10月份，乔丹投入到奇才队的季前训练营中。训练师格罗弗说："迈克尔又开心了，他到了他想去的地方。"
2001年9月25日，乔丹正式宣布复出，为华盛顿奇才打球。按照NBA的规定，球员不能身兼球队高层职位，更不能拥有球队股份，于是乔丹事先放弃了这一切，这为后来在奇才队的收场埋下了伏笔。其实9月10日乔丹已经确定复出，但第二天，"9·11"恐怖袭击事件在美国发生，乔丹若此时宣布决定会显得不合时宜，只好缓上一缓。"9·11"事件发生，美国深受重创，也为乔丹的复出赋予了额外的精神意义----"在我们有生之年，没有哪名运动员比乔丹更能象征着美国的统治。"《芝加哥太阳时报》专栏作家杰·马里奥提（Jay Mariotti）如是写道。乔丹为奇才打两年球，他把第一年的薪水100万美元全部捐给了"9·11"事件的受害者。
此时乔丹年满38岁，岁月在他身上留下了深刻的印迹。10月30日，复出首场常规赛，在纽约麦迪逊广场花园，乔丹打得很累，21投只有7中，进账19分，其中第四节6投2中。最后半分钟，他本来还有机会给剧本添上"王者归来"的戏码，终场前18秒他投了个三分球，如果命中就能将比分扳平，可是那球弧线很平，短了，奇才终以两分惜败给尼克斯。"我老了一点，"乔丹自己说，"比赛不同了，我的队友不同了，结果也跟我想要的不一样，但我对自己感觉还不错。"
不少人反对乔丹再复出，他们的理由都一样：你的球员生涯已经完美，1998年的最后一投就是天赐圆满结局，为什么要多此一举破坏这份完美？但他们不是乔丹，他们只需张嘴表达意见，不必忍受内心的纠结。乔丹决定给自己一个机会，他要放纵自己对比赛的热爱。
赛季第五战，奇才奔赴波士顿，乔丹有桩"私仇"需要了断。那年夏天，他要复出的消息在圈内传开后，有个训练营在洛杉矶举行，NBA很多球队都派人去考察加州的青年才俊，乔丹也去了。凯尔特人新一代当家球星保罗·皮尔斯（Paul Pierce）是加州人，当时同样在场。24岁的皮尔斯和38岁的乔丹聊了一会儿，说着说着两人斗起嘴来。"你最好不要复出，"皮尔斯放话，"现在这是我们的联盟了，我们不想让你难堪。"乔丹起初只是点头，脸上挂着"行，你等着"的笑意。皮尔斯嘴里还是念个不停，乔丹终于忍不住问："我们头一场跟你们打是什么时候？我会记得在你头上拿40分的。"
2001年春夏两季，乔丹花了大量的时间训练，休赛期邀请一些NBA球员到芝加哥参加他的私人训练营，此外还雇用以前在公牛执教过自己的道格·科林斯来奇才当主帅。一切迹象都表明，他又要回来了。
凯尔特人主教练吉姆·奥布莱恩（Jim O'Brien）无意中听到了皮尔斯和乔丹的对话，他赶紧把皮尔斯拉到一边，恳求手下这位少爷："别跟他说话！听见了吗？你别跟这家伙说垃圾话！"
乔丹笑了，看向窗外。"这没得比，"他说，"打球，当球员，把球投进......那太棒了，那是完全不一样的。什么都无法和那相比。"
对凯尔特人这一战，乔丹"只"拿下32分，奇才也输了球，但皮尔斯仅得14分。两人直接对位的时间不长，互有胜负，乔丹在皮尔斯面前投中过一些球，皮尔斯也盖掉了乔丹的关键一击。不过，结果并非这个故事的重点。重点在于：在38岁的年纪，在他从NBA退役三年以后，乔丹仍被一位在职教练视为不可激怒的"恐怖分子"。
莱希问：当总裁和老板好，还是在场上打球好？
没错，他是老了一点，但他终究是迈克尔·乔丹。
那个下午，他正接受《华盛顿邮报》记者迈克尔·莱希（Michael Leahy）的采访。提到菲尔，乔丹忽然问了句："菲尔今晚有比赛吗？"莱希说："我不知道。"乔丹噘起嘴想了想："他可能有。"莱希说："我知道你们有场比赛。"乔丹纠正："不，我没有。"当晚，奇才要在主场迎战76人，但乔丹说的没错：他，没有比赛。
乔丹复出为奇才打球的两年，总的来说很不成功。
"我不想离开，我从来没想离开。"乔丹说，"（1999年）如果菲尔不走，我就不会走。"
2001----2002赛季，乔丹场均得22.9分，居全队之首，但膝盖的酸痛长期困扰着他，他因此缺席了22场比赛。这一年，奇才的成绩是37胜45负，排名东部第十。
2000年12月的一个下午，已经超重30磅（约9.1公斤）的乔丹有些焦躁不安。他曾经以为自己再也不需要比赛了。对于像他这样的运动偶像而言，退役意味着没有尽头的假期，可以尽情地打高尔夫，尽情地赌博，尽情地抽雪茄，并且再也不需要早晨七点爬起来训练，再也没有气人的队友和烦人的教练，再也不必应付媒体，再也不用忍受伤病，看上去美好极了。直到有一天，他厌倦了这样的闲适，开始想念从前的日子。坐在办公室里，他感觉空落落的。
2002----2003赛季，乔丹打满82场，场均得20.0分。奇才再次打出37胜45负，排名东部第九，比第八名的魔术少赢5场，仍旧无缘季后赛。
毋庸置疑，在篮球这项运动中，乔丹最擅长的角色始终是球员。在1999年宣布退役的新闻发布会上，乔丹告诉所有人：他99.9%不会改变主意，不会再回NBA打球。可短短两年过去，他就要把那仅存0.1%的可能，变成了100%的现实。
连续两年，一次季后赛的资格都没赢到，乔丹很无奈。以前在公牛队，他历经十三个寒暑，从未缺席过季后赛。这两年，乔丹经常对身边队友的表现不满，有时还会以他的权威面对媒体公开批评队友，说他们注意力不够集中，缺乏强度。被他训斥得最多，受摧残最严重的一个，正是他之前钦定的状元夸梅·布朗。
乔丹下手清理掉了朱万·霍华德（Juwan Howard）、罗德·斯特里克兰等高薪球员，但他挑人的眼光并不高明。2001年选秀，他在首轮首位选中高中生夸梅·布朗（Kwame Brown），结果夸梅·布朗离人们对状元秀的期待实在太远，后来成为出了名的水货，甚至是NBA历史上最失败的状元秀之一。光凭这个，乔丹的决策就很难受到肯定。
40岁前后，乔丹已无法凭一己之力提升球队成绩。时间平等地在每个人身上发挥作用，对他也不例外。身披奇才蓝白色23号战袍的乔丹，只能偶尔用精彩的个人演出来确保复出的价值。这两年的拼斗，不至于什么都没留下。
然而在高层的位置上，乔丹并不具备球场上的魔力。他加入奇才管理层后，奇才确实立刻卖出了几百套季票，但这种盛况并不长久。后来的事实印证了一个公牛管理层早就想明白的道理：人们不会买票拥进球馆，只为看一个坐在豪华包厢里的球队管理者。
2001年12月22日，复出近两月后再战麦迪逊，终场前3.2秒，在对方两大明星斯普雷威尔和阿兰·休斯顿的夹击下，乔丹投中一记打破平局的绝杀球，让奇才一分险胜，弥补了复出首场无力拯救球队的遗憾。平时一场球能拿个二十来分的斯普雷威尔，此役16投3中只有6分进账，其中在乔丹的防守下13投全失，乔丹在比赛中兴奋得冲教练组直喊："看看数据！看看数据！"
乔丹一早为自己谋得了极大自由。他要求不在华盛顿全职工作，这样才有充足的时间去做商业代言，拍电视广告，打高尔夫球，以及到赌场作乐。他大多数时间待在芝加哥，因此只会到现场观看部分奇才的比赛，而非全部。提出这些要求，乔丹根本不像一个打工仔，而是一如既往的超级明星范儿。他知道，老板需要他的魔力。
2001年底到2002年初，乔丹有一段集中爆发的井喷期。那之前，他在印第安纳的一场比赛里只拿到6分，创下自己职业生涯单场得分最低纪录，也让自己连续得分上双的场次终结在866场。媒体大做文章，乔丹很生气。两天之后乔丹说："得6分，我生涯新低，我非常肯定你们都在说我有多老了。"两天之后，发生了什么？
因此，这场生意上的结合，从一开始就暗藏玄机，充满风险。波林想跟乔丹合作，是为了利用乔丹的号召力，让华盛顿球迷燃起对奇才队的兴趣；乔丹愿意跟波林合作，则是出于对自己的信心，他认为自己理应在NBA球队的管理阶层获得一席之地。
2001年12月29日，奇才主场打黄蜂，乔丹第一节就轰下24分来。他不断沉到低位，把防守人卡在身后，气势汹汹地向队友指示：把球给我，把球给我。如果遇到大个儿来防，他就用假动作和后仰跳投解决问题。对手P.J.布朗（P.J.Brown）看得明白："他今晚好像动力特别足。"主教练科林斯好几次打算换人，乔丹都坚定地摇头：不，别换我。上半场，乔丹进账34分，创下奇才队史半场个人得分纪录。第三节快打完时，科林斯决定让乔丹下来歇会儿，结果遭到乔丹质问："你是想大比分领先进入第四节，还是想让他们追回来？"科林斯拗不过乔丹，只好又把他换上去。这天，乔丹38投21中，怒砍51分，成为NBA历史上年龄最大的单场50分得主。"印第安纳那晚他打得很差，我想，他一定会反弹，让大家看看他到底是谁，"科林斯说，"我见这家伙干过一些不可思议的事情，但38岁打出今晚这样的表现，实在让人难以置信。"乔丹对自己很满意，他不会忘记回应过去两天的怀疑者："我十分确信他们现在会少说一点了，他们会试着明白，我依然能打，在38岁的年纪。"
乔丹加入奇才管理层，是个耐人寻味的事情。一年多以前，NBA停摆期间，尚未宣布退役的乔丹现身纽约谈判现场，表明自己和球员共进退的态度。会议当中，奇才老板亚伯·波林（Abe Pollin）抱怨说，球员的薪水越来越高，他们这些当老板的损失越来越大，乔丹打断他，厉声呵斥："那就把你的球队卖了！"波林并不示弱，冷冷地回答："无论是你，迈克尔，还是其他任何人，都别告诉我什么时候该卖掉我的球队。"
又过两天，12月31日，似乎为了证明前一场的51分并非侥幸，乔丹又在对篮网的比赛中拿下45分。本来有机会再得一个50分下来，但因为奇才领先得比较多，乔丹也有点累，第四节他收敛了，只出手两次。即使是这样，连续两场合取96分也够吓人的了。
退役后整整一年时间，乔丹远离大众视野。2000年1月19日，他宣布重返NBA，不过不是以球员的身份，而是以管理者的身份。乔丹成为华盛顿奇才队的小老板兼篮球事务总裁，全面掌管奇才的篮球事务，在人事上拥有最终决定权。
2002年1月4日，奇才新年第一战，乔丹人生中首次与芝加哥公牛为敌。公牛新上任的主帅是乔丹的老队友卡特莱特，卡特莱特说："他穿那些个颜色（奇才的蓝白）不好看，真的很不好看。他天生就该穿公牛色。"卡特莱特或许是对的，但这天，乔丹只能公事公办，何况克劳斯还随队来到华盛顿，就坐在看台上，乔丹没法心慈手软。上半时乔丹攻下25分，在第二节剩五分钟左右的时候，他得到自己职业生涯第30000分，成为NBA历史上第四位做到这点的人。奇才一度领先26分之多，不过下半时乔丹手凉了下来，最后9投丢了8个，到比赛最后一分钟，双方只差6分。终场前二十几秒，乔丹的罚球线中投被罗恩·阿泰斯特（Ron Artest）封盖，乔丹大声抗议裁判不吹犯规，而公牛已借机发动快攻。25岁的罗恩·默瑟（Ron Mercer）持球狂奔到篮下，满以为两分到手，没想到快满39岁的乔丹愤怒地追了上来。"当我不得不跳时，我还跳得起来，"乔丹赛后说，"特别是在我被惹毛的时候。"乔丹从默瑟身后纵身跃起，双手把默瑟投出的球摁到篮板上，一个钉板大帽，继而把球拿到自己手里。整座球馆沸腾了，人们不敢相信自己的眼睛，刚才那一瞬间，大家比几天前见证乔丹拿51分还要激动。一位记者捶打着笔记本电脑，大吼："你他妈看见了吗？！"看见了，全看见了，连克劳斯都看见了。
杰克逊告别芝加哥后休息了一年，于1999年6月重出江湖，执掌湖人帅印。在那里，杰克逊同奥尼尔、科比合作取得了成功，从2000年到2010年，他指挥湖人先后五夺总冠军，一次三连冠，一次两连冠。
永远不要低估乔丹。虽然他年纪大了一些，体能差了一些，不能再像过去那样长时间保持强大的统治力，但到某些必要的时刻，他还是拥有瞬间的魔力。绝杀，大概就是他最可还原本色的事情。
哈珀和库科奇留在芝加哥，短暂充当球员领袖，之后同样离队而去。伟大王朝崩塌后，克劳斯并没有如他自己所相信的那样迅速让公牛复兴。相反，从1999年到2004年，公牛连续六个赛季没打进季后赛。2003年，克劳斯本人以健康为由，从公牛总经理的位子上退休。
2002年1月31日在克利夫兰，最后1.6秒，奇才落后1分。按照科林斯设计的界外球战术，乔丹跑出空位，在罚球线附近接球中投得手。球进钟响，不留余地。乔丹高举着手臂，宛若当年惊天动地的The Shot。骑士主帅约翰·卢卡斯（John Lucas）是乔丹的老朋友，暂停结束时，卢卡斯特意走向乔丹，跟他开玩笑，试图干扰他，乔丹微笑着跟卢卡斯说："这是关键时刻，没时间开玩笑。"卢卡斯不管，继续唠叨，乔丹轻轻把他推开，不再理他。等到绝杀球命中后，轮到乔丹说话了，乔丹问卢卡斯："你以为谁会投这球？"卢卡斯不必回答，乔丹自己一遍又一遍得意地重复："球馆里人人都知道我会投那球。"克利夫兰杀手，依然健在。
皮蓬1999年加盟火箭时，罗德曼已被公牛放弃。那个缩水赛季，罗德曼为洛杉矶效力，可他只参加了23场常规赛，湖人队就无法再忍受他的胡作作为，将他放弃。至此，罗德曼的NBA生涯基本走到尽头。
半个月后，2月15日在菲尼克斯，最后5.6秒，奇才又落后1分。科林斯这回安排了一个让乔丹单打肖恩·马里昂（Shawn Marion）的战术。马里昂是个出色的防守球员，他整晚都紧贴着乔丹，恨不能钻进乔丹球衣里头，不惜被乔丹突破。但最后这个回合，乔丹一接球，马里昂就往后退，不敢再放乔丹突破。乔丹运了几下球，来到右翼中距离，一个假动作把马里昂点飞，然后再干拔后仰跳投球进，给对方留下无可作为的0.2秒。这是乔丹职业生涯第28次在比赛最后10秒命中制胜球。
乔丹宣布退役后，皮蓬以先签后换的方式加盟休斯敦火箭，如愿得到一份五年6720万美元的大合同。不过在休斯敦，皮蓬过得一点都不痛快。1999年缩水赛季，皮蓬平均每场打40分钟以上，得分反而比前一年在公牛队少，从场均19.1分降到了14.5分。火箭有早已成形的半场阵地进攻体系，以内线的奥拉朱旺和巴克利为主导，这让皮蓬很不舒服。皮蓬3月份向媒体抱怨说："打这么长时间，我却根本没有融入进攻，这让比赛变得没有任何乐趣。我的下一步是搞清楚这支球队为什么想要我。"赛季结束后，情况进一步恶化，皮蓬和巴克利通过媒体相互指责相互诋毁，到了没法再当队友的地步，火箭队随后把皮蓬送往波特兰。在开拓者队，皮蓬打了四个赛季。
乔丹在奇才时期最圆满的绝杀，本该属于2003年2月9日那一球。亚特兰大全明星赛上，第一个加时最后几秒，乔丹再次面对马里昂的防守，底线后仰跳投命中。当晚全联盟向乔丹致敬的庆典达到高潮，"乔丹绝杀，MVP加身"成为众望所归的结局。但随后风云突变，科比出手投三分，裁判吹杰梅因·奥尼尔（Jermaine O'Neal）犯规，科比三罚两中，比赛进入第二个加时。绝杀没杀成，乔丹也没再出场，MVP奖杯则由西部的加内特捧得。
那届全明星赛，NBA在中场休息时为乔丹举办了一场盛大的纪念仪式。其实乔丹本人不想这样，他更愿意享受自己的最后一次全明星之旅，他更在乎比赛，他不希望这一夜被搞得像葬礼一般。"去他妈的葬礼，"他赛前就说，"他们给你搞这个，你就别想打好。我不需要这个，我不想要这个。"但最终，纪念仪式办得诚意十足，感人至深，玛丽亚·凯莉（Mariah Carey）献唱一曲《英雄》，乔丹也听得热泪盈眶。
......
2003年4月16日，费城。
季后赛平均每场得33.4分，排名NBA历史第一，投篮命中率48.7%；
"如果你想打48分钟，投50个篮----这是你的夜晚，你做什么我都不在乎。"科林斯说。
常规赛平均每场得31.5分，排名NBA历史第一，投篮命中率50.5%；
"我不想打48分钟，我也不想投50个篮。"乔丹回答。
常规赛一共得到29277分，季后赛一共得到5987分；
"告诉我你想干什么就行。"
常规赛出战930场，季后赛出战179场；
乔丹不知道自己想干什么，但人人都知道，这是他在NBA的最后一场比赛。对手76人队的主教练拉里·布朗是乔丹的老朋友，两人都是北卡出来的，拉里·布朗希望乔丹能得100分。
3届抢断王；
乔丹得不了100分，他也没想这么干。比赛开始64秒，他投丢第一个球，很快又失误一次。这天，他在场上15投6中，进账15分。第三节剩9分41秒时，他投中职业生涯最后一球，也是个跳投，却远远没有1998年盐湖城那一投重要。76人领先19分后，乔丹下场，等候终场哨响。
10届得分王；
费城球迷齐声大喊："我们要迈克！我们要迈克！我们要迈克！"乔丹只是在队友身边坐着，呵呵直笑。
12届全明星；
科林斯想让乔丹再回去打一会儿。"迈克尔，我在这里打过球，我至少要能回到这座城市吧，"科林斯说，"你得上去，这些人想看你。"
1届年度最佳防守球员；
乔丹说，他身体已经凉了，活动不开了。科林斯罕见地坚持道："上个分把钟吧，接受一下欢呼......迈克尔，求你了，你得上去。"
9次入选年度最佳防守阵容第一队；
终场前2分35秒，在满场的欢呼声中，乔丹微笑着回到场上。50秒之后，拉里·布朗授意后卫埃里克·斯诺（Eric Snow）故意对乔丹犯规，乔丹走上罚球线，得到自己在NBA的最后两分。1分44秒，他重新被换下场，挥手致意，职业生涯结束。
10次入选年度最佳阵容第一队；
把奇才这两年算上，乔丹最终在NBA打了1072场常规赛，总得分32292分，平均每场30.12分，仍以微弱的优势领先威尔特·张伯伦（场均30.07分），保住NBA历史得分王的地位。
3届全明星赛MVP；
有记者问：这次退役会比前两次更难吗？乔丹摇头。"我不想打了，"他说，"对我来说，是时候往前走了。现在更容易接受，因为身体上，我知道是时候了，我感觉得到。"
5届年度MVP；
球场上的告别很温情，乔丹享受着英雄的待遇。此前最后一次回芝加哥比赛，联合中心的观众为乔丹起立欢呼长达四分钟之久；最后一次到迈阿密比赛，帕特·莱利为乔丹退役了热火的23号球衣，即便乔丹从未在这支球队效力过；最后一次在华盛顿打主场，美国国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德（Donald Rumsfeld）赠送给乔丹一面"9·11"一周年那天飘扬在五角大楼上的美国国旗......
6届总决赛MVP；
球场外的告别，却分外冷酷无情。奇才赛季结束，乔丹仍以球队主人的姿态对外发言，却没想到，自己在这里仅仅多留了三个星期而已。
6届总冠军；
乔丹与奇才老板波林之间长期存在分歧，波林对乔丹的管理风格腹诽颇多。当乔丹这块招牌还在为奇才挣钱时，波林隐忍不发，从未表达过对乔丹的失望，但乔丹球员生涯一结束，波林身边那些人就开始对外散布不利于乔丹的各种内幕消息，包括乔丹与高层的问题，也包括乔丹和队友的不和。在乔丹参加完最后一场比赛之前，公众根本不清楚波林一派对乔丹不满，尤其是乔丹为奇才打球的这两个赛季，波林对外从来都是讨好乔丹，说些"迈克尔很伟大，就是伟大"之类的话。现在一夜之间，波林一派对乔丹充满敌意，态度从感激变成了蔑视。
乔丹起初还没察觉到形势的变化。打完最后一场球，过了不到24小时，他就回到奇才主场MCI中心，坐在包厢里观看了以他的名字命名的"乔丹首都经典赛"，18岁的勒布朗·詹姆斯（LeBron James）和另外一些高中明星球员正在场上挥洒汗水。身穿23号球衣的詹姆斯象征着未来，身穿23号球衣的乔丹已成为过去。
截至此时，乔丹在NBA留下了一长串辉煌的数字和纪录：
乔丹提出要和波林面谈，波林没有立刻回应，这个时候，乔丹身边的人才开始不安。到5月5日，距离和波林会面不足48小时了，乔丹自己才显出焦虑。"我始终都想重新尽我的职责，"他说，"始终都想。"
1998年赛季结束后，NBA联盟因为劳资双方谈判破裂而停摆。在这期间，球员流动无法操作，合同谈判也不能进行，因此乔丹的去留始终悬而未决。直到1999年1月6日，劳资双方达成协议，停摆才结束。一周之后，1月13日，乔丹在芝加哥联合中心召开新闻发布会，第二次宣布从NBA退役。这就是他为未来做出的最终决定，他给自己在公牛队的时光画上了句号。
5月7日，最后的会谈只持续了五分钟。刚见面，波林就解雇了乔丹，他告诉乔丹，球队决定"往另一个方向前进"。乔丹问为什么，波林没有立刻回答。气急败坏的乔丹责问波林到底守不守信用，波林说，他会履行合同义务，支付给乔丹1000万美元的遣散费。乔丹愤怒到极点，他说自己今天来面谈，不是来要钱，而是来重新成为球队股东和高管的，波林却回了一句："我不想让你成为股东，迈克尔。"乔丹愤而离席。
莱恩斯多夫告诉乔丹：你可以用整个夏天的时间来决定未来。他还说，工资帽以下，钱肯定不是问题。但莱恩斯多夫也能感觉到，只有皮蓬归队，乔丹才有可能继续为公牛效力。
乔丹离开华盛顿后，和他有关的一切很快被奇才队清理。科林斯被炒；管理层中乔丹任命的下属被一并铲除；球馆内所有能让人想到乔丹的东西，球衣、海报、装饰、壁画，也被波林全部消灭。没过多久，乔丹这个人就好像从来没在华盛顿出现过。
乔丹在盐湖城投中那记伟大的最后一投，过了不到一小时，克劳斯就对《芝加哥太阳时报》的专栏作家菲尔·罗森塔尔（Phil Rosenthal）说："杰里（莱恩斯多夫）和我做到了六次。"自始至终，克劳斯都认定公牛能拿这么多总冠军，主要是管理层的功劳。
之后几年，乔丹的生活看上去已和篮球绝缘，他偶尔会在高尔夫名人慈善巡回赛上亮相，偶尔又会出现在摩托车比赛现场，过着自在逍遥的日子。但迈克尔·乔丹这个名字，注定无法和篮球运动割裂开来。事实上，乔丹一直希望能拥有一支NBA球队，也一直为此而努力。2003年夏洛特山猫队组建期间，他就与这支NBA新军的老板鲍勃·约翰逊（Bob Johnson）有过接触；同年，他也曾尝试和其他投资者联合购买密尔沃基雄鹿队，没有成功。直到2006年6月，乔丹宣布买下夏洛特山猫的部分股权，成为仅次于鲍勃·约翰逊的第二大股东，并且全面掌管球队篮球事务，这才算得偿所愿。2010年2月，乔丹又从鲍勃·约翰逊手中彻底买下山猫队，成为第一位当上NBA球队大老板的前NBA球员。
顶替杰克逊，克劳斯有不少人选。公牛的下一任主帅，一定是个没有经纪人代理的教练。克劳斯完全相信自己能让公牛继续取得成功。如果说过去这支王朝球队有人拥有不可思议的魔力，那么，克劳斯认为，那人一定是自己，而不是菲尔·杰克逊，甚至不是迈克尔·乔丹。
山猫在乔丹手下经营得并不好，为节约开支，乔丹不得不长期吝啬行事。2011年，NBA又一次因劳资谈判破裂而停摆，乔丹这回的立场，可和1998年截然相反。1998年那次，他在关键时刻替球员出头，并当面呵斥波林"那就把你的球队卖了"。2011年这回，他成为球队老板当中强硬派的代表，主张严格限制球员收入，为此尼克·扬（Nick Young）、保罗·乔治（Paul George）、史蒂芬·马布里（Stephon Marbury）等现役球员先后在社交媒体上表达了对乔丹的反感。讽刺的是，很快有人把乔丹当年呵斥波林的话直接回赠给乔丹：如果你挣不了钱，那你也该把你的球队卖了。
莱恩斯多夫和克劳斯商量过后，愿意给杰克逊再开一年合同，但杰克逊不感兴趣。杰克逊告诉《芝加哥太阳时报》的里克·特兰德，如果管理层开口请他留到乔丹退役之后，那他或许会考虑。"但他们从来没有提议过。"杰克逊说。
没有永远的朋友，只有永远的利益。立场决定态度，乔丹亦不能免俗。
杰克逊清空自己在贝托中心的办公室，骑上摩托车，离开了芝加哥，离开了公牛队。从此，他与这支队伍只有过去，没有未来。
2001----2002赛季
杰克逊深吸了一口气，说："不了，我得隐退。"
常规赛：60场，22.9分，5.7篮板，5.2助攻，1.4抢断，投篮命中率41.6%
"跟慷慨没有关系，"莱恩斯多夫说，"你应得的。"
2002----2003赛季
"真是非常慷慨。"杰克逊回答。
常规赛：82场，20.0分，6.1篮板，3.8助攻，1.5抢断，投篮命中率44.5%
1998年夺冠之后，在公牛管理层的办公室庆典上，莱恩斯多夫坐到菲尔·杰克逊身边，说："如果你改变主意了，我们希望你回来----没有条件，无论斯科蒂和迈克尔回不回来。"