苏丹的继承人是7岁男孩优素福，因而蒙巴萨的指挥官就任摄政者，他来自一个反对前任苏丹的派系。优素福乘船前往印度，在那里他皈依了基督教，他在果阿的奥古斯丁修会会士处接受教育，然后乘坐葡萄牙船只学习航海技术和战争艺术。到他十八九岁时，他的名字从优素福改为热罗尼莫。他的导师们认为他已经可以继承苏丹之位。他在果阿加冕，被授予“蒙巴萨、马林迪和奔巴岛之王”的头衔，成为基督骑士团的一名骑士，并在1626年的盛大仪式中被送回故乡。跟他一起出发的有一位奥古斯丁修会会士，还有他来自果阿、名叫伊莎贝尔的妻子。
1610年，新任苏丹哈桑就任，而堡垒的新任指挥官是曼努埃尔·德·梅洛·佩雷拉。这两者之间的敌意很快变得十分强烈，以致于哈桑从蒙巴萨逃往大陆，与一个非洲人社群生活在一起。曼努埃尔·德·梅洛耍手段，在一场伏击中杀害了苏丹。葡萄牙人支付了2000段布料，了结了此事。当苏丹的尸体被送回蒙巴萨时，他的头被砍下来送给了果阿的总督，附带的报告说苏丹只是遭受了他应得的惩罚，因为他犯了叛国罪。
不幸的是，就热罗尼莫自己的利益而言，他此时有些过于葡萄牙化了。他戴着宽边帽而不是包头巾，穿着紧身上衣和紧身裤而不是白长袍，他不是当地的斯瓦希里人想要看到的领袖的样子。他甚至和异教徒一样吃猪肉。一位不知名的神父，在热罗尼莫写给教皇表衷心的信的开端将他描述为一个“统率摩尔封臣的基督徒国王”，还非常不吉利地引用了《圣经·旧约》中的《诗篇》第110首“你要在你仇敌中掌权”。
苏丹知道他必须得到葡萄牙人的许可，因为没有通行证，任何在印度洋航行的船只都会被劫掠或者炸沉。他曾经确信他可以得到许可，因为他和他的祖辈一直对葡萄牙人表现忠诚，但是他的请求被草率地拒绝了。
在两种文化之间备受折磨，热罗尼莫几乎无法掩饰他内心的绝望。如果他不为自己的民众所信任，耶稣堡里的法兰克人也不会信任他。1629年，贵族佩德罗·莱唐·德·甘博亚作为新任指挥官被指派过来。他偶然有了一个重大发现：苏丹有半夜秘密前往墓地的习惯，而那座墓里埋葬着他的父亲，尸体没有头，他在那里会“以摩尔人的方式”祷告。在这位指挥官看来，热罗尼莫是一个叛徒，必须将他送往果阿接受审讯。
当苏丹艾哈迈德请求派商船前往中国时，他的自尊再次受到严重打击。他不可能拥有足够完成1.5万英里环球航程的远洋大船，但是他可以在印度轻易地雇用到它们。前往中国的货船和以往一样载着象牙、龙涎香、非洲的黄金和稀有的兽皮；返航的船只则满载瓷器和丝绸。可能在马林迪还流传着将近200年前郑和船队造访的传说，以及由这座城市送给中国皇帝长颈鹿的事迹。
1631年8月初，莱唐·德·甘博亚做了这个决定，但是在他执行这个决定之前，苏丹一定得到了某些暗示。8月16日，星期六，下午晚些时候，指挥官因为生病躺在自己的屋子里。热罗尼莫到达耶稣堡的大门口，请求拜访他。这是一个奇怪的请求，因为这两个人彼此之间怀有很深的敌意，以致于他们极少见面。但是，指挥官同意了苏丹的请求，派人引领他进入自己的房间。这是一场很短的会谈，很快苏丹和他的一个侍从用胳膊抓住指挥官，刺死了他。
17世纪，在东方有多年生活经验的葡萄牙指挥官若昂·罗贝罗，应该很能理解他的最后一个抱怨：“我不怀疑在那些接受派遣管理堡垒的人之中，不乏表现友好的人，但是他们做不好事情，因为一个坏人做错事要比一百个好人做好事的影响深得多。”
然后，他向等在堡垒外边的一队非洲弓箭手和阿拉伯士兵发出命令。他们射着箭、挥舞着刀剑，冲进入口。一进入主庭院，他们就开始不分青红皂白地杀戮：指挥官的妻子和孩子是第一批受害者。大约50个葡萄牙士兵没被立刻砍倒，他们惊慌失措，逃到了附近由奥古斯丁修会会士管理的教堂里。到傍晚时分，一切都结束了。耶稣堡陷落，葡萄牙人在蒙巴萨的房屋被付之一炬。
但是，葡萄牙人并不信任那个和他们一起分享蒙巴萨岛的斯瓦希里人，因为他们与苏丹艾哈迈德的早期情谊很快就消逝了。苏丹艾哈迈德曾经认为，从马林迪搬到蒙巴萨会使他成为整个斯瓦希里海岸的大领主，但是实际的权力掌握在耶稣堡缓缓升起的高墙后面。葡萄牙军官们掌握着权力，而蒙巴萨的苏丹只能忍耐。苏丹给里斯本的国王写信，说没有必要建造这座堡垒。由于葡萄牙居民在贸易中享有不公平的优惠条件，而历任指挥官又对他态度轻蔑，他的个人地位正不断被削弱，但是他的信没有得到理会。
胜利者不再自称热罗尼莫。回到宫殿，他丢掉葡萄牙服装，穿上了斯瓦希里服装，腰间还别上一把弧形匕首，宣布自己是苏丹优素福·本·哈桑，一个真正的穆斯林。之后，他返回耶稣堡。他向蒙巴萨的基督徒宣布，只有一种方法才可以避免像堡垒中已经死去的人那样的命运：他们必须皈依伊斯兰教。但是，在那个时代，死亡是比变节更好的选择。甚至妻子也反对优素福，就算不顾叛教的诸多耻辱，她接受伊斯兰教也一定用了很长时间。
与在热带的葡萄牙帝国的其他地方经常发生的事情一样，蒙巴萨的精力和金钱很快开始枯竭。在继任的指挥官浪费和盗取资金的情况下，耶稣堡的建造几乎陷入停滞状态。在堡垒开始建造近20年之后，蒙巴萨的葡萄牙商人先驱还会对人抱怨说防御墙不够高。还有很多需要完成的事。即便这样，移民的数量还在稳固地增长，甚至主街上还流传着一个嘲弄的说法，称这座堡垒为散兵坑。最后，蒙巴萨聚集了大概70个家庭，再加上他们的奴隶和溜须拍马者。尽管对于他们没有记录，但是一些印度店主和工匠也一定从果阿跨海移民至此。他们从阿拉伯商人化作废墟的建筑中搜取石块建造他们自己的房屋，以及一座奥古斯丁教堂和女修道院。
第一个为信仰而死的人是一个隐居的修道士——神父迪奥戈。当他告诉苏丹他的决心时，他被苏丹的非洲侍从用长矛刺死。接下来的几天没有发生什么事情。大概150名基督徒还挤在奥古斯丁女修道院的教堂里。他们包括从着火的房子里被营救出来的妇女和儿童，以及几个受伤的男人。和这些葡萄牙人在一起的还有零星几位黑人基督徒和半阿拉伯血统的基督徒。在受伤者中，有一个是苏丹的近亲，这个人叫作安东尼奥，他曾经请求苏丹放过这座堡垒，但是没有用。挨着这位请愿者的是修道院院长——优素福以前的告解神父。当他被问及是否愿意成为一个穆斯林时，他拒绝了，然后被吊死在堡垒的城墙上。
卡伊拉蒂看到大家热火朝天的劳动景象一定很开心。可能是想要在他返回欧洲的途中拜访蒙巴萨，因为在东方待了十多年之后，他告诉腓力二世他最热切的愿望是退休后回到米兰。（他的故乡米兰仍然十分热爱他，他计划将他一生的大部分积蓄用来扩展当地的医院。）国王告诉他，等找到他的接替者他就可以回去。1596年，卡伊拉蒂在果阿去世，彼时他还在等待他的继任者。
8月20日，苏丹命令教堂里的所有人都出来，大约有60个人将行进到堡垒那里。他们将被“送往基督教国家”。在做完忏悔、圣餐仪式，并且与他们的妻子和孩子告别之后，这些人从教堂里出来了。神父手持十字架引领着他们。苏丹把身体探出堡垒的窗外，向他的堂兄弟安东尼奥喊话，让他抓住最后一次机会放弃基督教。在安东尼奥拒绝后，苏丹给出信号，一大群战士冲向行进的队伍，对他们发起攻击。所有人都被杀死了，除了一个叫作西尔韦斯特罗·佩雷拉的文员。苏丹骑着马来到屠杀现场，发现佩雷拉还活着，而且仍然坚决维护自己的基督教信仰，就下令将他也杀死。情绪高涨的优素福从他的马鞍上弯下身，用他的长矛猛刺这些尸体。然后，他们用绳子将这些尸体绑在一起抛进海里。
耶稣堡在几年中的建造速度很快。在强有力的蒙巴萨第一任指挥官马特乌斯·门德斯·德·瓦斯康塞洛斯的带领下，成批的印度泥瓦匠、采石工、木匠从果阿来到这里。包括几艘停在海港里以防御再度前来进攻的土耳其人的船只上的船员在内，所有的劳动力都加入到堡垒的建设中。军官们也和士兵一起劳动。甚至新任苏丹也摆出象征性的姿态，和他的侍臣们来到海边帮助搬运石头。
10天过去了，那些妇女和孩子还在教堂里苦苦等待。他们几乎没有食物和饮用水，天气十分炎热，而且他们亲眼看见了她们的丈夫和父亲的死亡。最后，苏丹派信使告诉他们，所有放弃基督教信仰的人都可以回家。那些不放弃基督教信仰的人必须离开蒙巴萨，乘船前往斯瓦希里海岸北端的城镇——帕泰。那些妇女带着她们的孩子从教堂里出来，宣称她们的信仰。她们向等待的船只走去，一路上还大声咏唱。
卡伊拉蒂一定立刻就意识到，面向岛屿中心的耶稣堡的西端，是入侵者最容易突破的地方。他的解决办法是遵循意大利军事建筑的最优良传统。堡垒的两条短而粗的“腿”在侧翼隐藏着炮台。每个炮台都可以扫射到棱堡对面后墙的通道。这些设计还包括在堡垒向陆地的一面建造一条壕沟。
一位后来编制这次暴乱报告的奥古斯丁修会会士，描述了最后的情形：
耶稣堡的城墙面向大海，建在珊瑚岩上，旨在威吓住潜在的敌人。超过12英尺厚、面向珊瑚块且用碎石填筑的墙壁，足以抵御16世纪末任何海军枪炮的攻击。底下是外部防御工事，它紧邻大海，通过一个低矮的拱门和一条狭窄的通道，与内部的庭院相连。
在他们与这场冲突中陪同女主人的某些奴隶都上船之后，有谣言说那位暴君打算在船中央凿出一个大洞，以便让他们都淹死。但是，这些水手——野蛮的卡弗尔人，没等听到命令，在船到达大海中央、刚看到那位暴君所在的堡垒时，就切断了这些无辜的可怜人的喉咙，并从她们的臂弯中抢走她们的孩子，以便使她们亲眼看到他们被切成碎片。
耶稣堡的规模依然很大，足以保证遭遇长时段围攻期间的生存条件。它大概有150码长，两座放置武器的棱堡之间宽约130码；中部庭院有将近75码宽，兵营、储存室和一个小教堂位于其两边，它们由幕墙围护；有一口深井，可以为驻军提供饮用水。耶稣堡的指挥官被庄重地授予“蒙巴萨总督”的头衔，他的房间位于大门上方。
一个女儿正爬向她还有一口气的母亲；一位母亲正握住她残缺不全的女儿的尸体；一具无头的尸体手中还握着十字架。还有一些人受伤了，另外一些奄奄一息。他们被抛进海里，以增加他们的痛苦，他们在水中喘吸挣扎时，还遭受棍棒和船桨的击打。有多达三十九名白人妇女和五十九名儿童被杀死。我无法弄清当地人的数量。
卡伊拉蒂使用“人体形态”的理念，不仅是出于对在他年轻时就闻名意大利的哲学观念的回应。耶稣堡的设计还非常贴合当地的地形，在它遭到围攻时便于安排人手。在开始建造耶稣堡之前，在从果阿到蒙巴萨的途中，卡伊拉蒂应该已经意识到，由于葡属印度总是缺少人力，有效的守备部队的规模会很小（几乎不会超过100人）。所以，布局要简单，只有几个防御点，尽可能少地将堡垒内的力量暴露给进攻者。
另一份记录说明这些行刑者是如何在将那些妇女的尸体抛入海里之前，将她们的戒指、项链和耳环取下来的。（一年后，果阿的教会法庭听说了一些证据，决定是否将殉道者的荣誉授予这些因为拒绝放弃基督教信仰而死去的人。说明这个事件的文件被送往罗马，以备宣福礼之需，但是之后不知道由于什么原因，这件事不了了之。）
在伊比利亚国家不幸地联合后不久，卡伊拉蒂的皇家保护人就派他作为葡萄牙在东方所有防御工事的总建筑师。50岁左右，他去果阿赴任，之后卡伊拉蒂就将他的西班牙名字改成与之相当的葡萄牙名字——若昂·巴蒂斯塔·凯拉托。在他生命的最后十三年，他在印度洋的各个地方，甚至在东边远至马六甲海峡的地方，设计建造堡垒。耶稣堡是他最后也是最伟大的作品，他在设计这座建筑时回溯了意大利的艺术源头。它是从文艺复兴全盛时期“完美的人体”理论中获取灵感的显著代表。耶稣堡的平面图非常清楚地说明了这一点：四座棱堡是胳膊和腿，面向大海的外垒是头部，整个结构的中心区域则是躯干。而很好地掩映在一座堡垒的火炉后的大门，实际上处于腋下的位置。
当耶稣堡失守的消息传到葡属印度时，关于叛变的苏丹应该在蒙巴萨公开斩首还是在果阿处决，存在争议。但是，第一个任务是抓住他。1632年初，一支由二十艘船组成的舰队载着一千名士兵，在贵族弗朗西斯科·德·莫拉的指挥下，出现在蒙巴萨附近。堡垒里有四百个人，包括当地的斯瓦希里人和从大陆来的雇佣军。优素福还在岛上的关键位置隐藏了数百名非洲勇士。
腓力二世有很多宠臣，其中一个是乔瓦尼·巴蒂斯塔·卡伊拉蒂，他是米兰人，年轻时就被派去指导防备土耳其人围攻的马耳他防御工事的建造。卡伊拉蒂作为一个军事建筑师的声誉传遍南欧，到16世纪70年代，他在西班牙效命于腓力二世。
这些船只向耶稣堡一齐发射炮弹，这反映出他们的一个错误估计：他们的枪炮不足以攻破耶稣堡的城墙。卡伊拉蒂设计的堡垒如此坚固，为的是它能够抵御土耳其人的进攻，但是葡萄牙人料想不到他们自己在堡垒外边，无法进入。更糟的是，优素福的人充分利用了架设在堡垒棱堡中的大炮，他们用这些大炮对付那些试图通过抓住停在海港中的阿拉伯单桅帆船的锚，骚扰狭窄海峡中的其他船只的葡萄牙士兵，因为食物供给需要跨过那道狭窄海峡，才能被送到蒙巴萨岛。
耶稣堡注定成为葡萄牙帝国短暂辉煌的不可摧毁的纪念碑。但是，下令建造它的人是一个西班牙人，而它的建筑师则是一位意大利人。那个西班牙人就是在阿维什王朝衰落之际于1580年获得葡萄牙王位的腓力二世。
当一支四百人的军队在堡垒附近登陆时，他们遭到数百名非洲长矛兵和弓箭手的袭击。弗朗西斯科·德·莫拉为了鼓励他的士兵，身先士卒，中了三十箭。有些箭的箭头上还有毒，一个自告奋勇的年轻人将他的毒液吸出来，他才免于一死，据说，那个年轻人死了。
关于土耳其人的这些计划的报告到达里斯本几年后，葡萄牙人终于开始在蒙巴萨建造一座要塞。它必须是一座坚固到能够控制东非海岸的堡垒，而且必须能够对抗敌人可能施以的任何进攻。它将被称作耶稣堡。所有在东非做贸易的船只都要上缴百分之六的海关关税，这笔钱能够抵偿建造要塞的成本，并且可以支付它的维修费用。
进攻的计划多次遭叛逃者泄露，几周之后，沮丧的葡萄牙指挥官们开始就接下来该采取的行动相互争吵不已。他们给大陆上的一位非洲统治者姆瓦纳·尚布·尚代赠送礼物，目的是引诱他加入葡萄牙这一方。他做了象征性的尝试，说他的路被苏丹的支持者们封锁了。3月份开始下雨，使得火绳枪兵更难以使用他们的武器了。最后，他们在大陆距离堡垒最近的一个位置架设了两门大炮，然后他们隔着海峡开始密集开炮。结果收效甚微，而且优素福命人将堡垒的一门大炮放在一座清真寺的平顶上，轰炸葡萄牙人在对岸的登陆点。4个月过后，食物也快消耗完了。而且，一些围攻者开始将他们的精力投注到一些恶习中，一份记录阴郁地指摘他们“下流甚至令人憎恶”。这次围攻被取消了，这支耗资巨大的舰队返回果阿。对于在蒙巴萨的惨败，他们相互指责得十分激烈，但是由于弗朗西斯科·德·莫拉与里斯本的关系密切，他逃过一劫。
1586年，法国驻君士坦丁堡的大使萨瓦里·德·兰斯科斯梅派人到巴黎汇报，10万名工匠、4万头驴和1.2万头骆驼将用来开凿这条运河。一旦运河建好，200艘全副武装的船只将从那里通过，他们会把葡萄牙人赶回到好望角的另一边。一位不知姓名的土耳其人写了《通往印度的西部路线》（The Western Route to India）一书，他满怀乐观地写到这条运河建成之后，“邪恶的无信仰者”就会从辛吉海被驱逐出去，之后，君士坦丁堡可以更容易享有“信德和印度的精美货物，以及埃塞俄比亚（非洲）的珍宝”。
他们在蒙巴萨留下了两艘船，做出还在封锁蒙巴萨的样子，但是它们很快就落入苏丹优素福的手中。我们并不明了这件事是如何发生的，可能是船员被贿赂了，或者他们仅仅是出于害怕，乘坐小船，逃往东非沿海骚乱较少的葡萄牙人定居点。
为了夺取对蒙巴萨的控制权，该城所遭受的苦难已使人几乎无法再探寻到它之前的繁荣景象。苏丹及其3个儿子晦涩不明的死亡造成了彻底的权力真空。葡萄牙人此时已经决定要占领这座岛，以填补这个真空，他们带来“忠诚的”马林迪苏丹艾哈迈德，让他成为该城新的统治者。更可怖的土耳其人入侵的可能性是刺激他们做出这个决定的主要原因，因为有报告称，他们在埃及正制订计划，要开通一条运河以连接红海北端和尼罗河，通过这条运河，奥斯曼人的战舰就能从地中海直接航行到印度洋。
优素福需要这两艘被俘获的船。他意识到，当企图夺回耶稣堡的远征队下一次到达这里时，他可能不会这么幸运。是时候离开了。包括堡垒枪炮在内的所有能够移动的东西都被装进这两艘船，借着西南季风，蒙巴萨最后一位苏丹乘坐他新获得的船只消失在印度洋里。在葡萄牙海军度过的那些年令优素福受益良多，因为他已经决定开启一项新的事业——海盗。
——蒙巴萨苏丹优素福寄至果阿的一封信，1637年
7年间，他在马达加斯加到阿拉伯半岛的热带海域航行，有时和英国、尼德兰的海盗一起。有谣言说，优素福恳求尼德兰人帮他夺回蒙巴萨，而这引起了果阿总督佩罗·达·席尔瓦的警觉，他担心耶稣堡会陷入欧洲海盗和作为他们傀儡的变节苏丹的手中。他毫不怀疑斯瓦希里海岸将对何方致以同情，他们反正不会同情葡萄牙人。
我从未得到过补偿。他们不尊重我，我的待遇也与我的身份不符。一颗高贵的心受到严重的侮辱、冒犯，以及不公正的对待……他们认为无需按照法律对待我们，特别是考虑到我的臣民只不过是卡菲尔人，他们更是如此。
总督发誓抓住优素福，甚至计划以贼抓贼，雇用一名葡萄牙海盗完成这个任务，但是他从来没有成功过。后来，优素福逃进东非的海港，在那里他受到英雄般的欢迎。最后，他在红海的一次小规模战斗中被杀。在那之前不久，他还派了一个俘虏——一位多明我会的修士，前往果阿送信，请求宽恕。他宣称，自己之所以叛变完全是被耶稣堡接连上任的指挥官的无情逼迫所致。