当然，原子会运动这个观念也与巴门尼德直接矛盾，但是，他们之间的分歧不应让我们无视两者在根本上的一致性。这就是永恒不变的“一”这个观念。不过，对于德谟克利特而言，这个“一”实际上有无限的样式，每种样式就是一个原子。每个原子都是永恒的，既不能被创造也不能被毁灭。原子内部也没有空间，因此也无法被切割或分开。这个基本观点认为，宇宙是整体，并由互不相干、各自独立的单位构成，我们会反复看到这个观点。（当然，我们也已然看到这种猜测在多大程度上助长了对宇宙极为过分的解释。）
德谟克利特是极端多元论者。他认为，世界由无数大小不同的各种“微粒”构成，不过，作为元素，这些微粒有显著的共同特点。它们无法被切割或进一步分割。（“原子”［atom］在词源上来讲，就是这个意思，因为它源自“不”［a-］和“分割”［tom］。）因此，德谟克利特直接反驳了阿那克萨戈拉无限可分的观点。实在的基本单位是原子，它无法被分割。德谟克利特也直接反驳了巴门尼德，宣称存在着无（虚空），这是原子在其中运动和结合的空间。
德谟克利特对世界的去生命化和去神话化的做法极为彻底。他的宇宙观念是彻底物质的，没有任何强加的秩序或理智，没有逻各斯、目的和心灵。那些古老的观念，例如主宰我们的命运、统治世界的诸神，甚至可能让我们有死后生命的灵魂，统统消失不见了。正是由于德谟克利特，我们所谓关于世界的纯粹“唯物主义”的理论出现了。实际上，甚至人的灵魂，这个对于绝大多数前苏格拉底哲学家而言极为神秘的问题，在德谟克利特看来也只是物质性的原子，它在由物质性的原子构成的宇宙中并不特别重要。
这种对所有事物都可分的强调，启发了另外两位哲学家，几乎没什么名气的留基波以及他的学生德谟克利特。他们探寻小得不能再小的“基质”观念，最后确定的基质后来成了现代最为重要的观念，即原子这个概念。
倘若把前苏格拉底的哲学史看作科学的发展历程，我们就能够很容易理解以下这个进程：从最初对万物终极本性的隐约猜测，到完全排除诸神和神话、人类灵魂以及宗教神秘话语的雄心勃勃的理论。即便这个发展过程获得不少东西，但更为重要的是，我们必须深入思考，真正丧失的是什么。理智统治（即使仍很神秘）的世界会更令人轻松吗？我们的命运仍然是被决定的吗（即使我们不知道也无法知道如何被决定）？我们可以确信自己的灵魂在死后继续存在吗？我们死后会继续我们活着时开启的旅程吗？
此外，因为心灵属于组织性的力量，阿那克萨戈拉自然开始不只是根据秩序来思考宇宙，也根据某种宇宙目的来思考宇宙。而且，他似乎没有像一个世纪之后的亚里士多德，把自己的这个洞见贯彻到底。这再次成了不合时宜的观念。（在 19 世纪的德国哲学中，它将成为掩盖一切的观念。）
这些观念遭遇危机时，许多思想家（和绝大多数普通人）都感觉损失巨大，我们对此不应感到吃惊。在基督教出现之前，在雅典的三位伟大哲学家登场之前，新兴哲学的贫乏已经是大家关注的问题。19 世纪在德国，这种怀旧成了一种痴迷，像黑格尔、尼采和海德格尔这些不同的哲学家都有这样的怀旧情绪。实际上，海德格尔在这三位哲学家中最为极端，甚至认为我们的哲学思考能力在公元前 5 世纪之后就已经丧失了。
阿那克萨戈拉至少戏谑地提到了心灵（或努斯）观念，认为它是组织性的力量，这个观点在之后数百年的哲学道路上引起了极大关注。但是，他从未论及心灵是什么样子（心灵是现代哲学不可缺少的组成部分，但是，那时候的希腊人从没有运用类似于“心灵”概念的东西）。值得注意的是，佛教也在这个时候提出了这样的“内在性”观念。
然而，德谟克利特的宇宙观，有令人烦恼的方面，它对现代哲学带来了严重的后果。原子无色无味，这在另一个重要的意义上意味着，我们日常生活中经验的那个世界并不是世界的本来样子。德谟克利特担心的是，我们在事物中感知到的属性在原子自身那里找不到，因为原子只有空间属性。这就意味着颜色、滋味、质地等知觉根本不是实在的真正属性，而只是在与感知者的互动中呈现出来的属性。在这里，人们可以看到漫长传统的开端，这个传统在约 17 世纪的约翰·洛克达到顶峰，他区分了“第一性的质”和“第二性的质”。第一性的质就是那些依附于事物本身的性质，第二性的质则是“在我们之中的性质”（当然德谟克利特没有也无法做出这样的区分）。对于关注这种新哲学的人来说，令人烦恼的是，现在看似无色无味的实在，被这个理论带来的兴奋劲掩盖了。
此外，根据阿那克萨戈拉的观点，并非每种事物都是元素。人不是元素，而是多种元素的复杂混合物。不过，元素也可以分割，而且是无线分割。因此，阿那克萨戈拉（奇怪地）主张，“一切包含在一切之中”，每种元素都包含其他一切元素。无论对古代读者还是现代读者，这个观点理解起来都非常费力。
由于德谟克利特，古希腊科学达到了它的至高点，人们忍不住会想，从古代的原子论者到现代的科学哲学之间，只有一小步的距离。然而，反讽的是，在这之后不久，当古希腊科学在亚里士多德那里形成典范之后，探寻一般科学知识的动力似乎突然停顿了。一边是巴门尼德，确信世界是统一、不变、永恒但我们永远无法认识，一边是德谟克利特，认为世界由大量无色无味的原子构成。在这两者之间做出选择，人们并不感兴趣，他们除了听哲学家的猜测，还有很多事情要做。谟克利特坚持认为世界由众多无色无味的原子构成。人们在这两种观点之间似乎无所作为，只能听之任之。在接下来的一千五百年里，哲学走了其他方向，科学被边缘化，科学天才要么被无视，要么被折磨致死。
从纯粹宇宙论的角度来说，阿那克萨戈拉的学说显得更有前景。阿那克萨戈拉确立了——哪怕既没有发明也没有坚持到底——晚期希腊宇宙论的最重要的特征。作为多元论者，他认为存在多种事物，每种事物都有自己的种子。与此前的前苏格拉底哲学家不同，阿那克萨戈拉认为，有多少种质料就有多少种元素，不只有土、气、火、水，也有纸、肉、果肉、木材、酒、骨、铜——这个清单可以一直列下去。而且，既然没有什么东西可以无中生有，每种相应的元素就必定一直存在。
古希腊最伟大的科学家当属亚里士多德（公元前 384—前 322）。他回顾了前苏格拉底哲学家的探索和发展，也做出了自己的贡献，对整个科学进行了总结和概括。尤其是，正因为他，我们才知道早期希腊哲学家的许多言行，但同样是因为他，我们今天才有了科学。他关于自然科学的观点，绝大多数是自己的原创，历经一千多年没有受到挑战。因此，过去几个世纪的科学家在看待亚里士多德时，感情极为复杂。一方面，他可能是有史以来最伟大的科学家；另一方面，他也是科学进步的巨大障碍。他的光辉形象使他成了 13 至 16 世纪无所不能的中世纪教会教义的中心，以至于在近代之前，任何科学方面的理论进步都遭到了挫败。
大多数关于前苏格拉底哲学家的阐述，对恩培多克勒关注不多，原因主要是恩培多克勒那种温和多元论不足以应付巴门尼德那些精致的伎俩。但是，我们只要越过哲学机智的有限范围，就会发现恩培多克勒是古代世界最复杂、最多彩也最为人注目的人。他是精明的政治家、才华横溢的演说者和雄辩家、医生、诗人、富有想象力的史家和有影响力的宗教思想家。他只是不怎么像是形而上学家，因此未能得到亚里士多德的注意。所以，他在古希腊哲学主流中或多或少受到了忽视。
但是，我们把故事说到前头去了。现在我们要回到巴门尼德以及他的论点，大意是我们永远无法认识世界。那么，我们能认识什么呢？如果哲学带给我们的只是些唐突的、不可更改的结论，那它有什么用呢？可能的答案是：接下来的两千年都用来抨击这些前提、批判和改善逻辑、澄清和推断“生存”和“存在”、重新解释和重申结论、重构论证、把论点转化为神学、把神学转化为本体论、重新定义本体论并把它简化为语义学、重新定义语义学并再次把它简化为常识语言，然后再质疑或嘲笑常识，并把它变为悖论，进而提升为逻辑，提出新的甚至更令人困惑的悖论。
置之不理是应对巴门尼德及其论证的另一种方式，我们在后文会对此简单论述。不过，抨击巴门尼德或许是更具哲学性的方式。这里采用的策略与其说是驳斥论证，不如说是破坏论证的前提，并发展米利都学派的科学宇宙论。这里所说的前提是巴门尼德简单从早期的前苏格拉底哲学家继承而来的、无所不在的统一性。特别是，三位哲学家抨击宇宙本质上是一的观念，这个观念被称作一元论，它可追溯到最早的前苏格拉底哲学家（这显然与在他们之前就存在的一神论宗教和宇宙论有亲缘关系）。与之相比，恩培多克勒、阿那克萨戈拉和德谟克利特都是多元论者，他们都不认为世界基于某种单一元素，或者由唯一的秩序统一。恩培多克勒（正如在他之前的阿那克西曼德和赫拉克利特）推测，世界由冲突构成。而且，并不存在基础性的元素或秩序，唯有爱与恨这两种力量之间的无尽冲突。