半路上，又听说桂王被杀的消息，朝着北方大哭，呕血数升。士兵见主帅病了，赶紧带着他退回去。回到猛猎，他的病情一天比一天重，临死时，仍然喊了三声永历帝，悠然而逝。
这时，李定国正联合暹罗、古刺等国，准备大举进攻缅甸，要回桂王，忽然听说缅甸已经把桂王献给了吴三桂，赶紧带兵去追赶。
李定国一死，西部边陲再无遗患，东南只剩下张煌言和郑成功。张煌言隐居在南田岛，只有几个随从，他也知道大势已去，只是还有一片忠心，不愿意承认事实，还经常跟郑成功书信来往，屡次劝郑成功进兵。
桂王也不多说，只有桂王十二岁的儿子大骂三桂说：“吴三桂你个臭贼！我们明朝哪点对不住你？我父子二人和你有什么仇？你非要害死我们。苍天有知，保证不会让你这臭贼得善终！”
没想到，郑成功竟然死掉了。张煌言听到消息，失声痛哭：“延平郡王死了以后，还有什么指望？”从此就深居简出，谢绝一切，闲暇的时候就写写字，或者借酒消愁。
吴三桂说：“要是半路上被劫了去，怎么办？据我看来，不如就地处决得了。”爱星阿不便阻拦，就按照吴三桂的意思写了信。到了四月十四日，收到了清圣祖的命令：“对于前明桂王朱由榔，不用进献俘虏，可以就地处决。钦此。”吴三桂立即升帐，传齐所有马军、步军，把桂王及其眷属二十多人，都弄到了篦子坡法场，立即绞死。
一天，张煌言正在门外闲眺山水，忽然看见有几个人穿着明朝的服装。这些人走到张煌言面前，瞧了又瞧。张煌言正惊讶的时候，就听见来人说：“你莫非就是张煌言先生？”
于是，就让部将护着桂王和桂王的家眷，簇拥而行，自己则邀爱星阿一起带领人马回到了云南。没几天，就到了云南的省城。吴三桂把桂王单独囚禁在一个监牢里，接着就跟爱星阿商议处置桂王的法子。爱星阿打算把俘虏带到北京，听从朝廷发落。
张煌言不敢直接说出姓名，就问来人是什么人。来人说：“我们都是明朝的遗民，听说先生住在这里，所以特地来拜见。先生何必隐姓埋名，难道还疑心我们是奸细吗？”
吴三桂赶紧告辞回到大营，对手下众将说：“我自从军以来，大小经过数百次战役，也没有什么恐惧，没想到今天见到这末代皇帝，偏偏让我局促难安，这可真是奇了怪了！”
张煌言就把这些人邀到自己家里，各自说了自己的名字，无非就是张三、李四一类的家伙。这些家伙个个打着明朝的旗号，张煌言和他们说得非常投机。并说：“岛上来了几艘船，船上的人，大约也有几百人，就算一兵一将，也能振兴祖国大业，请先生出去一会，制定盟约，共图恢复大业。”
吴三桂仍然声音发颤地说：“是。”桂王让他起来。
张煌言热心明朝事业，便跟着来人来到了岛口，果然看见海边停着几艘船，正要上船，船中突然站起几个人来，都是扎辫子的清兵，张煌言这才知道中了清人的诡计。
桂王说：“好一个平西伯，果然能干！可惜就是忘本了。但事到如今，也不必多说，我正想回北京，拜谒祖宗十二陵寝，你要是能替我办到，我死也瞑目了。”
清兵提起铁索来绑张煌言，张煌言怒吼说：“大丈夫可杀不可辱！”话还没说完，岸上引诱张煌言的人，就已经摇手阻拦了。当下就带着张煌言上船，乘着风势，到了宁波，又由宁波转到了杭州。这些清兵上岸，雇了一顶轿子，抬着张煌言进了衙门。巡抚赵廷臣立刻过来迎接，请他上坐，坐好以后，就开始唠唠叨叨地劝他投降清朝。
桂王说：“你就是大明平西伯吴三桂吗？”吴三桂听到“大明”两个字的时候，就像被雷劈到了一样（可惜不是真劈到），顿时有点毛骨悚然，不由自主地跪下了，声音打颤地说：“是。”
张煌言说：“你这样对我，我也不是不感激，但我张煌言义不事清，大不了一死。就算你像苏秦、张仪一样会说，我也不投降，还是早早地让我死了吧，了却我一番心事。”
桂王见他头戴宝石顶，身穿黄马褂，早料到是个大将军，就故意问他是谁？这人回答说：“清平西王吴……”说到吴的时候，不说了。
赵廷臣一看实在没办法，就让他完成心愿，把他送出清波门，让他就义，然后把张煌言的遗骸送进了凤凰山中。迄今凤凰山有苍水先生墓，就是张煌言的墓。
不一会儿，一位雄赳赳气昂昂的大将走了进来，身边被几个士兵护卫着，见了桂王，作了一揖。
这时，镇守福建的耿继茂又和福建总督李率泰、水师提督施琅，借了几艘荷兰人的夹板船，去攻打金门、厦门二岛，再次把思明州改为厦门。
营里一个军官进来，吼了一嗓子说：“王爷来了，别闹！”这些人被一吓，都不哭了。
这时候，郑成功的儿子郑经占据台湾，仍然尊奉永历正朔，坚持抗清。清政府把郑芝龙给杀了，并把他的儿子郑成恩、郑世恩、郑世荫等人也一律都砍了脑袋。
桂王感叹了几声，又看见自己的家眷大都蓬头赤足，被缅甸兵押着进来，到了桂王跟前，一个个放声大哭。
郑芝龙临刑前，长叹一口气说：“早知落得今日这样的下场，又何必投降。”郑经听说郑芝龙被杀，悲痛不已。可惜自己在海上势单力孤，不足以跟清朝抗衡，只好韬光养晦。
桂王说：“是吴三桂吗？”
这时，八岁的清朝小皇上，坐享太平，放马南山，偃武修文。光阴荏苒，转眼过了四年，皇帝大婚，娶了内大臣噶布喇的女儿何舍里氏为皇后，龙凤呈祥，免不了又是一番庆贺。太皇太后与皇太后，各自又加了尊号，虽然是本来就应该有的事，可也是锦上添花，更热闹了。只是范文程、洪承畴这些功绩卓著的老臣，先后都逝世了。国家的日常管理，统统归辅政四大臣了。
军兵说：“这是平西大将军吴王爷的军营。”
这四大臣中，索尼是四朝元老，资格最老，人品也还不错。遏必隆、苏克萨哈功绩和名望都不如他，凡事都听索尼的主意。只有鳌拜征战四方，自恃功高，横行无忌，连索尼也不放在眼里。他想把索尼这几个人都给干掉，趁着皇帝年幼，独揽大权，因此暗地里使阴谋诡计，先从苏克萨哈下手。
桂王精神恍惚，任由他们抬着，不知走了多远，到了缅甸的都城。外边有几座大营，旗帜飘扬，右首写着“平西大将军”，左首写着“定西大将军”。缅甸兵从平西大将军军营进去，放下桂王以后，就自己出去了。自然有军兵过来接待，桂王问这是什么地方。
苏克萨哈是正白旗人，鳌拜是镶黄旗人，顺治初年，睿亲王多尔衮曾把镶黄旗应该得到的土地给了正白旗，另外给了镶黄旗一些土地，旗民安居乐业，已经二十多年了。鳌拜就提议，把原来的土地再各自归还原旗。宗人府会议批准了，就让直隶总督朱昌祚、巡抚王登联和国史馆大学士苏纳海去办理换地的事情。俗语说：“多一事不如少一事。”本来已经安居乐业的旗民，无缘无故要迁移，免不了要多花费钱财；况且地换了以后，房子也要换过来，因此都有损失，都有困难，自然而然地就怨恨起来。苏纳海、朱昌祚、王登联等人根据民情，上书请求皇上中止这些事情。康熙帝召见了四大臣，把三人的信交给他们看。
桂王正等着吴三桂回信呢，结果来了七八十号缅甸兵，蜂拥而入，也不问情由，抬着桂王就走。还有桂王的二十五位家眷，也哭哭啼啼地跟着。
鳌拜愤怒地说：“苏纳海换地迟缓，朱昌祚阻碍国家大事，都是目无君上，按照条例应该砍头。”
这封哀切凄婉的信到了吴三桂手里，本想着吴三桂能网开一面，没想到吴三桂仍然逼着缅甸交出桂王。
康熙帝就问索尼等人说：“你们认为怎么样？”
将军自以为聪明，其实愚蠢；自以为仁厚，其实刻薄。千年之后，有史书记载，会怎么描写将军呢？我现在兵穷力竭，一条小命悬于将军之手，如非要杀死我，我也没有办法。要是能够转祸成福，容我活命，同受新朝雨露，就是有再多人也交给将军了。请将军想一下。
遏必隆连忙说：“应该按照鳌拜所说的做。”
我的家被你毁了，儿子被你杀了，读到这样痛彻心扉的文字，你难道没有一丝恻隐之心？将军也是世代受朝廷恩典，就算不可怜我，难道不想想先帝吗？就算不想先帝，难道不想一下自己的列祖列宗吗？就算不想自己的列祖列宗，难道就不想想自己的父亲、祖父吗？不知道清朝给了你什么好处？我又何处得罪了将军？
索尼也跟着说：“我的意见也是这样。”
将军不避艰险，请命远来，带领十万部队，穷追不舍，难道觉得天下不够广吗？难道整个天下就没有我存身的地方？你已经封王赐爵了，还要杀了我去邀功吗？
只有苏克萨哈低着头，不说话。鳌拜怒目而视，恨不得把苏克萨哈吞到肚子里。他转过头，对康熙帝说：“我们的意见都一样，请皇上下旨！”
没想到将军忘了家国之仇，一心要开国之功，带兵攻到云南，把我的住所给毁了。我实在没办法才逃到缅甸，苟延残喘。
康熙帝仍然迟疑，鳌拜就跑到御座前，拿出一张纸，提起御用的红笔，在纸上写了“苏纳海、朱昌祚、王登联，不遵从皇上的命令，立即处死”等字样，就匆匆跑出去了。索尼等人也跟着出来了。
李自成已经被诛杀了，但南方的土地已经不是明朝的了。这些臣子不忍心国家灭亡，在南阳迎立新皇帝，还没坐稳，就发生战乱，弘光往北而逃，隆武被杀，我这时痛不欲生，哪有时间想国家大事？各位大臣再三请求，我才勉强接位，从这以后，我一直居无定所，南北流窜。幸亏李定国到贵州迎接我，我才去了南方，本来以为可以与世无争了。
鳌拜就把这道命令交到了刑部，刑部哪里敢怠慢，立刻把苏纳海、朱昌祚、王登联三人抓了起来，一律砍了脑袋。
国家遭遇战乱，李自成造反，攻陷了我们的京城，毁了我们的祖庙，逼死了我们的先帝，杀戮我们的人民，将军像有志恢复楚国的申包胥，去向清兵求救，把李自成杀了，给先皇报了仇，你当时的初衷一定还没有改吧。为什么依仗大国的势力，狐假虎威，借着给先皇报仇的名义，却去做了别国的开国功臣？
康熙帝见鳌拜这副情形，就想亲自主政，暗地里让给事中张维赤等人联名申请。贝勒亲王大臣也都赞成，只有鳌拜一声不吭。
将军是清政府的功臣，以前也是我们明朝所倚重的。我明朝世代对将军一家优待，让你守卫边疆，先皇对你的奖励可以说很优厚了。
康熙帝只好往后推迟，直到康熙六年秋天，才开始在乾清门亲自主政。
桂王知道难免一死，含着眼泪写了信，派人送到清营，交给了吴三桂，信上说：
过了几天，索尼病逝，鳌拜更加肆无忌惮。苏克萨哈害怕不能免祸，就给皇帝上了一份奏折，大意说：
这时，缅甸酋长巴哇喇达姆摩杀死哥哥自立，正想借助清朝的势力，压制缅甸人，就暗地里和清兵串通，愿意献出桂王。吴三桂答应了，限定时间让他交出来。缅甸酋长就带了三千人马，围住了桂王的住所，假托诅咒盟约，让桂王的随从喝毒水。马吉翔先出来，被用来开张，李国泰做了第二个，接着走出来一个，杀死一个，一共死了四十二人。只有沐天波与将军魏豹，杀死几名缅甸人后自刎而死。马吉翔和李国泰等人是死有余辜，只有沐天波死得冤枉。
“我才能平庸，却被先皇帝格外看重，得以列入辅臣的行列。七年以来，一点功劳也没有，罪名很多。现在皇帝您已经亲自主持朝政，我请求皇帝允许我去给先皇帝守陵，如有一线生机，得以保全性命，那么我对皇帝感恩戴德。谨此以告。”
桂王寄居在缅甸，本来就困顿万分。李定国这时正在景线，一连写了三十多封信，想到那儿去迎驾，都被缅甸人给拦住了。李定国就带兵攻打缅甸城，缅甸人守不住，恰好清兵也来攻打缅甸，李定国只好又回到景线。
康熙帝看完奏折，拿起御用的朱笔另一张纸批阅道：
到了康熙元年三月，平西王吴三桂、定西将军爱星阿写信报告说：“按照命令攻打缅甸，两路进兵，缅甸酋长害怕了，把永历帝朱由榔献出来，云南彻底扫平。”这封信交上去以后，上面很快回复，提拔吴三桂当了亲王，仍然镇守云南，让爱星阿尽快带兵回京。
“你们这些辅政大臣，奉先帝遗诏辅佐了朕七年，现在朕正想对你们的勤恳加以赏赐，可苏克萨哈对朕说要去给先帝守陵墓，说是为了保全身家性命，朕不知道是什么事逼迫他至此？在皇宫不能活，那么守皇陵就能活吗？立即召开议政王贝勒会议，给我详细汇报这事。”
康熙帝即位以后，首先就撤销了十三衙门，宫廷内外得到这个消息，自然都称颂不已。
圣旨一出，鳌拜就听说了，他马不停蹄地赶往议政王杰书那里去活动。议政王中属康亲王杰书最有威望，然而即使是他，见到鳌拜也非常畏惧。鳌拜命令杰书按照他的意思给皇上回复，他说一句，杰书写一句，杰书不敢有任何违抗。康熙看到杰书呈报上来的奏折，万分惊讶。因为杰书的奏折里写着：“苏克萨哈身为辅政大臣，不仅没有尽心辅佐皇上，以报答先帝的托付之情，还用这些辞藻华丽的好听话来蒙蔽皇上，可见他内心有多奸诈，恐怕早已有了叛离皇上的想法。本朝的大臣中还从未有过这一罪行的人，现在应该革去苏克萨哈的官职，将他立即凌迟处死，而且他的子孙都要正法。”等等。按照清朝律例，凌迟处死是对大逆不道的人的处分，苏克萨哈请求去守陵，不过是言语用词激烈了一点儿，何至于给他加上凌迟处死，还要灭九族这样的罪名？康熙年纪虽小但才智出众，看到这里哪有不惊讶的道理，便召康亲王杰书、遏必隆、鳌拜等人到殿前，怒斥这份裁决苏克萨哈死刑的奏章荒谬至极。鳌拜听完立刻上前辩驳，康熙责问他说：“你和苏克萨哈之间到底有什么样的仇恨，让你一定要将苏克萨哈斩草除根，不管怎样朕的意思就是不准。”鳌拜回答道：“我和苏克萨哈之间没有个人的恩怨，臣只是秉公办事。”康熙帝意味深长地说：“恐怕不是这么简单。”鳌拜说：“如果不这样处置苏克萨哈，以后会有许多大臣效仿来蒙蔽皇上。”康熙回答道：“蒙蔽朕的人，眼前难道就没有吗？朕看萨克萨哈倒是还有些规矩的人。”鳌拜仍然坚持处决苏克萨哈，康熙同样坚持着不允许。鳌拜禁不住勃然大怒，挥着拳头冲向康熙，就差那么一点儿拳头就落在康熙的头上了。康熙毕竟还是年幼，吓得惊慌失色，支支吾吾道：“就是要惩办苏克萨哈，也不至于凌迟处死。”鳌拜抗议道：“就算不凌迟，也应该斩首。”康熙极力控制自己的恐惧，颤抖着说不出话来，最后还是杰书和遏必隆取了个折中，定了绞刑。鳌拜这才无话可说出去了。可怜苏克萨哈，七年辛勤辅佐，最后却被奸臣陷害，惨死在法场。
什么叫十三衙门？就是司礼监、尚方司、御用监、御马监、内官监、尚衣监、尚膳监、尚宝监、司设监、兵仗局、惜薪司、钟鼓司、织染局。这十三衙门，用的都是太监，顺治帝在的时候，曾经设立内十三衙门铁牌，严禁太监干政，只是因为衙门没有撤销，所以仍然不免鬼鬼祟祟，暗里藏奸。
康熙帝经过这一次刺激，到慈宁宫去面见太后，忍不住哭泣着诉说鳌拜放肆妄为的行为。太后只是一个女人，也无可奈何，只能用言语来安抚康熙。不过康熙毕竟是个圣明的皇帝，从此他开始在心中暗暗谋划，他从各王府挑选百名年纪跟他差不多大的亲王子弟，让他们一起练习武艺，研究拳法，他们都是将门之子，体格健壮，不到一年的功夫，各个都拳术精通，武艺高强，连康熙自己也学会了几招。康熙非常有谋略，他先不动声色地封赏鳌拜为一等公，让鳌拜掉以轻心，随后，他单独召鳌拜进宫商量事情，鳌拜高兴地前去，到了内廷，看见康熙端坐在殿上，两边站着一帮年少的贵族子弟。鳌拜昂着头，走到康熙面前，问道：“皇上叫臣过来不知道有什么事！”康熙睁大圆眼，向鳌拜怒喝道：“你知罪吗？”鳌拜毫不畏惧，回问道：“臣有什么罪？”康熙说：“你结党营私，压制陷害有功劳有才能的人，罪行多得数不清，你还说没有罪！”鳌拜听完这些话，急脾气又上来了，他按捺不住性子，又挥着拳头上前。康熙见他这样，想索性再激一激他，便说道“你们将他给我拿下。”鳌拜一点儿也不害怕，怒吼道：“我看你们谁敢！”话音刚落，一个少年应声而出，走近鳌拜，鳌拜随即挥来一掌，那少年不慌不忙，接住了鳌拜的这一掌，大喊一声：“去。”鳌拜没有站稳，连连倒退。其他少年趁这个机会，将鳌拜团团围住，你一拳我一脚，鳌拜一向对这些童子军没有防备，想不到他们居然这么厉害，刚想要接招，谁知又被这些少年一下撂翻，打的头破血流，奄奄一息。康熙帝便召杰书、遏必隆进宫，痛骂了他们一通。两人连忙下跪，磕头不止，连连求饶。康熙帝命令他们两人根据实情审讯鳌拜，不得徇私。这两人魂胆都被吓没了，自然遵照圣旨查实，列出鳌拜的罪状三十条。不过在裁决书的末尾，他们说鳌拜是有功勋的旧臣，是否要正法还要看皇上的意思，至此还想袒护鳌拜。
康熙帝即位以后，由四位辅政大臣尽心辅佐。他们首先是打算肃清宫禁，将内官十三衙门全部去除。