两个方济各会的修士拿着十字架登上岸，口中高喊“让我们赞美主吧”。阿尔梅达选了一所大房子住了进去，并且在房顶竖起了一个十字架。那些洗劫完准备放火烧掉房子的人被召集起来开会，他们抢掠到的东西被收上来按照规矩分配。总督只为自己索取了一副弓箭，作为他第一次胜利的纪念品。
根据一位不知名的日记作者的记述，葡萄牙人将这座城市洗劫一空，进攻者击碎了厚重的木门，“拿走了大量的货物和食物”。巴尔塔扎·施普伦格，一个德意志目击者，他作为舰队的炮手，讲述士兵们“打死了几个异教徒，同时洗劫城市，他们找到了许多财宝，其中包括黄金、白银、珍珠、宝石，以及昂贵的布料”。但是王宫却令他们失望，因为苏丹易卜拉欣已经带着他的妻妾和珠宝逃往大陆。他留下来的所有值钱的东西都被没收，献给国王曼努埃尔。
葡萄牙人对他们在这里看到的一切都印象深刻。基尔瓦对东非海岸的政治影响力比170年前伊本·白图泰来访时小了很多，这主要是由其统治精英内部的恶意竞争，以及索法拉黄金贸易的衰落导致的。即便如此，它也是一座发展成熟且繁荣的城市。
葡萄牙人在拂晓时分发起了进攻。阿尔梅达的儿子洛伦索，带着200人在城外的大宫殿附近登陆。一支更大的部队涌入狭窄的街道，但是他们没有遭遇抵抗。在为数不多的生命迹象中，有一个人靠在窗前挥舞着难以识别的葡萄牙旗帜。
总督写信给他的国王：“陛下，在我所知道的世界上的所有地方中，基尔瓦拥有最好的港口和最肥沃的土地……这里有狮子、鹿、羚羊、山鹑、鹌鹑、夜莺，以及许多其他鸟类，这片土地还盛产蜜桔、石榴、柠檬、绿色蔬菜、无花果、椰子、洋芋，有极好的肉、鱼和甜美的井水。”尽管关于狮子，阿尔梅达有夸大的成分，但是他到达基尔瓦时，正是天气晴朗，花园里满是花朵和水果的好时节。
毫无疑问，苏丹还记得要在他脖子上套上铁圈，并被带去印度的威胁，所以他没有出现。他派了一个信使去说他有客人，而且一只黑色的公猫挡了他的路，这意味着任何已经达成的协议都不再生效。这些就已经足够了。晚上，阿尔梅达乘坐旗舰巡岛一周，准备开始他在印度洋的第一场战斗。经历了甲板上4个月的拥挤生活，阿尔梅达指挥下的船员们，对于登陆、劫掠这座在棕榈树掩映下露出白色房屋的富裕美丽的城市，充满了期待。
靠吃咸肉和硬饼干在海上度过了几个星期，那位不知名的日记作者看到花园非常高兴，他描述了“小萝卜、小洋葱、甜美的马郁兰和甜罗勒”。基尔瓦还有蜂蜜、黄油和蜡。“花园四周围着木栅栏……干草足有一人高。土壤是红色的，上面总能看到一些绿色的东西。”这里还种植棉花，人们用它制成布料；他们还制作香水销往国外。这里的大多数工作都由黑人奴隶完成，他们为“白摩尔人”所有。
当阿尔梅达要求知道苏丹是如何处理国王曼努埃尔授予的旗帜时，苏丹回答道，他将旗帜挂在前往索法拉的一艘船上，以便起到自我保护的作用，但是这艘船在途中被一艘葡萄牙船只拦截了，旗帜也被拿走了。尽管不太高兴，但是阿尔梅达决定给苏丹最后一个机会。在一群围绕在他周围的高级军官的陪同下，他上了岸，在一顶深红色的丝绸华盖下等待易卜拉欣来与他会谈。
这份记录还生动地描述了基尔瓦的生活，甚至提到了“摩尔人嚼槟榔的技能”：“这些叶子会把嘴和牙齿变成深红色，据说嚼它能够提神。”所有人都“不睡在地上”，而是睡在由棕榈叶编成的“能够承受一个人重量的”吊床上。由于基尔瓦气候潮湿，阿拉伯人穿两件棉质衣服，一件从腰部一直拖到地面，另一件松松地搭在肩头。他们所有人都佩戴念珠。
阿尔梅达向城市上方鸣响加农炮，宣告自己的到来。苏丹快速让人给船员送水果，但是总督并不满足，因为他在哪儿都看不到葡萄牙的旗帜。而且，基尔瓦还有准备作战的迹象。达·伽马曾与苏丹的一个敌人取得联系，这个人是一位上了年纪的谢赫，名叫穆罕默德·安科尼，他偷偷地向葡萄牙人透露了一个消息，说基尔瓦苏丹从内陆找来了数百名非洲弓箭手。
除了研究基尔瓦居民的日常生活，他们还有其他事可以做。阿尔梅达决定不再拖延，因为逃跑的苏丹会被罢黜，取代他的是他的敌人安科尼谢赫。他们建造了一个插旗帜的平台。而安科尼谢赫穿着用金线缝合的紫色葡萄牙礼服出现在台上。仪式很简短，总督只是将一个金色的王冠戴在新苏丹的头上，而同样的仪式过程也将发生在科钦的王侯身上。之后是穿城游行，苏丹骑着一匹葡萄牙马，由葡萄牙旗帜在前开道。随后，他们签署了一份用阿拉伯语和葡萄牙语写成的条约，宣称基尔瓦将永远臣服于葡萄牙国王。
达·伽马曾以将基尔瓦炸成废墟相威胁，逼迫基尔瓦的苏丹签订了一份条约，在条约里他承认自己是葡萄牙的一个封臣，答应每年都向葡萄牙进贡黄金。他被警告说，如果他胆敢挑衅葡萄牙人，他们就会带他去印度，在他的脖颈处套上铁圈游街示众。但是第二年，当一艘轻快帆船试图收取约定好的贡赋时，易卜拉欣却一再推脱。很明显，这时候需要采取强力手段。
舰队在基尔瓦岛附近停驻了两个多星期，在此期间他们开始建造一座有四个棱堡的方形要塞。在这座要塞开始成形后，一大群人庄严肃穆地为它祝福。总督选出一位要塞司令，给了他一支一百五十人的守卫部队和一艘轻快帆船，然后再次率领船队向北航行。
好天气和通过之前大大小小的舰队获得的航海经验，使得这支无敌舰队快速驶向好望角。阿尔梅达在巴西短暂停留，卡布拉尔在他之前曾拜访过那里（按照《托尔德西里亚斯条约》划定的经线，巴西处于葡萄牙的那半个世界）。在几艘全副武装的船只引领下，舰队进入印度洋，总督下令从好望角直接前往基尔瓦。如果这个岛屿的统治者——苏丹易卜拉欣·本·苏莱曼——没有挂上3年前达·伽马强制授予他的葡萄牙旗帜，他将会受到惩罚。阿尔梅达还想在这个岛上建一座要塞，驻扎一定数量的军队。
此时，阿尔梅达的目标是东非海岸最大的城市蒙巴萨。自从达·伽马第一次远航时在那里遭遇险情，葡萄牙人就清楚地知道他们的停泊之处是马林迪而非蒙巴萨。然而，他们知道蒙巴萨有两个优良港湾，如果在季风时节在马林迪海岸附近停泊，船只会遭受暴风雨的侵袭，而蒙巴萨不存在这个问题。而且，令人烦恼的是，阿拉伯船会躲在蒙巴萨海港的隐蔽处以逃避外海上轻快帆船的巡逻，而如果不冒着全面冲突的风险，葡萄牙人不敢擅自进入海港。他们抓获了许多开往蒙巴萨的阿拉伯船只，它们的货物被没收，其船员通常也不能幸免于难。其他人则利用他们对东非海岸的了解，藏进红树林沼泽中，然后趁着夜色潜进蒙巴萨。
在摩洛哥战争期间展现出无畏精神的阿尔梅达，被授予葡属帝国最初3年的全权统治权。他知道葡萄牙的敌人们正在积蓄力量，但是他承诺会完成所有指定的任务。他的儿子洛伦索，已经因为具有勇气而出名，这次他也参与到远征中，想要分享这份荣誉。比阿尔梅达年轻10岁左右的国王写信给他：“我给予你权力，就如同它属于我一样。”他承诺在他执政期间，除了阿尔梅达，他不会授予其他人总督的封号。
蒙巴萨的苏丹意识到他的苦难将要来临。所以，他们在蒙巴萨岛面向东边外海的陡峭珊瑚岩壁上建起了一座有两个棱堡的要塞。为了急切适应新时代的战争形势，蒙巴萨的居民们于是从1501年一艘在附近遇到海难沉没的葡萄牙船只里，打捞出六七门加农炮和一大堆弹药。在一个皈依了伊斯兰教的葡萄牙逃亡水手的指导下，他们在新要塞架起了加农炮，严阵以待法兰克人的进攻。
被选出来作为这支无敌舰队司令的是弗朗西斯科·德·阿尔梅达爵士，他是一位贵族，性情甚至比达·伽马还要残暴。他被授予总督头衔，并且被交付了一个冗长的命令清单，内容包括舰队的管理、纪律、劫掠物的处理、应该建立堡垒的战略地点和如何对所有的海运船只强行实施通行证制度。任何一艘在外海航行的船只，特别是穆斯林船只，只要没有葡萄牙授予的通行证，就应该被抓捕、劫掠和沉没。应该建立一座要塞封锁红海入口，以阻止其他人通过这条线路向欧洲输送香料，然后“劝说印度人放弃还能和我们之外的人做贸易的幻想”。
一队士兵上岸，侦察蒙巴萨的防御情况。他们乘坐小船登陆，回报说那个背叛他们的同胞从要塞向他们喊话：“告诉舰队司令，他会发现蒙巴萨和基尔瓦不一样，绝对不像是等着被扭断脖子的小鸡。”包括500名非洲弓箭手在内的数千名战士已经准备好防守这座城市，苏丹也下定决心抵抗到最后一刻。就像瓦斯科·达·伽马意识到蒙巴萨是一个值得一战的城市，阿尔梅达的战士们也对它虎视眈眈。总督本人听到复述给他的背叛者的嘲弄时，气得脸色惨白。
虽然葡属印度的陆地范围可能有些模糊，但是曼努埃尔相当清楚这意味着他要统治海洋。根据事先和国王商量过的安排，瓦斯科·达·伽马采取了一个决定性的举措，他在第二次远航准备回国的时候，在科钦留下了5艘船。它们标志着葡萄牙的目标。此时，由22艘战船组成的一支崭新的无敌舰队正在里斯本整装待发：1500名精挑细选的水手和士兵将乘坐这些船前往非洲和印度。有些船配有德意志制造的青铜炮，它们的造价更昂贵，但是比葡萄牙铸造的铁制枪炮更安全。他们的目标是将葡萄牙的权威永久地烙印在那些地区，并且粉碎在任何地方可能遇到的敌对力量。很自然地，商业活动与这项任务保持一致步伐：因为德意志提供了加农炮，而且德意志贸易公司为其中3艘大船承担了建造费用，所以作为回报，葡萄牙在香料贸易上给予德意志特别待遇。
阿尔梅达舰队中的编年史家描述道，在富有商人居住的最好的石制房屋之间还散布着奴隶、牛和其他动物居住的、由棕榈叶覆盖的小房子。这座岛与毗邻的大陆盛产水果、蜂蜜、大米和甘蔗：“按照摩尔人的说法，这座城市是整座海岸最好的地方。”
曼努埃尔决定将他的帝国称为葡属印度（Estado da India）。对于一个统治欧洲最小国家之一的国王来说，这似乎是一个难以企及的梦想，因为这个帝国包括的不仅是当时已知的印度次大陆，还包括所有环印度洋的土地——阿拉伯半岛、波斯、非洲，以及还没听过葡萄牙枪声的更遥远的东方。然而，36岁的曼努埃尔精力充沛、野心勃勃。毕竟，《托尔德西里亚斯条约》还不是将半个世界都奖励给了葡萄牙吗？
在真正开战之前，阿尔梅达的两艘小船被派出去探测海港内的水深，它们被要塞射出的炮弹损坏。让这些守卫者惊慌失措的是，两艘船中的一艘发出的一枚炮弹恰巧击中了要塞的弹药库，引起大火和爆炸。尽管城市本身受损不大，但这就是蒙巴萨第一个要塞的灾难性结局。葡萄牙人四管齐下，对坚决抵抗的苏丹王宫发起进攻，他们一路上劫掠杀人。阿尔梅达的儿子洛伦索在进攻中身先士卒。防守的人从屋顶上将石头投掷到狭窄的街道上，以减缓进攻者的推进速度。两个在基尔瓦就表现出强烈热情的方济各会修士，在战斗中再次成了先锋。在抵达宫殿时，他们爬上屋顶，竖起了一个十字架。
当埃及苏丹坎苏·加夫里威胁说，如果葡萄牙的船只继续干涉印度和红海之间的贸易，他就驱逐埃及所有的基督徒并且毁灭耶路撒冷的圣地时，曼努埃尔表现出了他的专横精神。苏丹的使臣是西奈山圣凯瑟琳修道院的院长。在向教皇复述了这个信息之后，这位院长又去里斯本重申了这个信息。葡萄牙国王也以相似的威胁回应道：葡萄牙人为了警示苏丹，会履行基督徒的义务，我们将侵入红海，毁灭麦加，破坏“错误的先知穆罕默德”的坟墓，并且带走他的遗物。
作为最后一个求助对象，斯瓦希里的防御者驱赶出两头野生大象，让它们加入战斗，但是它们并没有阻止住葡萄牙人。他们尽情抢掠直到他们精疲力尽，他们找到了“大量昂贵的布料、丝绸、黄金、地毯和鞍褥，他们将其中一块在任何其他地方都找不到的精美地毯与许多其他昂贵的东西一起，送给了葡萄牙国王”。阿尔梅达给他的船长们每人分配了一块区域抢掠，劫掠品在王宫前面堆成了山，之后它们将按照等级被分配。这些东西多得都带不走。
国王曼努埃尔已经控制了东方的香料，但是他还想要更多。他想要建立一个帝国。葡萄牙必须和西班牙平起平坐，同时掌控新世界。同样重要的是，他要向欧洲其他地方，尤其是威尼斯，传递一个信息：葡萄牙人不再仅仅是商人，还是傲然的征服者。曼努埃尔知道，威尼斯参议院已经建立了一个专门的委员会，它提议采取行动“以免葡萄牙国王从我们的手中拿走黄金和白银，破坏我们的商业和繁荣”。尽管威尼斯人已经和土耳其人新签署了一份条约，还派了一名间谍到里斯本专门研究葡萄牙人是如何销售胡椒的，但是曼努埃尔自信威尼斯人掀不起什么风浪。
最后，蒙巴萨被付之一炬，以棕榈叶覆顶的茅草屋使得点火变得更加容易。记录显示，“整座城市就像一个大火场，大火烧了将近一夜”。苏丹和一些领头的居民，在岛屿遥远一端的棕榈树种植园中看到了这个场面。许多大房子在火焰中倾塌，“巨额财富被烧毁，因为就是从这里，与索法拉和坎贝的贸易取道海路继续下去”。
——一位不知名的葡萄牙日记作者对基尔瓦的描述，1505年
撇开旧怨，被击败的苏丹在一封写给马林迪统治者的信中，讲述了这个事件：
这里有许多用石头建造的坚固楼房，这些房屋表面涂有灰泥，上面还有1000幅图画。
阿里说，愿安拉保佑你。我将告诉你的是，那位头领经过这里，把这里付之一炬。他强力而残忍地进入了这座城市，无论男人还是女人，年轻人还是老者，甚至是幼小的孩子，而且不管孩子有多小，都无一赦免……不仅人被杀死、烧死，连天上的鸟都被打落于地。城市中弥漫着死人的恶臭，以致我都不敢踏入这座城市，没有人能够讲明白或者估算出他们带走了多少财富。