当卡布拉尔继续向印度洋航行的时候，他几乎毫不怀疑，卡利卡特的穆斯林商人将视葡萄牙人同时为宗教和贸易方面的敌人。另一方面，瓦斯科·达·伽马已经向国王曼努埃尔暗示，卡利卡特的扎莫林，这个伟大港口的统治者，可能是一位非正统的基督徒，能够被争取到真正的天主教信仰的一方来。由于痴迷于在印度洋找到基督教的同盟者，葡萄牙人无论在卡利卡特遇到什么都会想到这个主张是可以被理解的。
卡布拉尔在马林迪的最后一批举措中的一项是又派了两个罪犯上岸，他们得到的命令是向内陆行进，直到找到祭司王约翰的国家。如果他们成功做到了，那将是一个令人震惊的功绩。葡萄牙人对非洲内陆一无所知，对非洲海岸地形的概念也同样模糊。卡布拉尔的一个同时代人写道：“基尔瓦和马林迪这两个王国在红海的西边，靠近异教徒和祭司王约翰的领地。”而实际上，红海的入口在马林迪以北1000多英里的地方。
就葡萄牙人而言，和扎莫林结盟的想法，对国王曼努埃尔非常具有吸引力。他视此为保证他源源不断地成船装载胡椒、豆蔻和肉桂的一个最简单的方法。所以，他让卡布拉尔带上诸多昂贵的礼物，以至于它们能确定将扎莫林有关达·伽马的穷酸礼物的记忆全部抹除。作为进一步诱惑扎莫林的筹码，几个在达·伽马对果阿舰队的大屠杀中幸存下来的印度俘虏此次跟随卡布拉尔的舰队返回，这些人也能详细说明欧洲的奇观。此外，双方结盟不可缺少的一个必要条件是扎莫林和他的国民必须同意驱逐住在卡利卡特的所有穆斯林，并且将香料只卖给葡萄牙人。
在穿越印度洋之前，葡萄牙人只停留了5天，但是根据编年史的记载，他们在此期间享受到了极为大方的招待。我们对这样的记述一定要谨慎看待，因为对友好君主盛情的夸大，使得他们似乎更值得曼努埃尔仁慈对待，而且这样做能够弥补他们未能与祭司王约翰取得联系的缺憾。
他们必须假定，阻碍卡布拉尔计划的阿拉伯人会平静地放弃他们已有的权力，这个协定才可能在不交战的情况下达成。如果不是这样，卡布拉尔也随时做好了战斗的准备，鉴于达·伽马令人满意的发现：好望角以外的地方，无论在陆上还是海上，都没有能跟欧洲火力相较的力量，他对结果有信心。他们的军事优势，使得卡布拉尔和他的继任者能够生发出一个他们在到来之前做梦都想不到的想法：海洋的所有权。通过融合加农炮的威力与基督教的教义，他们声称拥有能够决定谁才能被授权使用自然的礼物——季风和洋流——的权力，即谁能够从一个港口到另一个港口做交易谋生。作为计划的第一步，卡布拉尔接到命令，不论何时，只要有可能，就俘获“麦加的摩尔人”的船只，然后炸沉它们。直到现在，商人做生意的自由不受阻碍，都是印度洋生活的要旨。
他们在向北行驶的途中捕获了几艘单桅帆船。船队避开了蒙巴萨，由几个曾经和达·伽马一起航行过的老兵引领着前往马林迪。和以前一样，马林迪的苏丹十分好客，但是抱怨由于他与法兰克人交好，蒙巴萨正在准备向他们开战。卡布拉尔对此表示同情，他表示以后一定会处置蒙巴萨。
在印度洋上建立霸权的目标，远不是在外海上随意劫掠几艘不走运的小船可比的。后来，历史学家若昂·德·巴罗斯还谨慎地为此辩护：
卡布拉尔焦急地等待苏丹的答复，但是没有收到任何消息。葡萄牙人被告知对方对他们的交易货物不感兴趣。当他们要求饮用水的时候，水用瓷坛子盛装起来被运到海滩上，之后基尔瓦人将这些坛子全部打碎。对此，苏丹的解释是这种行为肯定是疯子干的，但是不再给他们提供饮用水。卡布拉尔和他的船长们商议，大家一致决定起锚前行。好斗的基尔瓦留待以后再处置。
的确存在对于所有人在海上航行的普遍的权力，在欧洲，我们承认这种权力，而其他人反对，但是这种权力没有超出欧洲的范畴，因此葡萄牙人以他们舰队的力量，强迫所有摩尔人在被征用的痛苦和死亡的威胁下拿出安全通行权是合理的。摩尔人和异教徒不受基督耶稣的审判，而耶稣的教法则是每个被罚入地狱遭受永恒之火痛苦的人都要遵守的。如果灵魂被定为有罪，肉体又有什么权利享受我们法律的特权呢？
苏丹说针对这些问题，他必须考虑一下并向他的大臣咨询是否要签署这个条约，但是他们中的一些人不在，他们正在发起反对“木里异教徒”的战争。之后，他返回了他岛上的宫殿。当葡萄牙人后来发现这位“苏丹”是假的时候，他们极为愤怒。一位名叫卢克曼·阿里·马利克的谢赫十分勇敢，他自愿扮演“苏丹”的角色，以防葡萄牙人绑架苏丹易卜拉欣。
尽管卡布拉尔损失了几艘船，但是幸存的船只利用了远航的好时机，从里斯本到卡利卡特只用了6个月的时间。如果与扎莫林合作顺利，他们就可以满载香料，在1501年年中再度返回家乡。起初，葡萄牙人深受鼓舞：“离卡利卡特港还有一里格时，市民和国王的绅士们就以盛大的欢庆活动迎接他们。”卡布拉尔即刻决定在城前抛锚，然后鸣响加农炮宣示他的到来，“这引发了居民的惊叹”。毫无疑问，葡萄牙人还希望能引发其他情绪。
两天后，苏丹宣布他愿意在海上会见卡布拉尔。他带了大量随从，他们都穿戴华贵，腰间挂着礼仪佩剑。他乘坐用两艘船组装成的一个筏子穿过海港。他的乐队吹响象牙做的号角，而葡萄牙人鸣响喇叭以示回应。卡布拉尔让加农炮开火以展现他的力量。加农炮巨大的声响与在基尔瓦听过的任何声响都不同，因而引起了恐慌。之后，他交给苏丹一封国王曼努埃尔写的信，信是用阿拉伯语写的，信上说葡萄牙渴望索法拉的黄金，计划在索法拉建立一个贸易站。最后是关于放弃伊斯兰教的事情，这对于拥有整个斯瓦希里海岸最大清真寺的一个城市而言，绝不是一个小要求。
对卡布拉尔之后进展的最佳记录，据说是国王曼努埃尔写给西班牙的斐迪南和伊莎贝拉的一封长信（这封信流传到了罗马，如果它是假的，也肯定来自目击者的记述）。交换过人质之后，卡布拉尔登岸，上了一顶覆盖有紫色丝绸的轿子，被抬向王宫。与达·伽马访问时期的举止不同，扎莫林马纳·维克拉玛没有躺在沙发上，而是坐在一张银制宝座上，宝座的把手是用黄金做的，上面还镶嵌着珍贵的宝石。他只穿着一条围裙，手上戴着好几枚戒指，耳朵上戴着“榛子一般大”的珍珠。王座室“6盏银制的摩尔式灯具”日日夜夜都亮着。
卡布拉尔拒绝了邀请，他说除非交战，否则他决不上岸。相反，苏丹应该来见他。害怕这些基督徒会把他抓走当人质，基尔瓦的统治者拒绝了这个要求。他们僵持了两天，期间卡布拉尔命令舰队向岸边靠近，始终让加农炮瞄准这座城市。虽然隔着一段距离，但是葡萄牙人有充足的时间研究基尔瓦，就像150年前的伊本·白图泰一样，这座城市也给他们留下了深刻的印象。后来，一位编年史家写道，那里的房子“和我们的一样”，门上也雕刻着漂亮的花纹。富有的居民穿着“嵌有金线的丝绸和精美的棉质衣服”。城市被果园、花园，以及“许多甜美的小河”围绕。宫殿是由很多接待室和私人房间组成的建筑群，它们和喷泉一起环绕着一个中央水池。宫殿能够俯瞰大海，它本身带有一个小码头。
扎莫林说他很高兴看到法兰克人再次出现在卡利卡特，卡布拉尔呈上了远比上次达·伽马带来的体面得多的礼物：昂贵的碗、地毯、锦缎、精美布料和皇家权杖。他们很快就达成了友好协议，协议被写在一块印有扎莫林黄金印章的纯银薄板上，但是卡布拉尔从他的君主那里带来的一个消息使得这份协议变得毫无价值。扎莫林被告知，他要“履行作为一个基督徒国王的责任”（这是对达·伽马关于印度人是非正统基督徒观念的响应），他必须将他王国里的所有穆斯林都驱逐出去，因为他们是“自古以来就与我们有深仇大恨的一个民族”，葡萄牙人的意图是对他们宣战。
卡布拉尔决意前往基尔瓦。他已确定基尔瓦是东非海岸三个主要城镇之一，另外两个是蒙巴萨和马林迪。他的指令是在那里建立贸易站，同时要求当地民众即刻接受基督教。然而，葡萄牙人再次出现在印度洋的消息已经在基尔瓦引起恐慌：它的统治者苏丹易卜拉欣对这些法兰克人即将使用的手段十分清楚。他增建防御体系，招募数百名非洲弓箭手，带着他们穿过将岛屿和非洲大陆分隔开来的狭窄水道。做完这一切，当不速之客出现时，他初步采取的举动是安抚性的。他派遣载着包括活羊在内的各类食物的小船，前去邀请卡布拉尔上岸商谈。
在他冗长的劝诫中，每一句话都谈到了“上帝的意愿”，曼努埃尔威胁道：
经历了这场挫折之后，卡布拉尔前往纳塔尔海岸，寻找将非洲黄金输往印度的重要港口索法拉。葡萄牙人意识到，通过垄断索法拉的贸易，他们能够获得比在欧洲购买更便宜的黄金，而他们可以用这些黄金支付印度的香料，以增加他们的最终利润。如果迪亚士还活着，他很可能成为葡萄牙任命的索法拉总督。但此时他们已经决定放弃任何在那里建立定居点的想法：港口很难进入，而卡布拉尔又忌惮港口附近的浅滩，因为那时他直接指挥的船只只剩下6艘，还与其他船只失去了联系。一艘船的确曾在索法拉停靠过，而后做了一个简短、含糊的报告：“这个岛邻近一条河的河口，有很多商人住在那里。人们将数不尽的黄金从非洲内陆运到那里。运送黄金的人身材矮小、嗓音尖细，但是十分健壮，容貌非常丑陋，他们吃人肉，主要是他们敌人的肉。”索法拉“属于基尔瓦国王”。
如果我们真的在你们之中找到了包藏祸心、恶意阻碍传播上帝旨意的人，这种情况一直都有……我们的目的是坚定不移地听从上帝的意愿，我们一定会处置这类事件，并且继续在那些我主上帝希望由我们最新献给他的地方航海、贸易和交流。
卡布拉尔舰队向西航行得太远了，以至于他们到了巴西海岸，在他们抵达好望角之前，舰队在那里做了短暂停留。（几乎可以确定的是，两年前杜阿尔特·帕切科就发现了巴西，但是那时候葡萄牙人对巴西还不太感兴趣。）船队继续前行，他们快速航行了一段时间，但是到好望角附近时，他们遭遇了一场猛烈的暴风雨。4艘船沉没，船上的人员、物资全数损失，包括迪亚士率领的那艘船。
由于马拉巴尔海岸的书写习惯是将文字记录在用脆弱的棕榈叶制成的纸张上，印度关于扎莫林的回应并没有被保留下来，但是葡萄牙的历史学家却认为这是一个决定性的时刻。对这些拜访者藏在心底的要求，卡利卡特人心中一直有种不祥的预感。在葡萄牙旗舰上的5个人质试图跳船逃跑。他们很快就被抓了回来，并且被押解回船上。
这支舰队由一位叫作佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔的贵族率领，他30岁出头，1500年3月8日刚从塔霍河航行回来。在一年中的这个时节出发还太早，但是国王已经急不可待。在一场暴风雨中，一艘船与其他船失去了联系，只好回国，而卡布拉尔率领其他船只奋力向前航行，他们甚至绕了一个比1497年那次远航还要大的弧形穿过大西洋。为了弥补自身经验的不足，卡布拉尔的船队中还有一些熟悉这片海域的船长。其中之一就是在大概15年前绕过好望角的巴尔托洛梅乌·迪亚士，另一个人是尼科洛·科埃略，他曾带领轻快帆船“贝里奥”号前往印度，并且和达·伽马一起返回葡萄牙。
包括3名方济各会修士在内的70个葡萄牙人上岸，想要在卡布拉尔的代理人艾雷斯·科雷亚的指挥下建立一个贸易站，开战的理由随之而来。整整两个月，卡布拉尔烦心于何时起航，而后代理人终于收到了开始购买香料的许可，此时东北季风吹来，正是向西穿过印度洋前往非洲海岸的理想时节。惊恐不安的扎莫林承诺，开始竞买香料的时间一到，葡萄牙人就可以优先购买，甚至可以排在早就在卡利卡特定居下来且强有力的阿拉伯商人之前。然而，此时的风向十分适合航行前往红海，一艘满载货物的“麦加大船”正准备离开卡利卡特前往亚丁。
曼努埃尔热衷于制止任何企图夺取他权力的竞争者，他下令第二年一开春，第二批舰队就前往印度。当年，达·伽马只有3艘船，船员总数不到200人，而新的舰队指挥官拥有30艘船和1200名船员。其中，12艘船是大货船，因为与达·伽马在印度购买香料的花费比起来，香料在欧洲销售带来的巨大利益极为可观。这使曼努埃尔相信，摧毁伊斯兰教的神圣任务与香料贸易带来的世俗利益可以并行不悖。难怪法国国王不久之后嘲笑曼努埃尔是“杂货店国王”。
这是决定性的时刻。卡布拉尔带人捕获了这艘船，而一场暴乱在卡利卡特爆发。“包含各式人等在内”的葡萄牙小队被攻击，70个人中有53人被杀，其中包括那3个修士。他们在近海船只中的同胞帮不上忙，当黎明降临到卡利卡特时，葡萄牙人的加农炮毫不留情地向他们鸣响。卡布拉尔的6艘船从侧舷接连不断地向城市中心猛烈地投射炮弹。周边的10艘商船都被他们俘获。大多数船员被即刻杀死，还有一些被救起，但是迎接他们的是更加可怕的命运：他们被绑起来，在岸上百姓的注视下被活活烧死。两天连续不断地炮击的影响如此严重，以致马纳·维克拉玛不得不逃离他的宫殿，这是一个他永远不会忘记的耻辱。至于葡萄牙人，他们发誓永远不会原谅卡利卡特人在扎莫林签署了友好条约、取得了他们的信任之后，对他们同胞的大屠杀。
然而，信息保密的时代已经过去。意大利商人和银行家开始从葡萄牙将这次远航的消息，以及目击者对印度生活的描述传回国。其中一份报告说，卡利卡特“比里斯本大”。
在被他们占领的一艘船上，葡萄牙人找到了三头被驯化的大象。他们可能一开始想至少将一头带回里斯本，作为一份特殊的战利品献给国王，但是后来食物短缺，所以所有的大象都被他们杀死并且吃掉了。
达·伽马小舰队的到达使印度洋地区大吃一惊，曼努埃尔对此颇为自豪。这部分得益于接连几位狡猾的里斯本君主，但是还有另一个原因。1453年土耳其人占领君士坦丁堡，加剧了基督教世界和伊斯兰世界的分歧，而这也意味着地中海与东方之间的信息沟通更加匮乏；而1492年格拉纳达的陷落，标志着穆斯林失去了西欧大陆上的最后一个情报站。即使是在里斯本有间谍的威尼斯人，似乎也无法传播有关这一重大事件的任何谣言，而这是对他们垄断欧洲香料贸易的致命打击。
在卡利卡特及其附近的一座城镇造成足够大的破坏之后，卡布拉尔决定向南航行前往科钦港，那是一个能够立刻实施他为他损失的53个人报仇的地方。葡萄牙人这时候已经知道，科钦的王侯乌尼·拉马·瓦尔马对处在卡利卡特的统治之下感到恼火，所以卡布拉尔重施了达·伽马在东非使用的与马林迪结盟对抗更加强大的蒙巴萨的计策。尽管科钦远没有卡利卡特重要，但是它有一个优势，那就是它拥有一个深水港，并且港湾里还有一个易于防御的岛屿。在科钦，他们也能买到香料。
因为15世纪的末年即将到来，所以曼努埃尔增强了神圣的使命感。在迷信的时代，总是有例如基督复活，地震、洪水、瘟疫是惩罚邪恶者的各种说法。许多葡萄牙人都相信“隐藏者”这个神秘信仰，他会出现，赋予他们统治全世界的权力。这是一个宗教骚乱的时代，同时又伴随不断高涨的希望天主教会改革的呼声。而这个即将结束的世纪，见证了他们的圣战有成功也有失败：穆斯林已经被驱逐出西欧；但是在东方土耳其人的新月正冉冉上升。航行进入印度洋，葡萄牙人不仅能够与威尼斯人竞争香料贸易，还能从侧翼包围伊斯兰世界，粉碎奥斯曼人征服世界的梦想。这点燃了他们与祭司王约翰联手，意欲摧毁“异教徒的堡垒”——麦加——的野心。
王侯谄媚地欢迎卡布拉尔。他此时面临一个选择：如果断然拒绝这些访客，他的城市就会受到轰炸，或者因为支持卡利卡特的敌人而可能受到它的惩罚，他将之视为维护科钦独立的一个时刻。葡萄牙人的船只装满科钦的香料，他们用金币付款。卡布拉尔从支付的金额知道，里斯本的皇家金库很快就会因为这次贸易而被填满，所以他最急迫的愿望就是安全地抵达好望角，然后快速向北航行。他离开科钦时得到消息，扎莫林派出了一支由八十艘船组成的舰队，南下来找他交战。葡萄牙人不太可能逃避这种军事挑战，但是卡布拉尔知道他的首要任务是把这些香料运回国。
曼努埃尔下令在他小小的王国里进行宗教游行，以此来庆祝基督教世界的这场胜利。他向斐迪南和伊莎贝拉保证，“尽管他们的信仰还不够坚定，对基督教的了解还不够彻底”，但是印度确实有很多基督徒。一旦葡萄牙人将他们引入真正的天主教信仰，“就有机会消灭这些地方的摩尔人”。曼努埃尔知道这会引起共鸣，因为就在7年前，他的收信人才把最后一批穆斯林赶出卡斯蒂利亚。斐迪南和伊莎贝拉敢于和任何地方他们能找到的“摩尔人”作战，因此大西洋的另一边似乎不存在敌人对他们而言是十分扫兴的。在遥远的地区扩展神圣的战斗是曼努埃尔愉快的特权：他承诺说，“在我们征服的土地上”，战争会被“更热情地推动”。
1501年7月21日，船队抵达里斯本。他们的货物让曼努埃尔很高兴，卡布拉尔关于印度明确信仰基督教的人生活在科钦附近的乡村的报告也让曼努埃尔感到满意。他向斐迪南和伊莎贝拉保证，那里有一些可以转而信奉天主教的人存在。
第一批达·伽马远征的幸存者乘坐轻快帆船“贝里奥”号抵达里斯本时，葡萄牙国王几乎难以克制他的骄傲与兴奋。曼努埃尔匆忙写信给西班牙的斐迪南和伊莎贝拉，告诉他们他的水手在印度洋取得的成就。这时候，西班牙的君主对几年前代表他们进行航海探险的哥伦布的发现已经不抱幻想，所以曼努埃尔无须暗示他拥有的半个世界似乎更有前景，因为那太过明显。到达印度的水手带回了香料就是证据，而哥伦布发现的岛屿显然不是印度，而他的船只带回的东西几乎没有什么价值。葡萄牙人见到了在闪闪发光的宫殿里满身珠宝的“卡利卡特的王侯”，而大西洋西边的岛民却贫穷落后，而且还是异教徒。
而在欧洲的其他地方，人们对曼努埃尔想要争取的灵魂的兴趣，远比不上对他香料的兴趣。卡布拉尔带回国的货物数量，证明这条前往印度的新贸易路线是可行的。消息很快传到了威尼斯，银行家吉罗拉米·普留利在他的日记中写道：“如果这样的远航能持续下去，而在我看来这完全行得通，葡萄牙国王就可以自称为财富的国王了。”
——普拉姆教授为《葡萄牙人的海洋帝国》写的序言，1969年（Introduction to The Portuguese Seaborne Empire by C. R. Boxer）
普留利估计，在卡利卡特1达克特买到的东西，经过红海的贸易路线到达威尼斯的时候，就会卖到60或者100达克特，因为这一路上的关税和前后打点的贿赂都要被计算在内。好望角的路线距离更远，但是可以省下一大笔钱。普留利的商人同行对来自里斯本的消息“目瞪口呆”，而他准确地预测了威尼斯即将衰落的命运。
大帆船运来堆积如山的战利品——胡椒、肉桂、豆蔻、丝绸、珍珠、红宝石，它们唤起了欧洲人的贪欲。葡萄牙人如同豺狼，争抢着填补他们的欲望之壑。极少有欧洲的历史学家勇于正视西方对印度和东方凶残入侵的结果，那不仅打破了商业网还破坏了文化，分裂了王国，扰乱了政治秩序，将中国和日本逼入敌对的隔离状态。