一位威严庄重、刚强有力的统治者可能会抓住机会，在迫使德国人行事谨慎的同时，重新获得海岸地带当地统治者的忠诚。但是对于这两点，哈利法都做不到。9月，他见证了东非第一场抵抗运动的开端。这场麻烦始于德国东非公司在8月提出的一项决议：要在从内陆地区通往印度洋的商队主要线路的终点站巴加莫约升起德国的旗帜。由于从桑给巴尔来的数百艘独桅帆船陆续到达巴加莫约，在那里卸载它们的贸易货物，并且装上内陆的出口商品，德国做出的这个决议是一个挑衅。苏丹的阿拉伯使者抗议这个举措违背条约，但是他们受到海岸附近德国战舰的恐吓。
1888年3月，桑给巴尔最后仅存的独立也随着巴尔加什的死一起被埋葬。他的接班人是得到新殖民君主支持的哈利法。哈利法是巴尔加什的弟弟，巴尔加什曾担心他精神错乱而将他关在一个地下室里长达6年，以防止他试图夺权。哈利法刚登基一个月，他就仿效英国的条款，授予德国公司对其“势力范围”内的海岸地带50年的租约，但是他仍拥有足够的骄傲，要求所有的税收都要以他的名义、并且在他的旗帜下收取。
在更北边的一个小海港潘加尼，年轻军官埃米尔·冯·泽勒斯基威胁当地的阿拉伯总督，侮辱伊斯兰教，而且嘲笑苏丹的名字。很快，他就有了一个不友善的绰号“恩尤恩多”（Nyundo，意为铁锤）。泽勒斯基告诉城里的居民，如果他们违抗他的命令，他将召集海军舰船发起一次轰炸，为了使他们领会他的意图，他让100名德国海军士兵登岸。他们摧毁财物，还拉下了苏丹的旗帜。
在抑郁症、结核病和象皮肿的折磨下，巴尔加什又坚持活了一年。在他去世前几个月，因为不满他的一位高级顾问穆罕默德·本·萨利姆对德国人太过友好，他下毒毒死了他。德国人开始表现得如同桑给巴尔是属于他们的：他们的战舰一直停泊在海港里，他们的士兵登岸之后傲慢无礼，而且他们的东非公司在达累斯萨拉姆和其他的大陆海港积极建立贸易站。
1888年9月4日，第一场抵抗运动的领袖诞生了：谢赫阿布什里·本·萨利姆，他是潘加尼附近一个富有的糖料种植园主。他的父亲是阿拉伯人，他的母亲则是一位来自埃塞俄比亚南部的侍妾。他身材矮小，眼光犀利，留着灰白色的胡子。阿布什里穿着昂贵的阿拉伯服饰，他总是认为自己丝毫不比苏丹差，他属于一个历史悠久的哈尔希社群，他们将阿曼人视作东非的暴发户。阿布什里上次访问桑给巴尔还是在20年前，他宣称如果他此时去桑给巴尔，会有被绞死的危险。在他看来，哈利法无权将海岸地带交给任何人。因而，在未寻求苏丹同意的情况下，他对潘加尼发起了一次军事袭击，并且封锁了泽勒斯基所在的司令部。德国人被要求在两天内离开海岸，他们的一艘战舰在靠近海岸时被点燃。
1887年3月，当亨利·斯坦利抵达桑给巴尔准备发起他的最后一次非洲探险时，他见到了巴尔加什，那时巴尔加什54岁，斯坦利看出他活不了很久了：“他的政治焦虑正在快速消耗他的健康。”在斯坦利的敦促下，苏丹签署了一份新的麦金农特许状，覆盖英国“势力范围内”的海岸线。这项特许状授予一个尚未被命名的英国公司50年的权限，它可以在蒙巴萨和其他港口收取海关收入，作为回报，他们向苏丹支付的收入增加了50%。巴尔加什还承诺鼓励英国势力范围内的非洲酋长与公司签订条约。这个协议是苏丹想要抢救海岸地带的绝望之举。他们同意他的旗帜仍可以悬挂在耶稣堡上空。
阿布什里的副指挥官是他的内兄弟谢赫贾哈兹。贾哈兹出生在科摩罗群岛，那里的民众因为勇气而闻名，他曾经作为一名炮手随亨利·斯坦利一起穿越非洲。尽管贾哈兹和阿布什里都属于阿拉伯社群，但是他们从来不缺乏非洲追随者。从内陆南下而来的战士，还有从海岸各地赶来的其他小分队纷纷投奔他们。很快，谢赫阿布什里就组织起一支军队，虽然这支军队不守军纪，但是人数有八千人之多。当德国人试图登陆潘加尼时，这支队伍赶走了他们。当他们占领基尔瓦的前哨站时，他们杀死了两名德国军官。最后，桑给巴尔苏丹的陆军指挥官英国将军劳埃德·马修斯拯救了泽勒斯基和他的德国同伴。马修斯并未在海岸做过多停留，他意识到他自己的人站在阿布什里一边。
可以说在东非的殖民时代第一个显著的受害者是桑给巴尔的苏丹巴尔加什，正如柯克领事之后承认的，巴尔加什被“牺牲了”。早在1877年，苏丹就宣称授予柯克的朋友威廉·麦金农爵士70年的大陆特许权，尽管这项计划逐渐衰亡，但它却是另一个表明苏丹与英国具有特殊关系的证据。但是就像巴尔加什看到的，不到10年，英国就背叛了他，他们与德国合谋分割非洲大陆的海岸地带。而在几个月之前，柯克已经离开，不用面对桑给巴尔的指责，而且他再也没有回来。
到年底时，除了在达累斯萨拉姆和巴加莫约还有两个小贸易站之外，德国人已经完全被逐出了大陆。这些据点只有在位于海岸附近的战舰的帮助下才能坚持下来：巡洋舰“莱比锡”号炮轰并且部分摧毁了巴加莫约，以便驱逐阿布什里的军队。在巴加莫约和潘加尼之间的港口萨达尼，非洲当地的统治者赫利也集合了一支抵抗队伍。
对于阻碍这项紧急任务的非洲当地民众来说，他们是令人讨厌的。在欧洲人瓜分非洲的过程中，他们从未严肃考虑过这个问题，而在他们还不知道什么对自己有利的情况下，寻求本地人的意见就更不在他们的考虑范围了。他们想当然地认为，非洲人将乐于开始遵从欧洲人的法律，向欧洲的旗帜致敬，并及时向欧洲人缴纳税收。所以，在外国力量的保护下，反抗活动注定会扩展，这令第一批殖民当局震惊不已。他们很快放弃了无痛接管和快速赢利的想法。但是，因为历史由胜利者书写，对于非洲抵抗的真实评价，以及征服它所引起的苦难，都被政府的光鲜记录所掩盖。
阿布什里与被俘虏的旅行家奥地利人奥斯卡·鲍曼交谈，后来他毫发无损地被释放了，而阿布什里重申他不承认桑给巴尔苏丹签订的任何条约。海岸地带独立了。但是，他完全不顾及俾斯麦的尊严，俾斯麦认为他们在东非对德国统治的成功抵抗，将使整个殖民主义者的权力场陷于危险境地。白人战无不胜的光环必须被维持下去。
利文斯通认为黑人工人做好每天的工作，白人种植园主应该付给他们公平的工资，但是这与大多数来自英国和德国的年轻帝国建造者的想法相去甚远。就像他们要使非洲人“文明化”，并且根除奴隶制的残余一样，这些新来者对于创建市场的诡辩同样口惠而实不至，但是他们清楚他们要优先考虑的是在陆地上立桩标记，在没有清晰定义的边界上插上他们的旗帜。
作为军事行动的引子，俾斯麦命令德国的政府报刊开始写关于在海岸“恢复秩序”，以作为对抗奴隶贸易的先锋的文章。这显然是引领公众支持政府直接干预的最好办法。在达累斯萨拉姆附近的一场突袭中，当一群“暴动者”杀死了三名天主教传教士时，其中两人是妇女，俾斯麦的机会来了。在赞成殖民主义者的群体，以及投钱给德国东非公司（已经接近破产）的银行的帮助下，德国的民众情绪达到了高潮。
毕竟市场需要买家和卖家，而非洲人很显然没有购买能力。他们的直接资产是象牙，但是一个显见的事实是后膛枪正快速消灭象群。希望看到大量非洲人转变为北半球上班族那样兜中有钱的工薪阶层也是不现实的。利文斯通有一次说这片大陆的“广大地区”适宜种植棉花和糖料作物，之后他又以一种古怪的方式提出警告：“你不要认为可以不付钱给非洲人，他们还会替你工作。”
这位“铁血宰相”采取的第一个举措是进行一场海上封锁，以阻止阿布什里的军队得到武器和弹药。重要的一点是英国同意参与这次行动，两国海军巡逻了550英里的东非海岸，其中三分之二的海岸地带是德国的势力范围。在德意志帝国议会上，唯一批评俾斯麦干预行动的人是社会民主党党员，其发言人奥古斯特·倍倍尔谴责德国东非公司是“一小群富有的资本家、银行家、商人和实业家”的代表，其利益与德国民众的利益毫不相干：“他们的驱动力是财富，只有财富，别无其他。为了有可能开发非洲民众完整而未被扰乱的资源，他们要花费数百万马克，而这些钱出自纳税人的腰包和国家的金库。”
大国沙文主义和欧洲国家之间的竞争为占领非洲提供了大部分动力，但是很难证明征服开支的合理性。这场殖民主义热潮如何负担自身的费用？19世纪六七十年代在南部非洲发现黄金和钻石的事实，鼓舞人们期盼大陆更北部的地区也存在相似的财富，但这只是猜想，因而重点还是将非洲作为工业制成品的一个未开发市场。在19世纪晚期的图书和杂志里，像兵蚁一样密密麻麻的数据显示，热带非洲如何大批量进口欧洲的工业制成品。这样的表格大部分徒有其表，只是被欧洲国家用于“宣扬”非洲潜力的部分举措，为的是缓和欧洲的财政部长和纳税人的疑虑。
然而，这些钱款很快就会到来。1月底，在封锁显然无效后，议会投票决定提供400万马克，“以便压制奴隶贸易和保护德国利益”。曾两次穿越中非的著名旅行家赫尔曼·冯·维斯曼，受命组织一支军队。他在开罗招募了600名苏丹雇佣兵，在莫桑比克招募了350名尚加纳人（他们被描述成祖鲁人，以便使他们听起来更加吓人）。当地军队很少被雇佣，因为他们的忠诚度总是令人怀疑。80名德国军官和其他职级人员被选出来领导这支“维斯曼军团”，在他们的长官假装与阿布什里进行和平谈判时，他们经受高强度的军事训练。
当欧洲国家忙着瓜分非洲时，他们显然对各自获得的部分一无所知。他们当然可以在地图上测量由俾斯麦的红线划分的领地，但是他们对于有多少人居住在这片新领土上，是否有矿物资源等待开发，以及这片土地是否足够富饶和适宜白人定居等问题，只有模糊的概念。这是混乱的帝国主义：统治权不是征服的结果，相反，先交出统治权，然后才开始征服。
当维斯曼判断自己准备就绪时，他的部队分两路在巴加莫约和达累斯萨拉姆登陆。他们拥有现代武器，包括26门野战炮，还有7艘战舰支援他们。用刚刚到达东非的贝克尔医生的话说，他们的职责是“恢复德国的优越性”，并且从“暴乱者”手中“解放”这个国家。很快，事实就证明阿布什里注定要失败，因为很多来自内陆的战士已经漂流回家，而在雨季的漫长等待已使他的斯瓦希里追随者精力衰竭。此外，德国人疾风暴雨般地席卷了他们用栅栏围起来的营地，使他们遭受巨大伤亡，之后德国人又沿海岸成扇形展开攻击。村庄被焚毁，而被怀疑对阿布什里不忠的酋长被绞死，战败的首领逃往内陆。之后，维斯曼出1万卢比（1.5万马克）悬赏阿布什里的项上人头。
——旅行队的搬运工返回海岸时吟唱的传统歌曲，1900年
数月以来，阿布什里都避开了追捕，甚至还大胆返回海岸地带，但是没能成功袭击达累斯萨拉姆。随着前景越来越令他绝望，他开始变得和德国人一样残暴。他对有可能背叛他的当地人施以严酷的惩罚。1889年11月底，有报告称这位目中无人的谢赫要在距离他的家乡潘加尼仅4天行程的姆文达建造一座用栅栏围护的堡垒。
那里是爱的花园，巴加莫约。
受到维斯曼悬赏诱惑的非洲酋长穆罕默德·索阿将这个消息捎给了德国人。维斯曼的向导带领一支由苏丹雇佣军和白人军官组成的部队到达一个供应阿布什里食物的村庄。在一场小规模战斗之后，这个村庄被焚毁。之后，向导给他们指引前往姆文达的路线，德国人决定在午夜发起进攻。在警报响起前，德国士兵匍匐爬行到敌方士兵睡觉的营地中央。阿布什里手下有30多人被杀死。他在黑暗中成功逃跑，但是丢下了他的一切财物，包括他的枪炮、旗帜，还有一箱文件。
你可以整年饮用棕榈酒，
一周后，酋长马加亚背叛了阿布什里。精疲力尽的逃亡者正好来到他的村庄卡姆科罗寻找食物，于是马加亚将阿布什里关起来。听到这个消息高兴不迭的德国人被领进一间小房子，看到阿布什里躺在地上，上着镣铐，脖子上还戴着叉形奴隶枷锁。他被带回他的家乡潘加尼的海岸地带。阿布什里十分怨恨，他告诉审问者，潘加尼人以《古兰经》的名义发誓奋战到最后一刻，将德国人驱逐出去：“其他所有人都违背了他们的誓言。我是唯一一个直到今日仍然忠于这个誓言的人。”
在那里，女人们将她们的头发梳分开，
谢赫及其两名陆军中尉接受了简易的审判，1889年12月15日被处以绞刑。在阿布什里被处死之前不久，他宣称他没有完全断绝与桑给巴尔苏丹的联系，在他发起抵抗运动后不久，桑给巴尔的苏丹写信给他，鼓励他战斗。之后，英国和德国一致认为这个陈述应该被“严格保密”，以避免对苏丹的良好信誉产生怀疑。
我的心就痛苦不堪。
通过镇压“阿拉伯人的暴乱”并绞死其领导者，德国人强化了他们对之后被命名为坦噶尼喀的地区的控制，这片地域的面积是德国的3倍。尽管这场战争的结局早已为人所知晓，但是他们还要经历数年的战斗。当地统治者被授予德国旗帜，那些拒绝接受的人会受到惩罚，他们的村庄将被付之一炬。很多不顺从的人遭到鞭打。毫不奇怪，征伐经常会遇到埋伏：在对抗阿布什里战争中表现出彩的冯·泽勒斯基上校在攻击紧密团结的赫赫人统治者姆夸瓦时被杀，与他一起阵亡的还有9名德国军官和300名非洲士兵。
当我想起你，远离你珍珠般的欢愉之地，巴加莫约，
最后，谁的火力强谁就获胜。一个接一个酋长被迫顺服。姆夸瓦选择自杀，而不允许自己成为俘虏，然后被绞死。他的头颅被砍下送往柏林。相较之下，尧人首领马琴巴则幸运得多，他违抗来自坦噶尼喀湖最南端马孔代国德国人的命令。他的一位副官曾向传教士学过英文，这位副官将马琴巴的话记录下来，写信寄给维斯曼，他曾命令马琴巴到达累斯萨拉姆：“我收到你的命令了，但是我觉得没有任何理由应该遵从你的命令。我宁愿死……如果出于友谊，无论何时我都不会拒绝，我不会成为你的臣属……我不会前往。如果你足够强大，你可以到这里来抓我。”维斯曼派出去的远征军毁坏村庄和庄稼。马琴巴抵抗了9年，之后穿过边界，逃到了葡属莫桑比克。
很快就要抵达你所渴望的棕榈之城，巴加莫约。
在尼亚姆韦奇人中，之前米兰博展现的独立与战斗精神在首领埃塞克手中得到复兴。埃塞克位于塔波拉贸易中心附近的堡垒，控制海岸地带与坦噶尼喀湖之间的主要贸易路线。埃塞克拒绝与德国人进行任何商谈。尽管德国人用大炮轰炸他们，但是他们两次击败德国人试图占领堡垒的袭击。由陆军中尉冯·普林斯率领的第三次进攻突破了堡垒的防御。埃塞克及其家人撤退到一间存放弹药的房间，他引爆了自己，而没有选择沦为俘虏。冯·普林斯担心埃塞克通过他最后的反抗举动逃避他应得的惩罚。但是，一听说这位至高无上的首领还活着只不过奄奄一息的消息时，冯·普林斯立刻把他找出来吊死了。
欢愉吧，我的灵魂，不要担忧任何事，