这四个月，苏轼生死成谜。事实上在押解进京，途经扬州江面和太湖时，苏轼都想跳水自杀，目的是怕他的案子连累更多好友。而现在二十九人的大名单出炉，真是不连累也难。而这其中，连累司马光的那首诗让苏轼寝食不安。那还是王安石罢相的第二年（公元1077年），苏轼在徐州写了一首诗寄赠司马光，名曰《独乐园》：“先生独何事，四方望陶冶，儿童诵君实，走卒知司马。抚掌笑先生，年来效喑哑。”这首诗的情绪流露是很明显的，那就是王安石去后，保守派的领袖人物司马光该出山了。在审讯期间，苏轼不得不承认：“此诗云四海苍生望司马光执政，陶冶天下，以讥讽见任执政不得其人。又言儿童走卒，皆知其姓字，终当进用……又言光却喑哑不言，意望依前上言攻击新法也。”这样的招供其实是很危险的，因为王安石罢相并不意味着政治风向标的转向，苏轼在地方上妄评人物和国策，再加上以诗言志，实在是罪行不轻。关于这一点，苏轼自己也有自知之明。他在等待判决的日子里和每天给他送牢饭的儿子苏迈约定：平日三餐只送蔬菜和肉食即可，一旦有死刑判决的消息，就改送鱼。结果有一天儿子有事委托不知内情的朋友给父亲送饭，送了一条熏鱼。苏轼一见大惊，竟写下诀别诗两首，其惶恐不安的心态，由此可窥见一斑。
这样的时刻，人心的明暗度显现出来，成为权力之争背后的隐性力量。《梦溪笔谈》的作者沈括趁机落井下石，向神宗密报苏轼赞美桧树的诗句“根到九泉无曲处，世间惟有蜇龙知”有暗讽皇帝之嫌。沈括痛心疾首地说：“皇帝如飞龙在天，苏轼却要向九泉之下寻蜇龙，不臣莫过于此！”随着越来越多“问题诗句”的出炉，在乌台（御史台）一关就是4个月的苏轼可谓度日如年，每天要写他诗词中典故的出处和隐含的意义。最终，在舒亶等人威逼之下，苏轼不得不承认自己有借诗暗讽新政之意，比如，他承认自己的《山村五绝》里“赢得儿童语音好，一年强半在城中”是讽刺青苗法的，“岂是闻韶解忘味，迩来三月食无盐”是讽刺盐法的，“东海若知明主意，应教斥卤变桑田”是“讽刺朝廷水利之难成”。但对于“包藏祸心，怨望其上”这一点，他还是死都不认。
但其他的坏消息还是不绝于耳。驸马王诜因上交苏轼的诗文态度不积极，行动拖拖拉拉，并且泄露机密给苏轼，而被削除一切官爵。好友王巩被发配西北。最要命的是弟弟苏辙，只因奏请皇帝赦免兄长而遭降职处分，不得不去筠州做一个酒监。从这些与自己有连带关系的消息中，苏轼也似乎明白了自己“罪行”的后果——只当在生死之间徘徊了。但就像上文所说的，人心的明暗度在此非常时刻显现了出来，成为权力之争背后的隐性力量。宰相吴充劝皇帝：“陛下以尧舜为法，薄魏武固宜，然魏武猜忌如此，犹能容祢衡，陛下不能容一苏轼何也？”难得的是改革派领袖、已经罢相暂居金陵的王安石也为苏轼求情：“安有圣世而杀才士乎？”最后身患重病的曹太后呼吁：“昔仁宗策贤良归，喜甚，曰：‘吾今又为吾子孙得太平宰相两人’，盖轼、辙也，而杀之可乎？”
起因是他的一份谢表。苏轼在他的《湖州谢上表》中发了这么几句牢骚话：“陛下知其愚不适时，难以追陪新进；察其老不生事，或能牧养小民。” 这些话从字面上看或许可以是自谦，但往深里看，难逃冷嘲热讽之嫌。“难以追陪新进”是说与改革大业保持距离；而“老不生事”一语又有暮气沉沉之嫌。时任监察御史台里行的何大正因此上奏，称苏轼 “愚弄朝廷，妄自尊大”。而在这个时候，监察御史台里行舒亶（念dǎn）在刚刚出版的《元丰续添苏子瞻学士钱塘集》中发现苏轼的几首诗中存在严重的政治问题。比如“读书万卷不读律，致君尧舜知无术”一语分明是讽刺皇帝不学无术。而“岂是闻韶忘解味，迩来三月食无盐”讽刺盐业制度改革；至于“东海若知明主意，应教斥卤变桑田”毫无疑问是在讥讽农田水利法。舒亶由此上奏说：“至于包藏祸心，怨望其上，讪渎漫骂，而无复人臣之节者，未有如轼也。”这个罪名是很重的，即所谓的“大不敬”。紧接着，权御史中丞李定为苏轼拟定应予罢黜问罪的四条理由，包括“悛终不悔，其恶已著”“傲悖之语，日闻中外”“言伪而辩，行伪而坚”“怨己不用”等。由此，历史上著名的“乌台诗案”爆发，苏轼在湖州任职还不到三个月就被捕了，20天后押往御史台监狱。两天后，正式审讯。苏轼写了几万字的交代材料，虽然拒绝承认自己有借诗“包藏祸心，怨望其上”的动机，但也交待了收藏其含“讥讽诗歌”的人员名单，包括司马光、范镇、张方平、王诜、苏辙、黄庭坚等二十九位保守派高级官员赫然在列。事实上这正是权御史中丞李定、舒亶等人要达成的目的，借“乌台诗案”实行派系清洗。舒亶奏请神宗皇帝将司马光、范镇、张方平、李常和苏轼等人一律处死。李定则在技术上做了相关防范，上奏请求“乌台诗案”的涉案人员在太后国丧时不予赦免。由此，苏轼成了帝国仕途在变革年代一颗举足轻重的棋子，一死百死，一了百了。
由此，苏轼活了下来，但仕途大受影响，被贬往黄州，做一个团练副使，相当于现在的人武部副部长。却是没权，不能签署公文；而且不准擅离该地区，这个有看管起来的性质。至于他的那些同案犯也各有处分。其中，张方平、李清臣被判处以罚铜三十斤的处分，司马光、范缜、钱藻、陈襄、刘邠、李常、孙觉、王汾、刘挚、黄庭坚、王安上、吴琯、戚秉道、周邠、盛侨、杜子方、颜复和钱世雄等涉案官员各罚铜二十斤。“乌台诗案”就以这样的方式不了了之。在改革派将去未去、保守派将起未起之时，作为新生力量的代表人物苏轼被轻度警告了一番，以作为时局未得大变的明证。当然对其仕途而言，影响还是很大的。之前，苏轼远离派系斗争，之所以反对变法并非从人事出发，而仅止于政见不同；但“乌台诗案”之后，他作为一个标签式的人物，在改革派和保守派的派系斗争中不断地被迫浮沉，成为帝国命运多舛的一个缩影。但偏偏作为一个文人，其书生意气与派系倾轧的冲突显得无比激烈，令人痛心