接下来的局面一度十分有利于温体仁。崇祯皇帝继续遭瘟：江南巡抚张国维、巡按路振飞紧急上疏，为钱谦益鸣冤叫屈，皇帝置之不理；钱谦益在狱中上疏自辩，指温体仁指使亲信，阴谋陷害自己，皇帝还是置之不理。如此看来，钱谦益死罪难逃了。但关键时刻，他所托的一个人扭转了局势的进展方向。此人便是司礼监太监曹化淳。因为钱谦益早前曾为司礼监太监王安写过墓志铭，而曹化淳出于王安门下，钱谦益现在有难。曹化淳还是不忍坐视不管的。
但温体仁不知道，一个月后，他倒台的序幕就悄悄拉开了。这事算起来其实源于温体仁狠辣的性格，那就是把对手往死路上逼，以致于被反戈一击，最终栽倒。不错，温体仁瞄准的目标依然是钱谦益。事实上，钱谦益革职为民后，“闲住”家乡常熟已有七年时间。七年来，钱谦益没对温体仁做出任何挑衅的举动，低调做人，但温体仁却没有忘记他。毕竟是多年政敌，温体仁认为，钱谦益一有机会，东山再起也不是不可能的。所以为了一劳永逸温体仁在这一年（崇祯十年）对钱谦益进行了“清理行动”，指使常熟知县衙门的师爷张汉儒告“御状”，抨击钱谦益以及受牵连罢官的瞿式耜在乡间横行不法，作恶多端。罪状多达五十八条，什么走私贸易、霸占他人田地和住宅等，“御状”中更指钱谦益的门生故旧遍布朝廷各个部门，而他本人有“遥柄政事，退而不休”之嫌。这个政治罪名比起经济罪名来更加严重，当然也是温体仁居心叵测之所在。作为一个仕途老者，温太知道如何攻击对手的命门了。“御状”上呈后，温体仁立即代拟圣旨：令三法司逮钱谦益、瞿式耜关入刑部监狱，严加询问。
其实事情到了这个地步，温体仁如果适时收手，仕途也无大碍。毕竟崇祯皇帝“遭瘟”甚深，温体仁即便指使亲信，阴谋陷害钱谦益事败，也不是什么大问题，打个马虎眼就过去了。但温体仁的失策之处在于，他暗使他人出面诬陷钱谦益花了四万两银子求救于曹化淳。这就等于变相揭发曹化淳受贿了。曹化淳是何等人物？他十二三岁入宫，深受司礼太监王安赏识；后入信王府陪侍五皇孙朱由检也就是现在的崇祯皇帝，极受宠信。崇祯上位拨乱反正时，曹化淳受命负责处理魏忠贤时的冤案，平反昭雪两千余件，一时间为崇祯朝赢得仁和的清名，崇祯对他那是深为信任和倚重。曹化淳被诬指受贿后，主动向皇帝请求查办此案。最终反戈一击，向崇祯直指温体仁结党营私。温体仁的政治生涯开始进入倒计时。史料记载，曹化淳“乃尽得汉儒奸状及体仁密谋，疏上，帝始知体仁有党，遂命汉儒等立枷死。”
崇祯十年五月，准备提拔为刑科都给事中的傅朝佑还在临川老家未抵京报到时，便忧国忧民地上疏弹劾温体仁的六大罪：“得罪于天子；得罪于祖宗；得罪于天地；得罪于封疆；得罪于圣贤；得罪于心性。”结果，温体仁没被被判罪，他自己先被判罪了。史载，奏疏呈报后，“帝怒，下狱按治。”意思是傅朝佑因为言行冲撞首辅而被关进大牢。崇祯皇帝“遭瘟之深”由此可见一斑。
张汉儒被杀其实是杀给温体仁看的，但要命的是温体仁却执迷不悟，住进湖州会馆（湖州人的同乡会），向皇帝“引疾乞休”。温体仁以为，崇祯一定会挽留自己的，毕竟他在内阁频繁的人事变动中稳居首辅要职达八年之久。皇帝若不信任他，信任谁呢？但崇祯十年六月十一，温体仁“得旨罢免”。一年之后，76岁的他就离开了人世。故事说到这里，或许应该结束了，但世事难料，温体仁死后还演绎了一段尾曲，并且有些出人意料。因为崇祯突然间又“遭瘟”了。他接到温体仁讣闻，又念起此公之好来，竟然下旨赠与温体仁太傅头衔，谥号“文忠”（温文忠公），似乎并不认可温体仁生前“有党”这样一个事实。一个仕途上最具迷惑力的人物，在死后还能再“摆弄皇帝一道”，说起来也令人哑然失笑。
温体仁在崇祯十年六月下台之前，百官们对他的弹劾接二连三。崇祯七年（公元1634年）五月，刑科左给事中黄绍杰上疏弹劾温体仁“庇私人，用贪秽，黜锢正直；私受贿赂多至万金；其私邸两被盗，丢失黄金宝玉无数，匿不敢言”，黄绍杰称，在这样一个奸相秉政期间，帝国的局面是天怒人怨，无岁不干旱，无日不风霾，无处不“盗贼”，无人不愁怨。他建议崇祯皇帝罢去温体仁。但是温体仁没被罢，黄绍杰自己却被降级使用了。
仕途中人林林总总，在《明史》中获“机深刺骨”评价的温体仁真称得上是一大角。