战机转瞬即逝，就是这几天的攻坚战，贻误了萨军的战机，政府军已经完成了出兵的准备。
萨军强攻熊本城，按照最初的想法，即使全军死伤过半，也要拿下。不料由于守军殊死防守，萨军攻势接连受挫，进展无望，士气低落。打了两天之后，萨军将领不得不召开军事会议，决定放弃强攻，改为长期围困。
萨军停止强攻熊本城之后挥兵北进，而政府军已经从九州北部的福冈南下，双方展开了激战。两军呐喊之声与炮声相混杂，震天动地，硝烟遮天蔽日，天色为之暗淡。萨军也装备了大量的步枪，不像《最后的武士》里演的只有武士刀和弓箭，只不过枪支数量比政府军少，最要命的是子弹比政府军少。激战当中，政府军第二旅团司令受伤，而萨军得力战将、西乡隆盛的弟弟西乡小兵卫战死，政府军步步进逼。
于是，谷干城积极布防，使萨军的攻城战打得非常不顺利。好莱坞大片《最后的武士》中描绘谷干城战败，被萨军斩首，也是不符合史实的。
接下来的吉次之战中，双方展开恶战。史书记载，所费弹丸约数十万发，堡垒壕沟，延及数百里之间，为弹夹所盖，死尸纵横，流血淋漓，其惨不可言状。因此，吉次也被称为地狱脊。吉次之役，萨军主将筱原国干身亡，政府军的野津道贯也险些丧生。
2月21日，萨军强攻熊本城，打响了西南战争的第一枪。当时，熊本城可以投入战斗的兵力只有两千人，镇台司令官谷干城决心坚守城池。谷干城说：“大唐之所以没有在安禄山之乱中灭亡，都是因为张巡坚守睢阳城。如今，熊本城就是睢阳城，熊本城之存亡关乎天下之安危，岂能贪生怕死留下千秋骂名？”从谷干城阵前鼓励军士的言语中可以看出，明治维新之后多年，日本武将们仍然熟悉中国的历史典故。
吉次之战之后，双方又在田原坂展开了激战。田原坂是丘陵地带，顶部凹进，恰似胸墙壁垒，坡道险峻，断崖绝壁，草木横生，易守难攻。开战之后，政府军突入萨军前沿，登上坡道，受到了萨军居高临下的猛烈射击，陷入了进必伤、退必死的境地。尽管野津少将亲自督战，酌酒助威，仍然无济于事，最后只得迂回进攻。田原坂的殊死战斗，历时十七天，萨军还是因为兵力单薄、弹药缺乏、战术拙劣而最终失利。
叛乱的消息传到东京，早有准备的政府军立即展开行动，迅速调集军队平叛。19日，天皇颁布敕令，组成了征讨军团，有栖川宫炽仁亲王担任征讨总督，陆军卿山县有朋、海军卿川村纯义为征讨参军，军团下设两个旅团，各由两万人组成。随着战局的进展又增设了三、四旅团，以及别动一至五旅团。前后总共出动陆军五万八千人，海军十一艘战舰，兵力两千人。
田原坂之战关系大局，尽管随后萨军又对官军发动了多次进攻，而且互有伤亡，但是萨军基本是败局已定。田原坂激战正酣之时，山县有朋向征讨总督有栖川宫炽仁亲王建议，另组一军迂回到萨军背后登陆，切断萨军。他跟有栖川宫炽仁亲王说：“鹿儿岛人的气质是只知道勇猛前进，不知道后退，唯以突击为主，不善于随机应变。如果我们乘其不备，占领萨军背后的阵地，即使一时不能战胜，也可以使他有后顾之忧。”这一策略深得军机要诀，立刻被亲王采用。
萨军整编之后，全军分七个大队，以西乡隆盛为总指挥，每个大队十个小队，每个小队两百人。当时萨军主力是私学校的士族，一共一万三千人，再加上各地响应的部队，总计大概三万人，还有少量的炮兵。
政府军在萨军背后成功登陆，立刻使萨军陷入了腹背受敌的被动局面。政府军前后夹击，萨军尽管拼死抵抗，无奈苦于大势已去，只好被迫向人吉退守。政府军一鼓作气，死攻人吉。萨军原以为可以在这儿支撑两年，不料政府军迅速占领了人吉。萨军只好向鹿儿岛境内退却，政府军一路尾随，攻至鹿儿岛县境，此时的萨军已如丧家之犬。
双方大打出手
最后的武士
经过一番讨论，西乡手下大将村田新八、别府晋介等人都赞同桐野利秋的主张。会议最终决定采取下策，全军向熊本城进发，由此埋下了西南战争萨军失败的伏笔。
8月14日，西乡亲自指挥全军在可爱岳同政府军展开最后决战。此时的萨军已经被围困在方圆一里的峡谷中间，供他选择的道路只有三条：第一，投降；第二，全部战死；第三，拼死突围。
西乡隆盛的弟弟小兵卫力主上策，而西乡的左右手桐野利秋却认为不可，他说：“大军进兵，宜堂堂正正，明目张胆，纵横天下，而今用奇兵，有愧义兵之名。”又说什么“镇守熊本镇台的守兵，不过是区区百姓之兵，若敢阻我去路，唯一鼓而驱之”。
西乡决定率军突围，他烧毁了起兵以来携带的各种文件，连同自己的陆军大将制服。有人不解，问他为什么这么做？西乡笑着回答：“今百事瓦解，皆已无用，付之灰烬，扫我尘垢耳。”英雄末路的心情跃然纸上。
会上萨军将领提出了上中下三策：上策是全军直奔长崎，夺取军舰，然后兵分两路，一路突袭大阪，一路占领东京，争衡天下；中策则是留下若干监视兵力，控制九州的中心熊本城，然后，主力在本州登陆，占领大阪，控制日本的西国地区，等待天下的响应；下策是全军进击熊本，控制整个九州，徐图中原。
随后，西乡率队登上可爱岳，开始突围，半月时间，行程百里。但是由于政府军的部署十分严密，各旅团在鹿儿岛地区要害之地筑了堡垒，挖起深沟，设置栅栏，并且把木钉埋在地下，挖成陷阱，日夜派哨兵警戒。大炮、步枪连续射击，飞鸟伏鼠都不能通过。政府军对西乡所在的城山围困了二十三天。随同西乡回到鹿儿岛的萨军大概只有三百七十人，这些人中有枪的不过一百五十人。
2月5日，鹿儿岛私学校开始招兵，当日募兵超过三千人，最后鹿儿岛的私兵累计超过三万人。因为鹿儿岛原称萨摩藩，因此，跟政府军相对应的叛军就被称为萨军。萨军把私学校本校改为大本营，召开了作战会议。
1877年9月23日，武士们最后一次把酒当歌，其中一位武士唱着悲凉的和歌：“露水尚有草叶可以栖身，而世间却无我等容身之所。”秋风骤起，月光下的海面凄凄冷冷。
1877年2月3日，西乡隆盛回到自己的住宅，途中写下一首诗：“白发衰颜非所意，壮心横剑愧无勋。百千穷鬼吾何谓，脱出人间虎豹群。”由此诗来看，西乡隆盛这个时候已经下定了起兵造反的决心。
9月24日，最后的武士们的光辉，在美丽的旭日初升中落幕。西乡隆盛和亲从将领们从藏身的洞窟中走出，身着便装，挥武士刀，向政府军发起了最后的冲锋。他们跟政府军战线之间有一条相对开阔的坡路，坡路尽头还有一道由政府军建造的堡垒工事。因此，他们即便冲到堡垒附近，也很难越过工事杀入敌军。换句话说，西乡和他的武士们并非真的想要冲入敌阵，不过是想尽可能地在离自己的对手更近一点儿的地方，完成他们在人生和历史舞台上的演出。
1877年1月，日本警视厅派中原警部等人潜回鹿儿岛，对私学校的成员晓以大义，进行挑拨离间和瓦解工作。同时政府雇佣的轮船抵达鹿儿岛港口开始转运军火。私学校的士族及时向筱原国干报告了这件事，筱原当即声称：“这是断我手足，今日不决，后悔莫及。”于是指示私学校成员抢夺军火。同时，私学校的士族逮捕了中原警部等人，私设公堂，严刑拷打，迫使中原承认有暗杀西乡的阴谋，中原被屈打成招，被迫在供词上按了手印。鹿儿岛西南士族的叛乱就此爆发。
政府军早已发现了他们，一时间，弹如雨下，子弹呼啸着飞来，一些武士中弹倒下，另一些不能忍受这样的心理冲击，到路边剖腹自尽。其他的簇拥着西乡继续前进，最后西乡也身中两弹，倒在路边不能再前进了。他用手支撑起庞大的身躯，仰视着身边的别府晋介，大声喊：“阿晋，就在这儿动手吧。”
针对这样的形势，以大久保为首的明治政府，采取了四项措施：首先，要对鹿儿岛进行宪政改革；其次，派内务少辅到鹿儿岛视察；第三，派中原警部潜入鹿儿岛探查私学校动静；第四，将鹿儿岛内陆海军管辖的武器弹药转运大阪，防止私学校利用。这四项措施的第一、第二项由于鹿儿岛知事的阻挠没能实行，第三、第四项成了西南战争的导火线。
前天夜里，西乡自知必死，要求别府在关键时刻砍下自己的头颅，现在他认为时机已到。别府含泪，待西乡切腹后，仰天大呼，挥刀斩下了西乡的首级。追随西乡的武士们眼见西乡死去，泪流满面，仰天长啸，在道边纷纷拔刀自尽。
西乡隆盛起兵造反
号称西乡左右手，也就是给西乡出下策的桐野利秋，是武士道精神最忠诚的拥护者，剑术高强，号称“人斩”，直冲到堡垒之上，格杀政府军数人之后，死于弹雨之中。他的表弟别府晋介，还有其他萨军将领的结局，也都无外乎自刃或战死。
1876年明治政府禁止士族佩刀，但是鹿儿岛的士族仍然携刀持枪横行乡里，更有借酒撒疯的声称：“快些走啊，上东京杀掉那些讨厌鬼。”叛乱前夕，鹿儿岛士族的反政府情绪已经一触即发。
萨军余部一举被歼，战死者一百六十人，投降者两百余人。
明治维新以后，各县设立县知事，其他县的知事都是外县人，本县人不得在原籍担任知事，唯独鹿儿岛县的知事由本县人担任，而且在鹿儿岛，即便是不入流的小吏，非鹿儿岛士族出身的人也不过百分之一。
统帅为何打兔子？
叛乱前夕的鹿儿岛整个就是一个独立王国，县政完全操纵在私学校手里，各级官吏都是私学校的士族或者教师担任，私学校的命令就是县厅的命令。
西南战争结束之后，长崎一位僧人曾作诗说：“孤军奋斗破围还，一百里程垒壁间。我剑已折我马毙，秋风埋骨故乡山。”
1875年，西乡隆盛的左右手桐野利秋撰文说，现今的日本政府，是国家的大敌、苍生之所怨。现今的政府对国家不忠，要使苍生免于涂炭之苦，就必须推翻现政府。村田新八更是公开主张“让西乡取得首相地位，是我们的重任”。由此可见，这些私学校实际上是具有私设武装性质的政治结社。私学校的建立，为日后西乡反叛奠定了组织基础。
这首诗，真正切中了西乡的心境。由鹿儿岛士族发动的这场叛乱历时两百天，影响达于九州全境，这是自明治维新以来，日本发生的最大规模内战。政府军战死将近七千人，负伤者九千余人，累计伤亡一万六千人；萨军战死六千多人，负伤人数不明。当然了，这也是日本历史上的最后一场内战。
两所学校的开支，除了由西乡隆盛的退休金支付部分经费之外，全部由鹿儿岛县厅支付。1876年末，鹿儿岛县内所有各乡都设立了分校，名义上这些私学校以“不顾一身，践行道义”和“尊王悯民”为宗旨，实际上是纠集士族跟政府为敌。
这场内战的实质，是要建立一个以倒幕派武士为核心的天皇制国家，还是要建立一个君主立宪制国家的问题。西南战争平息之后，武士们的武装叛乱基本停息。日本在发展资本主义的道路上加快了步伐，曾经辉煌的武士时代终于落幕了。
这种私学校分为两种，一种是枪队学校，收容还乡的旧近卫步兵，由原陆军少将筱原国干主持，学生五六百人；另一种是炮队学校，集中了炮兵出身的士族，由原宫内大丞村田新八负责，学生大概两百人。
西乡隆盛战死于西南战争，他的故事和不屈不挠的精神得到了广泛的传颂，甚至后来明治政府也给他恢复了名誉，授予他正三位的品衔，并且在东京上野公园立了他的铜像。但是，现在人们对于西乡隆盛在战争中的表现却是充满了疑问。
日本最后的这场内战，爆发在1877年，但是事出有因。早在1874年6月，由于自己的政治主张得不到认同，西乡隆盛愤而辞职，回到自己的家乡鹿儿岛（原萨摩藩），办起了有士族参加的私学校。
西乡在整个战争中表现低调，除了最后一次是亲自指挥士兵冲锋、死在前线之外，基本很少出现在萨军视线之中。他住的地方也离战场很远，据附近的农民们回忆，他们在战争期间趁乱去庄稼地里偷粮食的时候，经常看见西乡带着狗在悠闲地打兔子。正值萨军在仁吉浴血奋战的时候，又有几个逃兵看见西乡牵着狗在树林里打兔子。按照史料记载，西南战争期间，西乡隆盛总共打了十多次兔子，对于打兔子的兴趣远远大于打仗。而根据西乡隆盛的亲兵回忆，西乡的住处比兔子的窝还多，今天住村里，明天住庙里，后天住洗浴中心，就是很少住在军营之中。
前些年好莱坞跟日本合拍了一部大片叫《最后的武士》，但是历史上真正的最后的武士，并没有电影中表现得那么浪漫和写意，其真实的情状比电影要壮烈得多。战争的形式也不是几百个拿着砍刀、使用弓箭的乡巴佬跟机枪、大炮武装的政府军拼命。
如果这两件事属实的话，将其联系起来看，可以推断出西乡隆盛可能不想打仗，也许他是被胁迫的，因为战争是你死我活的事儿，哪位统帅能忍心让手下在前面拼命，自己却在后面打兔子？而且西乡隆盛很少住在军营，说明军事决策基本上都不是他下达的。
历史没那么浪漫
西南战争真正的指挥者可能并不是西乡隆盛。由于他在鹿儿岛太有人气，太有威信，太有魅力，而叛军需要一个偶像来唤起更多的人参与造反，西乡正是这样一位偶像，而西乡也乐于充当这个偶像，为他最后的人生画上壮丽的一笔。