但朱允炆的选择却出乎他的意料，烧毁宫殿说明朱允炆并不想让位，但这位有几分骨气的侄子却也没有自杀，因为在入宫后，朱棣并没有找到朱允炆的尸体。既不退位，也不自杀，那就只剩下逃跑了。
朱允炆当然并不知道臣下的这些义举，他烧毁了自己的宫殿，然后不知所终，于是历史上最大的疑团之一诞生了。但其实这个疑团并不是由朱允炆的失踪开始的，早在朱棣攻入京城时，北军就接到了一个奇怪的命令，即不入皇城，而是退守龙江驿。很明显，朱棣并不想背上杀掉自己侄子的罪名，他围困皇城，给朱允炆自绝或是让位的时间。
朱允炆的下落从此成了千古之谜，当然，是有答案的。