历史在这里变得扑朔迷离，很多细节开始含糊不清。刘基养老金被夺，不得不入京谢罪，又不敢归乡。这让胡惟庸进一步罗织刘基其他罪名方面无计可施。洪武七年岁在甲寅，64岁的刘基羁留京师，体弱病衰，赋诗叹老。博弈者胡惟庸在等待一个彻底失衡的时刻或者说由头。终于，刘基感染风寒，胡惟庸趁机带了御医前去诊治。刘基服药后，病情恶化——“有物积腹中如拳石”。这里究竟是御医医术不良还是胡惟庸在其中做了手脚，历史没有给出很明确的答案。总之，刘基年表继续记载，洪武八年，刘基居京病笃，归里而卒。据说刘基临终前曾想写一篇遗表，以贡献定国安邦之策，只是碍于胡惟庸还在台上，写了也是枉然。他交待儿子等胡惟庸败后，再将自己的意思向皇上密奏。
在刘基年表里，我们还可以看到，洪武五年（公元1372年）对刘基来说还是个吉年。他“韬光敛迹，屏居山中”。尽管在外面的世界里，征虏大将军徐达出兵攻打扩廓帖木儿，意外遭致败绩，但胜败荣辱对刘基来说，已恍如隔世。只是这一年下半年的时候，刘基无意间做了一件其实并不明智的事情——建言设谈洋巡检司。奏请朝廷在他家乡附近一个叫谈洋（浙闽交界处）的地方设立巡检司，以加强管辖。因为该地在元末时曾被方国珍的部队所占，后又成为许多贩运私盐的“不法”之人的隐匿地。刘基建言设谈洋巡检司，目的当是出于公心，体现了一个退休官员之桑榆晚情，这当然是一件好事。但就处世谋略而言，刘基此举实际上是犯了一个大忌，因为退而问政很容易授人以柄；并且在奏请程序上，刘基也犯了一个错误——他让自己的长子刘琏直接将奏请书上呈朱元璋，既没有通过地方政府，也没有经过中书省转呈。胡惟庸见此，立刻就将这个难得的机会利用了。他没有在刘基的奏请程序上做文章，毕竟这意义并不大。胡惟庸直接切中要害，让刑部尚书吴云沐出面上疏，称谈洋一带有帝王之气，刘基选择在此地修墓，导致百姓群起反对，为能成事，刘基才请朝廷设立巡检司以驱逐那些反对他的百姓，其居心殊不可问。刘基年表记载，公元1373年也就是洪武六年，“刘基因谈洋事遭胡惟庸、吴云沐构陷，朱元璋夺刘基俸禄，基惧，入京谢罪，不敢归。”具有讽刺意味的是，这一年《大明律》颁布。朱元璋一方面强调要按律法办事，另一方面却仅凭吴云沐的一面之词就让刘基陷入晚节不保的境地，这从一个侧面体现出胡惟庸的心计与进攻欲望。
刘基之死对胡惟庸来说，当然是一件好事。不管是不是出于他的主观故意，总之一个曾经对他有过劣评，“成事不足败事有余”的老家伙终于不会再在他的仕途上产生负面影响了。这正是胡惟庸值得庆幸的地方。但世上事大都“螳螂捕蝉，黄雀在后”，他和刘基的博弈过程或者说结果最终还是被朱元璋利用了。首先是五年之后，也就是洪武十三年正月，中丞涂节告胡惟庸逆谋，同时，揭发他毒死刘基一事。虽然没有具体证据表明胡惟庸是如何毒死刘基的，当年参与诊治刘基的御医们也不站出来做个佐证，但很显然，朱元璋是采信了涂节之毒死一说。甚至在洪武二十三年，朱元璋还对刘基的次子这样说：“刘伯温他在这里时，满朝都是党，只是他一个不从，吃他每（们）蛊了。”又说：“你休道父亲吃他每（们）蛊了，他是有分晓的，他每（们）便忌着他。若是那无分晓的呵，他每（们）也不忌他。到如今，我朝廷是有分晓在，终不亏他的好名。”还说：“刘伯温在这里时，胡家结党，只是老子说不倒。”朱元璋最后说：“后来胡家结党，吃他下了蛊，只见一日来我说：‘上位，臣如今肚内一块硬结怛，谅看不好。’我着人送他回去，家里死了。后来宣得他儿子来问，说道胀起来紧紧的，后来泻的鳖鳖的，却死了，这正是着了蛊。”
胡惟庸任相之后，走的第一步错棋就是向刘基开刀。查刘基年表可知，明洪武四年（公元1371年），六十一岁的刘基致仕归里——他向皇帝打离休报告请求告老还乡。按现在的公务员退休制度，六十一岁也的确是可以引退的年龄。但刘基的引退却实在是有些敏感。一方面朱元璋对他依旧非常重视，以国师待之。刘基退休前，朱元璋向他询问天象，以作为治国安邦的凭证。刘基告诉他：“今国威已立，宜以宽。”很有为朱元璋定国策的意思。这一年是朱元璋、刘基论相后的第二年，作为一个需要交待的背景是——在该年李善长去职，汪广洋被提拔为丞相。没有史料证明刘基对朱元璋如此这般的人事安排有什么异议。事实上他归心似箭，并很快隐居青田故里，每日“惟饮酒弈棋，口不言功”。这当是一个智者的选择。不仅激流勇退，而且韬光养晦。但是正如上文所言，刘基因为论相时口无遮拦，实际上将胡惟庸等都一一得罪了。胡惟庸上台后，并没有对已作归老之计的刘基等闲视之，而是要除之而后快。这里头大概有两层意思。一是报复；二是谨防他东山再起。毕竟刘基的号召力和影响力都在那里，皇帝朱元璋又对他毕恭毕敬。就仕途而言，胡惟庸或许感觉这样的人还是很有威胁的。
但是，正所谓历史的细节总是含糊不清。朱元璋称刘基吃胡惟庸的蛊了毕竟也只是个猜测而已。在发生在洪武十三年的胡惟庸案中，逆谋是关键词，而毒死刘基则是为了证明胡惟庸品行不良的一个独立事件，具有附带意义罢了。其实对帝王来说，解释权就是裁判权。胡惟庸逆谋也罢，毒死刘基也罢，个中真有合乎情理的逻辑链条吗？一切都在朱元璋的机心里。说你逆谋你就是逆谋，说你毒死就是你毒死的。现在，朱元璋的机心从云山雾罩开始慢慢明朗，毫无疑问，胡惟庸已经招致了这个帝王的疑心。