但行朝更像是口惠而实不至。文天祥此时多次提出移军入朝，一方面可能是因为江西抗元已失败，他本人也回到广东，在外开府已无实际意义，入朝更能发挥他的作用；另一方面，陈宜中已出走占城，文天祥前次出走时最介怀的“国事皆决于陈宜中”也不存在了。
屡败屡战，几踣几起。这样的赞誉，文天祥受之无愧。
但让文天祥没想到的是，行朝竟屡次拒绝了他的入朝之议，甚至“以迎候宜中还朝为辞”相推诿。原因很可能是，此时实际控制朝政的张世杰不想文天祥来崖山。
如精钢之金，百炼而弥劲；如朝宗之水，万折而必东。
通常的说法是，文天祥为人耿介，前次在福州又当面质问过张世杰，张世杰担心文天祥入朝会与己争权，制约他的拥兵自重。
文天祥上表自劾督师无功，出自陆秀夫之笔的诏书却对他褒扬有加：
文天祥对权力斗争不以为然，却也不甚了了。他写信向陆秀夫表达不解与愤懑：“天子幼冲，宰相遁荒，诏令皆出诸公之口，岂得以游词相拒？”但此事并不取决于陆秀夫，他接信只能长叹，无法作答。
空坑脱难后，文天祥召集残兵，于十一月转移至循州（今广东龙川）。次年五月，即祥兴元年（至元十五年，1278年），文天祥终于与行朝取得联系，此时宋端宗已于上月病死，赵昺刚刚即位为帝。
祥兴元年（元至元十五年，1278年）十一月，文天祥率部转战广东潮阳县，他此前两个月接连遭遇了丧母与丧子（长子文道生）之痛。但文天祥乃百折不回之人杰，他将潮阳比作战国时代齐国最后的抵抗基地——莒与即墨，“增兵峙粮，以立中兴之本，亦吾国之莒、即墨也”。
这就是宋季著名的空坑之败。如果说文天祥此前的抗元多少还是苦撑待变，尚有几分中兴的可能性，那么在空坑之败后，就纯粹是知其不可为而为之了。
到潮阳后不久，文天祥两名老部下也各自带兵从江西来投，其中有一人叫刘子俊。三路合兵，文天祥所部也兵势稍振。
八月二十七日深夜，元军突袭奔逃至永丰县空坑村的同督府，文天祥侥幸脱险，但不仅他的一妻、二妾、一子、二女皆被俘，而且同督府数十名将领或被俘，或殉国。
但很快，文天祥就从元军俘虏处得到了一个紧急军报：张弘范正带兵水陆并进，直捣广东沿海。
但好景不长，八月，元军在西夏宗室后裔李恒的带领下向江西大举反扑。文天祥所部兵力虽在几个月间飞速增长，但多数人仅为临时招募的未经训练的民兵，根本无法对抗元军正规军的冲击，连战连溃。
文天祥闻讯，一面向行朝报信，一面组织军队从容地向南岭一带的大山撤退。
在梅州，文天祥还辗转与分别两年的家人重逢，见到了母亲曾老夫人、妻子欧阳夫人、两房妾室、两个弟弟、四个女儿与两个儿子。直到此时，文天祥才知道，另外两个女儿已死于逃难中。
但谁料在奸细的引领下，张弘范之弟张弘正正带着两百多轻骑抄小道向文天祥的同督府疾驰而来。
元军在江南转攻为守，文天祥趁机反攻，先于景炎二年（1277年）三月收复了梅州（广东梅县），再于五月督军越过粤北梅岭挺进江西，连续收复了会昌、兴国等县，江西震动，各路豪杰起兵响应，文天祥在同督府“号令通于江淮”，“大江以西，有席卷包举之势”。
十二月二十日中午，文天祥率军撤至五坡岭（今广东海丰北），正停下来吃午饭时，元军奇兵天降，直突中军帐内。文天祥惊起欲走，被眼疾手快的元军千户王惟义当场擒获。文天祥不甘受辱，吞服了二两“脑子”自尽，但只是昏厥过去。苏醒后，他以为喝冷水可以加速死亡，便用手掬取田间马蹄坑中的脏水喝下，谁料也只是腹泻一场，终究自尽不成。
至元十三年（南宋景炎元年，1276年）秋，漠北形势突变，蒙哥之子昔里吉等人发动叛乱，拘押了忽必烈派往漠北督战的右丞相安童，与海都遥相呼应。至元十四年（南宋景炎二年，1277年）春，昔里吉发兵东进，威胁上都，忽必烈急调灭宋主帅伯颜和江南元军数万精锐北还。
巧合的是，贾似道死前也曾服下“脑子”欲自杀，但也只是腹泻不止，最后被郑虎臣击杀。
正当文天祥做好了殉国的准备，抗元局势突然绝处逢生。
刘子俊被俘时，自称文天祥，“意使大兵不穷追，天祥可间走也”。元军如获至宝，将他押往大营报功，在路上，竟碰到了另外一队押送文天祥的元军。真假文天祥相遇，两队元军都坚信自己抓的才是真文天祥，双方争执不下，一直闹到大营，才真相大白。被愚弄的那队元军恼羞成怒，竟活烹了刘子俊。
此时，曾在伯颜大营中负责看管文天祥的元将唆都入闽。唆都看管文天祥时礼数周到，自认与其有些交情，便派人劝降文天祥。文天祥并非不近人情之人，还回了封信，一边感谢了唆都当年对自己的照顾（“都相公去年馆伴，用情甚至，常念之不忘，故回书”），一边表达了自己立誓死节的决心，“朝廷养士三百年，无死节者”。
但这一切，文天祥并不清楚，他还以为刘子俊只是失踪了。
一时间，漳州成为福建唯一尚未失陷的城市，八面受敌，孤城无依。
文天祥被俘后，先被押至张弘正营中。面对元军的执刀相逼，他不屑地说：“死，末事也。此岂可以吓大丈夫耶！”
文天祥出福州时，踌躇满志，心心念念于反攻江西，但仅过了半年，就连连受挫，被迫放弃汀州，于景炎二年（元至元十四年，1277年）正月，退守漳州。
七天后，也就是十二月二十七日，张弘正再将文天祥送至张弘范潮阳大营。元兵强令文天祥向张弘范行跪拜礼，文天祥说：“吾不能跪。吾尝见伯颜、阿术，惟长揖耳。”并坚持“吾能死，不能拜”。张弘范曾在伯颜皋亭山大营领教过文天祥的强项不屈，深知强迫无益，便称赞文天祥“忠义人也”，即命松绑。
南宋流亡朝廷漂流海上之初，文天祥正在位于闽西的汀州（今福建长汀），以同督府的名义组织抗元。
祥兴元年（元至元十五年，1278年）的除夕夜，文天祥是在元军海船的囚室中度过的。