可是百济并没有真正被平定，唐军主力撤走之后，百济人抓住了复国的机会。百济的故将鬼室福信发动了百济复国的战争。百济复国军觉得自己实力弱小，不足以跟唐朝和新罗联军相抗衡，就遣使到日本，想让日本出兵增援。
当时朝鲜半岛和我国东北地区共有三个国家，形成三足鼎立之势，百济、新罗、高句丽。新罗最，老被欺负。别看新罗实力不行，但他认了个当时世界上实力最强大的大哥——唐朝。新罗跟唐朝关系最为密切，到了唐高宗时期，为了给自己的这个小兄弟出气，唐朝对高句丽、百济用兵。百济首先被唐朝和新罗的联军灭了。联军灭了百济后，唐军的主力撤回国内，留下一万多人马镇守百济故地。
日本和百济早就有外交往来。日本的佛教和儒学，大多是从百济传过来的。百济当时有一位王子叫扶余丰，还在日本做人质。鬼室福信向日本献上一百多名被俘的唐军士兵，同时要求把在日本做人质的百济王子丰璋接回去拥立为王，请求日本出兵相助。
这场战争是因朝鲜半岛而起的。中日两国在古代历史上几乎所有的战争，除了忽必烈征日本，都是因朝鲜而起的。两国不接壤，想打也打不上。
当时的中大兄皇子也是头脑发热。他手下有一员大将叫阿倍比罗夫，在日本国内东征北讨，攻无不克，战无不胜，搞得中大兄皇子自以为武力强大，可以向外开疆拓土了。特别是日本人从传说中的神功皇后开始，一直对朝鲜半岛念念不忘，如今一看百济遣使求援，正中下怀。日本上上下下，摩拳擦掌，准备对唐朝动武了。
中大兄皇子辅政的时候，也就是他老妈第二次做天皇时，日本跟中国爆发了有史以来的第一场战争。
鬼室福信得知日本派来援军之后非常高兴，迅速展开军事行动，率兵围攻唐朝驻军的城池。唐高宗也派大将刘仁轨带兵前来增援。
头脑发热，招惹大唐
日本为了远征百济，先后派出了四批援军，第一批五千人；第二批主要是给百济运送物资的，运了十万支箭、五百斤丝、一千斤锦、一千吨布、一千张牛皮（牛皮是用来做甲胄的，相当于今天的避弹衣了），还有三千斛稻种；第二批远征军的人数就已经多达一万七千人；第三批更是派出了两万七千人大军；第四批也将近一万人。这四批远征军，领兵的将领全都是日本的老牌贵族，像苏我氏、物部氏、三轮氏和吉倍氏，而且很多将领跟朝鲜半岛都有千丝万缕的联系，曾经出使过朝鲜半岛。
于是，有间皇子还没发动叛乱就被擒获，党羽纷纷锒铛入狱。有间皇子本人是个二十不到的小伙子，被中大兄皇子下令处死。这样一来，孝德天皇这一支就算是绝种了。
大化改新之后，日本的军队素质也发生了翻天覆地的变化。原来日本是部族社会，军队都是私家部曲，没有统一的国家军队。经过大化改新之后，加强了中央集权，中央设立了兵部省，统一调度军队。因此，中大兄皇子和日本上下觉得此战必胜。为了鼓舞士气，增加声势，中大兄皇子甚至请自己的母后齐明天皇御驾亲征。大小船舶，浩浩荡荡，巫女一路上祷告，搞得非常热闹。
他万万没有想到苏我赤兄还真是中大兄皇子派来的间谍，隐藏得极深。苏我赤兄不但是中大兄皇子派来的间谍，还是中大兄皇子最信任的间谍头子，这一次深入敌巢，果然不负使命，把有间皇子的底摸了个清清楚楚。
齐明天皇毕竟已是六十八岁的老太太了，哪里经得起这一路的舟车劳顿？再加上对战争的恐惧，很快就病了，眼看着奄奄一息，没到出兵的地点就薨逝于行宫。仗还没打，天皇先给折腾死了。
有一天，苏我赤兄来访。这个苏我赤兄是苏我石川的胞弟，苏我石川一家枉死之后，苏我一族活得战战兢兢。因此，对于苏我赤兄，有间皇子没有设防，他觉得谁当间谍都有可能，只有苏我赤兄不可能当间谍。为了多拉拢一个帮手，有间皇子就把自己的想法一五一十地告诉了苏我赤兄，最后还拍案大叫，说现在到了兴兵起义的时候了。然后，有间皇子还和苏我赤兄约定了起义的日子，规划了起义的步骤，联络什么人，怎么去攻打中大兄皇子，等等。
齐明天皇一死，国不可一日无君，中大兄皇子只好暂时称制，硬着头皮继续出征，下令以阿倍比罗夫为统帅，率领三万多日本士兵，杀向了朝鲜半岛。
三年之后，有间皇子回到了朝廷，正赶上当时朝中的右大臣病死，政位虚悬，再加上虾夷（这里的虾夷是地名，就是今天的北海道）作乱，中大兄皇子忙着调兵遣将征讨虾夷。有间皇子觉得自己的机会到了。
你把他打服了，他就变乖了
中大兄皇子的妈再度登基做了齐明天皇，心中最愤愤不平的就是孝德天皇的儿子有间皇子了。对有间皇子来说，中大兄皇子抢了自己的继母，气死了自己的亲爹，又剥夺了自己的继承权，怎么想都是一天二地恨，三江四海仇，但是苦于自己实力太弱，只好远离朝廷，假装到地方上去泡温泉养病。有间皇子在地方上听到了很多闲言碎语，都是对朝政不满的，误认为人心思旧，大家厌倦了当今朝廷，所以他就在当地结交豪侠之士准备反叛朝廷。
当时在朝鲜半岛的唐军不到两万人，舰船数目也比日本少得多。但大唐刚刚开国不久，高祖李渊、太宗李世民都是马上天子，大唐又正值国力极盛，名将辈出之时。那个时候，老一辈的名将像李勣还在，年轻一辈的像苏定方、薛仁贵已经成长起来。
老太太这次做天皇，就不能还叫皇极天皇了，改为齐明天皇。日本历史上一共有八位女天皇，但名号可不止八个，因为有两个人都是两次登基的，各有两个名号。
相比之下，日本军队就是井底之蛙，根本不了解大唐的军事力量，它的战斗力和大唐比起来简直就是萤火虫跟月亮争光。
孝德天皇一死，按道理应该是皇太子中大兄皇子继位。但是中大兄皇子很喜欢自己的妹妹间人皇女，可间人皇女毕竟是老皇帝的皇后，他不能当了皇帝之后把先皇的皇后再立为皇后。中大兄皇子也明白，自己干的事儿，上不了台面，也不愿意在这个时候出任天皇。怎么办？只好请老妈再度出山做天皇。老太太这时候已经六十二岁了，儿子怎么说就怎么做吧，于是再次出场跑龙套，做了天皇。
公元663年，唐罗联军开始向百济复国军的都城发动猛攻。在白江入海口，与日本、百济联军爆发了一场大规模的海战。
请出老妈跑龙套
唐军刘仁轨统辖战舰一百七十艘，日本的战舰有一千多艘，从战舰数量来看，日本占有绝对优势。但日军战舰以小艇居多，无论攻击性能、防御能力，还是武器装备，都远远不及唐军。唐军战舰很多都是艨艟巨舰，配备各种应不同海战需求之用的战船，甚至还有专门用来火攻的战船，配备有火器，称之为火舰。
孝德天皇一看自己的老婆都跟人跑了，有苦说不出来啊，整天孤零零地守在宫殿里，长吁短叹，很快就驾崩了。他死的时候，只有原配生的有间皇子一个人守在他的身边。
日本的众多战舰攻击唐军，好比是一堆鱼雷快艇打一艘战列舰，一群蚂蚁要对付一只大象。可是日本人打仗，尤其到了近现代，都是这种蚂蚁啃大象、蛤蟆吞恐龙的精神。
一个是年轻俊美的哥哥，一个是快成糟老头子的舅舅，间人皇女用脚指头都能想明白应该爱哪个，所以义无反顾地抛下了舅舅老公跟着哥哥情夫跑了。
双方一开战，日本舰队不知死活，率先向唐军发动了猛烈进攻。刘仁轨下令防御，唐军的艨艟巨舰就像是铜墙铁壁，日本战舰无异于以卵击石，纷纷破碎。唐军轻松化解了日军的第一轮攻击。
日本皇室这种事儿不新鲜，大家看到这儿可能都习以为常了。问题是外甥女并不爱自己的舅舅老公，只爱自己的亲哥哥。道理也很简单，孝德天皇这个时候已经年逾半百，身体多病，老夫少妻嘛，这个日子也过不好。而中大兄皇子年轻有为，原配苏我氏因为他除掉了老丈人苏我石川，已经怨愤自杀。中大兄皇子新鳏，妹妹就来安慰哥哥，这一安慰俩人就安慰到床上去了，兄妹之间又上演了日本皇室那些见怪不怪的老戏。
日本人又发动了第二轮自杀式袭击，这也是他们最擅长干的事儿。刘仁轨命令楼船压阵，斗舰、走舸兵分两路，占据江面两侧，成功地形成了对日本舰队的包围之势，把日本舰队包了饺子。刘仁轨看到合围战略顺利完成，果断下令反击。唐军战舰上装有拍竿，就是竹竿上拴着大石块，士兵操纵拍竿，一顿狂拍。顿时，日本战舰支离破碎，舰上的士兵纷纷跳海逃生，不会游泳的就直接沉底了，会游泳的被唐军士兵乱箭射死。
最有意思的是孝德天皇的皇后间人皇女竟然也丢下了丈夫，跟着哥哥中大兄皇子走了。孝德天皇的原配给他生了一个儿子叫有间皇子，之后病亡辞世。皇极天皇可怜自己的弟弟无人照应，就把女儿间人皇女许配给了孝德，把外甥女嫁给了舅舅。
当时的这个场面，根本不像是一场战争，而是一场屠杀。唐军士兵估计都是打酱油的感觉，丝毫没感到战争的残酷。按照战前制订的军事计划，准备发起第三次进攻的日本残余海军，一看前两波攻击就像肉包子打狗，去的时候还是战舰，回来的只是木头板板，水军士兵死得也太惨了，交战双方实力相差太远，三十六计，走为上策，开始溃逃。
中大兄皇子也犟上了，遭到拒绝后非常生气，你不迁都是吧？你老小子一人在这儿待着吧。中大兄皇子发下强令，把自己的母亲皇极上皇、兄弟大海人皇子，还有百官公卿一干人马，都迁到了飞鸟川。我们走了，不陪你玩儿了。
刘仁轨一代名将，哪肯坐失此种良机？下令唐军鼓足风帆向日本舰队冲去。先是施放火箭，然后追上去挥动拍竿，把日本战舰一一拍沉。日本军舰由于密度太大，唐军的火箭几乎是箭无虚发。
中大兄皇子铁腕横扫强敌，荡尽了苏我氏的势力，但因杀戮太重，不免感到心中有愧，寝食难安。他觉得之所以发生这些事儿，是因为首都的风水不好。当时日本国的都城在难波，他建议舅舅孝德天皇迁都到飞鸟川。孝德天皇向来是没有主见的，从来是外甥说啥就听啥，但这一次孝德天皇非常坚决地拒绝了中大兄皇子迁都的请求。因为难波的宫殿刚刚建好，如果要迁都太费事，劳师动众。
太阳没落山的时候，这场海战就已经结束了。日本损失了战舰四百多艘，而唐朝没有损失一艘战舰。这就是中日战争史上最值得大书特书的白江口海战。但在中国的史书当中，甭管是《新唐书》《旧唐书》还是《资治通鉴》，记载这件事就一句话：“遇倭兵于白江口，四战皆捷，焚其舟四百艘，烟炎灼天，海水皆赤。”史书上讲得很简单，但是唐军的大捷是不争的事实。
叛乱被平定之后，中大兄皇子为了把苏我氏一族铲除殆尽，就把屠刀挥向了自己的老丈人苏我石川。中大兄皇子为了国家的长治久安，不惜罗织罪名把老丈人一家斩尽杀绝。当时苏我石川一家还是很有势力的，特别是平定苏我入鹿父子的时候，苏我石川是有功之臣。看到中大兄皇子过河拆桥，翻脸不认人，苏我石川的部下很是不平，力劝苏我石川跟官军决一死战。但是苏我石川明白，以自己的这点儿实力跟政府对抗无异于以卵击石，所以没有听从，他说我出卖苏我入鹿做了苏我氏的叛徒，早就该死。最后，苏我石川全家集体自杀。
日军大败之后，百济的残余政权很快就灭亡了，百济复国的梦想也就彻底破灭了。
国家推行新政，肯定会引起既得利益集团的反抗，必然会有旧势力出来阻挠，特别是苏我氏的残余势力对新政非常不满，因为新政的核心就是要把政权集中到天皇手里，建立中央集权制度。所以，苏我氏的残余势力就拥立古人皇子起兵叛乱。中大兄皇子早有防备，这次叛乱很快就被平定了。
大唐大败日本之后，唐军统帅刘仁轨派遣使者来到日本交还了俘虏，告诉日本，唐朝不会主动打日本，要求日本在唐军攻打高句丽的时候不要采取行动。
孝德天皇心里明白，皇位是中大兄皇子让给自己的，再加上他还有一个死党中臣镰足，这俩人什么不敢干？所以他们想改革，就由着他们去吧。于是，日本开始了著名的大化改新，取法唐朝，开始了一千多年的唐化时期。
日本挨了这顿揍之后，也知道马王爷有几只眼了，哪里还敢胡蹦乱跳，乖乖地看着唐王朝消灭了高句丽。为了表示对唐朝的心悦诚服，日本还派遣使团到长安祝贺大捷。
孝德天皇册封中大兄皇子为皇太子，让古人皇子落发为僧，任命中臣镰足为内臣，积极辅佐中大兄皇子推进改革运动。
日本人就这样，你把他打服了，他就变乖了，还全方位跟你学习。打从白江口海战之后，日本就开始彻彻底底地倾心向慕唐朝，一批批的遣唐使开始渡海来到长安留学。
皇后跟哥哥跑了