拘禁期间，胤祉向康熙告发胤禔使用“魇胜”巫术谋害太子胤礽，此举彻底结束了胤禔的政治生命。康熙病重时，因为大阿哥胤禔和老二胤礽都被圈禁，胤祉成了家中长子，而老皇帝又不肯就医用药，胤祉便和四阿哥胤禛、五阿哥胤祺和七阿哥胤祐，还有胤祉的同母姐姐二公主，一起痛哭陈请，为康熙冒死择医并精心照顾病中的父亲。这一点，总算让康熙感到一点安慰。虽然自己的老大和老二大逆不道、不仁不孝，但自己的女儿和胤祉这几个孩子还算孝顺，没有像他们的两个兄长一样。
因为大阿哥胤禔向康熙进言说由他来将废太子胤礽处死，惹得病中的康熙暴跳如雷，几位年长的阿哥也都被圈禁起来，当时除胤礽和胤禔被圈禁外，三阿哥胤祉、四阿哥胤禛、五阿哥胤祺、八阿哥胤禩和十三阿哥胤祥都一度遭到同等待遇。究其原因，无外乎有两个，第一种可能是康熙怀疑这些年长的皇子可能会作乱，有趁局势混乱发动政变的可能；第二种可能是康熙为保护这些皇子们免受上述事情的意外伤害而将他们暂时拘禁。
第二年，也就是康熙四十八年（1709年），康熙决定复立胤礽为太子，三阿哥胤祉、四阿哥胤禛和五阿哥胤祺则同时被封为亲王。康熙还颇动感情地说：“自去年九月，不幸事出多端，朕深怀愧愤，以致心神损耗，形容憔悴。其他人不过寻常虚语，别无良法。惟贝勒胤祉、胤禛特至朕前痛哭陈请：‘皇父圣容如此清减，不令医人诊视，进用药饵，徒自面前耽延，万国何所依赖！臣等虽不知医理，愿冒死择医，令其日加调治。’”
康熙四十七年（1708年）废太子事件发生后，整个皇宫就像炸了锅一样，皇子们或摩拳擦掌、落井下石，或等待观望、跃跃欲试，不一而足，加上康熙当时生病，一些阿哥甚至和大臣们勾结起来，整个事态变得极为纷繁复杂。
在康熙五十一年（1712年）太子胤礽再度被废后，康熙对胤祉更加信任，父子关系也相当不错，康熙每年都会去胤祉的私家花园参观一次到两次，和胤祉的家人喝喝小酒，聊聊家常，共叙天伦之乐。当时能请得动老爷子的，除胤祉外，也只有四阿哥胤禛了。
同年十月，胤祉又和太子胤礽、十三阿哥胤祥随同康熙西巡，途经直隶、河南、山西、陕西四省。康熙把皇子们带上的目的，是为了让他们更多的了解当地的风土人情、官风民情等实际情况，特别是胤祉，估计康熙也觉得这孩子有点书呆子气，带他出去看看外面的世界也是好事。
搞政治的人未必比搞学术的人更聪明，但学术搞得好的人大多不能去搞政治，胤祉即为一例。胤祉虽然文化素质高，且文武双全，但康熙似乎并不看好他在政治上的前途。在康熙的眼里，胤祉虽然聪明，但似乎缺乏一种政治家的魄力，而这也许是胤祉的性格至柔所决定的。
经仔细搜查与审问后，胤祉和胤禩并没有发现传闻中的“通风报信”和“图谋越狱”之事，之后将此事上报康熙，并建议在索额图的颈、手、足处加上九根锁链，严加看守。康熙得报后很满意，对他们的审问结果和建议也表示赞同。
正所谓“术业有专攻”，胤祉在政治方面缺乏悟性，但他在学术方面的确干得不错。康熙五十二年（1713年），胤祉奉命在热河避暑山庄设立纂修馆，负责修书。经过一年多的努力，胤祉等人将康熙亲撰的《律吕》编制成《御制律吕正义》，这是一本音乐方面的丛书，后来在乾隆年间得到补充，保留了中国古代很多音乐方面的原始材料。
胤祉和胤禩受命后，决定在深夜突查。当天晚上三更时分，两兄弟带着人马前往宗人府，进去后便把看守索额图的兵丁全部绑了，以防走漏消息。在两位皇子的严厉质问下，可怜的索额图一把鼻涕一把眼泪地哀求：“奴才尚有何言可供？凭奴才的罪过，就是皇上杀了我，那也是罪有应得。只是奴才现在老了，求皇上能够开恩，饶了我这条老命吧！”
编完《御制律吕正义》后，胤祉等人又受命编纂了《历象考成》和《数理精蕴》，这两本分别是历法和数学方面的著作。康熙在天文历法和数学方面颇有造诣，《历象考成》这本书也是康熙亲撰的初稿，《数理精蕴》在编纂过程中也经过了康熙的指导。这两本书和前面的《御制律吕正义》，都是中国古代科技史上重要的文献。为修好《历象考成》这部新历法，胤祉还特意派人到广东、云南、四川、浙江等地去实地测量日影，以取得第一手的数据。在康熙的这些儿子里面，也只有胤祉继承了康熙在学术方面的兴趣和能力。
虽然胤祉受到处罚，但并没有失去康熙的信任。康熙四十二年（1703年），索额图因为结党“潜谋大事”而被圈禁，后来康熙听说有人为索额图“通风报信，往来行走”，甚至想把他救出的传闻，于是便密谕胤祉和八阿哥胤禩去圈禁地，以查明到底怎么回事。
胤祉最大的成就并不是这三本书，而是编纂《古今图书集成》。《古今图书集成》是继明朝《永乐大典》之后的大型丛书，由胤祉领导翰林陈梦雷等人完成。早在康熙三十七年（1698年），陈梦雷在胤祉府上任侍读学士时，他发现胤祉家里有很多藏书，由此产生了一个念头，想把这些书分门别类，编成一套丛书，既可方便查找，提高利用率，也免得一些珍贵的书籍流失。
但就在第二年，胤祉做了一件傻事，以至于受到康熙的严厉处罚。原来，在康熙三十八年（1699年），十三阿哥胤祥的母亲——被康熙甚为宠爱的敏妃章佳氏不幸病故。按当时的丧制，母妃去世的话，皇子们在一百天内不得剃发，但胤祉不知何故，违制剃发。康熙得知后十分生气，将胤祉身边管理服制的人加以严惩，胤祉也受到由郡王降至贝勒的处罚。
胤祉本是爱书之人，他听后拍手叫好，全力支持。在胤祉的帮助下，陈梦雷便开始按经史子集等名目编写目录和凡例，由于书的数量众多，陈梦雷编辑了十几年，才算弄出点眉目来。后来，胤祉将此事禀告康熙，康熙听后也非常支持，并委派胤祉和陈梦雷两人负责设立蒙养斋馆，并招收了八十名学者来编纂一个更大规模的丛书，这就是后来的《古今图书集成》。
对于那些年长的皇子们来说，康熙三十五年（1696年）是非常重要的一年。这一年，康熙御驾亲征噶尔丹，除太子胤礽坐镇京师外，其他的年长皇子全部随同出征，二十岁的胤祉也亲率镶红旗大营出战（当然，是象征性的）。在击败噶尔丹势力后，胤祉和大阿哥胤禔在康熙三十七年（1698年）同时被封为郡王。
为鼓励他们做好这项工作，康熙还特意赐给陈梦雷一副对联：“松高枝叶茂，鹤老羽毛新。”当时进馆的，还有桐城学派的创始人方苞等著名学者，馆中人才济济，颇有文治气象。到康熙五十九年（1724年），编纂工作基本完成，但即将要刊印时，不巧遇到康熙去世，事情发生了变故，这是后话。
但是，会读书未必能做官，学业优秀也未必就能做皇帝，这其中的关键，还取决于个人的性格。胤祉这个人，看起来没有什么野心，对政治也没多大的兴趣。尽管如此，作为年长皇子里面的一员，康熙还是时不时会让他去锻炼一下。康熙三十二年（1693年），康熙派他和四阿哥胤禛去山东曲阜孔庙致祭，当时胤祉只有十七岁，而四阿哥胤禛只有十六岁。
当然，也有人认为胤祉其实也是觊觎大位的，只不过不像他的那些兄弟们咄咄逼人罢了，当时有个“孟光祖事件”就是证明。孟光祖是胤祉府上的人，康熙末年也就是胤祉最受康熙青睐时，他曾打着胤祉的名号到地方各省（如陕西、四川、江西、广西等地）活动。按当时的制度，皇子及其属人离开京师的话，需要批准登记，而孟光祖在地方上行走的话，应当具有勘合（相当于介绍信），地方官府才能给予接待。但是，孟光祖居然没有任何证明文件，在各省间依旧是通行无阻，这要是没有地方官员的配合，恐怕是做不到的。
从各种材料来看，胤祉从小就是个好学生。无论是文学、书法，或是骑射，在众多的皇子里面，胤祉的表现都很突出。论文学，胤祉被康熙派去编纂《古今图书集成》，可见他有相当的学术功底；论书法，胤祉写的字相当漂亮，一直得到康熙的称赞；论骑射，康熙三十一年（1692年）陪同康熙出塞围猎时，胤祉曾经和一向善于骑射的康熙比试，两人不分上下。
孟光祖在各省活动时，还经常以胤祉的名义给地方督抚大员馈赠礼品，譬如他曾给当时的四川巡抚年羹尧送过礼物，年羹尧则回赠了马匹、银两等；去江西时，江西巡抚佟国勷也曾经回赠过银两、绸缎。按规定，阿哥们和地方上的馈赠往来，地方官员应当上奏朝廷备案，但当时这些地方官并不想得罪胤祉，所以孟光祖活动了数年之久，后来才被发觉。康熙得知此事后，派人将孟光祖捉拿正法，佟国勷被革职，年羹尧也受到革职留任的处罚。
胤祉是马佳氏最小的儿子，但因为前面的哥哥们大都夭亡，所以胤祉排下来做了三阿哥，在皇子里面算是年长的。小时候，胤祉一度被康熙放到内大臣绰尔济家抚养，不知道是因为其母马佳氏不善于抚养孩子还是康熙怕这个儿子会像他前面的哥哥一样不幸夭折。
但是，康熙也只是将孟光祖处死了事，并没有再去追究孟光祖到底在下面都干了什么。不仅如此，康熙还特意对供职于蒙养斋馆的魏廷珍说，你“每日和三阿哥在一起修书，若有此事，即当以身命保之”。康熙的意思是，万一有人问起孟光祖的事情，就让魏廷珍以修书的事情为由，帮胤祉顶一顶，不要把胤祉牵连进去。很显然，晚年的康熙并不希望政治斗争牵连太大，特别是牵扯到胤祉身上。
马佳氏的家庭背景非常一般，但从生育的频繁程度来看，马佳氏在康熙年轻时应该颇为受宠——否则不可能在十年中生育六次，要知道，有的嫔妃可能终年都见不到皇帝一面，更别说受孕了，估计她在年轻时的容貌和脾性都应该不错，所以才能得到康熙的格外眷顾。
由于“孟光祖事件”没有进一步追查，所以胤祉到底有没有派人去下面争取地方大员的支持，这事尚难定论。不过，孟光祖作为胤祉府上的属人，在下面活动了好几年，胤祉说自己一点都不知道，恐怕也是说不过去的。
胤祉生于康熙十六年（1677年），年龄比大阿哥胤禔小五岁，比太子胤礽小三岁。和胤禔的母亲一样，胤祉的母亲、荣妃马佳氏很早就进了宫，但地位也不高。不过，马佳氏的生育能力很强，从康熙六年到康熙十六年，总共为康熙生了六个子女（五子一女），但很可惜的是，马佳氏的六个子女中，只有三阿哥胤祉和二公主活了下来，其他四子都夭亡了，其中包括康熙的第一位皇子承瑞（其他三个分别为赛音察浑、长华和长生）。
总体而言，三阿哥胤祉并没有很明显地表现出要争夺储位的迹象，也许他心里也清楚康熙对自己的定位，因而一直是以学者的形象出现。但是，在康熙的最后十年中，胤祉始终受到信任，这也是不争的事实。事实上，即使胤祉一直想明哲保身，不参与储位的争夺，但他作为大阿哥和太子胤礽被废后最年长的皇子，加上他的才华和与康熙的亲密关系，各种流言蜚语仍旧充斥坊间，一些人也认为胤祉很可能是“储位之争”中的最大“黑马”。
在康熙的皇子里面，三阿哥胤祉一向以温文尔雅、文质彬彬的形象而闻名。不过，令大阿哥胤禔没有想到的是，给他最后一击的，竟然是这个平时一贯低调的三阿哥胤祉——胤禔可从来就没把他当竞争对手啊。
正因为如此，雍正（四阿哥胤禛）即位后，也曾指责胤祉在胤礽被废后，“以储君自命”，“希冀储位”，这或许与之前的流言有关。但凡搞政治的人，总是把那些具有实力的人当作自己的对手，从来不管别人心里想什么，此所谓“楚人无罪，怀璧其罪”，胤祉无意，雍正有心，想逃哪那么容易？