这些基督徒联手，对付他的最大敌人扎莫林。在科钦，他们交换精心准备的礼物，国王曼努埃尔送的所有礼物中最精美的是一顶内衬彩缎的圆帐篷，“非常漂亮”。它在王宫后面支了起来。
16世纪早期，葡萄牙如火如荼的造船业令其他国家既钦佩又嫉妒。国王曼努埃尔很快意识到，他必须每年都向印度洋派出舰队，以保证他彻底垄断欧洲的香料贸易。尽管他的野心很大，但是国库空虚，所以他邀请里斯本的富有商人们一起加入这场冒险。当这些商人了解到，在里斯本一公担胡椒的到岸价格是通过传统路线——红海的单桅帆船和骆驼——运输到亚历山大里亚相同数量的胡椒价格的一小部分时，无需什么鼓励，他们就踊跃参与进来。
葡萄牙人此刻对他们的勇猛是如此自信，以至达·伽马决定在他们满载香料返回葡萄牙之前，在科钦留下5艘船。一群意志坚定的士兵和工匠，在一位有学者风度的老兵杜阿尔特·帕切科的指挥下在岸上驻扎下来。那几艘船就在附近抛锚保护他们。
——耶稣会马费伊神父在卡利卡特发表的演讲，1897年（纪念葡萄牙人首次登陆卡利卡特400周年）
这一年是1503年。这是自罗马帝国时代结束之后，欧洲人第一次在印度洋永久地驻扎下来。科钦定居点是长达400年之久的白人殖民主义的先声。
致达·伽马……我们能够追溯在当地人中开始扩散的一种新文明的开端……在许多当地人社会中盛行的无知的黑暗，开始被西方的科学驱散。谁能列举从这一事件开始的越来越有好转的社会变化？