最后，他们抵达了宫殿。因为元帅发誓要把宫殿的大门作为战利品带回去送给国王，所以葡萄牙人用斧子砍倒了沉重的铜制镀金大门。他们一进入宫殿，大多数葡萄牙士兵、水手和奴隶就不由自主地开始抢劫“昂贵的白色亚麻、丝绸、黄金、天鹅绒和麦加的锦缎”，接着他们不遗余力地将这些掠夺品拖拽回海滩。
一路上猛烈战斗，葡萄牙人抵达了城市的主广场。广场中心是一些大房子，它们由雕刻繁复的木材建造而成，这些房屋里住着外国派到卡利卡特的大使。守卫者拼命战斗，想要守住广场，他们杀死了许多葡萄牙人。无论何时，只要他们得到尸体，他们就砍下头颅，并且即刻送给扎莫林。但是最终广场还是被进攻者占领了，他们放火点燃了它。
元帅还在努力前进，决意前往据说藏着扎莫林财宝的内室，他的随从砸碎了挡在他们前方的闪闪发光的铜门。许多拖拽着掠夺物穿过街道的葡萄牙人受到了伏击并被杀死，但是宫殿里的元帅似乎没有意识到，他即将与向海港里的船只撤退的任何一支队伍完全分开。
与他同时代的编年史家加斯帕尔·科雷亚描述了当时的场面：“元帅穿过的街道非常狭窄，就像乡间小径一样，街道两侧是半根长矛高的石墙，在坚固的底座上方是房屋和棕榈树，人们踩在类似井里台阶一样突出的石头上面，从街道上行到房子那里。”
阿尔布开克到达王宫并且喊道：“我以国王的名义要求你撤离，如果我们再在这里多待一分钟，我们就都会成为死人！”元帅停下来只是为了放火烧毁王宫，但是在返回海滩前他被杀死了。阿尔布开克两次负伤，在失去意识的情况下被抬回到船上。葡萄牙人为他们在印度的土地上上演的第一次陆上进攻引起的所有混乱，付出了高昂的代价。关于这次撤退的记忆像一块石头压在阿尔布开克的心中，他决心为他亲属的死报复扎莫林。然而，这个时候他不得不加紧完成国王派给他的个人任务。
在卡利卡特登陆没有遇到任何困难，元帅非常自信，他脱下了头盔，换上一顶帽子，然后将剑和长矛交给他的男仆。他说：“我只要手里有根藤条，就能带领我的人占领扎莫林的宫殿。”后来，他回到里斯本向国王汇报，“他们误导他，让他对著名的卡利卡特城感到畏惧是多么的错误，那里只有身材矮小且赤身裸体的黑人，拿着武器和他们作战很不体面”。元帅发表了一番冠冕堂皇的言论之后，就带着他的400个部下前往宫殿，留下阿尔布开克断后。
和海洋另一端的蒙巴萨一样，果阿几乎是一个完全被大陆环绕的岛屿，它的航道为船只躲避暴烈的季风天气提供了安全的停泊处。被阿尔梅达在第乌击败的土耳其舰队中幸存下来的士兵和几艘船，正在果阿避难。阿尔布开克认为在埃及援兵到来之前，这是占领果阿的关键时机。那里的大多数居民是印度人，但果阿是强有力的比贾布尔苏丹国领地的一部分，它的新统治者是伊斯梅尔·阿迪勒·沙阿。对于阿尔布开克，幸运的是，几乎所有防守岛屿的军队都被阿迪勒·沙阿撤回，去协助他治下一个遥远地方的战役了。在航行前往果阿的途中，阿尔布开克遇到了那位友好的海盗——蒂莫雅，他说这是发动进攻的理想时机。
与此同时，阿尔布开克的解救者将里斯本的指示交给他，要求他占领果阿。这座港口位于印度西部海岸中心的一座岛上，皇家委员会精明地选择它作为葡属印度的一个理想的主要基地。科蒂尼奥自己还另有任务：指挥听命于他的15艘船和3000人进攻卡利卡特，直到它彻底投降。这是葡萄牙单次派往印度洋的最大的一支军事力量。科蒂尼奥是一个彻底的行动派，他不顾阿尔布开克的保留态度，决定先攻击卡利卡特，稍后再处理果阿。
的确，事实证明这是一场轻松的征服，但是当这座城市任他摆布的时候，阿尔布开克展现出他对暴行的钟爱，而那是他在摩洛哥的长年征战教会他的。圣诞节前3天，他写信给曼努埃尔：
他们用密集的石头、棍棒和箭镞杀死了50个葡萄牙人。第乌的胜利者被一支标枪穿过喉咙，双膝跪地，死了。
之后，我烧毁了这座城市，杀死了城里的每一个人，您的人持续屠杀了整整4天。无论我们在哪里找到他们，我们都不会放过任何一个穆斯林。我们把他们的尸首堆满清真寺，然后放了把火……
阿尔梅达立刻前往欧洲，但是在好望角附近的萨尔达尼亚海湾附近，他们停下来补充淡水和给养。就在停泊期间，阿尔梅达的私人奴仆上岸，羞辱了两个科伊村民以致被打掉了牙齿。阿尔梅达决定发动一场惩罚性的突袭，期间他的人抓住了一群儿童。在他们返回海岸的途中，突袭队伍遇到了村民的伏击，他们被丢失孩子的事情激怒了。
我们找到6000个穆斯林，男人和女人都有，还有许多步兵和弓箭手也被杀死了。陛下，这的确是一场伟大的胜利，仗打得漂亮，而且取得了彻底的胜利。且不说果阿是一个如此伟大和重要的地方，我们终于成功地为陛下和您的子民向背信弃义和邪恶的穆斯林复仇了。
阿尔布开克被监禁了好几个月，直到一艘载着费尔南多·科蒂尼奥的船到来。他被授予葡萄牙元帅的头衔，而且巧合的是，他是阿尔布开克的亲戚。科蒂尼奥从国王那里带来的文件使阿尔梅达清楚地意识到他的总督时代结束了。
（阿尔布开克可能夸大了他的所作所为，以便强调他十字军东征般的热情，因为有证据表明，许多果阿的年轻妇女无论信奉何种宗教都活着离开了那里，但是他确实很容易就生出杀戮之念。）
阿尔布开克注定要成为葡属印度最著名的总督，但是他却永远也无法拥有总督这个头衔，尽管他拥有王室血统。国王曼努埃尔仍然信守诺言，在他有生之年只有阿尔梅达能拥有总督的头衔。但是，当继任者来到阿尔梅达面前，对他说是时候移交权力了，阿尔梅达虽然清楚自己的独特地位，但他还是被激怒了。他让人逮捕了阿尔布开克，并且把他发配到印度南部的一座要塞，让人严密守卫，直到里斯本送来令人信服的证据，说明他说的是真的。
这位新的总督发誓，只有基督徒和印度人被允许住在这座他即将兴建的新果阿城里。他的设想是在热带建造一座葡萄牙城市，这座城市要有自己的大教堂、法庭、政府建筑、喷泉，以及给政府官员和富商居住的优雅房屋。但是一个首要的问题是完全缺少基督徒家庭，因为在早些年从里斯本前往印度的航行是不允许携带妇女的。所以在这个时候，阿尔布开克做了一个影响葡萄牙帝国始终的决定：果阿的人口将由葡萄牙男人娶印度女人所产生的天主教徒后代构成。
阿尔布开克想在这座城市附近建一座要塞，但是他舰队里的船长们激烈反对这个想法，因为这个地方贫瘠荒凉，天气又热得让人难以忍受。他们想要继续航行，进攻和掠夺其他城市。很快，5艘船找借口抛下了他，只剩下他自己的船和另一艘船，之后它们继续航行以便加入阿尔梅达的舰队。
阿尔布开克发现他不缺愿意参与到这项实验中的人。尽管他写信给国王，说第一批志愿者都是“出身高贵且具有绅士风度”的人，但是实际情况是，他们是不适合继续服役的缓期死刑犯，以及低级工匠和水手。由于航海的条件很恶劣，生存的希望又十分渺茫，出海的人基本都是葡萄牙社会地位最低贱的人，对他们而言，在果阿得到总督的祝福和支持的新生活是他们渴望抓住的机会。每个人都被给予一匹马、一所房子、一些土地和牲畜。
这场胜利之后，阿尔布开克从12岁的霍尔木兹统治者赛义夫·丁那里榨取了一个承诺,从此以后，他将是葡萄牙的一个封臣，此时他由一位宦官摄政。他也同意每年用黄金上交一大笔贡赋。阿尔布开克想要占领霍尔木兹，但是他没有足够的军队，他所能做的最大限度的事是震慑周边的城市。他们切掉妇女的耳朵和鼻子、男人的鼻子和右手。最后，他们炮轰霍尔木兹，直到弹药不足才停止。
针对这个具有重要历史意义的创举而被挑选出来的女性，她们的真实感受没有被记录下来。但是阿尔布开克对于那些女性有特别要求：她们的容貌要漂亮，还得是“白人”。他拒绝立即接收任何来自印度南部的潜在新娘，因为她们肤色更深而且“放荡”（葡萄牙作家总认为肤色深是卡利卡特人的一个特征，而据尼科洛·德·孔蒂的观察，卡利卡特的妇女更倾向于一妻多夫制，所以葡萄牙人普遍认为肤色深的女性更淫荡）。
他最大的胜利是在霍尔木兹取得的，那是两个世纪以前马可·波罗拜访过的波斯湾入口处的一个古老的贸易城市。他的舰队船只的数量远不及对方（阿尔布开克有夸大的嗜好，但是即便考虑到这一点，获胜的希望也十分渺茫），但是大炮造成的影响也使他的敌人恐慌。数百人跳入水中，“这真是一个令人吃惊的场面”。和往常一样，葡萄牙人下到他们的小船上，挥舞他们的长矛：“我们在水中杀死了数不清的人，其他因为身负武器而下沉的人，都淹死了。我毫不夸张地告诉您，那天有一个人竟然在水中杀死了80个人。”
除了计划建设一个新果阿和创造基督教社会的核心家庭（“那里一共有450人”），阿尔布开克还积极投入更具有争斗性质的事务。他带领一支舰队向东穿过印度洋，到达马六甲（现在是马来西亚的一个港口），袭击那里的穆斯林统治者，确保葡萄牙垄断来自印度尼西亚和中国的所有贸易。他遇到了顽强的抵抗，但是最终大炮的威力及其士兵的勇敢无畏使他们取得了胜利。控制马六甲和苏门答腊岛之间狭窄海峡的好处之一，在于使那些仍然反抗葡萄牙人统治的印度洋港口，从此时开始无法从中国获得任何商品。
在几次突击过后，包括一次对红海入口附近的索科特拉岛的突击，两位指挥官分头行动。特里斯坦·达·库尼亚南下前往马拉巴尔以装载香料，而阿尔布开克选择了远离还在印度洋做总督的阿尔梅达的路线。在1507年余下的时间里，他沿着阿拉伯半岛的海岸线航行，他用自己7艘船上的大炮对到达的每一个港口都造成了毁灭性的打击。在一封写给阿尔梅达的信中，他吹嘘自己是如何占领并劫掠了马斯喀特，烧毁了港湾里的所有船只，然后又烧了这座城市：“这座城烧起来非常慢，因为这里的所有房屋都是用石头和灰泥建造的，还有一些房屋是用石头和泥建成的，外墙粉刷成白色，非常漂亮，也非常坚固。”
当阿尔布开克返回印度时，他将面对更多的争战，因为愤愤不平的比贾布尔统治者派到岛上的3000人正在攻击果阿。在组建起一支相同数量的军队之后，阿尔布开克下令鸣响城中所有的钟。然后，他带领军队作战。当他站在一块石头前观察士兵的作战情况时，一位副官敦促他立刻移身到石头后边。他刚转移到石头后边，他旁边的一个人就被一颗炮弹击中身亡，血溅了他一身。（阿尔布开克留下了那颗炮弹，指示说，他死后，要把这颗炮弹包上白银，装在宝石里，做成一盏灯，然后把它供奉在果阿的教堂里。）
这时候，在一些军官的敦促之下，两位指挥官无奈下令起航。但是，阿尔布开克坚持认为布拉瓦必须受到惩罚，他对葡萄牙人战斗精神的自信很快得到了证实。他们发动正面进攻，征服了这座城市，1000多个居民被杀死，而进攻者的折损则很少。他们对这些房屋的劫掠持续了整整3天。他们砍下穆斯林妇女的手指、胳膊和耳朵，以获得她们佩戴的数以百计的昂贵戒指、手镯和耳环。唯一的不幸是他们损失了一艘装满劫掠物的小船，还有一位高级教士也淹死了。
将敌人困在一座要塞中，并持续不断地轰炸他们之后，葡萄牙人向对方喊话，如果他们交出所有的枪炮和马匹，就允许他们安全离开这座岛。阿尔布开克还对敌军的总指挥拉苏尔汗强加了一个条件：他必须交出那群投靠了穆斯林的基督徒“叛徒”。拉苏尔汗说他不能这样做，因为这违背了他的信仰，但最终他还是同意了，因为阿尔布开克承诺不杀那些叛徒。于是，他们被交给了阿尔布开克。当他们落到阿尔布开克的手中时，他们的确没有被杀死，但却被以怪异的方式切断肢体。
在拉穆，葡萄牙人没有遇到抵抗。统治者惶恐不已，答应只要能够赦免他的城市，他就每年纳贡。由于手头没有非洲的黄金，他用威尼斯达克特上交了第一批款项，威尼斯达克特是那个时候整个印度洋地区都认可的一种货币。他们向红海航行的下一站是布拉瓦，那是一座石头城，统治着干旱的索马里海岸。这一次，数千居民沿着海岸行进，以展现他们的力量，但是他们也应葡萄牙舰队的要求，派出使者回应“和平会谈”的事宜。当会谈遇到阻力时，葡萄牙人以淹死使者相威胁，以便试探他们是否有什么秘密计划。威胁起到了作用，使者透露布拉瓦的苏丹希望能够拖延会谈，因为西南季风随时会吹过来，而这会使葡萄牙的船只尽快离港。
即便以那个时代的标准来看，这样的惩罚也是极其残忍的。在史诗《卢济塔尼亚人之歌》中，卡蒙伊斯谴责阿尔布开克惩罚一位年轻军官。这位军官名叫罗德里格斯·迪亚士，他在与果阿战斗中被俘获的穆斯林女人玩乐时被抓了个现行。卡蒙伊斯提到迪亚士的时候说，“他唯一的罪责就是年轻人因精力过剩而导致的意志薄弱”。无视其他赞赏迪亚士在战斗中英勇无畏的军官的求情，阿尔布开克判处迪亚士绞刑。在执刑的那一刻，激奋的支持者割断了吊死迪亚士的绳子，再次为他求情。阿尔布开克快速镇压了这次骚乱，几个军官被戴上了镣铐，眼看着迪亚士被执行了死刑。
这位谢赫是蒙巴萨苏丹的亲属，他派人送信回复说，他唯一的君主是开罗的哈里发。他不想与袭击和杀害印度洋上合法做生意的和平的商人的基督徒有什么关系。对于这样的挑衅，这两位指挥官只有一个回答：第二天一早，他们分别率领一支分遣队，如暴风雨般登上岸。居民无法抵抗这样的暴行。他们逃进灌木丛，而谢赫和他的近臣在棕榈树林中拼死抵抗，但节节败退。阿尔布开克亲自处决了谢赫，对此他感到很满意。城镇被洗劫一空，然后被付之一炬。几个士兵甚至过于专注抢劫以致被大火吞没。
在全力投入印度事务之际，阿尔布开克仍然坚持不懈地在埃塞俄比亚寻找盟友祭司王约翰，他们要一起对付麦加。一个叫作马修的人，带着他的两个妻子和一大群随从到了印度，他说自己是埃塞俄比亚皇帝的大使。这件事激发了阿尔布开克对于埃塞俄比亚的期望。马修还随身带着一块薄木片，声称它来自耶路撒冷的“真十字架”（只要砍倒一小片森林，就有足够多的“真十字架”可以流通）。很多见过马修的人怀疑他是个骗子，但是阿尔布开克坚决认为他没有骗人，一有便船就将他派往里斯本。除了自己的妻子遭到船上的军官引诱之外，马修安然抵达里斯本。国王曼努埃尔也相信他说的话，而且当马修呈上十字架的碎片时，还流下了眼泪。
在1507年的上半年，阿尔布开克和他的亲戚特里斯坦·达·库尼亚（南大西洋海域的一个岛屿的发现者，这个岛屿仍然以他的名字命名）沿着东非海岸航行，期间阿尔布开克展现了他的冷酷无情。他们率领的两个全副武装的舰队的船只超过了12艘。当他们在友好港口马林迪停驻时，那里的苏丹暗示他们最好能够帮忙惩罚他的一个敌人——海岸更北方的城镇霍贾的谢赫。阿尔布开克和库尼亚根本不需要鼓舞就乐于对付这个敌人：他们在霍贾附近抛锚，以葡萄牙国王的名义要求那位酋长投降。
回到果阿，到1513年，阿尔布开克带着20多艘船和3000人，已经做好前往红海冒险的准备。这是一个危险的使命，因为红海就像是一个窄颈瓶（曼德海峡被恰当地形容为“泪之门”），如果敌人能够控制南部的海峡，那里总是存在被敌人困住的风险。要是能够赶上相反的风向，这种情况在一年之中只有几个星期，船只就可以毫无困难地进入海峡，并且安全离开。阿尔布开克采取的第一个行动是对位于红海入口处、强有力的亚丁要塞发起攻击。葡萄牙人一直想要夺取亚丁，这样就可以对任何试图向埃及运送香料的穆斯林船只实施有效封锁。
此时出现的关于埃塞俄比亚的真相并不能阻止阿尔布开克。他写信给曼努埃尔，宣称祭司王约翰“拥有大量马匹和大象”。他的王国疆域广阔，“远及索法拉和摩加迪沙、蒙巴萨、马林迪的海岸”。它还在非洲的另一端远抵大西洋。他拥有许多金矿，而那些汇集在索法拉、最后运抵印度洋的黄金，则来自臣服于祭司王约翰的国家。这些都是阿尔布开克一厢情愿的想法，混杂了各种信息，它们来自毛罗的世界地图，与阿尔布开克在实际事务中遇到的严酷现实形成鲜明的反差。
这次进攻彻底失败，因为进入要塞的唯一办法是使用云梯，而云梯则因为承受不住士兵的重量一次次断裂。数次尝试后，在极度炎热的天气条件下，葡萄牙人不得不撤退。他们遭受了巨大损失，唯一让他们满意的是他们烧毁了港湾里所有阿拉伯人的商船。
1506年抵达东非海岸后，他实施了第一批举措，其中之一是派两个随从和一个突尼斯译员上岸，命令他们向埃塞俄比亚的统治者带去国王曼努埃尔的问候。和其他担负相似使命的葡萄牙人不同，他们可能在海上找到了一条通道。通过相同的路径，曼努埃尔从为埃塞俄比亚王储摄政的年迈的太后海伦那里得到了答复。她给曼努埃尔的信是以阿拉伯语和波斯语写成的，在信中她用“海上骑士，异教徒和穆斯林的征服者与压迫者”称呼对方，还信誓旦旦地保证与欧洲的基督徒建立战无不胜的军事同盟。
阿尔布开克沿着红海东侧航行越过亚丁200英里，然后下令船只在也门海岸附近抛锚。那里没有什么风，只有一艘能够跨海航行到埃塞俄比亚的轻快帆船。人们开始死于热疫，船队急需突发事件来提振士气。幸运的是，一个奇迹发生了：
阿尔布开克的宗教信仰极其坚定，他对祭司王约翰仍怀有痴念，认为他已经做好准备，能够与葡萄牙人联合起来推翻伊斯兰教，而这种念头已被他的大多数同时代人所抛弃。他梦想将埃塞俄比亚作为摧毁麦加的一个基地，还谈到了从马德拉引入工程人员，改道尼罗河，使之注入红海，以迫使埃及人因饥饿而投降的荒谬计划。
之后，在我们抛锚的时候，祭司王约翰的国家上空出现了一个迹象，一片云层下面有一个看上去闪闪发光的十字架（阿尔布开克派人给国王送了一幅画）。当云层靠近十字架时就散开了，云层没有触碰到它或者使它的光亮变暗。几条船都见证了这个场景，很多人还跪下来顶礼膜拜，其他人则感动得流泪。
1505年春，阿尔梅达从葡萄牙起航，成为葡属印度的第一任总督，而仅仅一年后，阿尔布开克就带着自己的舰队紧随其后。这两个人即将成为彼此的强敌：阿尔布开克从一开始就表现得十分自信，这表明他知道国王已经私下选择他作为阿尔梅达的继任者。对于如何统治葡属印度，他也有自己的想法。
我从这个迹象断定，我主对我们的远航感到满意，他用这个迹象告诉我们去哪里可以更好地为他服务。尽管我认为我们可以抢风航行，但是与没什么信仰的人一样，我们也不敢航行去往那里。我已是一个老人，人类的本性和偏好战胜了我的意愿，所以就出了差错。
阿尔布开克是葡萄牙和西班牙混血，还有王室血统，他所受的教育是开创一番大事业。他的一个同时代人说，他身材高大，一身黑色装束，“屁股上别着一把饰有宝石的黄金匕首”。后来，他的灰色胡子几乎及腰。阿尔布开克对杀死穆斯林有狂热的欲望，在50岁开始第一次远航之前，他在北非征战多年。他在科钦待了几个月监督那里的要塞建造，在1504年年中又回到了里斯本。
舰队的饮用水即将用完，阿尔布开克不得不在没有取得什么战绩的情况下从红海和亚丁撤军，除了收集到土耳其人还没有在苏伊士开始建造另一支舰队的报告。但是，他写信给他的国王，言辞夸张：“我认为通过我们在红海的远航，陛下给予了穆斯林百年以来最沉重的一击。”如果葡萄牙人能够在埃塞俄比亚建立据点，他们将获得祭司王约翰的所有黄金：“数额太大，我都不敢说了。”
曼努埃尔嘲笑那些因为费用和危险而反对建立殖民地的人，而且西班牙人已经在新世界建立了殖民地，这是威望的象征。所以，在阿尔梅达从印度洋回国、去世后不到一年，曼努埃尔直接下令占领果阿岛。完成这件事的人是阿尔梅达的继任者、葡属印度的真正建立者——阿方索·德·阿尔布开克。他通常被称作“伟大的阿方索·德·阿尔布开克”，这个称号是多年之后热切编辑他写给国王的多卷本书信集的儿子赋予的。
在返回果阿的途中，阿尔布开克改变了航行方向，他沿着阿拉伯半岛的海岸航行，前往霍尔木兹，享受了他的最后一场胜利，以此作为在亚丁失败的安慰。他一到霍尔木兹就发现那位年轻的国王赛义夫·丁此时深受一位波斯大臣赖斯·哈米德的影响，而那位大臣表现出对葡萄牙人的敌意。阿尔布开克此时更加确信要在霍尔木兹建设一座要塞，几年前他被迫放弃了这个计划。他还决意从这座城市收取这两年未交付的贡赋。
曼努埃尔的一些近臣继续争论说，葡萄牙想在好望角以外的地方建立殖民地的想法是错误的。仅仅是建立和守卫这些堡垒就会削弱葡萄牙的海上力量。炎热、压抑的堡垒不得人心，因为它会使得他们没有机会进行突袭和劫掠，而这恰恰是印度对葡萄牙人的主要吸引力：除了防御来自陆地或者海上的突然袭击，他们只能以观测视野之内求救的葡萄牙船只，来度过几个月的无聊日子。
当他的舰队在港口抛锚的时候，阿尔布开克自己已经投入到一场智力比拼中。赖斯·哈米德是一位令人畏惧的敌人，他总是伴随国王左右，敦促他拒绝葡萄牙人的要求，很明显，唯一的办法就是杀死他。令人沮丧的是，这位年轻的波斯人拒绝受制于阿尔布开克。一天天过去了，他逃过了每一个圈套。最后，阿尔布开克劝说国王带着赖斯·哈米德来参观还未建成的要塞。
因而，葡萄牙人很快决定，在印度西部建立一个殖民地更加合理。而且，印度是香料的生产地，葡萄牙人还需沿着海岸来回巡逻，以追捕那些胆敢挑衅通行法令的“麦加船只”。但是印度的财富和人口是他们需要解决的问题。尽管葡萄牙人轻视他们自身之外的任何战斗力量，但是他们知道印度统治者能够以几乎无限的人力防守他们的领地，并且他们足够富有，能够以火绳枪、马匹和大象装备他们的军队。
阿尔布开克让他的人全副武装并且随时待命，特别是他的侄子佩罗·德·阿尔布开克。所以，在国王和他一小群未武装的随从进入要塞之后，大门在他们身后静悄悄地关上了。赖斯·哈米德意识到了危险，他想转身离开，他还劝诫国王也离开，但是此时已经无法出去了。
两个具有明显可能性的地方是东非和印度西部，葡萄牙人可以夺取它们的良港和周边土地，然后宣称对它们具有所有权。然而，非洲已被证明是充斥大量致命热疫的地方：阿尔梅达激动地写信告诉曼努埃尔，他们建成了基尔瓦要塞，但是仅仅7年后，他们就不得不遗弃它。在大陆的更南方，在索法拉和莫桑比克建立的小型贸易站试图为刚刚绕过好望角的船只提供救助品，但是这些船只通常发现，岸上的死者和濒死之人比他们船上的还要多。
赖斯·哈米德被带到阿尔布开克面前。很快，他将这位年轻的波斯大臣推离自己身边，并且喊道：“杀了他！杀了他！”手里握着匕首的佩罗·德·阿尔布开克首先冲上前去，猛攻赖斯·哈米德，“他在须臾之间遭到如此多的刺杀，以至在他喊出声之前就死了”。阿尔布开克出于迷信背过身去，以避免看到死人的眼睛。他离开时对他的船长们说“这没什么，都过去了”。
葡萄牙人在第乌的胜利对东方的影响，和穆罕默德二世在半个世纪之前占领君士坦丁堡对西方的影响一样巨大。然而，葡属印度还没有成为一个实体，它的船长们就像游牧民一样在海上游荡，无法登上任何一块列于国王曼努埃尔名义下的领地。所以，当里斯本必须继续制订帝国的伟大计划时，在印度洋获取一块安全的飞地是有必要的，因为他们不需要为获取指示而等上18个月或者更长时间。这个地方还可以用来修理船只、储存军需品，船员们可以在这里暂时摆脱甲板下面狭窄恶臭的住宿环境，病患和伤员可以调养身体，死者也得以安葬。他们需要的不仅是一个堡垒，还是一个殖民地。
年轻的国王看到赖斯·哈米德的尸体后，答应了阿尔布开克的所有要求。葡萄牙人不仅可以建成要塞，还可以占领整座城市。生活在霍尔木兹的阿拉伯人都不允许佩带武器。为了表明违抗他们的人将被如何对待，阿尔布开克在城市中心对6名企图逃跑的自己人施以惩罚：他们被困在试图用于逃跑的船里，被活活烧死。
——乔纳森·斯威夫特《格列佛游记》
1515年4月，在霍尔木兹取得的胜利，成为阿尔布开克对东方的葡萄牙帝国奠基的最后一个巨大贡献。他想在那里待5个月监督要塞的建设，但是这超出了他精疲力竭的身体的负荷。在将要塞的钥匙交给佩罗·德·阿尔布开克，并且告诉他将国王的两个小儿子抓来当人质之后，他航行去了果阿。他的生命正在走向终结，当他听说国王派了一位新的总督来取代他，接管他一手创造的帝国时，他遭受了最后一击。据他的儿子说，他向自己喊道：“噢，苍老的人啊，你就要走向坟墓！为了臣民，你已经招来了国王的不悦，为了国王，你又招致臣民的不悦！”
于是，这就开辟了一块天赐的领土。国王赶紧派船到那地方去；把土人赶尽杀绝；为了搜刮黄金，折磨土人的国王下令准许进行一切不人道的、放荡的行为，于是遍地染满居民的鲜血。这一帮专做这种虔诚的冒险事业的可恶屠夫，也就是派去开导感化那些崇拜偶像的野蛮人的现代殖民者。
1515年12月15日，在黎明到来之前，当船抵达果阿港的入口时，阿尔布开克去世了，享年63岁。他在印度洋历史上留下的痕迹是不可磨灭的。如果知道他最大的敌人——卡利卡特的扎莫林马纳·维克拉玛——死在他的前面，他可能会感到满意。他已经尽最大努力安排了一切。在他前几年给国王曼努埃尔的信中，他写道：“我基本可以确定，王位继承者纳姆皮阿迪里毒死了扎莫林，因为在所有的信件中我都向他表明，如果他毒死扎莫林，我就会与他达成一份和平条约。”